genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16012137--16012165	8	3.8	8	90	9	51	10	0	0	89	0.48
16012137--16012166	15	2.0	15	100	0	60	13	0	0	86	0.57
16012938--16013110	56	3.1	56	97	0	319	26	5	11	56	1.55
16013116--16013159	22	2.0	23	86	4	63	45	2	9	43	1.48
16016059--16016106	19	2.5	19	87	9	71	43	2	0	54	1.12
16016059--16016106	20	2.5	19	90	6	71	43	2	0	54	1.12
16020617--16020741	51	2.5	48	76	12	126	54	10	4	31	1.53
16023729--16023842	43	2.6	43	90	1	174	24	30	21	23	1.99
16025704--16025733	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
16036759--16036792	15	2.4	14	90	9	52	29	0	5	64	1.17
16048162--16048289	46	2.7	48	80	6	145	46	12	9	31	1.73
16050750--16050839	28	3.2	28	80	0	108	27	23	14	34	1.94
16050952--16051041	28	3.2	28	71	14	76	23	25	20	31	1.98
16050967--16051061	29	3.3	29	71	14	97	25	26	21	27	1.99
16050874--16051061	57	3.3	57	82	0	207	27	23	18	29	1.98
16061711--16061804	46	2.0	46	89	4	145	27	12	14	44	1.82
16062609--16062740	45	3.0	45	94	2	223	23	23	28	24	1.99
16062609--16062770	86	1.8	89	83	7	215	24	22	27	25	2.00
16063267--16063299	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
16065552--16065617	29	2.3	29	78	0	69	37	18	12	31	1.87
16071928--16072241	27	11.7	27	82	5	316	38	20	8	32	1.83
16072056--16072293	81	2.9	81	80	6	205	38	19	7	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16071978--16072293	27	11.7	27	73	11	103	38	19	8	32	1.82
16072285--16073283	27	37.0	27	88	0	1314	37	19	19	24	1.94
16072285--16073267	108	9.1	108	93	0	1520	37	19	19	24	1.94
16073527--16073578	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
16073617--16073676	27	2.3	26	82	2	66	23	23	18	35	1.96
16073795--16073851	6	9.3	6	75	17	55	17	17	15	49	1.81
16075743--16075808	2	33.0	2	93	0	114	50	0	50	0	1.00
16078590--16078736	57	2.5	58	79	10	165	34	22	18	25	1.96
16080032--16080132	49	2.1	49	96	0	184	20	19	21	37	1.94
16090141--16090302	42	3.8	43	75	8	145	27	25	17	29	1.98
16093617--16093781	36	4.6	35	80	6	152	13	13	32	40	1.84
16106141--16106224	41	2.0	41	82	8	100	30	26	20	22	1.98
16117388--16117412	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
16117695--16117720	13	2.0	13	100	0	52	84	0	15	0	0.62
16118594--16118647	21	2.5	22	81	9	74	16	20	24	38	1.92
16118594--16118654	21	2.8	21	82	9	70	18	21	24	36	1.95
16124719--16124759	20	2.0	20	95	0	73	46	4	31	17	1.69
16124774--16124852	39	2.0	39	90	0	122	35	13	24	26	1.93
16131319--16131352	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
16131939--16131984	23	2.0	23	86	4	65	28	45	6	19	1.75
16134098--16134128	8	3.9	8	91	0	53	48	25	22	3	1.66
16134376--16134440	28	2.3	28	91	0	103	33	29	7	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16134546--16134635	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
16134556--16134646	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
16134546--16134660	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
16138780--16138816	19	1.9	19	94	0	65	37	29	10	21	1.88
16142050--16142124	39	1.9	39	88	0	114	37	16	5	41	1.71
16150747--16150840	49	2.0	48	87	6	138	47	17	7	27	1.74
16150971--16151033	20	3.1	21	77	8	60	74	6	15	3	1.15
16151895--16151940	23	2.0	23	95	0	83	36	36	8	17	1.81
16156136--16156166	15	2.0	16	93	6	55	38	6	3	51	1.44
16159080--16159113	7	4.7	7	96	3	59	55	2	0	41	1.15
16159112--16159159	14	3.4	14	85	0	60	22	0	2	75	0.91
16159121--16159160	7	5.7	7	87	0	53	20	0	0	80	0.72
16160391--16160526	41	3.3	41	85	4	168	21	23	21	33	1.97
16160523--16160735	50	4.4	49	64	15	129	22	18	18	40	1.91
16160592--16160669	41	1.9	41	86	0	111	24	20	19	35	1.95
16160449--16160748	143	2.1	143	96	1	548	24	20	18	36	1.95
16163372--16163526	43	3.6	43	91	0	256	29	30	25	14	1.95
16163523--16163613	38	2.4	38	88	3	130	32	25	19	21	1.97
16168474--16168535	24	2.6	23	85	7	79	22	16	27	33	1.95
16171490--16171673	79	2.3	82	81	11	215	24	27	22	25	2.00
16171490--16171673	40	4.6	41	82	12	190	24	27	22	25	2.00
16196422--16196471	20	2.5	20	87	6	66	22	16	8	54	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16198425--16198587	27	6.0	27	87	5	206	42	20	17	19	1.90
16198575--16198786	27	7.8	27	74	5	160	27	15	19	37	1.92
16198578--16198764	81	2.3	81	83	0	212	29	15	18	36	1.91
16200965--16201083	29	4.2	29	80	4	136	31	15	26	26	1.96
16208674--16208759	42	2.0	42	82	4	102	31	10	27	30	1.90
16211244--16211275	16	2.0	16	93	0	55	50	28	6	15	1.68
16213160--16213327	40	4.2	40	83	3	207	23	22	27	26	1.99
16213160--16213327	80	2.1	80	87	3	241	23	22	27	26	1.99
16213564--16213605	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
16215335--16215384	16	3.2	15	83	8	55	54	16	20	10	1.70
16215609--16215711	29	3.6	29	75	8	104	26	14	32	27	1.95
16215599--16215710	57	2.0	57	82	10	140	27	13	30	28	1.94
16219234--16219374	27	5.2	27	78	1	113	43	20	13	22	1.87
16219234--16219362	54	2.4	54	79	7	145	42	21	12	23	1.87
16219337--16219606	27	10.0	27	79	6	244	26	14	20	38	1.91
16219366--16219606	54	4.5	54	83	3	279	25	14	19	40	1.90
16219366--16219598	107	2.2	108	83	3	308	25	14	19	40	1.90
16219936--16219984	18	2.7	18	93	0	80	20	24	14	40	1.89
16227464--16227499	18	1.9	19	88	5	56	41	19	0	38	1.52
16227463--16227505	18	2.3	19	80	8	52	39	23	2	34	1.67
16228660--16228781	43	2.9	42	77	11	149	29	21	15	33	1.94
16231400--16231450	16	3.2	16	77	0	57	49	21	19	9	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16231672--16231748	28	2.8	28	77	15	79	23	14	33	28	1.94
16235701--16235778	28	2.7	30	76	7	90	23	14	34	28	1.93
16236684--16236983	2	150.0	2	76	10	256	43	6	4	46	1.48
16236881--16236947	23	2.8	24	82	11	91	49	0	10	40	1.37
16239005--16239047	21	2.1	21	83	8	54	62	13	6	16	1.51
16240838--16240890	20	2.7	20	91	2	81	15	30	37	16	1.90
16241313--16241348	18	1.9	19	88	5	56	41	19	0	38	1.52
16241312--16241354	18	2.3	19	80	8	52	39	23	2	34	1.67
16245072--16245198	49	2.6	49	89	0	200	33	34	18	14	1.90
16252536--16252614	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
16252733--16253143	47	8.7	47	97	0	750	29	30	8	32	1.86
16254282--16254323	18	2.3	18	100	0	84	42	19	4	33	1.72
16262641--16262769	65	2.0	65	92	0	213	27	25	17	29	1.97
16263309--16263365	18	3.2	18	92	0	96	31	17	24	26	1.97
16266527--16266586	30	2.0	31	90	3	95	21	20	10	48	1.78
16267063--16267177	59	2.0	60	85	3	162	42	13	20	24	1.87
16277045--16277071	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
16277376--16277492	60	2.0	58	96	3	216	18	11	17	52	1.74
16278204--16278228	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
16278388--16278441	9	5.9	9	81	12	65	40	29	9	20	1.83
16278586--16278615	13	2.3	13	100	0	60	16	0	43	40	1.48
16284030--16284214	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16284031--16284214	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
16284083--16284237	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
16291144--16291497	39	9.1	39	91	0	573	22	25	28	23	1.99
16292273--16292298	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
16295417--16295445	12	2.3	13	94	5	51	51	0	20	27	1.47
16295895--16295929	8	4.4	8	100	0	70	22	0	37	40	1.55
16306978--16307026	25	2.0	25	83	0	62	38	20	12	28	1.89
16307063--16307123	21	2.9	21	82	4	79	32	11	21	34	1.89
16307063--16307115	11	5.0	11	75	6	56	32	13	22	32	1.92
16314427--16314476	25	2.0	25	92	0	82	34	22	14	30	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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