genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   

This is table  30  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10331804--10332075	48	5.9	48	78	9	280	29	16	22	30	1.96
10331809--10332075	95	2.9	95	75	13	288	29	16	22	31	1.96
10331778--10332098	133	2.4	133	94	0	552	29	15	23	30	1.96
10335471--10335881	47	8.7	47	97	0	750	29	30	8	32	1.86
10338270--10338508	116	2.1	116	93	0	406	35	14	10	38	1.81
10343239--10343440	40	5.1	40	80	3	192	18	30	18	32	1.95
10343239--10343381	20	7.2	20	72	7	112	18	31	20	30	1.96
10369521--10369605	34	2.5	34	84	3	100	23	27	25	23	2.00
10378334--10378526	78	2.5	77	80	3	233	43	11	12	33	1.78
10379478--10380084	303	2.0	303	100	0	1214	37	16	7	39	1.76
10383880--10383904	10	2.5	10	100	0	50	44	16	0	40	1.47
10384571--10384775	105	2.0	105	98	0	392	32	12	15	40	1.84
10384946--10385065	38	3.2	38	68	13	122	55	1	25	17	1.51
10384939--10385086	74	2.0	74	97	0	278	50	2	25	20	1.61
10387130--10387391	39	6.6	39	85	6	293	24	26	21	26	2.00
10387130--10387388	118	2.2	119	82	10	309	24	27	21	27	1.99
10388091--10388282	100	1.9	100	96	0	357	42	21	13	22	1.88
10388569--10388593	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
10403863--10404040	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
10403864--10404019	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
10403860--10404040	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
10407285--10407460	46	3.8	46	79	5	203	21	20	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10407281--10407452	93	1.8	93	91	2	283	20	20	30	27	1.98
10418562--10418612	26	2.0	26	96	0	93	49	17	9	23	1.77
10418616--10418641	10	2.6	10	100	0	52	15	7	7	69	1.35
10428517--10428632	41	2.9	40	81	8	119	25	14	26	32	1.95
10428541--10428653	41	2.8	39	78	6	109	24	15	28	30	1.96
10430618--10430696	28	2.8	28	86	0	104	34	12	24	29	1.92
10434383--10434538	30	5.4	30	82	13	191	48	14	17	19	1.81
10434391--10434563	79	2.2	79	86	6	235	47	13	18	20	1.82
10434383--10434563	85	2.1	84	87	6	258	48	13	18	19	1.81
10434383--10434538	6	25.8	6	75	15	144	48	14	17	19	1.81
10434705--10434762	27	2.1	27	81	6	64	37	27	18	15	1.92
10435065--10435147	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
10435345--10435532	27	7.0	26	83	4	189	25	19	19	36	1.95
10435348--10435532	81	2.3	82	84	2	232	25	19	18	36	1.95
10435545--10435927	27	14.2	27	83	3	430	40	8	21	28	1.83
10440471--10440534	28	2.3	28	83	0	74	34	14	23	28	1.93
10440488--10440552	28	2.3	28	83	0	85	38	9	23	29	1.85
10446232--10446358	27	4.7	27	80	0	119	35	21	18	24	1.96
10446506--10446589	27	3.1	27	78	6	82	22	20	19	38	1.94
10446779--10446842	33	1.9	33	83	0	83	25	23	25	26	2.00
10449254--10449332	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
10453665--10453804	70	2.0	70	94	2	246	32	22	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10454997--10455075	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
10455194--10455776	47	12.4	47	98	0	1112	29	30	8	32	1.87
10459338--10459600	40	6.6	40	84	4	300	24	27	23	24	2.00
10459908--10459986	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
10459968--10460070	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
10461936--10462014	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
10462132--10462258	47	2.7	47	92	1	218	29	29	9	31	1.89
10468335--10468413	29	2.7	29	84	5	97	27	31	16	24	1.96
10476544--10477119	27	21.3	26	72	10	160	34	20	9	35	1.85
10476696--10476897	54	3.7	54	84	2	208	28	19	8	43	1.80
10476696--10476908	81	2.6	81	83	5	261	29	19	7	43	1.79
10476858--10477078	54	4.1	54	82	8	186	37	22	8	32	1.84
10476755--10476934	81	2.2	81	84	3	229	30	20	7	41	1.81
10476561--10476948	81	4.8	81	73	6	205	32	20	8	37	1.84
10476888--10477080	81	2.4	81	84	2	210	38	22	8	31	1.83
10476898--10477103	54	3.8	54	85	1	234	39	20	8	31	1.83
10476926--10477094	81	2.1	81	85	2	223	40	20	8	30	1.83
10477116--10477337	81	2.7	80	82	5	268	40	16	18	24	1.91
10477124--10477337	27	7.9	27	84	3	225	39	16	18	24	1.91
10477714--10477791	31	2.5	31	83	2	95	20	16	14	48	1.80
10481177--10481343	43	3.9	43	74	9	135	28	13	23	34	1.93
10485010--10485153	77	1.9	77	81	5	175	50	11	11	26	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10489656--10490417	380	2.0	379	96	0	1416	27	21	16	34	1.95
10494678--10494940	47	5.6	47	90	1	400	32	8	30	29	1.87
10494678--10494940	96	2.8	96	90	2	408	32	8	30	29	1.87
10494678--10494940	143	1.9	141	90	1	418	32	8	30	29	1.87
10500594--10500771	40	4.5	40	86	4	227	24	27	22	25	2.00
10503078--10503248	39	4.4	39	90	0	234	24	26	18	29	1.98
10513031--10513092	31	2.0	31	100	0	124	25	32	19	22	1.97
10517415--10517485	26	2.6	28	75	8	83	30	21	28	19	1.97
10524252--10524511	100	2.6	100	80	4	274	29	11	17	40	1.86
10524252--10524517	50	5.3	50	82	3	248	29	12	18	40	1.87
10529506--10529763	129	2.0	129	95	1	464	32	15	18	32	1.92
10532075--10532340	50	5.3	50	80	5	259	29	11	19	39	1.87
10544777--10544855	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
10544761--10545142	47	8.1	47	95	1	665	31	8	30	29	1.87
10544761--10545142	143	2.7	141	95	0	665	31	8	30	29	1.87
10545261--10545340	37	2.2	37	84	4	99	23	17	30	28	1.97
10560316--10560378	29	2.1	30	94	2	110	14	25	39	20	1.90
10561321--10561486	45	3.7	45	91	0	260	26	25	24	22	2.00
10564801--10564915	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
10564826--10564915	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
10565021--10565197	28	6.3	28	95	0	300	29	9	26	34	1.87
10570362--10570564	85	2.3	88	85	7	256	26	27	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10570351--10570564	45	4.9	44	85	8	262	26	28	22	23	1.99
10574465--10574566	24	4.4	22	74	16	82	32	18	21	27	1.97
10575312--10575396	43	2.0	43	92	0	143	41	21	10	27	1.85
10577600--10577771	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
10577592--10577767	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
10580153--10580241	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
10580153--10580232	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
10580164--10580241	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
10583173--10583343	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
10583165--10583340	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
10586074--10586100	11	2.5	11	100	0	54	40	0	7	51	1.30
10587434--10587488	28	1.9	29	88	3	85	27	9	30	32	1.88
10593834--10593868	16	2.2	16	89	0	52	51	14	20	14	1.76
10594097--10594162	29	2.3	29	81	5	89	24	12	36	27	1.91
10596586--10596611	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
10597216--10597248	18	1.9	17	88	11	50	45	12	15	27	1.81
10599379--10599413	16	2.2	16	94	0	61	51	17	20	11	1.75
10599630--10599715	28	3.0	29	83	12	108	24	12	33	29	1.92
10599630--10599720	29	3.2	30	84	9	120	24	13	32	29	1.93
10602087--10602189	46	2.2	48	87	3	147	34	14	24	26	1.94
10604159--10604308	75	2.0	75	94	0	264	32	15	22	29	1.95
10622288--10622358	35	2.0	35	100	0	142	39	11	19	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10625625--10625670	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
10636788--10636923	72	1.9	72	95	0	245	36	20	17	25	1.95
10639963--10639987	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
10640538--10640716	27	6.6	27	82	7	184	27	15	27	29	1.96
10640540--10640695	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
10640536--10640716	82	2.2	81	81	2	220	27	14	27	29	1.96
10649023--10649195	46	3.7	46	73	14	158	22	19	27	30	1.98
10649016--10649187	93	1.8	93	90	2	274	22	20	27	29	1.99
10653131--10653277	43	3.4	42	80	7	170	34	23	13	28	1.93
10654874--10654898	11	2.3	11	100	0	50	24	0	8	68	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313