genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.288.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88159186--88159342	39	4.0	39	79	6	133	21	21	28	28	1.98
88160947--88161025	41	1.9	41	84	5	106	22	20	32	24	1.97
88170637--88170677	18	2.3	18	91	4	66	36	2	19	41	1.65
88173489--88173547	23	2.5	24	80	5	75	15	20	22	42	1.89
88173501--88173569	22	3.1	22	85	2	75	15	18	21	43	1.88
88182100--88182403	40	7.7	40	90	4	431	25	21	27	25	1.99
88185369--88185428	27	2.2	27	81	0	66	28	23	18	30	1.98
88199434--88199550	44	2.8	44	90	5	179	30	15	21	32	1.94
88204781--88204900	40	3.0	39	76	9	102	32	20	20	26	1.97
88204895--88204941	18	2.6	18	83	6	60	53	12	14	19	1.73
88204958--88205002	23	1.9	24	90	4	74	24	51	4	20	1.66
88205269--88205460	54	3.5	53	80	3	186	41	19	14	25	1.88
88205269--88205425	27	5.8	27	83	2	165	42	18	14	24	1.88
88225075--88225131	24	2.3	24	93	3	96	29	19	22	28	1.98
88225075--88225141	24	2.8	24	86	6	82	28	22	23	25	1.99
88225339--88225402	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
88225947--88226010	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
88238691--88238785	45	2.1	45	98	0	181	31	26	5	36	1.79
88246628--88246730	47	2.1	48	94	3	181	33	7	28	31	1.85
88257972--88258015	16	2.8	16	75	0	52	75	0	13	11	1.06
88260888--88260948	27	2.3	27	97	2	115	34	11	16	37	1.85
88262564--88262619	28	2.0	28	96	0	103	28	19	14	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88284457--88284490	18	2.0	17	88	11	52	41	0	0	58	0.98
88296353--88296458	40	2.6	41	78	8	119	26	27	22	23	2.00
88307182--88307285	33	3.2	33	85	0	145	29	25	20	25	1.99
88325930--88326016	42	2.1	42	91	4	140	20	11	25	42	1.86
88325950--88326014	20	3.2	20	65	8	58	20	10	29	40	1.86
88341295--88341329	16	2.2	16	90	5	54	5	17	0	77	0.96
88343461--88343632	81	2.1	82	84	7	226	35	8	5	50	1.56
88344765--88344806	17	2.5	17	88	7	59	19	33	19	28	1.96
88353232--88353498	46	5.8	46	86	7	362	28	29	21	20	1.98
88360938--88361161	47	4.8	47	100	0	448	27	29	20	22	1.98
88364034--88364269	50	4.7	50	80	2	220	30	26	16	25	1.97
88364041--88364222	101	1.8	101	87	0	274	29	24	19	27	1.98
88365382--88365495	49	2.3	50	84	4	151	28	26	17	27	1.98
88365382--88365511	50	2.6	49	85	3	163	28	26	17	27	1.98
88368397--88368581	55	3.4	54	78	7	223	35	17	25	21	1.95
88371062--88371122	15	4.1	15	73	0	59	55	11	16	16	1.68
88372899--88373056	79	2.0	79	98	0	307	33	25	14	26	1.94
88373327--88373423	42	2.3	42	92	3	160	34	16	7	42	1.76
88376553--88376612	30	2.0	30	83	0	75	35	23	5	36	1.77
88379396--88379605	113	1.9	113	100	0	420	33	23	11	30	1.91
88383235--88383272	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
88388860--88389150	50	5.9	50	81	4	338	29	26	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88388861--88389147	150	1.9	149	94	0	502	29	25	19	25	1.98
88393319--88393416	43	2.3	43	83	3	117	31	15	21	31	1.94
88394443--88394589	65	2.2	66	90	3	235	22	25	26	25	2.00
88397906--88398272	46	8.0	46	85	1	432	21	24	14	39	1.90
88404245--88404314	24	3.0	24	85	4	90	27	17	27	28	1.97
88404366--88404546	27	6.7	27	75	6	132	34	18	19	27	1.95
88404389--88404511	54	2.3	54	87	2	167	37	18	17	26	1.93
88408447--88408663	27	8.0	27	87	0	281	40	20	14	24	1.90
88410845--88410878	16	2.2	16	89	5	52	67	2	23	5	1.26
88430082--88430214	27	5.0	27	86	0	178	42	17	14	26	1.87
88430334--88430373	17	2.3	18	86	4	64	17	42	25	15	1.88
88433121--88433296	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
88433118--88433289	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
88434059--88434235	87	2.0	87	95	0	318	36	12	19	31	1.89
88437173--88437303	40	3.3	40	89	2	201	23	20	27	28	1.99
88437127--88437300	80	2.2	81	84	10	225	24	20	27	27	1.99
88440085--88440166	43	1.9	43	94	0	146	35	14	21	28	1.93
88445973--88445997	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
88447174--88447272	43	2.3	42	84	5	128	28	18	22	31	1.97
88449641--88450079	110	4.0	110	99	0	842	32	21	22	23	1.98
88451371--88451400	15	2.0	15	93	0	51	20	16	13	50	1.78
88452481--88452542	27	2.3	27	91	0	97	38	14	16	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88453331--88453386	28	2.0	28	86	6	78	23	23	21	32	1.98
88458176--88458298	44	2.8	44	83	0	165	22	15	26	34	1.94
88458268--88458362	42	2.2	42	83	9	113	28	18	22	30	1.97
88459738--88459898	42	3.8	42	80	3	171	26	25	16	31	1.97
88461270--88461298	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
88470304--88470412	45	2.5	44	76	7	116	25	15	28	30	1.96
88470304--88470461	45	3.7	42	73	10	113	25	15	29	28	1.96
88471906--88471959	28	2.0	27	81	3	63	31	3	16	48	1.64
88473562--88473899	180	1.9	181	86	1	491	34	19	7	38	1.80
88475908--88476132	40	5.7	40	86	3	267	28	29	19	22	1.98
88483803--88484825	40	25.6	40	97	0	1863	27	29	19	22	1.98
88485259--88485456	96	2.1	96	96	0	362	31	30	9	27	1.89
88492590--88492852	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
88502029--88502353	179	1.8	179	83	7	437	34	19	8	37	1.81
88502918--88503310	50	7.8	50	76	4	313	31	25	17	26	1.97
88502929--88503310	101	3.8	101	78	5	319	31	25	16	26	1.96
88503029--88503208	51	3.6	50	78	6	186	31	23	18	27	1.97
88505001--88505075	18	3.8	18	71	21	60	53	10	17	18	1.72
88505006--88505100	37	2.6	36	76	3	91	51	11	16	20	1.75
88505034--88505184	62	2.4	62	88	0	230	48	13	17	19	1.81
88505056--88505121	25	2.6	25	78	0	78	50	12	18	19	1.78
88505013--88505184	31	5.5	31	72	16	106	50	13	17	19	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88505118--88505184	25	2.7	25	88	0	98	49	14	17	17	1.80
88505708--88505948	27	8.9	27	83	1	241	24	17	17	39	1.91
88505711--88505948	81	3.0	81	85	1	300	24	18	17	39	1.91
88505940--88506452	27	19.0	27	78	9	238	31	8	20	39	1.82
88505988--88506443	81	5.6	79	83	4	439	31	8	19	40	1.82
88505995--88506443	54	8.3	53	86	2	538	31	8	19	40	1.82
88511067--88511204	42	3.2	43	79	5	136	27	15	24	31	1.96
88511067--88511225	43	3.7	43	75	7	153	25	16	25	32	1.96
88511066--88511229	86	1.9	86	81	8	201	25	15	25	32	1.96
88513989--88514070	43	1.9	43	84	0	110	29	25	18	26	1.98
88516788--88516820	16	2.1	16	94	0	57	51	27	3	18	1.60
88518261--88518375	29	4.0	29	75	5	108	29	13	30	26	1.94
88521225--88521257	16	2.1	16	94	0	57	48	30	6	15	1.69
88522734--88522838	29	3.7	28	74	6	95	28	14	31	25	1.95
88523872--88523906	18	2.0	18	88	5	54	42	20	8	28	1.81
88526295--88526409	57	2.0	57	94	0	203	37	13	18	30	1.90
88529063--88529603	270	2.0	270	99	0	1073	29	19	13	38	1.89
88532068--88532239	93	1.8	93	90	2	274	29	26	20	23	1.99
88532061--88532236	46	3.8	45	75	10	176	30	26	20	22	1.98
88542495--88542612	59	2.0	59	98	0	227	26	18	34	20	1.96
88547857--88547943	29	3.1	29	85	3	97	31	27	12	28	1.93
88557930--88558037	29	3.8	29	86	1	155	28	29	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88558904--88558930	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
88560358--88560401	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
88562788--88562835	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
88562879--88562936	20	2.9	20	89	0	89	36	13	17	32	1.89
88562987--88563105	23	5.1	23	89	4	186	26	21	23	28	1.99
88563320--88563383	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
88577472--88577577	26	4.1	26	91	0	167	33	7	23	35	1.83
88582107--88582136	15	2.0	15	100	0	60	40	13	6	40	1.71
88582243--88582424	41	4.5	41	83	1	206	35	18	25	19	1.95
88588386--88588735	47	7.4	47	92	1	547	32	8	30	29	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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