genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9226980--9227068	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
9226980--9227059	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
9226991--9227068	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
9231338--9231624	27	10.8	27	80	5	289	24	14	19	41	1.89
9231338--9231645	81	3.8	80	79	3	325	24	13	20	42	1.87
9231969--9232003	18	1.9	18	94	0	61	20	17	14	48	1.81
9254609--9254663	28	2.0	28	85	0	74	32	21	12	32	1.91
9254717--9254782	28	2.4	28	84	5	80	24	22	18	34	1.96
9261342--9261422	42	1.9	42	87	2	117	28	27	16	28	1.97
9261310--9261422	43	2.7	43	79	5	131	29	25	16	28	1.97
9265872--9265980	56	1.9	56	83	3	139	26	14	26	32	1.95
9270386--9270432	22	2.1	22	100	0	94	40	17	4	38	1.69
9272708--9272768	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
9282696--9282737	14	2.9	15	82	7	50	78	4	0	16	0.91
9283238--9283305	35	1.9	35	84	0	91	20	19	26	33	1.96
9288406--9288460	28	2.0	28	89	3	85	49	0	7	43	1.30
9290637--9290847	106	2.0	106	96	0	386	30	25	4	39	1.76
9292015--9292075	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
9312161--9312423	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
9312200--9312458	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
9320113--9320375	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
9320152--9320410	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9322083--9322242	43	3.7	43	81	4	162	33	23	16	26	1.95
9328350--9328659	155	2.0	155	100	0	620	26	27	25	20	1.99
9337891--9338068	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
9337912--9338067	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
9338613--9338637	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
9345929--9346106	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
9345950--9346105	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
9349058--9349279	40	5.6	40	85	1	286	29	25	20	24	1.99
9357539--9357760	40	5.6	40	87	1	295	29	26	20	23	1.99
9363323--9363375	21	2.3	23	84	9	65	64	1	0	33	1.05
9363569--9363633	29	2.3	29	89	5	98	33	6	3	56	1.39
9368265--9368361	41	2.4	41	86	5	126	19	14	31	34	1.92
9368263--9368407	41	3.6	41	79	10	115	21	13	29	35	1.92
9368605--9368664	30	2.0	30	100	0	120	36	16	6	40	1.75
9371023--9371082	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
9379915--9379992	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
9379945--9380272	174	1.9	174	97	0	620	30	14	24	30	1.95
9391770--9391947	50	3.7	49	74	14	172	24	29	19	26	1.98
9391768--9391990	96	2.3	96	80	10	237	25	30	18	26	1.98
9391768--9392042	46	5.8	44	71	14	151	25	29	19	25	1.98
9395975--9396355	48	7.9	48	78	1	350	28	25	16	29	1.97
9395981--9396355	96	3.9	96	88	0	536	28	25	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9399111--9399154	22	2.0	22	82	8	54	47	2	11	38	1.52
9407872--9407905	18	2.0	16	88	11	50	11	8	23	55	1.63
9415085--9415114	14	2.1	15	93	6	53	23	0	20	56	1.42
9428385--9428421	19	1.9	19	100	0	74	40	27	16	16	1.89
9432676--9432740	32	2.0	32	100	0	130	44	9	12	33	1.74
9434975--9435124	41	3.7	41	84	1	212	28	28	22	20	1.99
9442270--9442305	18	2.0	18	94	0	63	58	16	5	19	1.58
9442431--9442468	15	2.6	15	83	4	51	63	0	2	34	1.09
9442742--9442952	19	11.2	18	73	17	69	61	1	2	35	1.18
9442812--9442946	22	6.1	22	71	18	79	60	1	1	36	1.15
9442730--9442960	37	6.1	37	72	18	142	60	1	2	35	1.19
9442771--9442960	30	6.5	29	70	18	110	60	1	1	37	1.14
9442752--9442955	54	3.8	54	75	17	167	60	1	1	36	1.17
9442735--9442885	76	2.0	76	79	10	166	59	1	3	35	1.22
9442799--9442972	64	2.8	65	75	14	159	62	1	1	34	1.16
9442816--9442960	15	9.5	15	76	14	111	61	1	1	35	1.13
9446744--9446984	38	6.4	38	80	5	251	28	13	20	37	1.90
9446762--9446979	114	1.9	111	87	4	312	27	12	20	39	1.89
9447728--9447787	28	2.2	27	88	5	93	36	0	8	55	1.30
9447735--9447789	28	2.0	28	100	0	110	36	0	7	56	1.27
9452590--9452799	28	7.5	28	95	1	341	26	11	28	34	1.91
9459532--9459702	93	1.8	93	92	0	288	22	22	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9459536--9459707	46	3.7	46	78	13	190	22	22	27	27	1.99
9465580--9465726	40	3.7	40	96	0	267	22	27	20	29	1.98
9479788--9479944	82	1.9	82	89	0	242	26	12	19	41	1.87
9493982--9494216	117	2.0	117	95	0	425	34	16	17	32	1.92
9496425--9496466	18	2.3	18	87	4	57	7	0	16	76	1.00
9496986--9497261	92	3.0	92	99	0	543	28	8	18	44	1.79
9501143--9501326	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
9501143--9501326	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
9504080--9504246	85	2.0	85	96	0	307	29	26	16	27	1.97
9509165--9509296	40	3.3	40	87	3	160	26	26	21	25	1.99
9518853--9518885	17	1.9	18	88	11	52	48	3	27	21	1.64
9519052--9519085	15	2.2	16	89	5	52	55	2	23	17	1.55
9543870--9544092	40	5.6	40	86	3	245	24	20	27	26	1.99
9543945--9544127	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
9551708--9551917	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
9551655--9551917	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
9551656--9551952	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
9557300--9557371	27	2.7	27	82	0	90	31	20	20	26	1.98
9557353--9557614	27	9.7	27	83	1	265	38	20	9	32	1.84
9557353--9557665	27	11.6	27	79	5	256	38	21	8	32	1.84
9557653--9557939	27	10.6	27	91	0	439	35	19	21	23	1.95
9558329--9558408	31	2.6	31	87	0	106	21	16	12	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9558358--9558432	6	12.2	6	73	16	55	20	18	13	48	1.81
9558343--9558432	31	2.9	31	88	0	108	23	18	12	45	1.83
9558988--9559031	18	2.4	18	96	0	79	29	4	27	38	1.76
9561801--9561939	41	3.2	42	76	9	120	28	15	26	30	1.96
9562280--9562309	14	2.1	14	93	0	51	40	0	16	43	1.48
9565848--9566147	150	2.0	150	99	0	591	25	27	15	31	1.96
9569776--9569808	17	1.9	17	93	0	57	57	9	12	21	1.62
9570242--9570276	15	2.3	15	90	0	61	17	20	2	60	1.49
9572641--9572815	27	6.6	27	77	13	166	41	16	10	32	1.82
9572641--9572819	53	3.3	53	81	10	179	40	17	10	32	1.83
9572827--9572942	27	4.3	27	86	0	151	31	21	8	37	1.84
9572802--9572912	54	2.1	54	79	6	118	35	18	7	38	1.79
9572921--9573033	27	4.2	27	79	2	93	40	23	7	28	1.81
9572988--9573087	27	3.7	26	84	5	119	41	21	9	29	1.83
9572962--9573087	54	2.3	55	81	5	132	43	22	7	26	1.79
9573045--9573401	27	13.3	27	86	3	434	33	18	21	26	1.96
9572991--9573374	81	4.8	80	84	3	432	34	19	19	26	1.96
9573828--9573892	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
9574051--9574152	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
9574284--9574363	31	2.6	31	91	0	124	21	15	13	50	1.78
9574284--9574377	6	15.3	6	70	16	59	21	14	13	50	1.78
9574287--9574368	25	3.3	24	76	8	67	20	15	13	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9576090--9576237	53	2.8	53	78	7	147	39	21	11	27	1.88
9576090--9576237	27	5.6	27	77	10	135	39	21	11	27	1.88
9576249--9576390	27	5.3	27	88	1	214	32	23	7	36	1.82
9576249--9576419	80	2.1	81	90	1	263	33	22	7	36	1.82
9576262--9576426	27	6.1	27	84	1	98	34	23	6	35	1.81
9576448--9576536	27	3.3	27	92	1	135	37	24	11	26	1.89
9576466--9576740	27	10.3	27	88	1	376	33	21	20	24	1.97
9577167--9577231	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
9577397--9577491	27	3.5	27	85	5	111	20	23	20	36	1.95
9577627--9577721	6	15.3	6	71	18	70	20	14	14	50	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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