genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3791194--3791248	23	2.5	22	78	16	60	38	5	0	56	1.23
3797181--3797225	3	15.0	3	90	0	72	2	33	2	62	1.20
3801524--3801549	12	2.2	12	100	0	52	42	23	15	19	1.89
3808931--3808964	16	2.1	17	88	5	52	52	0	5	41	1.25
3809921--3810058	40	3.5	40	72	10	124	28	16	23	31	1.96
3813590--3813676	43	2.0	43	90	0	138	22	24	2	50	1.61
3823971--3824009	20	2.0	20	90	5	62	64	5	2	28	1.28
3828373--3828409	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
3831800--3831872	7	10.4	7	80	5	67	43	1	24	30	1.63
3832313--3832495	65	2.8	65	83	1	224	39	2	6	51	1.42
3832461--3832499	19	2.0	20	85	9	55	43	2	5	48	1.38
3834409--3834713	160	1.9	159	87	4	452	28	15	8	47	1.75
3835827--3835871	17	2.6	17	89	0	72	51	4	13	31	1.61
3837408--3837864	188	2.4	187	80	2	504	29	19	16	35	1.93
3837435--3838033	94	6.4	94	74	3	337	29	19	16	34	1.94
3837995--3838197	94	2.2	94	87	1	291	30	24	15	29	1.96
3838006--3838167	44	3.5	44	70	17	123	30	24	16	27	1.97
3840363--3840399	19	1.9	19	88	0	56	29	10	13	45	1.77
3841742--3841814	38	1.9	38	83	5	94	28	28	21	20	1.98
3842899--3842932	17	2.1	17	88	5	52	2	26	0	70	1.01
3846696--3846724	6	4.8	6	100	0	58	34	17	13	34	1.89
3846742--3846818	24	3.2	24	80	7	68	12	41	7	37	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3849261--3849294	17	1.9	18	88	5	52	41	0	8	50	1.34
3849665--3849714	21	2.4	21	82	0	55	18	26	18	38	1.93
3853054--3853094	21	2.0	21	90	4	66	41	9	9	39	1.71
3853359--3853393	17	2.1	17	89	5	54	65	0	0	34	0.93
3853781--3853829	8	6.1	8	83	7	64	57	0	2	40	1.10
3855218--3855320	52	2.0	52	94	0	179	25	10	24	39	1.87
3857965--3858025	20	3.0	20	100	0	122	19	39	29	11	1.87
3859782--3859828	17	2.8	17	86	0	67	51	0	0	48	1.00
3859788--3859839	28	1.9	26	84	7	68	53	1	0	44	1.11
3861930--3861969	21	2.0	20	85	5	53	45	2	5	47	1.38
3864419--3864489	36	2.0	36	97	0	133	38	23	8	29	1.85
3872758--3872799	21	2.0	22	85	4	59	64	4	0	30	1.14
3876546--3876580	6	5.8	6	93	0	61	17	34	0	48	1.47
3876726--3876779	26	2.1	26	86	6	74	40	5	1	51	1.36
3881998--3882058	3	20.7	3	83	3	79	65	0	34	0	0.93
3883123--3883147	9	2.8	9	100	0	50	12	12	56	20	1.67
3883551--3883665	16	7.4	16	72	14	98	37	6	26	29	1.82
3883547--3883666	60	2.0	60	96	0	222	36	8	25	30	1.85
3883811--3883861	25	2.0	25	82	17	61	39	0	7	52	1.30
3883901--3883959	20	2.8	21	79	10	75	52	1	0	45	1.10
3883863--3883983	57	2.2	54	78	11	127	53	2	0	43	1.14
3883935--3883980	24	1.9	24	86	8	67	47	2	0	50	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3886423--3886503	40	2.0	40	100	0	162	37	14	14	33	1.88
3888115--3888182	34	2.0	34	91	2	111	42	17	16	23	1.88
3893717--3893761	22	2.0	22	86	4	63	31	0	11	57	1.33
3893725--3893789	22	3.0	21	82	13	80	24	0	9	66	1.21
3893981--3894018	20	1.9	20	88	0	58	34	10	0	55	1.34
3897522--3897549	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
3897744--3897786	22	2.0	22	90	0	68	41	0	4	53	1.21
3898296--3898401	41	2.6	41	76	15	112	33	15	20	31	1.93
3898817--3898964	7	20.7	7	78	4	80	52	27	0	19	1.51
3898819--3898958	22	6.5	21	74	12	106	52	27	0	19	1.51
3898818--3898943	7	17.7	7	78	15	98	53	26	0	19	1.51
3899364--3899442	41	1.9	41	82	10	99	29	17	24	29	1.97
3899434--3899955	116	4.5	117	86	2	665	29	15	19	35	1.92
3899434--3899953	233	2.2	232	85	2	695	30	15	19	35	1.92
3903433--3903556	43	2.9	43	78	1	133	31	22	15	30	1.95
3912516--3912551	17	2.1	18	89	5	56	47	5	5	41	1.50
3912584--3912608	6	4.2	6	100	0	50	48	0	16	36	1.46
3925569--3925594	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
3934563--3934609	14	3.4	14	80	16	53	78	4	12	4	1.04
3943465--3943535	36	2.0	35	89	5	108	49	16	4	29	1.65
3943523--3943575	22	2.4	22	87	6	72	45	13	9	32	1.75
3943932--3943969	15	2.4	16	82	4	51	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3947087--3947564	239	2.0	238	89	2	728	29	22	12	35	1.91
3952478--3952589	55	2.1	54	93	1	188	53	1	23	21	1.55
3960656--3960730	22	3.3	23	79	9	82	17	26	18	37	1.93
3960669--3960733	22	3.0	22	83	0	85	16	24	20	38	1.93
3971389--3971454	32	2.1	32	85	0	87	19	33	25	21	1.97
3973776--3973810	4	8.8	4	93	0	61	48	22	2	25	1.64
3974031--3974089	24	2.4	24	76	20	61	54	5	1	38	1.33
3975543--3975631	31	2.9	30	72	8	72	41	7	5	44	1.57
3975852--3975887	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
3978840--3978890	20	2.6	19	71	3	57	52	41	0	5	1.25
3980111--3980153	23	1.9	22	90	4	68	32	0	6	60	1.23
3980191--3980265	30	2.5	30	81	10	82	34	2	6	56	1.40
3980237--3980292	24	2.3	25	82	14	64	30	3	8	57	1.47
3980305--3980355	11	4.5	11	75	20	52	33	9	1	54	1.44
3980453--3980487	9	3.9	9	84	0	52	40	0	2	57	1.14
3980716--3980785	37	1.9	35	81	18	81	30	12	0	57	1.36
3980893--3980948	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
3985233--3985420	94	2.0	94	97	0	358	28	15	27	29	1.96
3995273--3995433	76	2.1	74	92	3	234	30	17	19	32	1.95
3995354--3995518	90	1.8	90	89	5	262	32	15	18	33	1.92
3995451--3995939	155	3.3	148	83	6	623	31	15	20	32	1.94
3995444--3995939	72	6.6	73	85	5	602	31	15	20	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3995829--3999832	130	30.8	130	99	0	7915	26	16	22	33	1.96
3999742--3999938	74	2.7	72	82	9	245	27	17	22	31	1.97
4002472--4002538	27	2.7	23	80	17	64	32	0	7	59	1.25
4002576--4002650	30	2.5	30	81	10	82	34	2	6	56	1.40
4002622--4002677	24	2.3	25	82	14	64	30	3	8	57	1.47
4002734--4002770	19	1.9	19	94	0	65	32	13	2	51	1.55
4003103--4003172	37	1.9	35	81	18	81	30	12	0	57	1.36
4003280--4003335	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
4006155--4006369	28	7.7	28	87	1	306	29	28	13	27	1.95
4006355--4006445	40	2.3	40	92	0	155	36	23	15	25	1.94
4007591--4007640	10	5.0	10	81	13	59	68	0	8	24	1.16
4010751--4010791	21	2.0	21	85	0	55	29	17	46	7	1.74
4011238--4011279	6	6.8	6	84	7	50	78	0	4	16	0.91
4011238--4011279	13	3.4	12	81	15	50	78	0	4	16	0.91
4017636--4017685	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
4023624--4023666	21	2.0	21	95	0	77	30	20	9	39	1.84
4027046--4027089	20	2.2	20	84	4	54	77	4	15	2	1.04
4030244--4030312	27	2.5	27	80	2	75	28	7	10	53	1.61
4030246--4030312	28	2.4	27	80	2	80	29	7	8	53	1.59
4031760--4031832	23	3.2	23	88	0	101	19	15	21	43	1.87
4038881--4038938	30	1.9	31	92	3	100	55	13	3	27	1.55
4042103--4042162	29	2.1	29	80	0	66	28	10	16	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4049397--4049437	21	2.0	21	90	0	64	24	7	41	26	1.81
4055930--4055972	21	2.1	20	82	4	50	55	4	0	39	1.20
4059990--4060287	45	6.6	45	80	5	257	22	17	14	44	1.85
4060036--4060279	135	1.8	134	82	6	314	22	16	14	45	1.84
4063057--4063258	73	2.8	73	86	0	260	29	20	16	33	1.95
4067184--4067231	8	5.8	8	85	9	69	14	4	0	81	0.84
4067185--4067231	17	2.8	16	90	6	67	14	4	0	80	0.85
4067184--4067229	20	2.3	20	82	10	58	13	4	0	82	0.81
4074917--4075067	62	2.4	62	83	6	198	17	30	28	23	1.97
4078256--4078417	21	7.7	21	85	0	180	46	16	19	17	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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