genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72857457--72857679	54	4.1	54	76	10	161	39	20	19	20	1.93
72857686--72857794	24	4.5	24	77	4	94	24	9	22	44	1.82
72857686--72857794	48	2.3	48	84	6	132	24	9	22	44	1.82
72857817--72857881	31	2.1	31	100	0	130	26	12	26	35	1.91
72857970--72858204	32	7.4	32	91	2	357	20	21	20	37	1.94
72858878--72858911	18	2.0	17	88	11	52	41	11	14	32	1.82
72862238--72862304	27	2.5	27	85	9	100	31	16	19	32	1.94
72865944--72865994	19	2.6	19	81	3	57	45	13	5	35	1.68
72872080--72872173	42	2.2	42	90	3	145	21	34	23	21	1.97
72883074--72883111	20	1.9	20	84	10	51	36	0	15	47	1.46
72883521--72883645	61	2.0	61	90	0	196	18	19	28	34	1.95
72895614--72895702	45	2.0	45	90	0	142	33	23	16	25	1.96
72895709--72895899	51	3.8	50	80	2	202	31	26	17	24	1.97
72899324--72899477	50	3.0	50	86	5	182	25	21	29	23	1.99
72899380--72899508	50	2.6	50	83	0	132	26	23	28	21	1.99
72899766--72899804	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
72903082--72903125	18	2.4	18	88	11	63	72	2	20	4	1.13
72904890--72904961	33	2.1	34	92	2	119	38	6	13	40	1.72
72926571--72926748	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
72926572--72926727	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
72926568--72926748	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
72931716--72931771	21	2.8	20	87	12	73	55	7	7	30	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72932061--72932087	13	2.1	13	100	0	54	55	14	0	29	1.40
72933422--72933471	26	1.9	26	91	0	82	38	18	22	22	1.94
72933657--72933796	27	5.3	27	82	3	167	20	16	21	42	1.89
72933657--72933796	53	2.6	53	84	4	176	20	16	21	42	1.89
72933673--72933798	26	4.7	27	81	13	95	20	15	22	42	1.89
72946498--72946545	11	4.2	12	86	7	55	70	0	6	22	1.09
72946505--72946543	6	6.7	6	88	5	53	71	0	2	25	0.98
72947380--72947413	14	2.3	15	85	5	52	52	0	8	38	1.33
72947756--72947801	7	6.0	7	81	18	56	56	0	0	43	0.99
72947751--72947802	16	3.2	16	100	0	104	53	0	0	46	1.00
72948885--72948934	21	2.4	21	82	0	55	36	34	2	28	1.69
72952409--72952502	9	10.1	9	73	9	64	27	5	1	65	1.20
72952409--72952495	18	4.7	18	79	11	79	26	5	1	66	1.21
72952406--72952515	26	4.1	25	73	13	69	30	4	1	63	1.24
72952607--72952797	89	2.1	89	80	1	213	34	7	19	38	1.81
72952957--72953005	21	2.3	21	86	6	64	69	2	0	28	1.00
72954795--72954999	43	4.8	43	79	5	209	30	29	16	23	1.96
72955242--72955272	15	2.1	15	93	0	53	19	32	0	48	1.49
72959697--72959725	12	2.4	12	100	0	58	75	0	0	24	0.80
72960309--72960355	14	3.4	13	80	13	58	31	51	0	17	1.46
72960309--72960355	21	2.2	20	85	10	67	31	51	0	17	1.46
72960476--72960514	7	5.6	7	81	0	51	33	46	0	20	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72960557--72960594	13	2.9	13	81	14	51	36	47	0	15	1.46
72960505--72960987	84	5.8	84	98	0	897	44	28	0	26	1.54
72960641--72960678	13	2.9	13	81	14	51	36	47	0	15	1.46
72960725--72960762	13	2.9	13	81	14	51	36	47	0	15	1.46
72960809--72960846	13	2.9	13	81	14	51	36	47	0	15	1.46
72960890--72960927	13	2.9	13	81	14	51	36	47	0	15	1.46
72961030--72961072	14	3.0	15	83	6	54	39	44	0	16	1.48
72961155--72961191	14	2.6	14	95	0	65	45	29	0	24	1.53
72961442--72961594	81	1.9	81	87	5	229	24	23	22	29	1.99
72961447--72961638	41	4.7	41	78	7	203	28	23	22	25	1.99
72961675--72961772	40	2.4	41	83	5	128	20	19	21	38	1.93
72962705--72964164	729	2.0	729	100	0	2920	35	13	14	37	1.85
72963889--72965302	707	2.0	707	100	0	2828	33	13	15	37	1.87
72968367--72968446	27	3.0	27	89	3	110	41	12	12	33	1.81
72968383--72968509	63	2.0	63	89	3	193	37	11	14	37	1.81
72968445--72968541	27	3.6	28	71	9	85	36	14	14	35	1.87
72980068--72980148	26	3.1	26	78	0	90	33	23	19	23	1.97
72980076--72980174	52	1.9	52	81	4	119	34	23	20	22	1.97
72980625--72980679	20	2.8	20	91	2	94	23	45	16	14	1.84
72981539--72981601	30	2.1	30	81	0	72	44	0	6	49	1.28
72981558--72981601	7	6.0	7	82	10	52	40	0	4	54	1.21
72981549--72981606	16	3.8	16	79	9	66	43	0	5	51	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72981943--72981977	14	2.4	15	85	4	54	34	8	0	57	1.29
72985324--72985407	25	3.3	25	77	12	89	23	26	21	28	1.99
72985297--72985413	52	2.3	49	80	7	135	25	25	19	29	1.99
72985353--72985417	25	2.6	25	83	9	87	27	23	20	29	1.98
72989776--72989815	17	2.4	17	91	0	62	37	30	32	0	1.58
72990618--72990755	42	3.2	43	66	17	113	25	24	23	26	2.00
72990614--72990907	87	3.4	87	89	0	448	25	24	22	28	1.99
72996777--72996955	85	2.1	85	98	0	349	26	26	8	38	1.85
73011376--73011426	25	2.0	25	82	14	61	19	3	1	74	1.07
73013566--73013628	11	5.8	10	83	5	63	36	50	3	9	1.51
73013567--73013617	22	2.3	22	89	0	75	37	52	1	7	1.42
73021789--73021835	24	2.0	24	83	8	60	17	34	0	48	1.47
73021965--73022021	28	2.0	28	96	0	105	24	19	10	45	1.81
73024472--73024594	33	3.4	33	72	20	111	34	28	17	19	1.95
73024650--73024979	51	6.5	51	79	5	339	30	25	18	26	1.98
73024651--73024979	101	3.2	101	92	1	525	29	25	18	26	1.98
73026612--73026707	45	2.1	45	96	0	174	30	13	9	46	1.74
73026799--73026831	15	2.2	15	100	0	66	45	12	12	30	1.78
73031061--73031289	61	3.8	60	81	3	215	27	25	15	32	1.95
73031061--73031286	122	1.9	122	80	0	272	26	25	15	32	1.95
73031508--73031543	18	1.9	19	88	5	56	13	5	19	61	1.52
73032359--73032431	20	3.7	20	72	7	67	36	23	21	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73032418--73032475	28	2.0	29	86	3	82	34	20	27	17	1.95
73032386--73032515	68	1.9	69	82	1	163	34	20	24	20	1.96
73034831--73034873	22	2.0	22	90	0	68	11	16	25	46	1.80
73034943--73035156	43	5.0	43	82	4	261	29	28	16	25	1.97
73036588--73036643	28	2.0	28	96	0	103	44	17	23	14	1.85
73039628--73039757	67	1.9	67	87	0	188	36	25	16	21	1.93
73039695--73039863	41	4.1	41	82	1	187	35	26	15	21	1.94
73042864--73043006	58	2.5	57	85	6	198	25	24	25	24	2.00
73042864--73043006	28	5.0	28	86	6	196	25	24	25	24	2.00
73043105--73043184	26	3.1	26	76	7	90	33	25	22	18	1.97
73043418--73043803	27	14.3	27	83	1	432	20	18	20	39	1.92
73044441--73044483	21	2.0	21	82	8	52	25	39	0	34	1.56
73046117--73046189	34	2.1	35	84	2	94	9	24	12	53	1.68
73046827--73046992	27	6.1	27	82	0	170	42	19	19	18	1.89
73046827--73046992	81	2.0	81	81	2	190	42	19	19	18	1.89
73047305--73047377	34	2.1	35	84	2	94	9	24	12	53	1.68
73048015--73048212	27	7.3	27	82	2	227	41	18	20	19	1.90
73048569--73048648	28	2.9	28	86	0	106	21	22	25	31	1.98
73060403--73060485	35	2.4	35	79	4	87	7	32	10	49	1.65
73061109--73061361	27	9.4	27	82	7	291	44	20	18	16	1.87
73072371--73078411	670	9.0	670	99	0	12064	33	17	14	35	1.89
73080246--73080271	9	2.9	9	100	0	52	57	30	11	0	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73080520--73080544	9	2.8	9	100	0	50	0	12	0	88	0.53
73093846--73093966	44	2.8	44	79	9	131	28	16	23	31	1.96
73094573--73094598	9	2.9	9	100	0	52	57	30	11	0	1.34
73095655--73095695	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
73107605--73107847	50	4.9	50	87	0	315	22	31	19	26	1.98
73115618--73116201	50	11.8	50	84	3	705	27	22	28	21	1.99
73115618--73116131	150	3.4	150	91	3	788	27	22	29	21	1.99
73121987--73122045	20	3.0	20	78	9	75	10	28	22	38	1.86
73143098--73144644	774	2.0	773	100	0	3085	35	12	19	32	1.89
73144771--73145012	50	4.7	50	78	6	184	27	22	26	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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