Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   

This is table  279  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85285230--85285278
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0
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0
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19
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22
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2.1
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20
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375
25
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2.0
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24
19
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132
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26
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1.99
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2.1
19
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5
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55
13
18
13
1.69
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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16
2.1
17
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52
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23
1.63
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2.5
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10
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0
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7
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0
2
34
1.07
85318756--85318841
20
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20
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0
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85318779--85318857
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20
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119
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1750
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18
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29
20
19
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1.9
30
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0
80
31
24
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37
1.82
85356023--85356287
103
2.6
104
91
0
424
29
30
20
19
1.97
85356615--85356679
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2.2
29
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8
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35
1.81
85356622--85356679
30
1.9
30
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0
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31
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1.82
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2.4
18
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65
2
9
23
1.34
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2
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49.0
6
70
19
99
63
5
1
30
1.26
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2
29
1.30
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18
12.2
17
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115
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1
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1.20
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148
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1.38
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3
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1.00
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1.97
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11
107
32
19
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24
1.97
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1.98
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130
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20
22
26
1.98
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112
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23
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25
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42
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1.53
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2.0
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55
1.55
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85373011--85373043
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0
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0
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16
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0
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50
12
3
34
1.56
85390950--85391318
181
2.0
181
93
0
621
31
21
21
24
1.98
85391991--85392049
20
2.9
21
80
12
61
62
1
0
35
1.05
85394565--85394617
22
2.4
23
81
9
65
33
3
1
60
1.26
85394583--85394656
24
3.0
26
74
21
79
35
4
4
56
1.37
85399376--85399403
13
2.2
13
100
0
56
25
0
7
67
1.15
85401592--85401762
85
2.0
86
90
3
274
31
21
18
28
1.97
85415509--85415588
29
2.7
30
78
3
99
28
11
17
42
1.84
85418922--85418947
11
2.4
11
100
0
52
0
23
0
76
0.78
85424643--85424695
18
2.8
19
91
8
90
35
11
16
35
1.85
85424656--85424718
23
3.0
22
84
11
71
36
7
17
38
1.79
85432994--85433936
220
4.3
220
91
1
1495
31
17
22
27
1.97
85433901--85434368
78
6.0
78
91
0
711
31
17
24
26
1.97
85434399--85434567
89
1.9
89
88
0
257
31
13
28
27
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85434382--85434575
45
4.3
45
81
3
221
33
13
27
25
1.93
85434930--85435001
19
3.9
19
85
10
105
38
6
15
38
1.74
85434962--85435024
23
3.0
22
84
11
71
36
7
17
38
1.79
85435291--85435318
10
2.8
10
100
0
56
17
0
0
82
0.68
85437581--85437632
26
2.0
26
92
0
86
40
9
13
36
1.77
85444195--85444224
15
2.0
15
93
0
51
53
10
0
36
1.35
85447575--85447599
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
85454218--85454255
13
2.9
13
88
0
58
36
18
7
36
1.80
85454920--85454948
13
2.1
14
93
6
51
55
13
0
31
1.39
85456826--85456859
13
2.8
12
86
8
50
44
8
0
47
1.34
85462242--85462456
45
4.8
45
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4
168
26
17
14
41
1.88
85462250--85462465
90
2.4
90
84
5
260
25
18
12
43
1.85
85462250--85462509
89
2.9
89
81
7
253
25
18
13
43
1.86
85472573--85472613
7
6.0
7
81
13
50
39
2
0
58
1.11
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39
2.0
39
94
0
136
58
2
32
6
1.37
85482768--85482982
88
2.4
87
77
6
209
40
19
6
33
1.78
85483070--85483135
27
2.4
28
75
10
73
62
1
3
33
1.20
85483090--85483128
17
2.3
16
83
12
51
69
2
5
23
1.21
85491689--85491736
16
3.1
15
90
6
69
64
2
2
31
1.16
85491685--85491740
24
2.3
24
81
6
69
66
1
1
30
1.12
85491685--85491736
8
6.5
8
82
8
61
65
1
1
30
1.14
85503950--85504007
9
6.4
9
78
11
57
65
1
0
32
1.03
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85503943--85503997
24
2.2
26
87
12
80
65
3
0
30
1.10
85505585--85505636
27
2.0
25
92
7
86
44
42
0
13
1.44
85505717--85505816
30
3.3
30
81
2
130
20
4
48
28
1.67
85505763--85505831
30
2.3
30
89
0
102
20
4
47
27
1.68
85505717--85505831
60
1.9
60
82
7
144
21
4
46
26
1.70
85507480--85507546
31
2.2
32
94
5
120
40
11
16
31
1.85
85508226--85508255
14
2.1
14
100
0
60
43
6
20
30
1.77
85519797--85519844
20
2.3
21
92
3
80
33
14
12
39
1.84
85521057--85521103
17
2.9
16
78
15
51
72
4
0
23
1.02
85521057--85521106
16
3.1
16
80
13
57
70
6
0
24
1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313