genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   

This is table  242  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74839928--74839977	18	2.5	20	81	18	61	2	16	2	80	0.91
74841131--74841224	33	2.8	32	76	7	98	32	10	14	41	1.81
74843912--74844157	132	1.9	132	94	0	438	16	24	8	49	1.74
74844190--74844244	19	3.0	19	81	5	51	45	3	0	50	1.19
74847898--74847939	3	13.0	3	85	14	57	2	33	2	61	1.21
74849250--74849283	17	1.9	18	88	5	52	0	35	0	64	0.94
74849241--74849303	25	2.6	24	83	11	83	0	30	0	69	0.88
74853142--74853211	21	3.4	21	72	18	67	37	1	8	52	1.41
74853228--74853273	18	2.6	18	86	3	58	43	0	2	54	1.12
74853240--74853527	59	4.8	59	70	15	234	40	0	3	54	1.23
74853176--74853527	120	3.0	120	96	1	647	41	0	4	53	1.27
74853480--74853514	17	2.0	18	94	5	63	40	0	0	60	0.97
74853442--74853553	54	2.1	55	81	8	131	44	0	3	50	1.25
74860375--74860409	17	2.1	17	89	10	54	74	2	22	0	0.95
74865633--74865693	26	2.3	27	86	10	83	45	11	11	31	1.76
74872942--74872978	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
74873800--74873836	19	1.9	19	88	0	56	35	5	24	35	1.78
74877094--74877163	7	10.0	7	77	0	59	17	1	37	44	1.57
74877314--74877352	15	2.5	16	84	16	55	61	0	2	35	1.10
74877583--74877638	16	3.5	16	80	7	69	66	3	7	23	1.33
74877955--74878014	24	2.5	24	76	10	61	30	43	3	23	1.70
74878415--74878446	12	2.7	12	95	0	55	31	6	6	56	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74880192--74880236	22	2.1	21	87	4	63	42	13	4	40	1.64
74880223--74880531	9	33.2	9	69	24	87	48	11	0	39	1.40
74880205--74880558	31	11.0	31	83	11	387	48	11	0	39	1.43
74880213--74880407	34	5.7	34	85	8	261	47	12	0	39	1.45
74880223--74880353	25	5.1	25	67	26	69	48	13	0	38	1.43
74880428--74880479	14	3.2	18	64	25	51	50	9	0	40	1.35
74880272--74880558	152	1.9	152	99	0	565	49	11	0	39	1.39
74883372--74883495	42	3.0	42	80	5	144	25	24	20	30	1.98
74884077--74884136	6	10.2	6	78	10	54	61	0	1	36	1.06
74884088--74884143	26	2.2	26	84	12	71	57	0	1	41	1.09
74884330--74884381	25	2.1	25	81	0	59	55	9	7	26	1.59
74885724--74885778	22	2.5	22	100	0	110	41	18	23	16	1.89
74888892--74888962	21	3.4	21	82	7	90	5	45	16	32	1.71
74893510--74893553	23	1.9	23	86	9	63	56	6	2	34	1.38
74892880--74893743	376	2.3	377	90	4	1328	42	21	5	30	1.75
74894392--74894559	84	2.0	84	91	0	273	36	27	19	16	1.93
74894312--74894727	198	2.1	198	90	1	654	33	26	20	19	1.96
74894713--74895089	84	4.4	84	91	1	583	34	27	19	18	1.95
74894589--74895089	168	3.0	168	89	4	741	35	27	19	17	1.94
74895673--74895701	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
74900140--74900181	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
74900326--74900424	45	2.2	45	85	5	130	33	28	5	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74900485--74900535	20	2.5	21	77	3	59	37	33	7	21	1.82
74900485--74900546	21	3.0	20	73	4	61	38	32	8	20	1.82
74900800--74900854	26	2.1	27	83	10	69	61	1	7	29	1.33
74900805--74900860	26	2.2	25	81	9	60	60	1	8	28	1.37
74920675--74920738	13	4.9	13	84	0	83	35	23	7	32	1.84
74921807--74921839	7	4.9	7	92	3	50	72	15	0	12	1.12
74932775--74932841	21	3.1	21	82	4	71	34	32	2	29	1.73
74933156--74933197	11	3.7	12	82	17	54	78	0	11	9	0.96
74936662--74936705	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
74939038--74939068	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
74939058--74939150	44	2.1	46	84	8	120	31	4	25	38	1.75
74939244--74939333	26	3.3	26	73	15	67	47	3	2	46	1.31
74939307--74939372	21	3.0	23	75	20	68	53	3	0	43	1.16
74947287--74947327	19	2.3	19	84	12	52	7	2	7	82	0.91
74954740--74954770	12	2.6	12	94	0	53	38	0	0	61	0.96
74962984--74963009	3	8.7	3	100	0	52	0	0	34	65	0.93
74966137--74966195	29	2.0	29	93	0	100	15	28	20	35	1.93
74966137--74966218	29	2.9	29	85	1	85	14	26	21	36	1.93
74966228--74966301	28	2.6	29	89	4	114	13	27	18	40	1.88
74966141--74966325	79	2.3	79	83	1	228	14	27	19	38	1.90
74968830--74968854	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
74971878--74971906	3	9.7	3	100	0	58	34	31	0	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74977754--74978218	251	1.9	251	88	2	702	29	17	20	32	1.96
74985146--74985184	9	4.3	9	86	0	60	46	15	0	38	1.46
74985142--74985186	18	2.5	18	92	0	72	48	13	0	37	1.42
74985201--74985233	15	2.3	15	89	5	50	36	3	0	60	1.12
74985356--74985720	9	41.3	9	81	4	395	47	16	0	35	1.53
74986081--74986148	35	1.9	35	93	3	118	17	25	17	39	1.91
74991287--74991355	21	3.3	21	85	4	68	39	20	39	1	1.61
74991769--74992039	42	6.4	42	84	5	307	24	23	21	30	1.99
74993204--74993243	17	2.4	17	87	8	55	40	0	2	57	1.12
74993519--74993561	17	2.6	16	78	10	50	67	0	30	2	1.03
74993655--74993695	21	1.9	22	85	5	57	34	2	2	60	1.23
74995166--74995204	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
74995436--74995508	23	3.2	23	92	0	119	21	19	27	31	1.97
74995638--74995710	38	1.9	37	86	8	103	45	1	21	31	1.61
75003085--75003216	40	3.3	40	85	5	178	22	20	28	28	1.99
75016141--75016226	18	4.8	18	73	11	86	46	6	17	29	1.74
75016144--75016256	54	2.0	56	90	8	178	49	7	16	25	1.73
75016306--75016335	14	2.1	14	93	0	51	43	10	13	33	1.77
75019468--75019537	31	2.3	31	87	2	97	18	34	34	12	1.89
75022408--75022442	18	1.9	18	88	0	52	28	34	34	2	1.72
75027547--75027590	16	2.8	16	83	13	63	38	2	0	59	1.10
75027894--75027928	18	1.9	18	94	0	61	28	11	0	60	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75027928--75027957	13	2.4	13	94	5	53	46	0	6	46	1.29
75027953--75027999	23	1.9	24	83	12	60	25	0	10	63	1.26
75028006--75028046	3	13.3	3	94	5	73	31	0	0	68	0.90
75033216--75033277	31	2.1	30	82	17	76	29	14	8	48	1.72
75033451--75033543	25	3.8	24	80	11	98	34	18	23	23	1.96
75033420--75033539	50	2.4	48	81	4	123	32	19	21	26	1.97
75034465--75034507	11	3.8	12	80	20	56	27	30	0	41	1.56
75036321--75036360	18	2.2	18	95	0	71	22	30	7	40	1.81
75036835--75036890	25	2.3	24	93	3	94	39	0	14	46	1.44
75036780--75036867	45	2.0	45	90	0	140	37	0	11	51	1.38
75036790--75036919	69	1.9	70	93	1	226	36	0	12	50	1.40
75039953--75040325	124	3.0	124	88	2	547	33	22	14	30	1.94
75043144--75043205	19	3.3	19	81	2	72	41	1	6	50	1.38
75044901--75044991	36	2.5	36	83	0	101	25	35	16	23	1.95
75050299--75050336	3	12.7	3	100	0	76	68	0	31	0	0.90
75051068--75051105	3	12.7	3	100	0	76	68	0	31	0	0.90
75049670--75051207	769	2.0	769	99	0	3067	32	14	18	34	1.91
75057053--75057097	23	2.0	23	95	0	81	33	0	26	40	1.57
75059376--75059417	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
75059367--75059408	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
75059545--75059649	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
75059543--75059650	45	2.5	44	81	8	127	31	28	5	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75069575--75069676	47	2.2	46	85	5	134	25	22	16	35	1.95
75069575--75069697	46	2.6	47	83	6	151	26	21	17	34	1.95
75070798--75070847	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
75080123--75080213	42	2.2	42	93	0	155	13	36	27	23	1.92
75081005--75081065	6	10.3	6	87	3	88	81	0	14	3	0.80
75081005--75081065	18	3.4	18	95	2	106	81	0	14	3	0.80
75083056--75083096	21	2.0	21	95	0	73	21	17	36	24	1.94
75083058--75083104	21	2.2	21	88	0	67	19	19	38	23	1.93
75084737--75084777	21	2.0	20	86	9	57	31	0	4	63	1.15
75092581--75092622	21	2.0	20	86	13	59	38	9	23	28	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313