genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71818351--71818472	24	5.0	24	90	1	181	33	5	38	22	1.78
71825560--71825590	15	2.1	15	100	0	62	32	29	19	19	1.96
71826260--71826357	24	4.0	24	91	1	151	34	6	37	21	1.78
71826266--71826360	12	7.9	12	68	13	61	33	7	36	22	1.82
71827939--71828023	43	2.0	43	97	0	161	22	14	27	36	1.92
71828020--71828100	33	2.4	34	75	8	85	28	17	23	30	1.97
71830178--71830249	17	4.5	17	66	24	57	30	2	1	65	1.15
71830245--71830277	17	1.9	17	93	0	57	36	6	0	57	1.23
71830188--71830260	12	6.1	12	80	10	69	30	4	1	64	1.20
71835187--71835219	3	11.0	3	100	0	66	66	33	0	0	0.92
71852386--71852511	63	2.0	63	93	0	216	27	28	14	29	1.95
71865411--71865569	80	2.0	80	98	0	309	28	10	25	35	1.88
71866105--71866255	27	5.6	27	80	1	140	27	16	29	27	1.97
71866105--71866255	82	1.9	81	84	1	203	27	16	29	27	1.97
71866132--71866281	55	2.8	54	81	4	167	28	16	29	26	1.97
71866104--71866281	27	6.6	27	75	6	126	27	15	29	27	1.96
71875178--71875218	19	2.2	19	100	0	82	26	4	12	56	1.56
71875320--71875364	22	2.0	21	84	16	56	33	0	8	57	1.30
71876790--71876827	20	1.9	20	88	0	58	28	13	2	55	1.51
71877070--71877177	28	3.9	28	84	7	130	27	25	14	31	1.95
71883435--71883521	28	3.1	28	86	3	122	32	22	12	32	1.92
71886950--71887068	50	2.4	50	85	7	152	26	15	29	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71890695--71890743	22	2.2	22	85	0	62	34	2	18	44	1.61
71895513--71895548	17	2.1	18	89	5	56	55	16	0	27	1.42
71896794--71896837	15	2.8	16	86	6	54	50	22	2	25	1.61
71896775--71896918	67	2.1	67	89	0	216	43	16	10	29	1.81
71899778--71899811	17	2.0	17	88	0	50	52	8	20	17	1.71
71900258--71900321	18	3.4	18	83	12	74	26	34	4	34	1.77
71900264--71900331	21	3.4	19	86	12	84	25	36	4	33	1.76
71900282--71900321	18	2.2	18	100	0	80	27	37	5	30	1.78
71900264--71900343	39	2.1	39	81	9	92	28	36	3	31	1.75
71907465--71907651	100	1.8	102	82	6	243	27	21	28	22	1.99
71907459--71907700	50	4.7	50	80	6	213	28	21	26	23	1.99
71912512--71912554	17	2.4	18	81	14	54	32	20	4	41	1.73
71917634--71917733	41	2.4	41	86	0	137	21	24	27	28	1.99
71934652--71934711	20	2.8	21	82	7	68	35	0	13	51	1.41
71936061--71936115	22	2.5	22	84	0	83	40	12	3	43	1.60
71936085--71936362	138	2.0	138	99	0	547	41	9	9	39	1.70
71940405--71940447	22	2.0	22	90	0	68	9	13	27	48	1.73
71940537--71940700	42	3.9	42	88	4	226	31	21	21	26	1.98
71941122--71941161	12	3.3	12	92	0	53	2	37	17	42	1.63
71941146--71941194	21	2.3	21	92	0	80	2	40	20	36	1.64
71942593--71942625	15	2.2	15	94	0	57	54	3	3	39	1.31
71944616--71944694	39	2.0	39	87	2	113	35	5	43	16	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71944647--71944699	23	2.3	23	83	9	63	35	3	41	18	1.69
71945232--71945284	22	2.5	22	96	3	99	37	26	3	32	1.74
71945245--71945321	15	5.3	14	72	7	55	40	29	1	28	1.65
71945248--71945326	29	2.7	30	82	7	92	39	29	2	29	1.70
71946097--71946242	77	1.9	76	80	6	170	30	18	19	32	1.96
71945887--71946692	259	3.1	266	89	4	1231	29	19	18	32	1.96
71946736--71946987	113	2.2	114	84	3	312	30	21	20	28	1.98
71946736--71947019	113	2.5	112	82	4	311	31	19	21	27	1.97
71950501--71950683	51	3.6	51	75	6	158	25	17	27	30	1.97
71950607--71950687	26	3.2	26	61	22	62	24	14	28	32	1.95
71952954--71953007	13	4.0	12	76	23	54	33	1	20	44	1.62
71952954--71953023	29	2.4	28	93	6	122	32	1	22	42	1.63
71952964--71953026	16	4.1	16	88	12	105	33	0	28	38	1.58
71955526--71955588	31	2.0	31	84	0	81	36	6	9	47	1.62
71975213--71975243	16	1.9	16	93	0	53	35	16	12	35	1.87
71981809--71982040	116	2.0	116	100	0	464	21	22	18	37	1.94
71999042--71999484	69	6.4	69	86	1	530	30	22	24	22	1.99
71999042--71999492	207	2.2	208	85	2	602	30	22	24	22	1.99
72009069--72009098	14	2.1	14	100	0	60	6	13	46	33	1.69
72020770--72020810	21	2.0	21	85	9	57	43	14	9	31	1.78
72023483--72023519	19	1.9	19	100	0	74	43	10	8	37	1.69
72027804--72027829	12	2.2	12	100	0	52	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72030252--72030291	15	2.6	16	88	4	55	37	0	10	52	1.35
72031032--72031076	23	2.0	23	90	0	72	15	11	17	55	1.68
72037634--72037674	21	1.9	22	85	5	57	43	9	4	41	1.59
72038553--72038610	27	2.1	27	96	0	107	36	15	15	32	1.89
72045660--72045719	27	2.2	27	84	0	75	21	30	20	28	1.98
72045832--72045939	56	1.9	56	86	0	153	28	18	22	30	1.97
72048466--72048666	89	2.2	90	81	7	241	38	22	9	28	1.87
72048689--72048735	20	2.3	21	89	10	80	63	0	0	36	0.94
72048889--72048922	16	2.1	16	88	5	50	76	2	5	14	1.09
72048950--72049016	19	3.2	21	73	16	59	31	8	5	53	1.56
72049046--72049112	20	3.3	20	76	15	68	25	5	1	67	1.22
72049033--72049112	20	4.1	19	73	19	67	26	6	1	66	1.23
72049085--72049128	20	2.2	20	84	4	54	31	4	0	63	1.14
72051464--72051577	58	2.0	58	82	1	140	50	4	19	25	1.65
72054249--72054289	20	2.0	20	85	0	55	53	14	12	19	1.72
72064124--72064308	51	3.7	50	75	9	196	29	27	18	24	1.98
72064122--72064306	101	1.8	101	90	3	300	30	26	18	24	1.98
72064548--72064576	14	2.0	15	93	6	51	17	13	0	68	1.20
72073979--72074070	37	2.5	37	96	0	166	34	31	8	25	1.86
72077608--72077642	18	1.9	19	88	11	56	65	0	25	8	1.21
72082078--72082442	182	2.0	182	100	0	730	34	21	13	30	1.92
72085791--72085900	50	2.2	50	98	0	211	48	5	21	24	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72089951--72090135	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
72089932--72090135	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
72090996--72091115	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
72112396--72112618	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
72112396--72112618	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
72117424--72117463	21	1.9	21	84	0	53	32	25	7	35	1.84
72118006--72118091	25	3.4	25	68	17	70	25	20	24	29	1.99
72118222--72118255	17	1.9	18	88	5	52	52	11	0	35	1.38
72119928--72119968	21	2.0	21	90	0	64	29	4	0	65	1.13
72120483--72120670	51	3.7	50	78	6	193	32	28	16	22	1.96
72122501--72122688	51	3.7	50	78	6	193	32	28	16	22	1.96
72131495--72131679	51	3.7	50	84	5	230	29	25	16	28	1.97
72140700--72140773	37	2.0	37	94	0	130	36	17	12	33	1.87
72143461--72143497	14	2.6	14	82	0	56	62	2	10	24	1.41
72145435--72145502	28	2.5	26	76	6	73	48	1	30	19	1.58
72145504--72145558	20	2.8	20	89	5	78	38	0	32	29	1.58
72146174--72146221	23	2.2	21	85	7	60	33	6	14	45	1.70
72146708--72146765	30	2.1	26	84	12	71	46	1	1	50	1.22
72147930--72147986	29	2.0	29	92	0	96	42	0	8	49	1.34
72147936--72147986	15	3.5	15	71	15	52	45	0	5	49	1.26
72150704--72150756	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
72153100--72153127	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72159450--72159498	22	2.2	22	96	0	89	30	32	0	36	1.58
72159472--72159586	52	2.2	52	89	4	171	29	27	0	41	1.62
72159597--72159648	10	5.1	10	81	4	59	28	0	0	71	0.87
72159585--72159648	31	2.1	31	96	0	119	32	0	0	67	0.91
72160810--72161314	55	9.0	55	86	8	696	38	11	5	44	1.64
72160898--72160984	18	4.7	18	70	16	70	37	6	4	50	1.50
72161177--72161211	18	1.9	18	94	0	61	37	8	2	51	1.47
72161233--72161259	10	2.7	10	100	0	54	40	7	0	51	1.30
72161177--72161322	65	2.2	64	86	6	195	39	8	4	47	1.56
72161298--72161322	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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