Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   

This is table  87  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28963626--28963699
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0
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23
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2.3
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2.0
30
96
0
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40
11
14
32
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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22
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0
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0
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106
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0
1
46
1.08
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0
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0
0
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2.0
21
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21
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1.97
29031637--29031689
24
2.3
23
83
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5
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2.5
17
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3
52
70
2
4
22
1.17
29032300--29032391
25
3.8
24
71
26
68
68
2
5
23
1.22
29032308--29032364
11
5.2
11
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14
55
71
1
3
22
1.10
29032320--29032373
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2.1
26
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58
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30
1.39
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17
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60
2
7
29
1.36
29032354--29032527
15
11.3
15
68
19
69
61
1
8
28
1.34
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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1
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58
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29035909--29035961
19
2.7
20
85
14
74
32
1
7
58
1.37
29035909--29035960
20
2.6
19
88
11
70
32
1
7
57
1.38
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2.0
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4
139
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3
9
21
1.39
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0
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0
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1.33
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1.12
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0
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0
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1.98
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20
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1.9
30
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20
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2.1
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17
23
11
1.81
29069580--29069624
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0
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44
20
24
11
1.83
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2.9
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1.97
29078810--29078834
13
1.9
13
100
0
50
16
40
28
16
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29085590--29086041
127
3.5
127
85
3
559
36
20
15
27
1.93
29088330--29088374
22
2.0
24
91
8
76
8
15
48
26
1.74
29090779--29090830
10
5.1
10
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25
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2.1
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14
52
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59
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0
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0.86
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51
24
6
0
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1.13
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20
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20
5
0
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1.00
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42
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23
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117
1.9
117
80
7
266
28
24
22
25
1.99
29138064--29138122
18
3.3
18
75
15
59
18
5
1
74
1.09
29138056--29138134
29
2.8
28
77
11
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21
3
2
72
1.13
29140621--29140667
6
8.2
6
81
9
62
12
2
2
82
0.84
29140621--29140667
11
4.2
11
84
10
60
12
2
2
82
0.84
29140625--29140667
17
2.6
16
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10
59
11
2
2
83
0.83
29143893--29143957
6
11.8
5
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16
1
6
75
1.08
29143893--29143952
18
3.5
17
84
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16
1
6
75
1.10
29143893--29143956
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1
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151
2.1
148
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8
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1
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1.45
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354
3.0
355
97
0
2004
34
20
16
28
1.95
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13
2.1
13
100
0
54
29
14
0
55
1.40
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.1
14
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0
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13
13
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9
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9
72
11
66
66
1
4
28
1.17
29164835--29164909
19
4.3
18
83
6
84
66
1
4
28
1.17
29165165--29165241
29
2.7
27
80
13
75
28
3
1
66
1.17
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20
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19
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0
2
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0
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1
14
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1.43
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1.9
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25
1
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1.47
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4.0
109
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1.9
301
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5
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25
1
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1.43
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2.0
111
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0
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2.9
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19
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2.0
44
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0
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22
24
28
2.00
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2.0
15
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2.0
13
100
0
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7
7
38
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110
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280
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1
27
1.46
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14
1.9
14
100
0
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0
14
40
1.46
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2.7
94
94
0
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30
14
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25
2
0
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22
3.4
22
76
13
77
25
2
0
71
0.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29195369--29195442
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2.1
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1
0
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15
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21
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25
2
0
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0.98
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22
3.0
22
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25
1
0
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0.92
29195932--29196010
32
2.5
32
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15
83
25
2
0
72
0.98
29195932--29196005
37
2.1
36
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10
89
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1
0
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15
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4
73
1.18
29196121--29196181
14
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14
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0
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73
2.0
73
85
5
201
29
18
19
33
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313