genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199815--199907	30	3.1	30	87	0	132	24	20	26	27	1.99
203386--203452	31	2.0	34	86	11	95	43	1	0	55	1.09
203422--203520	10	10.4	9	77	12	65	44	1	3	51	1.23
203468--203530	29	2.2	29	91	2	101	41	0	3	55	1.16
204200--204270	37	2.0	35	88	5	106	47	4	1	46	1.30
204290--204379	23	4.0	23	77	9	96	56	2	0	41	1.11
204290--204366	22	3.5	22	80	7	84	55	2	0	41	1.13
204364--204415	18	2.9	18	80	5	61	67	0	3	28	1.08
204448--204477	8	3.6	8	91	8	51	80	0	10	10	0.92
204448--204478	9	3.6	9	95	4	55	80	0	9	9	0.90
205006--205085	31	2.5	32	79	4	81	37	7	6	48	1.57
211983--212766	26	30.2	26	100	0	1568	34	26	7	30	1.85
219286--219338	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
227341--227393	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
227673--227716	8	5.5	8	88	0	61	6	22	20	50	1.72
233498--233620	50	2.4	49	81	10	140	32	14	13	39	1.86
237802--237866	31	2.1	31	88	0	94	21	1	24	52	1.56
239390--239444	28	1.9	29	88	3	85	32	29	12	25	1.93
241120--241226	28	3.8	29	76	8	112	26	28	17	28	1.98
241120--241226	57	1.9	56	86	1	151	26	28	17	28	1.98
242942--242972	16	1.9	16	93	0	53	9	6	32	51	1.60
251001--251322	46	6.8	48	72	15	235	22	29	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255010--255034	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
257189--257213	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
266702--266897	85	2.3	85	86	1	268	27	17	23	31	1.97
266745--266942	85	2.3	85	82	3	220	30	17	20	31	1.96
274176--274208	16	2.1	16	100	0	66	39	24	12	24	1.89
274797--274967	48	3.6	47	83	4	182	26	31	17	23	1.97
286331--286397	34	2.0	34	93	0	116	37	11	13	37	1.82
288339--288371	16	2.1	16	100	0	66	63	6	6	24	1.40
291220--291404	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
291221--291404	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
291273--291437	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
299212--299316	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
299172--299335	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
299172--299322	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
301956--301981	12	2.2	12	100	0	52	15	15	15	53	1.73
302783--302814	16	2.0	16	100	0	64	31	6	12	50	1.65
304839--304949	41	2.7	41	85	0	150	22	32	14	30	1.94
304876--304960	41	2.1	41	86	0	116	20	32	17	29	1.95
304882--304969	41	2.1	41	80	0	95	22	29	17	30	1.96
310583--310623	17	2.5	17	88	4	57	24	4	2	68	1.22
310591--310630	20	2.0	20	95	0	71	25	5	2	67	1.23
315598--315635	19	2.0	19	89	0	58	50	23	18	7	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
316850--316991	40	3.5	40	84	2	160	30	24	17	26	1.97
320772--320866	41	2.3	41	85	0	127	24	23	17	34	1.96
325171--325256	25	3.5	25	77	1	93	29	22	17	31	1.96
329106--329283	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
329127--329282	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
349682--349822	40	3.6	39	79	12	137	25	21	26	25	2.00
358579--358616	12	3.2	12	92	0	58	7	28	39	23	1.83
362707--362857	40	3.7	40	83	5	187	35	25	14	23	1.93
371719--371756	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
371986--372156	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	21	1.98
371981--372153	46	3.7	46	78	10	190	29	27	20	21	1.98
372576--372636	30	2.0	30	83	3	77	34	24	4	36	1.77
377065--377135	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
379723--379842	39	3.1	39	90	0	186	25	29	25	20	1.99
382266--382377	27	4.1	27	78	10	113	16	21	23	38	1.93
385615--385743	62	2.1	61	95	1	231	44	25	5	24	1.75
389564--389733	46	3.7	46	74	10	184	20	20	30	30	1.97
389552--389725	93	1.9	93	92	0	294	20	20	29	29	1.98
392680--392748	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
392671--392758	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
394813--394988	46	3.8	46	76	12	198	21	19	29	29	1.98
394809--394980	93	1.8	93	92	2	292	20	20	30	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
395291--395319	14	2.1	14	100	0	58	13	13	20	51	1.75
399707--399789	31	2.7	30	80	15	91	67	2	4	25	1.23
399710--399756	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
400216--400347	70	1.9	69	81	4	158	37	19	5	37	1.75
400216--400512	23	12.9	23	73	9	203	38	21	5	33	1.77
401917--401951	7	5.0	7	92	0	61	31	0	25	42	1.55
402778--402937	80	2.0	80	95	2	286	31	21	9	37	1.85
403077--403918	421	2.0	421	95	0	1513	36	24	14	24	1.93
404117--404213	27	3.6	27	90	2	140	29	27	14	27	1.95
406799--406857	7	8.0	7	90	3	73	40	0	0	59	0.97
406806--406858	8	6.9	8	95	4	92	37	0	0	62	0.96
407153--407205	22	2.3	23	87	3	72	15	0	47	37	1.45
407143--407180	14	2.7	14	87	0	58	10	2	47	39	1.52
407194--407284	22	4.2	22	69	18	73	25	0	26	48	1.52
407249--407378	66	2.0	66	87	0	188	23	1	29	46	1.61
407252--407402	66	2.3	65	80	6	153	23	1	31	43	1.62
408703--408867	90	1.8	90	82	2	215	27	24	18	29	1.98
418304--418403	50	2.0	50	100	0	200	44	16	28	12	1.83
425507--425567	30	2.0	30	90	0	95	29	14	29	26	1.95
425908--426074	46	3.6	46	74	9	158	28	20	27	23	1.99
432843--433110	47	5.7	46	72	11	190	26	19	30	23	1.98
445770--445834	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
445940--446029	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
445950--446040	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
445940--446054	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
446494--446532	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
449317--449535	110	2.0	110	95	0	393	26	20	23	29	1.99
453711--453775	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
453881--453970	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
457393--457537	6	23.8	6	69	20	88	46	15	19	19	1.84
457377--457502	31	4.1	31	85	3	166	47	15	18	19	1.82
457438--457518	25	3.3	24	75	16	87	45	17	18	18	1.86
457444--457518	19	4.4	18	72	24	74	45	17	18	18	1.86
457444--457547	48	2.1	49	92	3	174	46	14	19	20	1.84
457495--457552	31	1.9	30	86	6	82	51	10	18	18	1.74
457697--457791	27	3.5	26	82	5	109	37	20	22	20	1.94
457957--458020	22	2.9	22	81	9	76	35	20	20	23	1.96
458447--458606	27	6.0	27	83	5	182	25	21	20	33	1.97
458465--458614	81	1.9	81	85	5	214	24	19	20	35	1.96
458647--458887	27	9.0	26	79	9	180	32	8	19	39	1.82
458659--458885	81	2.8	81	83	4	235	31	8	19	40	1.81
458707--458892	27	6.9	27	85	0	237	33	8	18	40	1.80
461617--461684	26	2.6	26	80	0	82	25	23	23	27	2.00
468045--468132	42	2.1	42	86	0	122	14	23	32	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
469276--469492	40	5.4	40	91	1	330	26	28	22	23	1.99
475472--475511	12	3.4	12	93	6	73	35	15	27	22	1.94
478680--478942	46	5.7	45	71	14	187	23	18	26	31	1.97
478678--478943	93	2.9	93	87	1	381	23	18	27	30	1.97
501777--501930	77	2.0	77	97	0	290	33	24	9	33	1.87
506890--507042	39	3.9	39	91	0	234	28	30	18	22	1.97
506862--507034	78	2.2	78	84	2	213	28	30	19	21	1.97
508997--509294	149	2.0	149	97	0	560	34	23	7	33	1.84
517640--517856	40	5.5	40	84	6	255	24	28	23	23	1.99
545081--545212	47	2.8	47	100	0	264	43	11	15	29	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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