genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37650907--37650948	6	6.8	6	81	13	50	76	2	2	19	1.01
37650910--37650948	17	2.2	19	86	9	55	76	2	2	17	1.01
37657307--37657349	14	2.9	15	80	12	54	34	2	0	62	1.08
37659068--37659132	27	2.4	28	82	15	82	38	10	1	49	1.47
37659202--37659280	27	2.9	27	90	0	122	30	21	31	16	1.95
37659354--37659423	19	3.7	19	82	3	97	37	10	0	52	1.35
37659359--37659429	37	1.9	37	100	0	142	39	11	0	49	1.39
37659649--37659687	19	2.1	19	85	4	53	35	7	0	56	1.28
37659654--37659696	18	2.3	19	84	4	52	39	11	0	48	1.40
37659693--37659751	19	3.2	19	80	4	84	49	0	11	38	1.40
37659286--37660310	295	3.6	269	85	10	1149	32	13	9	44	1.76
37659910--37659979	19	3.7	19	82	3	97	37	10	0	52	1.35
37659915--37659985	37	1.9	37	100	0	142	39	11	0	49	1.39
37659785--37660310	284	1.9	283	96	2	986	31	14	8	45	1.75
37660210--37660269	18	3.3	18	81	4	84	38	11	0	50	1.39
37660199--37660269	37	1.9	37	97	0	133	38	11	0	50	1.38
37660194--37660263	19	3.7	19	80	3	88	35	10	0	54	1.34
37660288--37660332	23	2.0	22	95	4	81	51	0	8	40	1.33
37660292--37660369	37	2.1	37	84	15	108	50	0	11	38	1.39
37660288--37660369	19	4.2	19	81	9	94	50	0	10	39	1.38
37660564--37660634	37	1.9	37	100	0	142	49	0	11	39	1.39
37660570--37660638	19	3.7	19	82	5	97	52	0	10	37	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37660713--37660764	27	1.9	27	92	0	86	15	32	21	30	1.94
37660715--37660773	27	2.2	27	84	0	73	15	28	25	30	1.96
37660824--37660884	24	2.4	24	86	8	77	49	1	9	39	1.46
37661251--37661316	19	3.3	20	79	8	64	60	1	1	36	1.15
37670014--37670106	18	5.2	18	90	0	150	27	24	16	31	1.96
37678558--37678626	31	2.2	32	79	7	79	47	5	5	40	1.51
37686713--37686888	90	2.0	90	91	0	289	35	17	13	34	1.89
37689242--37689294	24	2.2	24	86	6	72	52	1	0	45	1.11
37691086--37691689	50	12.5	49	81	5	561	33	18	24	22	1.97
37691130--37691689	98	5.8	97	80	7	523	33	19	24	22	1.97
37694636--37694697	21	2.7	23	82	12	74	50	0	17	32	1.47
37694782--37694821	19	2.1	19	90	0	62	65	0	5	30	1.14
37698627--37698839	95	2.2	94	85	5	266	18	24	20	36	1.95
37698641--37698840	49	4.2	49	81	4	246	18	23	20	38	1.93
37705892--37706257	197	1.9	196	79	6	418	27	25	19	27	1.99
37706518--37706664	60	2.5	60	80	4	163	27	19	17	36	1.94
37708827--37708878	12	4.8	11	77	20	56	65	0	0	34	0.93
37708833--37708878	20	2.3	20	100	0	92	65	0	0	34	0.93
37709313--37709361	23	2.1	23	88	0	71	36	8	16	38	1.78
37713292--37713336	11	3.7	11	78	21	54	68	0	0	31	0.89
37713777--37713853	27	2.9	26	75	9	75	62	1	1	35	1.12
37713779--37713853	25	2.9	27	68	11	66	61	1	1	36	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37720928--37720953	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
37723022--37723139	43	2.7	42	84	6	146	32	7	18	41	1.79
37742646--37742971	46	7.6	46	82	14	410	28	22	15	34	1.94
37742781--37742935	36	4.0	36	79	15	175	28	20	14	36	1.92
37742735--37742971	82	2.9	82	96	0	429	28	21	13	35	1.92
37742646--37742971	128	2.5	133	80	14	416	28	22	15	34	1.94
37752819--37752865	24	2.0	24	87	8	69	19	0	27	53	1.45
37755798--37755888	44	2.1	44	95	0	164	29	13	10	46	1.77
37756876--37757105	97	2.4	96	94	2	399	47	16	13	22	1.81
37757086--37757139	26	2.1	26	100	0	108	66	3	11	18	1.37
37757614--37757657	22	2.0	22	91	4	72	68	13	18	0	1.22
37758283--37758345	27	2.3	27	81	8	74	53	4	3	38	1.38
37760189--37760503	44	7.2	44	65	11	160	28	18	24	28	1.98
37760124--37760980	132	6.5	132	89	3	1133	29	18	24	28	1.98
37760124--37760980	390	2.2	394	85	5	1144	29	18	24	28	1.98
37764994--37765279	60	4.9	60	78	15	321	12	30	13	44	1.81
37764999--37765279	116	2.4	116	93	3	474	12	30	13	43	1.81
37769004--37769028	9	2.8	9	100	0	50	64	0	0	36	0.94
37772385--37772418	6	5.7	6	89	0	50	14	0	50	35	1.44
37772383--37772423	12	3.4	12	86	0	55	19	0	48	31	1.49
37772861--37773150	99	2.9	99	89	5	435	46	16	12	24	1.81
37773277--37773311	4	8.8	4	100	0	70	77	0	0	22	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37774281--37774342	27	2.3	29	75	16	78	54	6	3	35	1.42
37775380--37775463	40	2.1	40	100	0	168	32	16	4	46	1.68
37776297--37776474	60	3.0	59	85	4	227	13	31	11	43	1.79
37780753--37780811	31	1.9	31	85	0	82	38	10	16	33	1.83
37781717--37781789	13	5.7	13	75	18	55	47	4	1	46	1.30
37783096--37783152	23	2.4	23	80	8	62	26	0	15	57	1.38
37785964--37786004	18	2.2	19	86	4	57	17	2	2	78	0.98
37786020--37786060	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
37786097--37786159	30	2.1	30	90	0	99	23	3	14	58	1.50
37786925--37786958	17	2.0	17	88	0	50	35	0	2	61	1.11
37791844--37791917	21	3.5	21	84	0	94	31	24	27	17	1.97
37792633--37792660	5	5.6	5	100	0	56	0	17	0	82	0.68
37792634--37792677	16	2.8	16	86	3	54	0	29	0	70	0.88
37795364--37795402	18	2.2	18	85	0	51	74	2	2	20	1.06
37795552--37795615	27	2.4	26	86	2	92	40	3	6	50	1.43
37800464--37800510	24	2.0	24	84	16	62	31	2	14	51	1.55
37804174--37804248	29	2.6	30	87	4	100	41	9	17	32	1.81
37807482--37807523	22	1.9	22	95	0	75	69	0	0	30	0.89
37807708--37807761	22	2.5	22	84	0	72	16	0	14	68	1.21
37813405--37813445	20	2.0	20	85	0	55	51	19	0	29	1.47
37813678--37813713	19	1.9	18	88	5	54	38	5	5	50	1.49
37817552--37817602	21	2.4	22	80	3	59	41	5	15	37	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37817787--37817822	18	1.9	19	88	5	56	63	8	0	27	1.23
37823758--37823783	12	2.2	12	100	0	52	61	30	7	0	1.24
37826767--37826860	27	3.5	27	89	2	136	19	24	34	22	1.97
37827952--37827989	18	2.1	18	95	0	67	34	5	47	13	1.65
37832578--37833100	162	3.3	161	72	14	538	29	9	8	52	1.64
37832488--37833117	319	2.0	321	95	0	1129	30	10	8	51	1.65
37833614--37833681	27	2.5	27	85	4	84	19	32	27	20	1.97
37842946--37843018	29	2.6	29	88	2	103	41	4	12	42	1.61
37842946--37843027	29	2.9	28	85	5	101	42	3	12	41	1.60
37847956--37848038	43	1.9	43	85	0	112	22	22	3	50	1.64
37857281--37857320	3	13.3	3	100	0	80	67	0	32	0	0.91
37857689--37857753	31	2.1	31	94	0	112	36	6	9	47	1.60
37860689--37860716	12	2.3	12	100	0	56	46	14	7	32	1.71
37861612--37861636	13	1.9	13	100	0	50	48	12	0	40	1.40
37896567--37896624	24	2.3	26	88	8	84	53	1	5	39	1.33
37899729--37899795	34	1.9	35	90	3	109	38	7	5	47	1.56
37899723--37899799	14	5.0	15	71	20	52	41	7	6	44	1.59
37902927--37903402	237	2.0	237	100	0	952	33	23	18	23	1.97
37906894--37906932	20	2.0	20	85	10	53	43	15	5	35	1.69
37910483--37910539	20	2.8	20	84	7	71	47	3	10	38	1.55
37911588--37911643	19	2.9	19	79	10	69	19	17	23	39	1.92
37911581--37911639	19	3.1	19	76	9	66	20	16	20	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37913543--37913582	20	2.0	20	90	0	62	30	10	10	50	1.69
37914291--37914331	21	2.0	21	85	9	57	51	0	4	43	1.23
37915212--37915264	18	2.9	18	77	5	54	75	15	0	9	1.04
37915212--37915251	19	2.2	19	86	4	55	75	15	0	10	1.05
37919992--37920031	9	4.4	9	84	12	55	30	10	20	40	1.85
37942302--37942342	21	2.0	21	85	9	57	0	14	39	46	1.45
37942296--37942349	27	2.0	27	85	0	72	1	14	38	44	1.56
37944525--37944559	11	3.1	11	91	4	52	31	0	0	68	0.90
37944525--37944564	12	3.3	13	83	13	50	35	0	0	65	0.93
37944676--37944738	30	2.1	30	90	0	99	58	14	3	23	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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