genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5255029--5255072	19	2.3	19	92	0	79	34	2	13	50	1.55
5261837--5261868	5	6.4	5	92	0	55	18	3	0	78	0.89
5263207--5263265	29	2.0	29	100	0	118	20	20	16	42	1.89
5265551--5265659	50	2.2	51	91	3	184	35	14	22	26	1.93
5265655--5265802	31	4.8	31	90	0	206	27	15	28	28	1.96
5269657--5269736	37	2.1	38	88	2	117	42	13	25	18	1.87
5269850--5269907	26	2.2	26	90	0	89	29	17	18	34	1.94
5270406--5270464	28	2.2	28	87	6	86	44	6	0	49	1.29
5271847--5271936	47	1.9	47	84	4	119	24	30	16	28	1.97
5271729--5272144	211	2.0	211	99	0	823	28	25	16	29	1.96
5283177--5283239	3	20.3	3	77	6	63	31	1	6	60	1.31
5283184--5283250	21	3.1	23	81	8	61	35	1	5	56	1.33
5283341--5283376	3	12.0	3	93	0	63	33	2	0	63	1.08
5283502--5283548	24	2.0	24	84	8	62	34	8	6	51	1.58
5283569--5283612	21	2.0	22	86	4	63	36	2	2	59	1.23
5283586--5283687	24	4.0	25	74	12	84	35	4	2	56	1.36
5290777--5291041	40	6.7	40	89	4	367	26	27	21	24	2.00
5290777--5291041	119	2.2	121	86	4	369	26	27	21	24	2.00
5300874--5301176	40	7.6	40	89	3	380	27	28	20	24	1.99
5303472--5303625	79	1.9	81	92	5	260	27	17	20	33	1.95
5303445--5303776	185	1.8	185	82	9	430	28	16	17	37	1.92
5303723--5303830	54	2.0	54	87	0	153	29	12	18	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5305891--5305953	3	20.3	3	80	6	72	31	0	6	61	1.21
5305898--5305964	21	3.1	23	83	8	61	35	0	5	58	1.23
5306053--5306130	3	26.0	3	92	0	129	33	3	0	62	1.13
5306053--5306128	18	4.2	18	98	0	143	32	3	0	63	1.13
5306320--5306436	21	5.0	22	75	16	85	34	5	3	57	1.38
5306332--5306448	11	10.3	11	68	23	50	35	5	2	57	1.35
5306385--5306486	23	4.4	22	74	22	75	30	7	5	55	1.52
5322983--5323190	104	2.0	104	97	0	389	38	8	15	36	1.79
5324168--5324283	46	2.5	46	90	0	178	23	19	25	31	1.98
5331822--5331929	26	4.2	26	95	0	198	31	5	26	36	1.80
5333527--5333631	27	3.9	27	86	9	135	19	24	21	34	1.96
5341156--5341242	27	3.2	27	74	9	88	18	22	22	35	1.95
5342449--5342550	16	6.7	15	67	25	54	56	4	1	36	1.32
5342572--5342612	11	3.9	11	78	12	50	53	7	2	36	1.42
5342674--5342758	26	3.3	26	81	6	93	52	5	7	34	1.53
5342866--5342922	23	2.6	23	83	8	66	57	5	3	33	1.38
5343041--5343134	48	2.0	45	84	10	118	57	4	2	36	1.30
5343035--5343135	23	4.2	25	70	25	74	58	3	1	35	1.28
5343096--5343257	12	12.1	13	74	22	101	59	1	4	33	1.30
5343175--5343257	3	27.7	3	87	4	114	61	0	3	34	1.13
5352981--5353039	27	2.2	26	88	8	84	40	18	10	30	1.84
5363415--5363461	6	7.5	6	86	9	67	78	2	2	17	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5363415--5363455	20	2.0	20	85	0	55	78	2	2	17	0.98
5363481--5363548	9	7.6	9	86	0	91	29	8	16	45	1.77
5363481--5363548	27	2.5	27	90	0	109	29	8	16	45	1.77
5369475--5369581	54	2.0	55	92	1	180	42	14	18	25	1.88
5384892--5385038	47	3.1	47	85	3	172	32	10	30	26	1.89
5384921--5384994	23	3.1	25	62	25	59	29	13	33	22	1.93
5385013--5385878	98	8.9	98	97	2	1636	36	7	25	30	1.83
5386033--5386206	37	4.7	37	91	0	258	24	18	32	24	1.97
5391012--5391182	46	3.7	46	74	11	134	29	16	29	23	1.97
5394237--5394367	47	2.8	47	82	4	165	34	26	16	22	1.95
5404931--5404979	22	2.2	22	85	7	64	32	14	16	36	1.89
5405708--5405755	16	3.1	15	85	11	62	31	2	2	64	1.16
5405720--5405755	14	2.4	15	90	9	56	33	2	0	63	1.08
5405796--5405835	20	2.0	21	85	5	55	30	5	2	62	1.29
5406022--5406053	15	2.0	17	88	11	50	40	0	3	56	1.15
5406721--5406749	15	1.9	15	100	0	58	17	0	0	82	0.66
5415611--5415722	52	2.2	52	90	0	170	12	34	22	30	1.91
5425864--5425912	16	3.1	15	74	8	53	28	0	0	71	0.86
5434272--5434314	6	7.0	6	78	5	50	74	4	0	20	1.00
5436778--5436869	27	3.4	27	81	3	114	28	22	7	41	1.81
5436901--5437113	27	7.7	27	70	12	101	38	18	9	32	1.83
5437992--5438061	25	2.8	25	95	0	122	28	25	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5439868--5439911	19	2.3	19	100	0	88	22	18	13	45	1.84
5447568--5447611	19	2.3	19	96	0	79	20	18	13	47	1.82
5448065--5448192	64	2.0	64	95	0	229	21	25	15	36	1.93
5454030--5454184	68	2.3	68	100	0	310	30	16	26	27	1.96
5454030--5454282	68	3.8	68	87	6	304	30	16	27	26	1.97
5458174--5458210	18	2.1	18	100	0	74	35	21	5	37	1.77
5459933--5460108	56	3.1	56	98	0	334	22	22	9	45	1.81
5463063--5463130	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
5462952--5463279	174	1.9	174	96	0	602	31	24	14	29	1.94
5463232--5463310	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
5469170--5469394	40	5.7	40	84	7	262	25	27	22	25	2.00
5469172--5469394	119	1.9	120	84	6	301	25	26	22	25	2.00
5469820--5470119	150	2.0	150	99	0	591	38	21	12	28	1.90
5470674--5471073	56	7.1	56	99	0	773	23	21	9	46	1.80
5471624--5471786	84	1.9	84	96	0	299	15	23	16	43	1.87
5475062--5475169	54	2.0	54	98	0	207	32	25	13	27	1.94
5479116--5479298	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
5479152--5479333	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
5495024--5496293	422	3.0	422	99	0	2477	28	17	17	36	1.92
5498166--5498195	15	2.0	15	100	0	60	46	0	6	46	1.29
5499210--5499259	26	2.0	25	84	4	64	46	10	2	42	1.49
5505019--5505196	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5505020--5505175	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
5505016--5505196	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
5512835--5512900	25	2.6	25	77	13	64	60	1	3	34	1.21
5513647--5513704	29	2.0	29	86	3	80	46	12	6	34	1.68
5515506--5516147	323	2.0	323	99	0	1257	33	12	20	32	1.91
5524987--5525173	97	2.0	91	93	6	320	38	20	20	19	1.94
5526267--5526447	89	2.0	90	92	4	301	37	6	22	34	1.79
5526530--5526652	55	2.2	56	88	2	176	26	12	28	33	1.92
5526530--5526652	28	4.4	28	90	2	176	26	12	28	33	1.92
5526555--5526665	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
5527221--5527316	48	2.0	48	97	0	183	26	10	26	37	1.88
5527355--5527553	99	2.0	100	97	1	373	18	8	24	49	1.73
5527515--5527597	28	3.2	28	61	25	72	16	9	16	56	1.66
5527504--5527604	50	2.0	51	98	1	195	15	9	17	56	1.66
5531947--5532304	112	3.0	118	79	10	478	32	18	17	31	1.94
5536332--5536377	18	2.3	20	75	21	51	45	2	2	50	1.26
5536575--5536613	19	2.1	19	100	0	78	30	10	10	48	1.70
5536720--5536756	9	4.0	9	86	6	56	24	0	21	54	1.45
5536711--5536755	19	2.4	19	85	7	56	24	2	22	51	1.60
5543722--5543798	33	2.3	33	86	0	109	29	27	19	23	1.98
5544208--5544263	27	2.1	28	87	9	82	25	26	21	26	1.99
5544324--5544638	27	11.6	27	80	4	204	30	9	19	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5544330--5544621	81	3.6	81	79	1	244	29	8	19	41	1.82
5544628--5544698	27	2.7	27	86	6	92	32	18	18	30	1.95
5544639--5544710	27	2.7	26	85	8	81	33	22	16	27	1.95
5545862--5546003	50	2.8	50	98	0	275	30	11	23	33	1.91
5553559--5553599	20	2.0	20	90	0	64	29	19	12	39	1.88
5571453--5571498	23	2.0	23	86	0	65	28	21	34	15	1.94
5571484--5571539	28	2.0	28	86	6	78	28	37	23	10	1.88
5573148--5573268	59	2.1	59	98	0	233	31	22	6	39	1.80
5580950--5581026	39	2.0	39	87	5	111	22	22	14	41	1.89
5581716--5581769	27	2.0	27	96	0	99	38	5	7	48	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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