genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56010030--56010071	18	2.3	18	83	0	57	21	47	2	28	1.63
56010674--56010837	12	13.7	12	65	21	60	54	10	0	34	1.35
56010802--56010834	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
56011145--56011182	18	2.1	18	95	0	67	15	23	31	28	1.96
56011407--56011472	31	2.1	31	82	0	78	59	1	4	34	1.27
56033046--56033077	11	2.9	11	100	0	64	65	9	15	9	1.46
56047513--56047560	25	1.9	25	91	8	80	14	14	10	60	1.59
56048407--56049119	44	16.2	44	76	7	653	28	15	26	29	1.96
56048407--56049119	132	5.4	132	92	1	1180	28	15	26	29	1.96
56050498--56050561	27	2.4	27	81	0	83	26	3	4	65	1.27
56056987--56057038	20	2.7	19	82	5	68	69	0	0	30	0.89
56057013--56057044	15	2.1	15	94	0	55	71	0	0	28	0.86
56060709--56060767	24	2.5	24	85	0	82	20	27	16	35	1.94
56066143--56066822	340	2.0	336	95	2	1229	23	19	14	42	1.88
56070081--56070156	15	5.2	15	74	13	61	34	2	6	56	1.39
56070064--56070107	7	6.6	7	97	2	74	29	0	13	56	1.38
56071431--56071509	29	2.8	29	78	1	88	18	17	25	37	1.93
56074604--56074661	21	2.9	21	76	5	66	46	24	17	12	1.81
56074621--56074691	21	3.4	21	74	0	61	40	21	23	14	1.89
56074629--56074764	42	3.2	41	79	8	139	44	19	19	16	1.86
56083217--56083328	41	2.7	40	80	5	127	16	23	23	36	1.94
56083468--56083644	82	2.2	82	97	0	336	28	15	20	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56084544--56084580	10	3.7	10	92	0	65	43	0	13	43	1.44
56084648--56084699	27	1.9	27	88	0	77	40	0	9	50	1.35
56086013--56086042	14	2.1	14	100	0	60	26	13	6	53	1.64
56086569--56086608	11	3.7	11	90	3	64	35	10	27	27	1.89
56087950--56088051	17	5.6	17	79	13	105	47	12	0	39	1.49
56088056--56088126	13	5.5	13	86	0	106	39	7	2	50	1.44
56087942--56088084	57	2.5	57	95	0	250	43	10	2	44	1.50
56088056--56088127	26	2.8	26	100	0	144	40	6	2	50	1.44
56088390--56088616	19	12.5	19	68	23	100	46	19	0	32	1.56
56088405--56088526	18	6.4	18	67	25	74	44	18	1	35	1.60
56088386--56088791	26	16.1	26	87	7	579	46	20	0	32	1.56
56088563--56088693	19	7.5	19	62	26	65	48	20	0	30	1.55
56088510--56088791	77	3.7	76	95	1	492	47	20	0	31	1.54
56088783--56088836	9	5.7	10	79	20	55	42	20	0	37	1.52
56088757--56088822	18	3.6	18	84	10	89	46	18	0	34	1.49
56088672--56088836	18	9.5	18	66	30	69	45	20	0	33	1.52
56094287--56094357	21	3.4	21	80	0	79	33	18	45	2	1.64
56094581--56094614	14	2.4	14	95	0	59	17	8	20	52	1.71
56094667--56095053	42	9.2	42	85	5	397	26	20	21	32	1.97
56094768--56095053	42	6.8	42	91	3	443	23	21	21	33	1.97
56094765--56095053	125	2.3	125	92	1	463	24	21	21	32	1.98
56095372--56095430	25	2.4	25	88	0	82	22	3	33	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56097433--56097505	25	2.9	25	85	6	94	36	34	4	24	1.75
56106355--56106403	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
56117827--56117925	49	2.0	50	88	2	146	46	19	19	15	1.84
56119344--56119796	132	3.4	132	88	1	631	32	19	22	25	1.98
56119394--56119708	44	7.2	44	66	10	142	32	19	22	25	1.98
56119724--56119914	88	2.2	87	79	6	197	27	21	25	24	2.00
56124653--56124791	61	2.3	61	100	0	278	29	20	23	25	1.99
56127762--56127868	25	4.3	25	79	9	110	20	28	18	31	1.96
56127762--56127868	50	2.1	50	81	6	128	20	28	18	31	1.96
56131758--56131799	21	2.0	21	95	0	75	45	0	7	47	1.30
56132738--56132864	41	3.1	41	94	0	209	28	17	23	30	1.97
56148795--56149098	44	6.9	44	66	9	136	31	19	22	26	1.98
56148892--56149344	132	3.4	132	88	0	647	32	20	21	25	1.97
56149162--56149256	44	2.2	44	84	0	118	32	20	22	25	1.97
56157242--56157348	25	4.3	25	92	0	160	17	29	20	31	1.96
56161238--56161279	21	2.0	21	95	0	75	45	0	7	47	1.30
56162222--56162348	41	3.1	41	95	0	218	27	17	24	30	1.97
56162222--56162377	82	1.9	82	82	5	199	28	17	23	30	1.97
56169777--56171374	804	2.0	797	97	1	2991	36	7	17	39	1.76
56174202--56174269	25	2.7	25	100	0	136	19	33	20	26	1.96
56174202--56174294	25	3.7	25	91	2	125	20	34	17	27	1.95
56174255--56174303	25	2.0	25	91	0	80	20	34	12	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56174202--56174320	50	2.4	50	81	7	134	21	32	17	28	1.96
56174255--56174319	25	2.6	25	82	4	69	21	33	15	29	1.94
56175229--56175319	43	2.1	43	91	0	146	18	28	32	19	1.96
56175239--56175330	43	2.1	43	89	0	139	17	27	31	23	1.97
56176276--56176470	76	2.6	76	75	11	175	33	20	24	22	1.97
56184257--56185102	423	2.0	423	100	0	1692	34	19	4	40	1.74
56195551--56195789	77	3.1	77	98	0	451	41	7	10	39	1.69
56196012--56196102	9	10.3	9	72	9	80	28	3	23	45	1.69
56196312--56196401	13	6.8	13	75	12	76	43	4	10	42	1.58
56196247--56196384	53	2.6	53	87	0	204	44	5	10	39	1.61
56196554--56196637	44	1.9	43	88	9	125	48	3	3	44	1.37
56196972--56197023	7	7.3	7	82	4	68	73	11	11	3	1.23
56196972--56197025	21	2.5	21	90	3	90	72	11	11	5	1.28
56198944--56199040	47	2.1	47	86	0	131	45	2	8	44	1.45
56199037--56199078	18	2.3	18	88	8	59	14	2	0	83	0.75
56199094--56199123	9	3.4	9	90	9	53	30	10	0	60	1.30
56199072--56199115	19	2.3	18	85	14	54	27	6	4	61	1.41
56199081--56199128	17	2.6	19	81	18	66	35	8	2	54	1.42
56199095--56199128	8	4.2	8	89	10	52	35	8	0	55	1.31
56199117--56199171	21	2.7	20	71	23	51	41	7	1	49	1.41
56199220--56199394	89	2.0	89	87	2	253	42	26	1	29	1.65
56199378--56199414	14	2.6	14	86	0	56	32	45	0	21	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56199368--56199408	7	5.9	7	88	0	55	29	48	0	21	1.50
56199508--56199532	12	2.1	12	100	0	50	32	52	0	16	1.44
56199586--56199615	9	3.4	9	90	9	53	30	10	0	60	1.30
56199564--56199607	19	2.3	18	85	14	54	27	6	4	61	1.41
56199573--56199620	17	2.6	19	81	18	66	35	8	2	54	1.42
56199587--56199620	8	4.2	8	89	10	52	35	8	0	55	1.31
56199609--56199663	21	2.7	20	71	23	51	41	7	1	49	1.41
56199774--56199824	7	7.6	7	82	8	70	31	49	0	19	1.49
56199864--56199897	15	2.3	15	90	5	52	35	29	0	35	1.58
56200051--56200728	114	6.0	113	85	4	866	28	26	21	23	1.99
56204485--56204511	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
56206072--56206117	13	3.5	14	85	8	53	69	0	0	30	0.89
56207891--56207988	20	4.9	20	76	14	94	33	0	3	63	1.10
56207921--56207992	10	7.6	9	74	11	63	27	0	2	69	1.02
56207941--56207997	29	2.0	29	86	6	80	28	1	3	66	1.18
56222793--56223832	87	12.0	87	97	0	1915	28	15	26	28	1.96
56227785--56227830	23	2.0	23	100	0	92	47	17	8	26	1.76
56232384--56232431	21	2.3	20	82	7	51	56	2	2	39	1.23
56234835--56234892	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
56257929--56257971	19	2.1	21	87	8	63	27	4	4	62	1.35
56257985--56258025	22	2.0	22	85	9	59	29	0	7	63	1.21
56261526--56261586	21	2.8	23	85	14	94	34	27	24	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56261512--56261598	21	4.0	23	79	10	83	36	25	22	14	1.93
56261554--56261663	55	2.0	55	98	0	211	37	23	22	16	1.94
56261609--56261653	23	2.0	23	86	0	63	37	24	22	15	1.93
56262029--56262076	15	3.3	15	91	2	80	52	12	0	35	1.40
56263354--56263390	5	7.4	5	100	0	74	59	0	0	40	0.97
56263413--56263441	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
56270399--56270469	37	1.9	37	83	11	92	53	1	2	42	1.24
56270584--56270632	11	4.4	11	77	12	55	28	4	0	67	1.09
56280359--56280407	24	2.0	24	84	0	62	42	0	2	55	1.11
56287553--56287578	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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