genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.291.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89333654--89333837	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
89333654--89333837	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
89336301--89336368	34	2.0	34	91	5	111	20	25	11	42	1.86
89339070--89339204	70	1.9	70	98	0	261	31	27	11	29	1.92
89340219--89340288	35	2.0	35	97	0	131	24	20	10	45	1.81
89342885--89342958	37	2.0	37	97	0	139	22	40	25	10	1.87
89343271--89343500	115	2.0	115	93	1	390	36	16	16	31	1.90
89344394--89344705	40	7.8	40	80	4	387	26	28	20	24	1.99
89344374--89344704	80	4.2	80	95	0	565	27	28	20	23	1.99
89348797--89348882	45	1.9	44	83	6	111	26	10	25	37	1.88
89382063--89382433	45	8.2	45	83	6	193	21	16	13	48	1.80
89382221--89382426	22	9.2	22	64	20	79	20	16	15	48	1.81
89382083--89382433	135	2.6	135	85	4	460	21	16	13	48	1.81
89382084--89382437	90	3.9	89	83	6	430	21	16	14	48	1.81
89384469--89385071	49	12.3	49	94	3	1036	30	27	8	34	1.86
89388016--89388080	34	1.9	34	100	0	130	40	16	7	35	1.78
89396124--89396174	24	2.0	26	82	14	63	31	19	0	49	1.49
89396480--89396531	27	1.9	27	84	7	70	36	26	0	36	1.57
89397269--89397303	17	2.0	17	88	5	52	11	11	2	74	1.18
89402508--89402533	11	2.4	11	100	0	52	34	30	19	15	1.93
89403529--89403575	21	2.2	21	88	7	69	27	31	19	21	1.97
89403540--89403594	21	2.6	21	85	2	65	25	23	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89406897--89407847	49	19.5	49	98	0	1797	30	28	8	32	1.86
89409263--89409349	43	2.0	43	93	0	147	24	29	4	41	1.75
89412714--89412863	38	3.9	38	85	3	176	36	31	16	15	1.90
89412766--89412838	22	3.6	22	64	21	59	36	30	19	13	1.90
89416301--89416346	17	2.5	19	83	16	62	58	0	8	32	1.28
89418014--89418066	15	3.2	17	73	26	51	37	3	0	58	1.16
89425437--89425495	29	2.0	29	83	6	75	35	11	6	45	1.67
89427174--89427223	14	3.9	13	78	21	61	10	0	18	72	1.12
89427175--89427225	24	2.1	24	96	0	93	7	0	17	74	1.05
89428332--89428385	23	2.3	23	81	12	67	57	0	0	42	0.98
89431340--89431546	53	3.8	53	73	1	135	19	23	18	38	1.93
89436688--89437002	47	6.7	45	72	13	176	24	30	18	26	1.98
89438817--89438938	27	4.5	27	80	0	118	27	24	13	34	1.93
89440486--89440662	27	6.5	27	84	3	203	29	27	15	27	1.96
89440506--89440661	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
89444447--89444670	48	4.8	48	76	9	237	30	25	17	25	1.97
89446071--89446132	30	2.1	30	100	0	124	45	19	19	16	1.86
89457824--89457856	16	2.1	16	88	11	50	57	0	0	42	0.98
89459215--89459254	19	2.0	20	85	4	55	57	5	0	37	1.21
89463703--89463766	23	2.7	23	92	2	101	34	10	29	25	1.90
89466740--89466837	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
89466768--89466850	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89466740--89466851	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
89468685--89468809	40	3.2	40	90	3	182	24	22	27	26	2.00
89476230--89476401	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
89476223--89476398	46	3.8	46	77	12	198	29	28	20	21	1.98
89476272--89476410	47	3.0	46	74	16	135	30	28	18	22	1.97
89476819--89476878	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
89478382--89478464	41	2.0	41	92	0	139	40	8	25	25	1.83
89482922--89483170	78	3.2	78	91	2	401	32	18	23	24	1.97
89483241--89483535	78	3.8	78	89	1	430	32	18	24	24	1.97
89482920--89483990	365	2.9	365	92	1	1748	32	18	23	25	1.97
89483607--89483901	78	3.8	78	89	1	421	33	17	23	25	1.97
89483841--89484114	45	6.1	45	71	6	205	32	15	26	25	1.95
89484456--89484501	18	2.5	19	96	3	85	36	10	15	36	1.82
89484462--89484524	23	3.0	22	84	11	71	36	7	17	38	1.79
89484700--89484741	20	2.2	20	87	8	61	11	9	11	66	1.44
89484790--89484824	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
89487565--89487622	30	2.0	30	82	3	73	44	10	6	37	1.65
89489274--89489519	60	4.1	59	81	6	282	41	14	15	27	1.87
89489274--89489519	118	2.1	119	83	4	327	41	14	15	27	1.87
89491424--89491468	23	2.0	23	86	0	63	28	20	26	24	1.99
89501948--89502053	27	3.9	27	87	0	131	46	21	13	18	1.83
89502016--89502130	27	4.3	27	79	10	110	42	15	15	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89501949--89502130	54	3.4	54	78	3	154	42	19	14	23	1.88
89502030--89502130	27	3.8	27	79	12	118	41	15	14	27	1.87
89503635--89503685	24	2.1	24	100	0	102	52	3	7	35	1.49
89507981--89508080	50	2.0	50	98	0	191	26	28	31	15	1.95
89509443--89509624	79	2.3	80	78	8	192	25	28	21	25	1.99
89509443--89509627	40	4.7	40	79	7	207	25	27	22	24	2.00
89517402--89517519	40	3.0	40	81	7	141	26	26	22	25	2.00
89519021--89519545	263	2.0	263	99	0	1041	32	20	17	29	1.96
89520884--89521061	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
89520905--89521060	82	1.9	81	88	3	233	30	28	14	26	1.95
89526730--89526881	75	2.0	75	100	0	304	17	26	21	35	1.95
89529447--89529624	89	2.0	89	100	0	356	24	25	21	28	1.99
89532821--89533104	144	2.0	144	100	0	568	29	20	17	33	1.95
89533143--89533407	40	6.7	40	89	2	338	28	28	19	23	1.98
89544161--89544229	30	2.3	30	97	0	129	23	36	21	18	1.95
89548739--89548929	48	4.0	48	88	0	265	26	25	18	29	1.98
89548662--89548917	96	2.7	96	79	4	237	28	25	17	28	1.97
89563010--89563106	29	3.3	29	72	5	88	37	10	28	23	1.88
89563010--89563135	58	2.2	58	88	2	182	37	11	28	23	1.89
89563094--89563236	29	5.0	28	79	7	153	34	15	29	20	1.93
89563030--89563235	87	2.4	88	83	4	249	34	15	29	20	1.93
89568914--89569014	48	2.2	46	84	10	129	34	20	12	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89576880--89576919	16	2.5	16	87	0	62	17	2	0	80	0.83
89578963--89579002	13	3.1	13	96	0	71	20	32	32	15	1.93
89582423--89582456	13	2.6	13	85	0	50	47	5	0	47	1.26
89582582--89582621	19	2.1	19	90	4	62	50	0	0	50	1.00
89593366--89593443	27	2.9	27	84	0	93	29	16	19	34	1.94
89593437--89593802	27	13.7	27	78	11	308	30	9	20	39	1.84
89593437--89593777	53	6.4	53	77	8	275	30	9	20	39	1.85
89593410--89593777	80	4.6	82	79	7	380	31	10	19	38	1.85
89593410--89593777	107	3.4	107	81	8	410	31	10	19	38	1.85
89593458--89593794	134	2.5	133	81	7	396	31	10	20	38	1.85
89594118--89594181	28	2.3	28	83	0	74	29	37	14	18	1.90
89602651--89602692	22	1.9	22	85	0	57	42	0	21	35	1.53
89611945--89611980	16	2.2	16	95	0	63	47	13	25	13	1.80
89612213--89612281	28	2.4	29	90	2	104	24	14	34	26	1.94
89612359--89612387	4	7.2	4	100	0	58	48	0	0	51	1.00
89613396--89614481	543	2.0	543	99	0	2154	42	20	9	27	1.83
89617061--89617160	40	2.5	40	93	1	166	29	28	20	23	1.98
89624709--89624863	39	4.0	39	97	0	283	27	30	20	21	1.98
89631458--89632686	615	2.0	614	98	0	2395	31	15	19	32	1.93
89637972--89638009	19	2.0	19	100	0	76	31	10	21	36	1.87
89652053--89652320	134	2.0	134	100	0	536	35	8	24	31	1.86
89653246--89653414	93	1.8	93	82	10	220	27	17	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89653195--89653415	49	4.6	48	70	13	177	28	18	28	24	1.98
89653197--89653462	142	1.9	142	85	1	372	27	18	28	24	1.98
89661190--89661294	49	2.2	47	81	3	111	34	20	24	20	1.96
89662227--89662304	39	2.0	39	87	0	111	23	37	28	11	1.89
89663649--89663913	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
89663616--89663913	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
89663845--89663922	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
89677310--89677443	54	2.4	56	86	7	202	25	15	24	34	1.95
89678004--89678272	89	3.0	89	100	0	538	32	6	14	46	1.71
89679803--89680026	79	2.8	79	81	6	265	26	27	21	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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