genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68050399--68050621	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
68050399--68050621	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
68050399--68050654	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
68055817--68055856	12	3.3	12	85	0	53	25	40	25	10	1.86
68055834--68055939	54	2.0	54	86	0	149	24	26	31	17	1.97
68064402--68064437	18	1.9	18	88	5	54	63	8	2	25	1.36
68069999--68070036	18	2.1	18	90	0	58	31	5	18	44	1.72
68081160--68081378	39	5.6	39	88	4	325	44	19	3	32	1.68
68084484--68084539	20	2.8	19	83	8	67	60	3	0	35	1.14
68084484--68084518	10	3.4	10	88	7	52	62	2	0	34	1.10
68089934--68089979	23	2.0	23	91	0	74	34	8	17	39	1.80
68091990--68092385	196	2.0	196	91	0	639	27	20	15	36	1.93
68095429--68095477	17	2.8	18	78	9	57	42	8	2	46	1.45
68097447--68097514	28	2.4	28	85	4	84	30	26	25	17	1.97
68097865--68098088	27	8.3	26	85	5	198	17	19	19	43	1.88
68097865--68098088	54	4.2	54	85	0	279	17	19	19	43	1.88
68097879--68098088	81	2.6	81	82	2	253	17	19	20	43	1.88
68102618--68102678	25	2.4	25	81	10	72	57	0	3	39	1.15
68103228--68103274	16	3.0	15	81	9	58	51	0	2	46	1.13
68110261--68110297	18	2.0	19	89	5	58	51	0	43	5	1.24
68114428--68114461	13	2.6	13	95	0	59	23	0	20	55	1.43
68116833--68117029	76	2.6	76	82	4	227	24	20	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68120723--68120835	36	2.9	40	72	10	108	28	23	15	31	1.96
68120783--68120911	40	3.3	40	66	12	115	25	23	16	34	1.95
68120726--68120911	76	2.4	76	89	0	264	25	23	17	33	1.96
68123577--68123608	14	2.3	14	94	0	55	12	21	9	56	1.64
68123605--68123662	28	2.1	28	83	0	71	24	13	5	56	1.57
68123776--68123873	50	1.9	52	89	4	155	43	0	8	47	1.32
68131103--68131243	49	2.9	49	86	0	201	39	17	21	21	1.92
68136831--68136867	18	2.1	18	89	0	56	40	16	21	21	1.91
68141486--68141523	16	2.4	16	86	8	51	39	10	0	50	1.37
68143906--68143943	20	2.0	20	89	5	60	44	7	5	42	1.56
68143999--68144907	464	2.0	464	94	0	1613	40	13	14	31	1.84
68159358--68159399	19	2.2	19	83	8	50	45	9	0	45	1.36
68162900--68163071	75	2.3	76	87	4	240	32	13	10	43	1.78
68167981--68168034	27	2.0	27	100	0	108	33	7	11	48	1.67
68180891--68180930	19	2.0	20	85	4	55	27	7	17	47	1.74
68192677--68192710	15	2.3	14	85	14	50	38	0	32	29	1.58
68194620--68194660	21	2.0	21	85	9	57	0	36	0	63	0.95
68197193--68197233	20	2.0	20	100	0	82	43	24	4	26	1.74
68201872--68202154	104	2.9	94	74	14	277	27	19	17	35	1.94
68202639--68202686	21	2.3	21	82	3	62	25	20	27	27	1.99
68205563--68205601	20	2.0	20	90	10	62	17	23	2	56	1.53
68205795--68205938	50	2.9	50	81	4	164	21	27	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68209073--68209203	50	2.6	49	84	2	163	20	26	23	29	1.99
68213391--68213429	20	2.0	20	90	10	62	17	23	2	56	1.53
68213623--68213766	50	2.9	50	81	4	164	21	27	21	29	1.99
68217990--68218176	40	4.7	40	89	2	243	26	26	20	27	1.99
68219535--68219757	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
68219535--68219757	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
68227512--68227773	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
68235475--68235659	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
68235456--68235659	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
68249030--68250087	527	2.0	526	94	1	1845	36	14	19	29	1.92
68251422--68251493	30	2.4	30	84	9	85	25	22	22	30	1.99
68253584--68253696	39	2.9	39	91	1	172	33	3	17	45	1.66
68256478--68256509	10	3.4	10	87	12	50	25	0	0	75	0.81
68260346--68260388	22	2.0	22	95	0	77	39	4	11	44	1.62
68275234--68275292	29	2.1	27	84	6	73	22	8	3	66	1.34
68276361--68277663	258	5.0	258	98	0	2435	36	12	17	33	1.88
68277824--68277978	78	2.0	78	94	0	274	29	13	21	34	1.92
68279202--68279834	100	6.3	100	88	0	845	24	19	23	33	1.97
68279202--68279958	200	3.9	199	84	4	929	24	19	22	32	1.98
68279752--68279917	83	2.0	83	98	0	323	25	21	21	31	1.98
68281269--68281310	7	6.0	7	86	8	59	14	14	0	71	1.15
68281269--68281310	13	3.0	14	82	10	59	14	14	0	71	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68281272--68281311	20	2.0	21	95	5	73	12	12	0	75	1.06
68289484--68289543	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
68294005--68294042	10	3.8	10	83	13	51	84	0	15	0	0.63
68294005--68294041	15	2.4	16	82	13	51	83	0	16	0	0.64
68294936--68294975	6	6.7	6	94	0	71	67	15	2	15	1.34
68294942--68294981	18	2.2	18	86	0	53	70	12	5	12	1.33
68295880--68295933	7	8.0	7	87	8	85	68	0	16	14	1.21
68295880--68295933	13	4.0	14	85	9	85	68	0	16	14	1.21
68295880--68295933	20	2.7	20	97	0	99	68	0	16	14	1.21
68297317--68297411	43	2.2	44	80	14	108	35	21	24	18	1.95
68297376--68297690	142	2.2	142	90	1	499	33	18	20	27	1.96
68297508--68297592	44	1.9	44	87	0	125	31	21	20	27	1.97
68297576--68297735	44	3.4	44	71	15	149	33	15	22	28	1.95
68297552--68297782	98	2.4	98	97	0	435	33	18	19	29	1.95
68297408--68297889	240	2.0	239	89	1	741	33	18	20	27	1.96
68297983--68298142	50	3.2	50	72	3	160	33	23	17	25	1.96
68297947--68298214	100	2.7	100	86	0	365	33	23	20	23	1.97
68298004--68298579	50	11.8	50	67	12	149	32	23	20	23	1.98
68298163--68298305	42	3.2	42	73	18	137	27	25	21	25	1.99
68298144--68298405	100	2.8	92	80	9	310	29	24	22	23	1.99
68298060--68298405	192	1.8	191	87	1	523	30	24	20	23	1.98
68298207--68298575	100	3.8	98	78	7	338	32	23	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68300239--68300280	21	2.0	21	81	9	50	30	14	30	23	1.94
68303274--68303298	8	3.1	8	100	0	50	84	0	0	16	0.63
68303266--68303328	31	2.1	31	84	3	83	66	0	0	33	0.92
68303293--68303321	11	2.5	12	88	11	51	58	0	0	41	0.98
68309875--68309993	58	2.0	59	84	7	154	42	21	10	25	1.84
68313249--68313298	13	3.8	13	74	10	57	38	20	4	38	1.71
68322180--68322225	18	2.6	18	96	0	83	34	30	13	21	1.91
68325677--68325794	51	2.3	51	86	0	173	21	8	35	34	1.84
68325875--68325938	27	2.4	27	72	0	65	17	15	31	35	1.91
68327804--68327857	27	2.0	27	85	7	74	27	18	18	35	1.94
68329229--68329274	18	2.6	18	85	0	65	56	4	15	23	1.57
68329258--68329283	12	2.2	12	100	0	52	61	0	7	30	1.24
68329956--68330000	22	2.0	22	87	8	65	73	4	20	2	1.11
68330466--68330671	27	7.7	27	87	0	288	18	16	22	41	1.90
68332399--68332492	47	2.0	47	100	0	188	34	31	14	19	1.92
68334397--68334441	13	3.5	13	93	0	72	24	6	15	53	1.66
68334901--68334944	21	2.1	21	100	0	88	36	0	13	50	1.42
68354458--68354482	5	5.0	5	100	0	50	60	20	0	20	1.37
68358475--68358505	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
68364885--68366037	47	24.3	47	96	2	2099	33	8	28	30	1.86
68366209--68366287	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
68373574--68373616	22	1.9	22	85	4	59	41	16	6	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68373595--68373642	21	2.4	20	83	10	62	39	14	10	35	1.80
68373629--68373654	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
68374439--68374646	44	4.7	44	82	4	251	30	26	16	26	1.97
68374646--68375053	88	4.6	88	96	0	728	18	23	29	27	1.98
68374646--68375044	44	9.1	43	66	8	205	18	23	30	27	1.98
68375036--68375321	44	6.5	43	75	11	231	30	24	16	28	1.97
68375044--68375321	132	2.1	132	89	1	432	29	25	15	29	1.96
68380145--68380188	17	2.6	17	85	3	63	47	0	11	40	1.39
68380114--68380228	60	1.9	58	81	10	133	52	1	11	34	1.48
68380308--68380361	3	18.0	3	96	0	99	64	0	1	33	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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