genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   

This is table  61  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20607298--20607421	46	2.7	46	80	13	148	24	31	16	27	1.97
20610805--20611172	183	2.0	181	92	1	610	24	27	14	32	1.95
20615056--20615273	46	4.7	45	74	10	154	24	31	18	25	1.98
20615605--20615685	30	2.7	30	92	0	126	30	25	12	30	1.92
20617970--20618077	41	2.6	42	80	7	121	32	26	14	25	1.95
20633694--20633742	21	2.4	20	83	6	62	61	8	10	20	1.53
20634376--20634430	21	2.6	21	100	0	110	20	41	23	14	1.89
20642982--20643203	39	5.7	39	82	2	176	35	16	30	17	1.92
20642957--20643208	39	6.5	38	76	7	175	35	16	29	17	1.93
20647732--20647847	44	2.7	44	86	5	148	31	26	16	25	1.96
20647732--20647864	44	3.0	43	76	9	126	30	26	15	27	1.96
20649647--20649831	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
20649628--20649831	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
20653177--20653370	71	2.7	71	75	9	189	20	18	24	37	1.94
20656195--20656294	50	2.0	50	96	0	182	39	21	13	27	1.90
20657684--20657775	36	2.9	30	73	17	103	33	23	13	29	1.92
20659080--20659284	104	2.0	104	95	0	365	29	19	21	29	1.97
20662554--20662723	86	2.0	86	96	0	313	13	16	35	34	1.88
20663822--20663931	54	2.0	54	98	0	211	26	9	24	40	1.85
20665192--20665266	33	2.2	35	79	11	86	66	2	2	28	1.18
20667071--20667150	25	3.2	25	76	13	92	33	22	15	28	1.94
20667047--20667153	50	2.1	50	87	0	151	36	22	12	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20670915--20670973	27	2.2	27	84	0	73	35	10	27	27	1.89
20670926--20670977	27	1.9	27	96	0	95	34	5	28	30	1.81
20672458--20672555	45	2.1	46	81	7	110	36	18	22	22	1.95
20673174--20673213	21	1.9	21	89	0	62	40	20	0	40	1.52
20676573--20676604	15	2.2	15	94	5	57	18	12	25	43	1.85
20680112--20680250	45	3.1	45	81	13	160	36	17	22	23	1.94
20680112--20680215	22	4.6	22	79	12	106	35	19	22	23	1.96
20680105--20680275	23	7.3	22	73	12	103	34	17	23	24	1.96
20688388--20689370	47	20.6	47	97	0	1705	32	8	28	29	1.86
20689489--20689567	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
20694093--20694139	24	2.0	24	95	0	85	42	17	17	23	1.88
20698650--20698733	42	2.0	42	81	9	100	29	26	19	25	1.98
20700087--20700170	25	3.4	25	74	12	66	27	26	21	25	1.99
20701714--20701840	38	3.1	39	78	17	148	30	23	14	30	1.95
20701752--20701885	48	2.8	48	87	1	189	30	22	16	30	1.96
20703756--20703812	30	1.9	30	85	7	80	57	15	14	12	1.65
20703774--20703812	15	2.6	15	91	0	69	58	20	12	7	1.58
20703825--20703878	26	2.1	26	93	6	92	42	22	16	18	1.89
20706769--20706907	48	2.9	48	85	1	190	31	22	15	30	1.95
20707247--20707274	13	2.2	13	100	0	56	25	21	14	39	1.91
20708011--20708057	20	2.3	20	76	20	53	59	4	19	17	1.53
20714143--20714191	20	2.5	20	80	9	57	61	6	12	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20714584--20714622	20	2.0	20	85	10	53	17	5	25	51	1.66
20715787--20715833	22	2.1	22	100	0	94	19	0	25	55	1.43
20716008--20716032	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
20716450--20716552	42	2.4	43	82	7	113	23	20	26	30	1.99
20716405--20716563	43	3.7	43	73	12	148	23	20	25	30	1.98
20718091--20718190	42	2.4	42	88	3	139	25	22	31	22	1.98
20727325--20727589	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
20727292--20727589	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
20727521--20727598	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
20730962--20731056	25	3.7	25	84	2	118	29	21	23	26	1.99
20735913--20735967	26	2.1	26	96	0	101	27	9	23	40	1.85
20741495--20741601	49	2.2	47	90	5	160	28	22	21	27	1.99
20741495--20741601	24	4.4	24	89	4	162	28	22	21	27	1.99
20741646--20741684	10	3.8	10	90	6	60	33	15	17	33	1.92
20741646--20741685	21	1.9	21	94	0	71	32	15	17	35	1.91
20741724--20741774	25	2.0	25	92	0	84	25	19	23	31	1.98
20742484--20742574	24	3.8	24	92	2	155	28	21	24	25	1.99
20742619--20742657	10	3.8	10	90	6	60	33	15	17	33	1.92
20742619--20742658	21	1.9	21	94	0	71	32	15	17	35	1.91
20742697--20742747	25	2.0	25	92	0	84	25	19	23	31	1.98
20741080--20743022	973	2.0	972	96	1	3590	30	25	16	27	1.97
20750434--20750503	25	2.8	25	93	2	124	27	22	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20750548--20750582	10	3.4	10	92	7	61	31	17	17	34	1.93
20750548--20750587	21	1.9	21	94	0	71	30	15	17	37	1.90
20750626--20750676	25	2.0	25	92	0	84	25	19	23	31	1.98
20761839--20761868	12	2.6	12	94	5	53	16	6	0	76	0.99
20763806--20763844	19	2.1	19	90	0	60	2	28	0	69	1.02
20765172--20765217	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
20767612--20767796	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
20767593--20767796	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
20780028--20780066	19	2.1	19	85	9	53	2	25	0	71	0.98
20798479--20798654	46	3.8	46	77	8	196	22	21	27	28	1.99
20798475--20798647	93	1.9	93	93	2	303	22	21	28	27	1.99
20800028--20800232	27	7.6	27	81	4	209	38	18	9	33	1.83
20800027--20800234	54	3.9	54	80	1	240	37	18	10	33	1.85
20800028--20800232	81	2.5	80	84	2	259	38	18	9	33	1.83
20801584--20801800	40	5.5	40	91	3	316	24	29	23	22	1.99
20810982--20811073	27	3.4	27	87	0	112	38	17	16	28	1.91
20811558--20811651	27	3.5	27	72	8	68	20	21	29	28	1.98
20817333--20817449	49	2.3	52	86	4	168	28	15	26	29	1.96
20817333--20817478	52	2.9	50	82	7	179	28	15	27	28	1.96
20820510--20820551	18	2.1	21	87	12	63	52	23	4	19	1.65
20825159--20825200	18	2.1	21	87	12	63	52	23	4	19	1.65
20831853--20831923	27	2.7	26	84	4	88	39	15	21	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20832748--20832847	52	1.9	52	91	0	164	34	9	13	44	1.75
20835793--20835904	28	4.0	28	85	0	134	41	14	16	28	1.87
20844699--20844840	40	3.6	40	81	6	164	26	23	26	23	2.00
20851374--20851558	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
20851341--20851558	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
20860557--20860819	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
20860557--20860819	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
20860751--20860828	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
20870995--20871127	67	2.0	67	91	2	214	21	30	16	31	1.95
20871861--20871919	30	2.0	30	82	0	73	28	23	8	38	1.84
20874316--20874438	43	2.9	42	77	12	133	34	26	15	24	1.95
20903910--20904341	216	2.0	216	100	0	864	19	13	22	43	1.86
20911667--20911702	18	2.0	18	88	0	54	33	0	0	66	0.92
20914460--20914502	21	2.0	21	95	0	77	27	16	6	48	1.71
20919695--20919911	46	4.7	44	75	11	168	23	29	19	28	1.98
20923134--20923285	46	3.3	45	73	13	130	28	17	28	25	1.98
20936571--20936657	44	2.0	44	86	4	122	35	13	26	24	1.93
20936658--20936889	95	2.5	92	76	9	236	34	18	25	22	1.96
20936847--20937040	55	3.6	54	85	4	257	35	18	24	21	1.95
20940370--20940448	41	1.9	41	92	0	131	22	25	39	12	1.89
20940369--20940458	41	2.2	40	86	5	126	23	24	40	12	1.89
20942157--20942414	47	5.6	44	74	14	193	25	19	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20949674--20949987	47	6.7	47	74	12	270	26	21	28	22	1.99
20949674--20949979	140	2.2	139	84	10	376	27	21	28	22	1.99
20953668--20953981	67	4.8	63	76	13	228	23	30	16	29	1.96
20953815--20953948	67	2.0	67	94	0	232	20	32	17	29	1.95
20954716--20954776	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
20960079--20960200	47	2.6	47	90	2	183	22	27	19	31	1.98
20960126--20960284	85	1.9	84	81	12	191	21	25	22	31	1.98
20970119--20970199	39	2.1	39	95	2	146	29	2	7	60	1.37
20975673--20975846	48	3.6	48	86	1	240	27	28	17	27	1.97
20988343--20988400	24	2.4	25	85	5	82	36	10	22	31	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313