genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88952414--88952444	6	5.0	6	92	7	53	83	0	0	16	0.64
88952414--88952444	13	2.5	13	94	5	55	83	0	0	16	0.64
88958803--88958952	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
88958827--88959010	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
88972048--88972223	67	2.6	66	81	7	178	31	15	30	22	1.95
88972072--88972255	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
88979944--88979986	20	2.2	20	100	0	86	37	41	4	16	1.69
88986016--88986193	27	6.6	27	76	6	128	30	28	14	26	1.95
88998379--88998544	80	2.1	80	82	4	201	34	20	18	25	1.96
88998379--88998544	40	4.2	39	83	6	172	34	20	18	25	1.96
88998480--88998781	114	2.7	107	82	6	329	31	20	19	27	1.97
89003178--89003356	85	2.1	85	98	0	349	38	8	26	26	1.85
89007043--89007474	40	10.8	40	97	0	693	23	21	28	25	1.99
89011309--89011721	47	8.7	47	95	1	727	32	7	30	29	1.86
89013954--89014000	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
89014259--89014370	40	2.7	43	79	8	131	23	16	25	34	1.95
89022954--89023113	27	6.0	27	72	7	110	29	21	17	31	1.96
89040620--89040898	96	2.9	94	83	5	328	21	27	21	29	1.98
89040623--89040907	48	5.9	48	77	1	275	22	28	20	28	1.98
89054209--89054301	40	2.3	40	92	0	150	32	20	27	19	1.97
89058169--89058428	41	6.3	41	89	3	355	36	25	18	20	1.95
89058564--89058687	41	3.0	41	90	0	194	36	25	16	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89058305--89058823	259	2.0	259	99	0	1029	34	24	13	28	1.92
89065407--89065466	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
89066106--89066218	54	2.1	54	80	3	120	27	19	22	30	1.98
89066121--89066262	54	2.6	54	83	1	169	26	19	17	37	1.93
89066120--89066262	27	5.3	27	84	0	151	26	18	17	37	1.93
89067592--89067627	15	2.5	14	86	8	54	66	0	11	22	1.22
89068872--89068939	23	2.9	24	88	4	111	19	13	30	36	1.90
89068901--89068953	24	2.2	24	86	0	70	20	11	28	39	1.87
89075932--89076184	27	9.4	27	85	0	292	27	19	17	35	1.94
89083740--89083788	18	2.7	19	81	6	57	65	0	0	34	0.93
89096459--89096694	48	4.9	48	76	9	230	22	30	16	29	1.96
89096574--89096651	25	3.2	25	66	20	74	26	26	14	32	1.94
89098089--89098162	25	2.9	26	81	4	105	36	17	22	22	1.95
89117905--89118082	27	6.6	27	83	3	196	29	28	15	26	1.96
89117926--89118081	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
89123009--89123051	18	2.4	18	88	0	68	46	11	16	25	1.80
89123385--89123533	26	5.5	26	73	17	99	40	16	14	28	1.87
89123437--89123535	27	3.7	27	86	4	130	40	17	16	26	1.90
89131060--89131085	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
89131885--89131922	13	2.9	13	96	0	67	15	42	31	10	1.81
89131911--89132023	49	2.3	48	80	10	124	22	16	31	29	1.96
89140156--89140181	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89142459--89142517	26	2.2	27	84	3	75	28	13	15	42	1.85
89142473--89142647	27	6.6	27	73	12	130	32	8	20	40	1.81
89142471--89142640	53	3.2	53	77	9	159	31	7	20	40	1.81
89142499--89142647	54	2.8	53	78	9	149	32	7	20	39	1.80
89147464--89147530	24	2.8	24	73	8	64	28	32	2	35	1.72
89151493--89151654	40	4.1	40	84	7	222	23	24	29	23	1.99
89151493--89151646	80	1.9	80	94	0	272	24	24	27	24	2.00
89153045--89153091	21	2.4	19	82	10	58	27	2	23	46	1.63
89156989--89157272	142	2.0	142	95	0	514	33	24	9	32	1.88
89159865--89159908	23	2.0	22	86	4	61	54	20	0	25	1.45
89173971--89174008	19	2.0	19	100	0	76	10	10	36	42	1.74
89179564--89179643	41	2.0	41	92	0	133	46	13	17	22	1.83
89179819--89179852	13	2.6	13	95	0	59	32	20	0	47	1.51
89180214--89180247	13	2.6	13	100	0	68	35	47	17	0	1.48
89182087--89182177	24	3.7	24	83	2	101	27	21	17	32	1.96
89182111--89182203	48	2.0	47	85	6	125	25	22	17	34	1.96
89182087--89182200	24	4.7	24	80	5	97	27	22	17	32	1.96
89191211--89191252	21	2.0	21	85	0	57	21	16	40	21	1.91
89192805--89193157	193	1.8	192	98	0	679	31	24	20	22	1.98
89194315--89194487	27	6.4	27	80	0	175	35	20	19	24	1.95
89194315--89194487	54	3.2	54	86	1	222	35	20	19	24	1.95
89195284--89195451	84	2.0	84	95	0	300	18	19	20	42	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89206925--89207110	40	4.7	40	90	2	268	24	19	29	26	1.99
89214088--89214157	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
89214088--89214185	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
89216599--89216953	45	7.9	45	89	1	491	27	29	20	22	1.99
89224365--89224482	59	2.0	59	100	0	236	47	16	5	30	1.69
89245080--89245136	29	2.0	29	89	0	87	36	8	26	28	1.86
89255441--89255591	42	3.6	42	87	1	203	29	15	25	29	1.96
89260338--89260525	31	6.1	31	96	0	322	31	25	15	28	1.96
89261762--89261873	57	2.0	57	94	0	197	25	32	23	18	1.97
89262226--89262377	76	2.0	76	100	0	304	28	34	15	21	1.94
89263706--89263833	64	2.0	64	98	0	247	25	31	19	23	1.98
89263971--89264111	31	4.5	31	90	0	219	29	25	18	26	1.98
89265180--89265257	27	2.9	26	81	14	95	21	19	21	37	1.95
89265275--89265607	27	12.3	27	77	6	210	30	8	20	40	1.83
89265248--89265593	81	4.3	80	74	8	261	29	9	19	41	1.83
89265275--89265607	54	6.1	54	76	8	273	30	8	20	40	1.83
89265585--89265712	27	4.9	27	86	6	165	41	7	22	28	1.80
89265559--89265679	54	2.2	54	83	2	145	38	7	20	33	1.81
89268147--89268327	40	4.6	40	86	3	242	25	22	24	26	2.00
89271862--89272078	40	5.5	40	83	6	237	22	21	28	27	1.99
89275503--89275674	31	5.6	30	91	4	272	29	26	16	27	1.97
89275880--89275960	24	3.4	24	88	6	103	24	22	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89276769--89276851	27	3.1	27	77	10	89	22	24	21	31	1.98
89276963--89277209	27	9.1	27	78	7	184	29	8	21	40	1.82
89276976--89277157	81	2.3	80	81	11	203	29	9	20	40	1.84
89277002--89277209	80	2.6	81	81	5	226	29	8	21	40	1.83
89276891--89277223	27	12.3	27	76	5	181	30	9	21	38	1.85
89276893--89277223	54	6.1	54	74	10	210	30	9	21	38	1.85
89277201--89277301	27	3.9	27	84	8	129	41	6	22	28	1.80
89284760--89284889	61	2.1	61	98	1	253	42	6	7	43	1.58
89289219--89289454	27	8.7	27	82	3	251	37	21	10	30	1.87
89289474--89289634	27	6.0	27	83	1	180	37	16	20	25	1.93
89289464--89289633	81	2.1	81	82	7	213	38	15	20	25	1.92
89291625--89291703	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
89293591--89293686	25	3.6	25	77	14	84	18	18	15	46	1.84
89293588--89293658	31	2.3	31	95	0	124	19	15	15	49	1.80
89293588--89293700	6	18.3	6	69	18	72	19	17	15	47	1.82
89293588--89293691	31	3.6	29	75	15	90	19	18	14	48	1.82
89295679--89295930	27	9.3	27	82	2	258	37	21	10	30	1.87
89295930--89296147	27	8.1	27	84	4	235	35	17	21	26	1.95
89295926--89296148	81	2.8	80	82	2	275	36	17	20	25	1.94
89296552--89296629	31	2.8	28	84	11	90	17	20	15	46	1.84
89296550--89296620	31	2.3	31	97	0	133	19	16	15	47	1.82
89296550--89296662	6	18.3	6	68	18	63	19	18	14	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89296581--89296648	25	2.7	25	86	0	91	19	19	13	48	1.81
89300063--89300089	13	2.1	13	100	0	54	62	7	7	22	1.46
89307857--89307975	60	2.0	60	98	0	229	31	26	23	19	1.98
89316718--89316892	46	3.8	46	76	13	178	29	28	20	21	1.98
89316726--89316896	93	1.8	93	91	0	279	29	28	20	22	1.98
89322462--89322613	40	3.8	40	85	3	225	25	28	21	25	1.99
89322442--89322612	80	2.2	80	90	1	263	26	28	21	23	1.99
89325497--89325674	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
89325498--89325653	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
89325494--89325674	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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