genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15001203--15001305	43	2.4	43	98	0	197	26	34	15	23	1.94
15012480--15012615	27	5.0	27	85	3	193	39	8	24	27	1.84
15017403--15017494	20	4.7	19	68	18	64	5	22	2	69	1.20
15017414--15017461	19	2.5	19	78	18	55	4	25	4	66	1.27
15020028--15020129	28	3.6	28	86	0	141	25	33	15	25	1.95
15020010--15020129	56	2.1	57	84	1	152	24	31	15	29	1.95
15022236--15022343	25	4.4	24	86	9	139	26	22	23	27	1.99
15022249--15022342	25	3.8	25	91	2	154	27	22	24	25	2.00
15024857--15024916	30	2.0	31	86	3	86	41	16	25	16	1.89
15030060--15030098	20	1.9	21	84	5	53	33	23	10	33	1.88
15031757--15031786	10	3.0	10	95	0	51	20	6	0	73	1.05
15034574--15034682	28	3.9	28	82	1	119	27	13	32	26	1.94
15034981--15035066	26	3.2	28	79	11	90	39	18	9	32	1.83
15035088--15035388	27	11.1	27	83	0	334	38	20	10	29	1.87
15034981--15035165	99	1.9	99	83	8	243	37	20	10	31	1.87
15035348--15035434	27	3.2	27	86	0	111	39	14	16	29	1.88
15036920--15037095	46	3.8	46	79	10	205	21	19	29	29	1.98
15036916--15037087	93	1.8	93	92	0	290	20	20	30	28	1.98
15039990--15040069	15	5.4	15	76	10	76	10	17	15	57	1.64
15041989--15042163	46	3.8	45	76	13	185	22	20	28	29	1.98
15045554--15045601	24	2.0	24	95	0	87	37	6	14	41	1.71
15051607--15051638	12	2.6	12	95	5	55	78	0	0	21	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15051609--15051652	20	2.2	20	87	0	61	70	2	2	25	1.10
15056648--15056782	23	5.7	23	78	14	134	27	22	18	31	1.97
15056648--15056785	46	2.9	45	83	13	163	27	23	18	30	1.98
15056667--15056783	24	4.9	24	78	14	109	26	23	17	31	1.97
15059868--15059918	25	2.0	25	100	0	102	15	11	35	37	1.84
15064216--15064352	46	2.9	45	81	12	143	27	21	18	33	1.96
15064217--15064351	24	5.7	24	72	18	88	27	20	18	33	1.96
15080727--15080802	40	1.9	40	100	0	152	46	6	19	27	1.75
15083059--15083224	49	3.3	49	78	4	170	30	25	19	24	1.98
15083087--15083220	49	2.7	51	82	2	173	29	24	19	26	1.98
15085533--15085562	8	3.8	8	95	0	51	30	6	40	23	1.80
15101851--15101876	11	2.4	11	100	0	52	0	7	0	92	0.39
15103960--15104096	43	3.2	43	84	4	143	32	15	24	27	1.95
15108972--15109085	33	3.5	33	78	2	122	31	23	13	31	1.93
15110991--15111106	43	2.7	43	85	5	146	27	17	25	30	1.97
15111485--15111509	10	2.5	10	100	0	50	40	24	16	20	1.91
15116676--15116722	24	2.0	24	100	0	94	51	6	4	38	1.47
15130027--15130094	34	2.0	34	100	0	136	29	14	23	32	1.94
15130429--15130629	43	4.7	43	94	1	341	21	17	35	24	1.95
15130704--15130770	31	2.2	31	83	0	80	59	17	4	17	1.53
15136540--15136580	9	4.6	9	88	11	66	31	0	21	46	1.52
15136643--15136770	9	13.6	9	76	9	103	32	0	19	47	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15136647--15136770	57	2.2	57	86	0	167	31	0	19	48	1.55
15140508--15140557	11	4.4	11	80	9	64	38	14	8	40	1.75
15140936--15140971	18	1.9	19	88	5	56	22	25	2	50	1.63
15142718--15142803	43	2.0	43	84	4	113	38	26	6	27	1.82
15142984--15143050	28	2.4	28	85	7	82	25	0	23	50	1.49
15142988--15143050	21	3.0	21	76	2	54	25	0	23	50	1.49
15143359--15143668	41	7.7	41	83	3	306	23	16	24	35	1.94
15153701--15153757	9	6.4	9	81	4	62	47	19	10	22	1.80
15153765--15153899	17	7.4	17	65	14	72	49	14	4	31	1.63
15153782--15153882	20	5.3	20	65	13	70	46	15	5	31	1.70
15153756--15153904	37	4.0	37	94	0	271	46	15	5	32	1.68
15160816--15160885	14	5.1	14	73	13	65	54	0	2	42	1.15
15160812--15160894	40	2.1	40	100	0	166	50	0	4	44	1.23
15161003--15161082	20	3.7	21	75	8	72	58	0	2	38	1.11
15165852--15165889	15	2.5	15	87	8	51	13	2	47	36	1.56
15167249--15167336	35	2.5	34	78	5	95	35	21	19	23	1.96
15169536--15169604	27	2.6	27	75	11	63	47	2	2	46	1.32
15179944--15179996	21	2.5	22	79	11	67	50	1	0	47	1.12
15180178--15180222	22	2.0	22	100	0	90	17	42	17	22	1.89
15182550--15182584	18	1.9	18	94	0	61	40	0	0	60	0.97
15183649--15183693	22	2.0	22	100	0	90	22	17	31	28	1.97
15183720--15183752	12	2.8	12	95	4	59	93	0	6	0	0.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15192600--15192668	20	3.5	19	75	11	59	69	0	27	2	1.02
15193177--15193238	29	2.1	31	87	6	92	46	6	14	32	1.70
15199867--15199909	22	2.0	21	82	8	52	27	0	51	20	1.48
15200605--15200630	13	2.0	13	100	0	52	30	30	23	15	1.95
15203010--15203068	30	1.9	31	89	3	93	47	1	20	30	1.60
15204535--15204646	51	2.2	51	85	0	143	41	8	19	29	1.82
15209582--15209622	21	1.9	22	85	14	59	36	26	2	34	1.70
15216653--15216809	35	4.5	35	90	0	242	31	13	25	29	1.94
15216655--15216827	35	4.9	35	87	1	150	30	15	24	29	1.96
15216655--15216847	70	2.8	70	85	0	208	30	14	24	30	1.95
15220174--15220319	48	3.0	48	95	0	265	34	4	28	32	1.78
15220460--15220562	37	2.8	37	93	0	170	24	21	31	23	1.99
15221681--15221766	43	2.0	43	97	0	163	30	5	23	40	1.78
15221875--15222223	40	8.7	40	95	0	635	20	22	29	26	1.99
15222399--15222449	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
15224832--15224878	23	2.0	23	100	0	94	23	21	17	38	1.93
15226132--15226171	5	7.6	5	83	10	53	80	0	2	17	0.83
15226137--15226171	17	2.1	17	94	0	61	80	0	2	17	0.84
15226792--15226847	27	2.1	27	96	0	103	41	3	25	30	1.72
15231656--15231767	27	4.2	26	82	7	125	38	22	24	15	1.92
15233706--15233738	17	1.9	17	88	11	50	36	18	12	33	1.88
15238206--15238269	20	3.3	20	72	12	71	32	6	15	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15238206--15238276	37	1.9	37	94	0	124	30	5	15	47	1.68
15245113--15245165	26	2.1	25	89	6	88	50	11	16	18	1.74
15245120--15245172	26	2.0	26	88	0	79	56	9	15	16	1.63
15246544--15246647	53	2.0	53	90	0	163	34	20	14	30	1.92
15250682--15250838	6	25.8	6	76	16	137	48	14	17	20	1.81
15250661--15250838	30	6.1	29	76	14	161	48	14	17	20	1.81
15250682--15250834	55	2.8	54	86	6	195	48	14	16	20	1.81
15250956--15251021	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
15250956--15251029	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
15250980--15251037	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
15251340--15251423	27	3.2	26	89	5	114	36	21	22	19	1.95
15251621--15251816	54	3.6	54	82	4	234	26	17	19	36	1.94
15251620--15251816	27	7.3	27	81	3	209	25	17	19	36	1.94
15251821--15252363	27	20.1	27	84	3	673	40	9	22	27	1.84
15258950--15259121	43	4.0	42	71	18	138	30	27	18	23	1.98
15259098--15259178	41	2.0	41	100	0	162	34	20	17	27	1.95
15262830--15262909	40	2.0	40	97	0	151	27	3	25	43	1.71
15267219--15267260	18	2.3	18	87	0	57	47	11	4	35	1.61
15268238--15268312	28	2.7	28	85	0	96	24	13	16	46	1.82
15269699--15269741	13	3.6	13	76	23	58	39	9	23	27	1.85
15269694--15269741	22	2.2	22	100	0	96	43	8	22	25	1.81
15272663--15272742	27	3.0	27	90	1	117	60	21	0	18	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15276838--15276885	23	2.1	23	84	0	60	39	10	10	39	1.74
15277411--15277438	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
15278208--15278265	28	2.1	28	100	0	116	36	17	13	32	1.89
15279412--15279472	26	2.3	26	88	0	95	37	13	16	32	1.87
15279412--15279486	26	2.9	25	86	5	89	37	10	20	32	1.87
15286064--15286121	16	3.4	16	70	25	55	37	5	5	51	1.46
15286604--15286660	22	2.5	24	78	18	68	49	1	3	45	1.29
15288032--15288061	4	7.5	4	92	0	51	0	76	0	23	0.78
15288116--15288323	99	2.1	99	95	0	371	32	39	14	12	1.85
15288159--15288366	99	2.1	98	81	8	226	34	38	13	13	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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