genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27544211--27544265	27	2.0	27	82	6	67	49	3	1	45	1.30
27544425--27544467	16	2.6	16	82	14	52	34	2	4	58	1.32
27554728--27556576	924	2.0	924	99	0	3664	24	17	27	30	1.97
27561201--27561239	18	2.3	18	86	8	55	12	2	17	66	1.35
27569972--27570014	9	4.8	9	79	0	50	27	6	4	60	1.43
27569964--27570014	18	2.9	18	88	2	68	27	5	3	62	1.36
27569962--27570004	3	14.7	3	81	13	54	30	4	0	65	1.13
27570115--27570149	5	7.2	5	87	6	54	22	0	0	77	0.78
27570113--27570149	15	2.5	15	95	4	67	24	0	0	75	0.80
27570248--27570307	26	2.3	26	85	0	75	28	3	3	65	1.25
27578943--27578980	19	2.0	20	84	5	51	42	5	2	50	1.39
27582237--27582429	96	2.0	97	96	1	361	34	13	24	26	1.93
27590832--27590868	12	3.0	12	84	7	56	35	5	0	59	1.20
27590848--27590889	19	2.2	19	86	0	57	38	4	0	57	1.20
27592689--27592758	30	2.3	31	82	9	90	50	4	4	41	1.42
27594237--27594271	8	4.2	8	96	3	61	74	0	14	11	1.08
27594654--27594701	25	1.9	25	95	0	87	37	18	6	37	1.76
27609589--27609656	34	2.0	34	85	5	93	20	23	23	32	1.98
27633315--27633339	13	1.9	13	100	0	50	40	24	16	20	1.91
27634442--27634471	9	3.3	9	95	0	51	73	0	0	26	0.84
27634888--27634961	37	2.0	37	100	0	148	35	13	13	37	1.84
27640212--27640805	297	2.0	295	97	0	1134	35	13	13	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27642573--27642621	25	2.0	25	84	8	64	61	6	6	26	1.43
27655630--27655668	21	1.9	20	84	5	51	48	12	12	25	1.77
27664657--27664684	14	2.0	14	100	0	56	42	0	14	42	1.45
27667968--27668025	18	3.2	17	81	13	55	6	24	0	68	1.13
27668046--27668090	17	2.5	18	82	10	56	13	15	0	71	1.15
27668617--27668674	30	1.9	31	89	3	91	18	1	17	62	1.42
27670510--27670536	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
27672095--27672119	3	8.3	3	100	0	50	36	32	0	32	1.58
27672897--27672921	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
27676070--27676120	14	3.5	14	79	10	66	41	0	0	58	0.98
27676067--27676127	30	2.0	30	100	0	122	44	0	0	55	0.99
27676562--27676675	22	5.2	22	69	16	76	43	32	1	21	1.63
27676492--27676673	65	2.8	64	77	7	181	44	30	1	23	1.63
27676724--27676796	28	2.6	28	84	6	94	54	23	1	20	1.52
27676966--27677014	7	7.0	7	95	0	89	69	0	2	28	1.00
27677012--27677036	7	3.6	7	100	0	50	40	0	0	60	0.97
27681088--27681271	43	4.3	43	76	4	178	25	17	25	31	1.97
27681604--27681641	16	2.4	17	82	13	53	71	0	10	18	1.14
27690674--27691081	204	2.0	204	100	0	816	41	11	17	29	1.85
27698313--27698378	34	2.0	33	85	8	89	43	10	12	33	1.76
27698809--27698986	41	4.3	41	81	0	185	39	16	21	21	1.92
27699536--27699568	15	2.3	15	89	5	50	24	0	27	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27699574--27699647	7	11.0	7	73	5	55	17	1	35	45	1.57
27699574--27699645	27	2.7	28	85	10	89	18	1	33	47	1.57
27700835--27700892	28	2.1	28	84	9	75	10	37	0	51	1.36
27703187--27703417	9	25.9	9	76	7	159	45	18	1	34	1.60
27703188--27703396	63	3.3	63	80	6	219	45	18	1	34	1.59
27703244--27703363	43	2.7	45	83	7	165	47	17	1	33	1.58
27703332--27703450	27	4.3	27	83	6	123	46	15	4	33	1.66
27708466--27708494	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
27709311--27709515	43	4.8	43	79	0	196	23	20	25	30	1.99
27709920--27709966	24	1.9	25	83	12	62	6	2	36	55	1.37
27712582--27712627	2	23.0	2	100	0	92	50	50	0	0	1.00
27713028--27713068	12	3.5	12	84	12	50	21	7	4	65	1.37
27715102--27715197	27	3.5	27	72	20	90	30	17	8	43	1.78
27716235--27716281	11	4.1	11	81	10	58	51	2	0	46	1.13
27716242--27716266	13	1.9	13	100	0	50	48	4	0	48	1.20
27734382--27734495	41	2.9	39	72	13	101	25	19	25	29	1.98
27739514--27739672	49	3.3	49	80	7	146	24	27	18	30	1.98
27739593--27739812	46	4.7	48	78	14	176	23	29	17	29	1.97
27739643--27739812	92	1.8	93	86	7	247	24	29	17	28	1.97
27745503--27745764	46	5.6	48	80	12	280	23	29	18	28	1.98
27745501--27745769	94	2.9	93	79	10	307	23	30	18	27	1.98
27745503--27745764	140	1.9	140	84	8	354	23	29	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27757269--27757314	19	2.4	19	85	3	65	50	15	8	26	1.73
27757298--27757335	14	2.7	14	88	8	51	39	15	5	39	1.70
27762907--27762946	21	2.0	20	95	5	71	65	0	7	27	1.20
27764299--27764357	27	2.2	27	84	0	73	44	6	6	42	1.57
27764312--27764364	27	2.0	27	88	0	79	43	7	7	41	1.61
27764399--27764482	41	2.0	41	93	0	141	42	4	8	44	1.55
27764781--27764848	33	2.1	33	97	0	127	33	16	2	47	1.62
27764812--27764858	19	2.4	19	82	10	51	36	12	2	48	1.53
27765137--27765204	24	3.0	22	80	12	66	45	2	7	44	1.46
27769111--27769176	30	2.2	31	83	8	82	42	1	6	50	1.36
27769399--27769445	18	2.6	18	82	0	58	63	2	2	31	1.18
27771077--27771110	8	4.4	8	96	3	61	35	0	0	64	0.94
27774415--27774498	27	3.1	27	85	10	109	35	21	22	20	1.96
27774419--27774510	27	3.4	26	82	10	105	36	19	23	19	1.95
27775619--27775674	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
27779309--27779434	40	3.2	40	81	8	159	13	15	27	43	1.84
27784156--27784232	38	2.0	38	100	0	154	38	22	2	36	1.68
27788208--27788315	26	4.2	26	91	0	180	32	8	24	35	1.85
27790410--27790438	8	3.8	8	90	9	51	86	0	13	0	0.58
27790410--27790438	15	1.9	15	100	0	58	86	0	13	0	0.58
27794605--27794643	20	2.0	20	100	0	78	25	30	25	17	1.97
27803721--27803825	53	2.0	53	100	0	210	24	6	19	49	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27803724--27803812	29	3.2	29	64	20	82	25	6	17	49	1.71
27803731--27803814	25	3.2	25	66	21	73	23	7	19	50	1.72
27804225--27804263	21	1.9	20	84	5	51	53	7	2	35	1.43
27806082--27806106	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
27807042--27807084	21	2.0	21	100	0	86	32	9	18	39	1.83
27807792--27807875	43	2.0	43	83	9	109	29	27	16	26	1.97
27808963--27809013	26	2.0	26	96	0	93	43	31	9	15	1.80
27818158--27818187	14	2.1	14	93	0	51	20	0	16	63	1.31
27818701--27818730	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
27819341--27819451	56	2.0	56	96	0	204	26	14	25	34	1.94
27819343--27819464	56	2.2	56	92	0	199	26	13	23	36	1.91
27820941--27820972	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
27820942--27820972	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
27825081--27825112	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
27825082--27825112	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
27833331--27835929	648	4.0	649	95	0	4620	32	8	19	38	1.83
27838675--27838834	33	4.8	33	73	10	121	18	41	16	23	1.89
27838669--27838830	66	2.5	66	76	4	157	17	39	17	24	1.92
27845076--27845111	18	1.9	19	94	5	65	2	22	0	75	0.94
27852341--27852386	23	2.1	23	84	8	60	43	15	4	36	1.66
27852341--27852399	22	2.7	22	82	7	66	40	16	5	37	1.71
27852378--27852428	17	2.8	19	88	11	88	35	13	11	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27852369--27852416	19	2.5	19	75	25	55	33	16	8	41	1.78
27866404--27866430	13	2.1	13	100	0	54	66	11	7	14	1.43
27866880--27866907	7	4.0	7	100	0	56	57	14	0	28	1.38
27869612--27869662	25	2.0	25	81	7	59	19	17	7	54	1.67
27870338--27870401	31	2.1	31	96	0	119	45	25	7	21	1.78
27870746--27870827	27	3.0	27	96	0	146	36	18	30	14	1.91
27879296--27879330	13	2.7	13	86	0	52	65	0	0	34	0.93
27885399--27885451	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
27887795--27887822	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
27888412--27888454	11	3.8	11	77	17	52	32	0	4	62	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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