genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
947415--947449	18	2.0	18	88	5	54	65	5	0	28	1.15
948430--948541	29	3.9	29	80	3	120	27	32	14	25	1.95
951317--951435	46	2.6	46	85	7	154	32	21	25	21	1.97
953959--954143	49	3.9	48	78	8	173	29	20	26	23	1.99
957341--957523	27	6.7	27	79	3	116	31	6	18	43	1.75
957400--957523	54	2.3	55	83	6	146	29	4	16	50	1.63
966791--966940	40	3.8	40	90	0	237	24	28	22	24	1.99
968154--968232	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
968351--968975	47	13.1	47	94	1	998	28	30	9	31	1.88
968351--968975	192	3.3	192	92	1	1046	28	30	9	31	1.88
972832--972896	22	3.0	22	82	8	87	32	23	24	20	1.98
973041--973119	41	1.9	41	92	0	131	27	29	20	22	1.98
973379--973541	27	6.0	27	75	11	102	31	9	17	41	1.81
973470--973529	26	2.3	26	85	8	77	28	3	20	48	1.65
974114--974225	29	3.9	29	83	5	138	28	33	13	25	1.93
974114--974225	57	1.9	57	85	8	156	28	33	13	25	1.93
974442--974494	24	2.3	22	84	12	63	7	20	16	54	1.66
976949--977065	38	3.1	37	85	2	146	19	20	23	35	1.95
980919--981004	42	2.0	42	95	0	154	32	12	26	27	1.93
981999--982116	38	3.1	38	86	1	166	16	19	24	38	1.92
982012--982149	38	3.6	38	83	2	123	17	21	25	36	1.94
983098--983256	6	25.8	6	74	12	135	47	15	17	20	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
983103--983221	31	3.8	31	76	8	134	46	16	17	19	1.85
983098--983256	37	4.5	36	74	16	143	47	15	17	20	1.83
983146--983256	25	4.7	25	73	17	94	45	15	17	21	1.84
983171--983255	43	2.0	43	92	0	143	47	16	17	18	1.84
983375--983426	27	2.0	26	84	3	68	34	23	25	17	1.96
983628--983693	27	2.4	28	73	12	66	39	22	18	19	1.92
983672--983903	27	8.6	27	89	0	311	24	22	18	34	1.96
983679--983886	81	2.6	81	92	0	344	23	22	19	34	1.96
983970--984034	27	2.4	27	86	0	94	33	12	15	38	1.85
984014--984309	27	10.9	27	83	1	333	31	7	20	41	1.80
986248--986377	6	21.3	6	73	17	99	50	14	16	18	1.79
986269--986377	19	5.9	18	73	17	91	49	14	17	18	1.80
986269--986377	31	3.5	31	75	15	118	49	14	17	18	1.80
986314--986377	25	2.6	25	87	2	94	48	14	17	20	1.81
986248--986328	43	1.9	42	85	7	110	51	14	16	17	1.76
986269--986377	37	3.0	37	80	6	125	49	14	17	18	1.80
986596--986647	27	2.0	26	84	3	68	34	23	25	17	1.96
986894--987141	27	9.2	27	81	5	232	25	20	17	35	1.95
986894--987141	54	4.6	54	81	1	273	25	20	17	35	1.95
986896--987143	81	3.1	80	84	2	316	25	20	17	36	1.94
987123--987457	27	12.7	27	77	6	226	31	8	20	39	1.82
987390--987457	26	2.6	27	88	2	102	27	7	20	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
987344--987431	46	1.9	46	86	6	126	27	6	18	47	1.73
987317--987457	72	1.9	73	94	1	248	29	7	19	43	1.77
989034--989485	226	2.0	226	99	0	886	24	15	21	38	1.92
990082--990196	58	2.0	58	96	0	212	34	5	21	38	1.76
992121--992211	46	2.0	46	95	0	164	32	8	24	34	1.86
992908--993023	57	2.0	57	96	0	214	30	11	18	39	1.86
993283--993390	38	2.8	38	88	0	153	17	24	22	36	1.95
993286--993423	38	3.6	39	79	5	147	17	23	24	34	1.96
995128--995195	34	2.0	33	85	2	91	26	23	22	27	1.99
1001392--1001525	40	3.3	40	90	0	205	23	18	26	32	1.97
1005456--1005651	46	4.3	46	98	0	374	22	32	9	35	1.87
1005668--1005789	22	5.3	22	63	18	59	27	27	12	32	1.92
1005625--1005914	47	6.2	47	90	0	409	26	29	12	32	1.92
1005690--1005768	25	3.3	25	65	22	69	31	26	8	32	1.87
1022967--1023081	58	2.0	58	96	0	212	26	15	13	43	1.85
1028343--1028484	71	2.0	70	93	1	239	5	31	4	58	1.40
1028424--1028458	10	3.5	10	92	0	52	0	28	0	71	0.86
1029161--1029403	27	9.0	27	80	7	244	44	20	18	16	1.86
1029179--1029419	81	3.0	81	80	3	279	43	20	19	16	1.88
1029724--1029846	28	4.4	28	83	2	131	21	26	22	29	1.99
1034533--1034560	13	2.2	13	100	0	56	21	0	25	53	1.46
1035852--1036079	27	8.4	27	82	5	246	42	21	18	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1035853--1036079	81	2.8	79	84	5	278	43	21	18	17	1.88
1036237--1036287	26	2.0	26	92	0	84	11	23	27	37	1.90
1036391--1036449	28	2.1	28	87	0	82	22	27	22	28	1.99
1036396--1036456	28	2.2	28	81	0	77	24	26	21	27	1.99
1055569--1055780	40	5.3	40	87	3	268	23	20	27	28	1.99
1062195--1062410	55	4.0	54	77	6	231	22	24	16	36	1.94
1063996--1064252	55	4.8	54	78	7	242	36	17	24	21	1.95
1064003--1064203	108	1.8	110	88	4	309	34	18	24	22	1.96
1064442--1064472	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
1066984--1067010	11	2.5	11	100	0	54	55	0	0	44	0.99
1077565--1077620	22	2.5	23	97	2	105	23	7	25	44	1.78
1080891--1080933	13	3.4	13	84	15	63	20	0	2	76	0.89
1080891--1080933	6	6.8	6	80	19	52	20	0	2	76	0.89
1082871--1082954	32	2.6	32	92	0	132	29	26	9	34	1.88
1083068--1083169	28	3.6	28	76	10	109	25	32	15	26	1.96
1083008--1083169	56	2.9	56	80	3	175	25	28	16	29	1.97
1085130--1085185	14	4.0	14	72	9	60	32	5	26	35	1.79
1085141--1085195	28	2.0	28	100	0	110	36	3	25	34	1.74
1085307--1085426	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
1102443--1102558	58	2.0	58	98	0	223	35	18	18	27	1.94
1108437--1108621	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
1108437--1108621	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1113459--1113511	18	2.8	19	74	5	63	28	22	3	45	1.70
1114108--1114161	25	2.3	23	74	17	58	50	7	9	33	1.62
1116667--1116725	21	2.9	21	74	2	57	20	10	15	54	1.70
1119638--1119708	29	2.4	29	80	4	79	46	12	15	25	1.81
1121245--1121360	35	3.3	35	88	0	169	18	13	32	35	1.90
1121577--1121698	60	2.0	60	96	0	226	36	8	12	43	1.72
1124327--1124354	13	2.2	13	100	0	56	28	7	14	50	1.69
1133214--1133252	21	1.9	21	94	5	71	20	30	38	10	1.86
1134287--1134499	48	4.5	45	73	12	135	21	29	19	29	1.98
1138858--1138921	31	2.0	32	93	3	112	53	17	17	12	1.73
1139911--1139952	20	2.1	20	95	0	75	30	21	9	38	1.85
1145713--1145758	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
1147351--1147389	20	2.0	20	100	0	78	30	23	10	35	1.88
1152473--1152537	34	1.9	33	84	9	87	21	24	24	29	1.99
1152831--1152882	26	2.0	27	96	3	97	34	17	13	34	1.89
1163058--1163109	27	1.9	27	96	0	95	26	15	23	34	1.94
1165331--1165390	30	2.0	30	86	0	84	28	26	8	36	1.85
1174086--1174143	27	2.1	27	87	6	82	43	15	13	27	1.85
1178477--1178586	27	4.1	27	78	11	93	38	20	12	28	1.90
1178477--1178586	52	2.1	53	84	6	143	38	20	12	28	1.90
1178491--1178600	27	4.2	26	81	9	107	40	17	13	28	1.87
1181564--1181607	22	2.0	22	100	0	88	18	22	18	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1193916--1193955	19	2.1	19	100	0	80	42	37	0	20	1.52
1198432--1198643	40	5.3	40	80	2	248	24	20	27	27	1.99
1198436--1198652	80	2.7	79	88	3	310	24	21	27	26	1.99
1212419--1212532	43	2.7	42	87	5	167	28	16	24	29	1.97
1219599--1219745	39	3.7	39	86	9	160	25	23	27	23	2.00
1219599--1219822	40	5.7	40	85	7	237	25	21	27	25	2.00
1219652--1219855	79	2.6	77	80	9	216	27	20	26	25	1.99
1226777--1226946	41	4.2	40	75	15	168	27	28	21	22	1.99
1226755--1226913	83	1.9	81	81	11	189	26	28	21	23	1.99
1230435--1230589	43	3.7	43	74	6	136	29	27	16	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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