genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61021297--61021329	17	1.9	17	100	0	66	36	0	6	57	1.23
61024233--61024261	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
61031868--61031918	8	6.4	8	93	6	86	37	0	9	52	1.34
61033649--61033741	40	2.4	39	82	7	109	32	19	3	45	1.66
61033693--61033745	25	2.1	26	82	10	65	32	22	1	43	1.64
61033653--61033749	13	7.5	13	73	14	58	31	19	3	45	1.66
61033649--61033759	40	2.8	40	78	13	106	31	19	2	45	1.64
61036003--61036071	24	2.9	24	84	0	84	30	27	17	24	1.97
61036058--61036149	39	2.4	39	79	0	94	33	23	16	26	1.95
61037578--61037603	9	2.9	9	100	0	52	46	30	0	23	1.53
61037977--61038019	16	2.9	15	80	19	54	41	20	0	37	1.53
61039500--61039697	50	3.8	50	83	4	234	27	21	28	22	1.99
61039511--61039697	100	1.8	104	85	6	265	26	20	29	22	1.99
61045412--61045609	50	3.8	50	83	4	225	27	21	28	23	1.99
61045423--61045609	100	1.8	104	83	6	256	26	20	28	23	1.99
61045957--61046001	21	2.0	21	83	12	54	35	28	4	31	1.77
61048076--61048155	34	2.4	34	87	4	108	37	35	12	15	1.85
61056724--61056764	20	2.0	20	86	9	57	73	0	0	26	0.84
61060724--61060761	17	2.1	19	90	9	62	31	18	10	39	1.85
61062717--61062797	27	3.0	27	66	8	67	58	1	0	40	1.06
61062699--61062800	53	1.9	53	88	6	152	54	0	1	42	1.18
61064659--61064769	40	2.8	40	82	5	118	31	27	22	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61064696--61064793	40	2.5	40	83	3	117	30	27	23	18	1.98
61066834--61066953	58	2.1	58	91	0	195	40	5	20	34	1.75
61078500--61078533	16	2.1	16	88	0	50	29	26	29	14	1.95
61087372--61087529	51	3.1	51	95	0	280	30	23	13	32	1.94
61095904--61095938	17	2.1	17	100	0	70	40	11	20	28	1.87
61096748--61096832	36	2.4	36	85	0	107	24	21	23	30	1.99
61096821--61096906	40	2.2	40	84	0	109	24	17	19	38	1.93
61096671--61096873	112	1.8	113	83	5	277	24	19	22	33	1.97
61096837--61096921	40	2.1	40	84	4	109	22	21	23	32	1.98
61097013--61097059	24	2.0	24	91	0	76	55	2	19	23	1.54
61100567--61100592	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
61105845--61105889	17	2.6	17	92	0	81	22	6	20	51	1.70
61107853--61107923	20	3.7	19	71	17	58	33	9	21	35	1.86
61108701--61108771	17	4.2	17	76	8	56	29	22	18	29	1.97
61108712--61108773	17	3.6	17	74	22	58	30	24	16	29	1.96
61111883--61111917	17	2.1	17	88	0	52	62	0	25	11	1.28
61119938--61120082	43	3.4	43	76	9	136	28	15	25	30	1.96
61121498--61121542	23	2.0	23	82	8	56	13	17	15	53	1.73
61126791--61127093	151	2.0	151	87	0	435	26	17	29	27	1.97
61138029--61138073	23	2.0	22	82	4	54	40	4	17	37	1.70
61144472--61145511	44	23.6	44	97	0	1832	25	16	27	30	1.96
61145439--61145845	176	2.3	177	85	2	534	30	17	23	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61145614--61145727	44	2.6	44	85	0	147	28	18	25	28	1.98
61146511--61146563	17	2.7	21	77	16	69	37	11	13	37	1.80
61146510--61146570	17	3.4	17	70	20	52	37	9	16	36	1.82
61146790--61146834	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
61148849--61148890	17	2.4	18	80	15	52	57	0	4	38	1.20
61170833--61170980	43	3.4	43	87	0	206	33	25	16	25	1.96
61171106--61171243	31	4.5	31	81	3	152	41	18	8	31	1.81
61171106--61171254	32	4.8	31	83	2	138	42	18	8	30	1.79
61176555--61176598	23	2.0	22	90	4	70	56	2	6	34	1.38
61176559--61176617	27	2.3	25	83	16	68	57	1	8	32	1.39
61176614--61176669	25	2.3	24	84	9	69	60	0	3	35	1.14
61176683--61176758	36	2.1	36	80	11	84	51	1	9	38	1.42
61177281--61177338	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
61177317--61177371	21	2.7	21	91	5	87	36	12	12	38	1.82
61177912--61178023	44	2.5	44	86	0	152	27	24	19	28	1.99
61178132--61179649	45	33.8	45	85	3	1857	30	22	16	30	1.96
61178127--61179651	90	17.0	90	91	0	2182	30	22	16	30	1.96
61186204--61186250	23	2.0	24	87	4	69	38	17	6	38	1.75
61188358--61188446	27	3.3	27	85	0	124	42	11	23	22	1.85
61190711--61190761	25	2.0	25	85	7	68	21	3	15	58	1.53
61192995--61193030	12	3.1	11	92	8	54	52	2	2	41	1.30
61195526--61195559	15	2.3	15	90	10	52	8	0	14	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61209554--61209613	29	2.2	27	88	11	88	31	3	0	65	1.09
61210346--61210388	22	1.9	23	90	4	70	55	2	9	32	1.44
61212118--61212163	23	2.0	23	95	0	83	32	32	0	34	1.58
61215114--61215156	21	2.0	21	100	0	86	46	9	13	30	1.75
61215364--61215414	20	2.5	21	81	15	63	13	29	19	37	1.90
61223805--61223848	18	2.3	18	84	7	52	68	4	0	27	1.09
61223975--61224395	153	2.8	152	86	6	559	30	8	7	53	1.59
61226524--61226663	72	2.0	71	82	10	171	26	20	0	52	1.51
61234464--61234549	41	2.1	40	89	4	136	29	27	12	29	1.93
61242843--61243312	75	6.3	75	97	0	859	25	12	23	37	1.91
61246200--61246377	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
61246201--61246356	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
61246197--61246377	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
61246282--61246388	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
61254389--61254566	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
61254390--61254545	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
61254386--61254566	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
61257258--61257329	6	12.0	6	77	20	55	80	0	19	0	0.71
61257264--61257329	14	4.8	14	75	17	66	78	0	21	0	0.75
61257258--61257322	20	3.4	19	79	8	69	81	0	18	0	0.69
61258131--61258699	181	3.2	181	86	1	777	32	17	20	28	1.96
61258589--61258880	41	6.7	41	72	12	206	32	19	19	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61258412--61258975	222	2.5	222	86	2	754	33	18	20	27	1.96
61258673--61258975	45	6.7	45	69	14	149	33	18	20	27	1.96
61264340--61264612	28	9.5	28	87	6	377	27	11	26	34	1.91
61264368--61264611	91	2.8	84	89	8	400	28	11	25	34	1.90
61264370--61264591	119	1.9	119	95	0	399	28	10	25	35	1.90
61272251--61272404	28	5.5	28	94	1	247	27	12	27	33	1.92
61279561--61279593	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
61280158--61280321	43	3.8	43	86	4	233	26	28	20	25	1.99
61283269--61283309	22	1.9	22	95	5	75	9	43	29	17	1.80
61284840--61285026	49	3.8	49	76	6	216	27	18	25	29	1.98
61284835--61285021	99	1.9	100	93	1	322	26	19	25	29	1.98
61289277--61289309	12	2.9	11	91	8	57	63	9	9	18	1.49
61290371--61290427	30	2.0	28	86	6	78	52	3	29	14	1.58
61294665--61294791	43	3.0	43	80	5	159	34	25	14	24	1.94
61295535--61295591	10	5.6	10	79	4	60	31	24	14	29	1.94
61295535--61295595	20	3.0	20	81	11	79	31	22	13	32	1.92
61300179--61300218	11	3.8	11	80	12	57	17	12	42	27	1.85
61300188--61300237	20	2.5	20	86	0	64	16	16	40	28	1.89
61302133--61302229	42	2.3	42	89	1	142	56	4	23	15	1.56
61302235--61302294	18	3.3	18	76	0	57	60	0	30	10	1.30
61313336--61313513	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
61313337--61313492	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61313333--61313513	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
61319620--61319725	53	2.0	53	100	0	212	32	11	26	30	1.91
61322666--61322694	13	2.2	13	100	0	58	20	17	24	37	1.93
61322868--61322922	20	2.7	20	80	2	56	29	25	16	29	1.97
61324848--61324903	24	2.4	23	72	3	58	41	32	3	23	1.71
61328189--61328233	16	2.9	15	80	12	56	82	0	13	4	0.82
61328169--61328231	21	3.0	21	72	6	56	77	0	14	7	0.97
61331654--61331752	30	3.3	29	73	9	92	29	28	15	27	1.96
61339313--61339443	40	3.3	40	85	5	142	27	29	19	22	1.98
61339342--61339444	39	2.6	40	90	1	163	27	29	20	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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