genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65189677--65189760	18	4.6	18	70	11	62	53	4	5	35	1.46
65189633--65189869	111	2.1	110	89	3	361	46	5	10	37	1.62
65189877--65189965	18	5.3	18	70	17	84	29	0	23	47	1.52
65189864--65190193	47	6.8	47	88	7	480	28	0	25	45	1.56
65189867--65190099	76	3.1	76	79	11	314	27	0	26	45	1.54
65189942--65190052	29	3.8	29	96	0	195	27	0	28	44	1.55
65190029--65190164	18	8.3	18	65	21	93	27	0	24	47	1.57
65189895--65190222	76	4.3	76	78	10	339	28	0	25	45	1.57
65190141--65190222	29	2.8	29	88	0	119	30	1	28	40	1.64
65190225--65190288	25	2.5	26	84	2	94	39	10	1	48	1.48
65190697--65190731	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
65192525--65192639	51	2.2	52	93	3	198	43	0	28	27	1.55
65193541--65193579	17	2.2	18	86	4	53	25	12	0	61	1.31
65197191--65198174	493	2.0	493	93	0	1689	31	23	17	27	1.97
65199340--65200281	157	6.0	157	99	0	1875	35	26	11	27	1.91
65201728--65201778	19	2.5	21	78	12	61	50	13	5	29	1.65
65208845--65209018	27	6.4	27	85	4	188	31	28	14	26	1.95
65208866--65209018	82	1.9	81	89	4	236	30	28	14	26	1.95
65211267--65211291	11	2.3	11	100	0	50	28	0	16	56	1.41
65211634--65211711	20	4.0	19	83	5	86	44	11	8	34	1.72
65211631--65211711	40	2.1	39	86	6	110	45	11	8	34	1.70
65213518--65213773	128	2.0	129	87	0	370	31	24	12	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65224534--65224569	6	6.0	6	93	0	54	33	44	0	22	1.53
65228258--65228307	21	2.5	21	84	9	61	36	6	0	58	1.23
65228218--65228378	80	2.0	80	97	0	304	31	9	6	52	1.58
65228481--65228523	17	2.6	17	85	10	54	34	2	4	58	1.32
65228861--65228896	4	8.8	4	96	3	63	22	0	2	75	0.94
65228918--65228963	16	2.9	17	84	9	53	17	4	8	69	1.31
65228939--65228969	15	2.1	15	93	0	53	19	9	6	64	1.45
65229024--65229563	109	5.0	109	93	0	852	31	15	17	35	1.91
65231159--65231246	44	2.0	44	88	0	131	34	11	35	19	1.87
65232496--65232550	6	9.0	6	84	4	74	76	0	23	0	0.79
65233789--65234642	46	18.7	46	87	2	1048	26	17	25	30	1.97
65234741--65235282	132	4.1	131	87	3	756	29	19	23	27	1.98
65234942--65235132	44	4.3	44	63	10	120	30	20	21	27	1.98
65234750--65235282	260	2.0	261	87	5	763	29	19	23	27	1.98
65234780--65235393	260	2.3	258	82	6	612	30	18	22	28	1.98
65237428--65237463	4	8.8	4	96	3	63	22	0	2	75	0.94
65237505--65237535	15	2.1	15	93	0	53	19	9	6	64	1.45
65237590--65237911	109	3.0	108	88	2	452	31	16	16	35	1.91
65243028--65243183	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
65243027--65243180	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
65243028--65243183	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
65243020--65243204	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65243020--65243204	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
65247923--65247960	15	2.4	16	86	4	51	84	10	2	2	0.83
65249264--65249846	143	4.1	143	93	0	896	29	18	22	28	1.98
65249759--65249856	44	2.2	45	83	1	117	28	21	24	25	1.99
65249892--65250409	44	11.6	45	69	12	214	32	22	17	27	1.97
65249885--65250540	179	3.7	179	89	0	990	32	21	17	28	1.96
65258409--65258453	19	2.3	20	88	3	65	46	17	6	28	1.73
65261412--65261457	12	4.0	12	75	11	51	41	4	21	32	1.73
65261407--65261440	17	2.0	17	88	0	50	44	2	20	32	1.67
65261415--65261520	22	4.8	22	72	4	79	44	6	18	30	1.75
65261481--65261552	22	3.3	21	75	11	65	41	5	18	34	1.73
65273438--65273502	33	2.0	33	90	6	105	58	3	0	38	1.14
65281174--65281224	23	2.1	25	89	7	79	60	0	1	37	1.08
65281174--65281224	12	4.2	12	83	14	61	60	0	1	37	1.08
65281159--65281224	11	5.8	11	76	13	55	59	1	1	37	1.16
65281159--65281224	23	2.9	22	82	10	71	59	1	1	37	1.16
65293058--65293098	13	3.1	14	79	10	50	51	0	0	48	1.00
65293713--65293763	21	2.4	21	83	0	66	13	11	13	60	1.59
65299182--65299226	2	22.5	2	100	0	90	51	48	0	0	1.00
65308191--65308216	13	2.0	13	100	0	52	53	7	7	30	1.57
65316969--65317073	41	2.6	40	88	5	149	46	7	23	21	1.77
65317045--65317090	24	1.9	24	90	0	74	45	10	28	15	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65330607--65330674	34	2.0	34	97	0	127	20	11	30	36	1.89
65335153--65335397	46	5.3	46	76	8	176	30	22	20	26	1.98
65335154--65335399	92	2.7	92	84	3	300	31	21	19	26	1.98
65336819--65337060	43	5.5	43	78	10	249	30	26	16	26	1.97
65336875--65337050	92	1.9	92	88	4	266	30	26	16	26	1.97
65342589--65342735	48	3.1	48	87	0	213	25	33	17	23	1.96
65344133--65344399	46	5.8	46	81	2	268	31	19	20	28	1.97
65344157--65344382	91	2.5	91	82	5	260	32	19	19	27	1.97
65346710--65346734	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
65347093--65347140	24	2.0	24	88	8	71	47	8	0	43	1.33
65347377--65347405	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
65362300--65362358	7	8.1	7	92	7	100	45	40	0	13	1.43
65362294--65362358	22	2.9	22	91	8	105	44	40	1	13	1.54
65362300--65362358	15	4.1	14	95	4	100	45	40	0	13	1.43
65363258--65363295	20	1.9	20	88	0	58	34	5	2	57	1.35
65367085--65367128	19	2.2	20	84	8	54	61	9	15	13	1.56
65371875--65372265	202	1.9	202	87	0	575	32	17	16	33	1.92
65375012--65375293	50	5.7	50	81	1	262	30	20	26	22	1.98
65375021--65375254	100	2.3	100	84	2	292	29	20	27	22	1.99
65382189--65382499	155	2.0	155	95	0	559	36	7	20	35	1.81
65382782--65382923	50	2.8	50	83	0	158	26	21	30	21	1.98
65390344--65390595	63	4.0	63	99	0	495	31	23	13	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65391144--65391274	57	2.3	57	86	3	183	26	23	15	34	1.94
65391191--65391274	29	2.9	29	70	18	77	27	26	15	30	1.96
65391162--65391252	29	3.2	29	68	14	71	24	23	14	38	1.91
65412760--65412817	22	2.6	22	88	0	80	24	25	8	41	1.83
65416180--65416718	69	7.8	69	85	2	600	20	19	24	35	1.96
65416180--65416718	207	2.6	207	85	0	727	20	19	24	35	1.96
65425583--65425823	120	2.0	120	98	0	464	41	18	15	24	1.89
65425819--65425857	15	2.6	15	100	0	78	41	25	7	25	1.82
65427097--65427133	18	2.0	19	89	5	58	37	5	8	48	1.56
65427240--65427292	22	2.4	22	78	12	54	33	0	5	60	1.20
65435877--65435933	15	3.6	16	77	20	50	47	1	0	50	1.11
65435872--65436294	120	3.5	120	93	1	699	44	2	4	47	1.39
65436125--65436161	15	2.4	16	82	17	51	54	0	0	45	1.00
65436237--65436270	18	1.9	17	88	5	50	41	0	2	55	1.15
65453104--65453134	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
65456006--65456173	81	2.0	84	89	5	261	51	18	10	19	1.74
65459420--65459479	30	2.0	30	100	0	120	46	20	13	20	1.83
65459863--65459905	22	2.0	22	86	9	61	16	9	37	37	1.81
65460266--65460321	20	2.6	22	76	18	64	39	0	1	58	1.08
65463876--65464100	124	1.8	124	90	1	362	38	19	19	23	1.94
65464415--65464447	12	2.8	12	95	0	57	57	0	42	0	0.98
65466937--65466991	16	3.5	16	71	14	51	49	7	1	41	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65467798--65467875	39	2.0	39	97	0	147	61	6	14	17	1.53
65468443--65468543	40	2.6	38	84	6	123	49	8	3	37	1.53
65473221--65473444	104	2.2	104	92	1	369	18	19	31	31	1.95
65473363--65473514	71	2.1	72	91	1	243	23	17	28	30	1.97
65477571--65477659	27	3.3	27	87	3	117	23	31	20	24	1.98
65486373--65486477	51	2.1	51	94	0	183	32	23	11	32	1.90
65488781--65488877	45	2.2	45	87	5	135	32	28	5	32	1.79
65488857--65488889	16	2.1	16	100	0	66	21	36	6	36	1.78
65490817--65490850	18	1.9	17	88	5	50	35	5	0	58	1.22
65491774--65491816	21	2.1	20	83	12	52	32	11	9	46	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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