genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38674278--38674333	27	2.1	27	82	0	67	50	3	5	41	1.43
38674661--38674703	3	14.0	3	85	4	59	65	2	32	0	1.06
38676862--38676907	3	15.3	3	81	0	56	58	0	8	32	1.28
38676862--38676927	12	5.2	13	77	17	59	60	0	7	31	1.25
38677086--38677115	12	2.6	11	90	10	51	63	6	6	23	1.43
38681374--38681421	21	2.3	21	89	3	71	47	22	2	27	1.62
38694602--38694629	12	2.3	12	100	0	56	42	28	21	7	1.79
38700604--38700638	6	5.8	6	86	0	52	77	5	0	17	0.96
38700590--38700636	12	4.1	12	78	10	53	74	10	0	14	1.07
38702377--38702413	7	5.4	7	96	3	67	72	0	10	16	1.10
38702377--38702420	21	2.3	18	88	11	61	72	0	11	15	1.11
38707037--38707088	22	2.3	21	83	9	59	69	1	26	1	1.10
38707036--38707089	19	2.7	19	85	5	63	68	3	25	1	1.16
38707048--38707090	22	1.9	23	90	4	70	69	2	27	0	1.00
38707037--38707095	23	2.5	24	81	13	70	67	1	27	3	1.16
38709290--38709783	247	2.0	247	99	0	979	31	21	21	25	1.98
38711730--38711818	21	4.0	21	64	24	56	52	12	1	33	1.46
38711695--38711819	48	2.5	48	87	3	187	54	12	0	32	1.43
38711852--38711922	19	3.5	19	76	12	70	57	9	1	30	1.40
38711854--38711920	22	3.2	22	81	8	77	59	10	1	28	1.39
38711782--38711980	102	2.0	101	83	7	253	56	12	1	30	1.42
38711987--38712012	12	2.2	12	100	0	52	46	15	0	38	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38712075--38712149	3	24.7	3	89	5	107	0	33	0	66	0.92
38712284--38712348	27	2.4	27	94	0	121	15	33	21	29	1.94
38718332--38718405	6	12.3	6	94	0	130	33	18	47	0	1.49
38720596--38720643	2	24.0	2	95	0	87	0	52	0	47	1.00
38721444--38721474	8	3.9	8	95	0	53	0	58	0	41	0.98
38726346--38726396	22	2.3	22	100	0	102	23	27	21	27	1.99
38728392--38728430	19	2.1	19	100	0	78	25	5	20	48	1.70
38729745--38729822	6	13.0	6	88	0	120	37	17	44	0	1.49
38732013--38732060	2	24.0	2	95	0	87	0	52	0	47	1.00
38732860--38732894	8	4.4	8	96	0	61	0	57	0	42	0.99
38731904--38733690	829	2.1	830	83	6	2211	27	17	15	39	1.90
38731904--38733902	829	2.4	827	80	7	2184	27	17	15	39	1.89
38763984--38764024	15	2.6	16	84	11	57	48	36	7	7	1.59
38764476--38764523	19	2.6	19	90	3	62	12	8	10	68	1.39
38764476--38764514	19	2.1	19	100	0	78	15	5	12	66	1.41
38775337--38775434	31	3.2	31	71	5	83	42	9	6	41	1.61
38792533--38792586	27	2.0	27	96	0	99	38	18	1	40	1.61
38796519--38796598	30	2.7	30	90	3	126	28	13	21	36	1.92
38805526--38805568	22	2.0	22	90	0	68	32	0	11	55	1.36
38817251--38817346	39	2.5	39	80	6	108	26	27	25	21	2.00
38819470--38819719	125	2.0	125	99	0	491	35	14	16	32	1.90
38820115--38820171	30	1.9	30	96	0	105	57	12	19	10	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38823344--38823385	13	3.0	14	86	6	59	28	9	0	61	1.27
38824237--38824269	16	2.0	17	88	5	50	48	0	3	48	1.17
38840162--38840202	19	2.0	21	86	9	59	56	4	9	29	1.53
38842827--38842856	14	2.1	14	93	0	51	43	10	6	40	1.64
38843236--38843302	31	2.2	31	97	0	125	59	2	23	13	1.48
38850588--38850637	23	2.2	23	82	7	57	56	4	6	34	1.43
38853051--38853216	83	2.0	83	98	0	323	53	16	15	14	1.73
38866938--38866968	12	2.6	12	94	0	53	0	25	3	70	1.02
38867552--38867582	13	2.4	13	100	0	62	48	0	0	51	1.00
38871811--38872038	113	2.0	114	96	0	422	29	10	21	39	1.86
38872054--38872145	30	3.1	29	84	6	112	28	16	22	32	1.96
38872064--38872147	30	2.8	30	87	3	116	27	15	23	33	1.95
38873826--38873903	39	2.0	39	87	7	113	37	2	0	60	1.11
38873861--38873923	26	2.3	28	86	5	85	34	1	1	61	1.15
38874789--38874820	8	4.0	8	91	0	55	40	0	0	59	0.97
38874783--38874819	16	2.3	16	95	0	65	40	0	0	59	0.97
38875806--38875911	25	4.3	25	85	1	142	17	23	20	37	1.94
38875806--38875911	50	2.1	49	89	1	158	17	23	20	37	1.94
38875891--38875936	22	2.1	22	87	0	65	13	28	19	39	1.89
38880931--38880959	14	2.0	15	93	6	51	55	0	31	13	1.39
38883450--38883544	3	32.7	3	74	12	56	31	8	1	58	1.34
38883463--38883548	24	3.6	25	78	9	81	32	10	1	55	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38898564--38898625	29	2.2	27	88	5	88	41	0	4	53	1.22
38898834--38898871	20	1.9	20	84	10	51	55	5	2	36	1.37
38900842--38900869	14	2.0	14	100	0	56	14	28	14	42	1.84
38906147--38906211	16	4.2	16	66	15	55	52	1	15	30	1.52
38916363--38916406	20	2.3	19	80	4	52	70	0	22	6	1.11
38922558--38922582	3	8.3	3	100	0	50	32	0	36	32	1.58
38929898--38929930	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
38938004--38938091	40	2.2	40	86	8	117	53	1	3	42	1.25
38942294--38942505	75	2.8	75	86	0	307	21	19	27	31	1.97
38943785--38943856	34	2.1	34	97	0	135	31	12	16	38	1.86
38949154--38949186	17	1.9	17	100	0	66	24	0	18	57	1.40
38952169--38952367	33	5.5	33	70	21	130	21	18	27	33	1.96
38952202--38952338	42	3.5	41	72	17	128	21	16	27	34	1.95
38952165--38952375	75	2.8	75	89	1	325	21	18	27	31	1.97
38953152--38953184	16	2.1	16	100	0	66	36	0	12	51	1.39
38953335--38953382	24	2.0	24	95	0	87	39	8	22	29	1.83
38978589--38978733	62	2.3	62	89	2	220	34	11	11	42	1.77
38978695--38978759	29	2.2	29	83	5	76	35	6	13	44	1.69
38984376--38984415	9	4.4	9	80	0	53	50	2	0	47	1.14
38989630--38989679	21	2.4	22	80	10	59	56	2	4	38	1.30
38989938--38989991	28	1.9	28	81	7	65	46	0	1	51	1.11
38996452--38996490	6	6.5	6	100	0	78	15	15	17	51	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38996712--38996786	30	2.5	30	79	12	82	50	6	0	42	1.28
39004209--39004315	40	2.6	41	88	5	153	59	0	1	37	1.14
39004224--39004284	11	5.9	11	75	21	60	57	0	1	40	1.08
39004251--39004324	31	2.5	28	81	18	87	59	1	2	36	1.20
39004270--39004333	31	2.1	30	83	11	78	65	1	1	31	1.11
39004345--39004376	5	6.2	5	92	7	55	0	43	56	0	0.99
39016601--39016796	106	1.8	105	82	6	252	39	13	14	31	1.86
39018105--39018133	3	9.7	3	100	0	58	31	0	68	0	0.89
39021953--39022054	31	3.4	31	73	10	95	47	10	14	27	1.78
39021974--39022085	59	1.9	59	94	0	197	44	13	14	27	1.82
39024118--39024157	19	2.1	19	100	0	80	52	10	5	32	1.56
39024025--39024250	112	2.0	112	81	3	267	41	17	13	27	1.87
39024141--39024386	93	2.6	94	82	3	284	39	19	15	26	1.91
39030434--39030645	104	2.0	104	96	1	390	18	20	30	31	1.96
39030564--39030715	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
39035115--39035143	12	2.3	13	94	5	51	72	0	27	0	0.85
39051870--39052379	255	2.0	255	100	0	1020	34	22	9	34	1.86
39058742--39058831	37	2.5	37	83	1	101	18	16	23	41	1.90
39058762--39058844	37	2.2	37	82	6	105	16	15	26	40	1.89
39065024--39065112	35	2.5	35	80	10	92	51	2	1	44	1.21
39070556--39070605	9	5.6	9	78	21	52	40	0	4	56	1.18
39071532--39071704	45	4.2	40	78	14	156	20	19	20	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39071559--39071708	45	3.3	45	85	5	196	20	18	19	41	1.91
39071688--39071736	6	7.8	6	81	2	53	20	20	14	44	1.86
39072230--39072402	45	4.2	40	78	14	156	20	19	20	39	1.92
39072257--39072406	45	3.3	45	85	5	196	20	18	19	41	1.91
39072386--39072434	6	7.8	6	81	2	53	20	20	14	44	1.86
39071341--39072736	698	2.0	698	99	0	2774	32	12	20	35	1.89
39073122--39073154	9	3.7	9	84	15	50	84	0	0	15	0.61
39073961--39074053	18	5.2	18	84	0	123	27	22	15	34	1.94
39073961--39074053	36	2.6	36	85	0	141	27	22	15	34	1.94
39085017--39085045	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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