genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9577627--9577707	31	2.6	31	92	2	126	19	14	14	50	1.78
9591181--9591280	40	2.4	41	81	11	114	27	17	26	30	1.97
9604907--9604940	18	1.9	18	94	5	61	11	23	41	23	1.87
9605001--9605106	29	3.7	29	92	1	169	26	15	30	28	1.96
9608581--9608734	42	3.7	40	78	14	152	27	14	27	29	1.96
9613972--9614005	18	1.9	18	94	5	61	11	23	41	23	1.87
9614066--9614171	29	3.7	29	92	1	169	26	15	30	28	1.96
9617646--9617799	42	3.7	40	78	14	152	27	14	27	29	1.96
9621162--9621616	227	2.0	227	99	0	892	41	20	8	29	1.81
9621719--9621776	30	2.0	29	86	3	80	27	17	36	18	1.94
9627986--9628032	13	3.7	13	91	5	78	42	14	6	36	1.72
9629065--9629110	23	2.0	23	100	0	92	26	21	21	30	1.99
9629104--9629278	52	3.5	51	84	6	205	28	12	30	29	1.92
9632581--9632649	28	2.5	28	95	0	120	24	11	34	28	1.91
9637309--9637409	28	3.6	28	80	9	125	27	10	34	26	1.90
9637309--9637429	28	4.2	28	81	9	122	28	13	33	24	1.93
9649991--9650545	275	2.0	275	98	0	1065	23	24	17	34	1.96
9656863--9657229	27	13.7	27	80	6	311	32	9	19	38	1.84
9656863--9657229	53	6.9	53	81	5	294	32	9	19	38	1.84
9656863--9657229	80	4.6	79	78	6	339	32	9	19	38	1.84
9656865--9657229	107	3.4	108	81	3	427	32	9	19	38	1.83
9659315--9659520	46	4.5	44	77	12	148	24	27	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9659355--9659519	46	3.5	46	83	6	199	22	29	19	29	1.98
9661062--9661203	52	2.8	51	89	4	216	28	14	30	26	1.95
9661053--9661234	52	3.6	51	78	7	192	29	15	28	25	1.96
9669598--9669692	25	3.8	25	84	0	127	34	20	22	23	1.96
9672151--9672206	21	2.6	22	78	13	55	60	10	1	26	1.40
9672328--9672382	22	2.5	22	82	8	58	67	9	1	21	1.28
9679913--9679968	22	2.4	24	83	13	73	28	25	12	33	1.92
9680718--9680766	19	2.6	19	90	0	71	16	42	26	14	1.86
9682586--9682705	48	2.5	48	84	2	143	24	24	20	31	1.98
9682632--9682724	48	1.9	48	82	8	118	29	24	17	29	1.97
9687413--9687456	23	2.0	22	86	4	61	54	11	11	22	1.68
9691473--9691780	46	6.6	46	74	16	201	29	19	27	23	1.98
9691473--9691740	92	2.9	96	80	8	286	28	19	28	23	1.98
9691477--9691780	48	6.5	46	75	13	198	29	19	27	24	1.98
9693060--9693099	21	2.0	21	90	5	64	10	37	30	22	1.87
9703468--9703576	6	17.8	6	73	20	84	47	15	15	21	1.82
9703488--9703599	31	3.6	31	90	1	170	49	15	14	21	1.79
9707428--9708352	27	34.3	27	75	5	442	32	8	20	39	1.82
9707428--9708352	81	11.4	81	74	6	597	32	8	20	39	1.82
9719460--9719498	21	1.9	20	94	5	69	58	2	0	38	1.12
9719504--9719528	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
9719460--9719536	20	4.0	18	80	11	75	58	1	2	37	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9719921--9719965	21	2.1	22	88	8	67	57	2	0	40	1.11
9719934--9719973	20	2.0	20	85	0	53	57	0	2	40	1.12
9725050--9725157	40	2.7	40	85	2	146	31	23	22	23	1.98
9725111--9725358	98	2.5	100	81	3	293	27	20	20	30	1.98
9725311--9725396	40	2.2	40	84	0	118	29	18	20	31	1.97
9725354--9725648	114	2.6	111	82	6	344	28	20	18	32	1.96
9725759--9725919	79	2.0	79	100	0	322	61	2	3	32	1.27
9726037--9726229	7	26.9	7	71	5	107	22	0	30	46	1.52
9726094--9726157	15	4.4	14	72	5	56	21	0	34	43	1.53
9726055--9726163	51	2.2	51	80	11	118	22	0	31	45	1.53
9726041--9726235	29	7.0	29	69	12	97	23	0	30	46	1.53
9726202--9726283	7	11.6	7	73	12	51	20	0	36	42	1.53
9726287--9726397	37	3.0	37	78	6	100	23	2	44	29	1.67
9726336--9726392	7	7.7	7	80	7	60	19	1	50	28	1.57
9726339--9726392	15	3.6	15	73	7	56	20	1	48	29	1.60
9726506--9726559	16	3.8	16	70	27	57	38	9	3	48	1.53
9727330--9727395	32	2.1	32	100	0	132	28	9	18	43	1.80
9729054--9729151	45	2.2	44	84	8	128	29	27	20	22	1.98
9729160--9729262	38	2.7	38	93	0	170	30	25	24	20	1.99
9734143--9734274	45	3.0	45	82	7	157	25	28	21	24	1.99
9734271--9734542	38	7.1	38	89	3	366	29	25	23	21	1.99
9734308--9734538	77	3.0	77	92	1	376	29	26	23	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9742996--9743180	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
9742977--9743180	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
9750962--9751142	40	4.6	40	81	6	192	24	27	22	25	2.00
9750962--9751142	79	2.3	79	80	7	188	24	27	22	25	2.00
9758139--9758247	51	2.1	51	86	1	146	46	8	18	26	1.77
9759717--9759742	13	2.0	13	100	0	52	69	7	7	15	1.35
9764545--9764599	24	2.3	24	93	0	92	16	16	18	49	1.81
9765645--9765699	20	2.8	20	81	10	76	56	10	18	14	1.67
9767787--9767837	20	2.5	21	83	3	59	62	3	13	19	1.46
9771412--9771457	6	7.8	6	95	4	85	67	0	15	17	1.24
9771412--9771455	17	2.5	17	96	3	79	68	0	15	15	1.22
9771413--9771457	23	2.0	23	100	0	90	66	0	15	17	1.25
9777744--9777792	21	2.4	21	82	3	55	36	6	0	57	1.24
9778054--9778127	33	2.3	32	86	13	100	54	6	0	39	1.27
9784428--9784484	29	2.0	29	89	6	89	52	3	0	43	1.18
9784438--9784508	37	1.9	37	82	5	90	56	2	0	40	1.14
9787310--9787410	29	3.6	29	74	9	91	51	0	2	44	1.23
9799048--9799155	55	1.9	56	90	1	173	54	2	4	37	1.36
9799056--9799173	55	2.1	55	84	4	148	54	3	5	37	1.39
9799214--9799242	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
9802080--9802121	19	2.2	19	100	0	84	9	42	4	42	1.58
9803455--9803568	24	4.8	24	71	12	74	34	20	21	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9810518--9810567	20	2.4	21	77	12	59	28	12	8	52	1.66
9809939--9811242	661	2.0	660	94	0	2297	24	16	23	34	1.95
9825337--9825469	67	2.0	67	87	0	194	22	17	28	31	1.96
9829139--9829209	35	2.0	35	97	0	133	39	18	19	22	1.92
9830055--9830116	16	3.8	16	76	4	61	72	0	27	0	0.85
9830056--9830095	20	2.1	19	90	4	62	75	0	25	0	0.81
9830049--9830121	33	2.1	36	85	7	98	72	0	27	0	0.85
9830306--9830421	58	2.0	58	94	0	205	46	2	25	25	1.65
9833775--9833806	11	3.1	11	82	17	50	37	18	0	43	1.51
9835866--9835919	27	2.0	27	82	13	67	35	20	1	42	1.63
9850766--9850863	47	2.1	47	94	0	169	36	33	12	17	1.87
9850769--9850842	22	3.2	22	72	23	80	40	33	8	17	1.79
9851893--9852064	39	4.4	39	81	0	200	43	23	6	27	1.78
9855746--9855770	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
9855775--9855820	20	2.2	20	84	7	56	17	10	10	60	1.57
9864902--9865004	39	2.7	38	84	4	127	48	7	6	36	1.59
9874073--9874132	31	1.9	31	96	0	111	35	25	6	33	1.82
9880649--9880738	44	2.0	44	89	8	139	27	31	14	26	1.95
9885710--9885759	20	2.5	20	93	0	82	42	32	4	22	1.72
9887342--9887388	14	3.5	13	77	11	58	21	0	29	48	1.50
9887346--9887404	28	2.1	28	84	6	75	23	0	23	52	1.47
9887545--9887574	14	2.1	14	100	0	60	20	0	23	56	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9888035--9888084	7	7.1	7	79	0	55	8	0	46	46	1.32
9888035--9888091	21	2.7	21	77	0	60	8	0	43	47	1.34
9887990--9888092	7	14.6	7	70	12	50	13	0	38	47	1.43
9888264--9888358	43	2.4	39	81	10	102	45	20	15	18	1.86
9889001--9889046	24	1.9	24	100	0	92	17	15	8	58	1.61
9889614--9889683	24	2.9	24	72	18	72	40	4	10	45	1.57
9891459--9891500	17	2.5	17	100	0	84	50	19	4	26	1.67
9892471--9892535	9	6.9	9	77	10	67	46	23	1	29	1.61
9897726--9897949	40	5.7	40	81	8	208	25	21	26	26	1.99
9897779--9897949	79	2.2	79	81	4	202	25	21	26	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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