genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.311.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95659849--95660642	255	3.1	255	88	3	1207	30	22	22	24	1.99
95662739--95662829	19	4.8	19	89	8	132	40	7	15	36	1.76
95662751--95662807	17	3.5	15	84	15	53	40	8	15	35	1.79
95662738--95662809	36	2.0	36	97	0	135	40	9	13	36	1.78
95677250--95677836	42	13.7	42	79	6	590	18	32	33	15	1.92
95677252--95677861	85	7.1	85	79	7	590	18	32	32	16	1.93
95677661--95677809	50	3.1	50	70	17	145	21	33	29	15	1.94
95677624--95677809	92	2.0	92	85	4	250	19	33	31	16	1.94
95678075--95678125	24	2.1	24	96	0	93	17	33	39	9	1.83
95678521--95678641	58	2.1	59	87	1	172	23	21	22	32	1.98
95679201--95679642	225	2.0	226	97	0	832	25	27	30	16	1.96
95681574--95682008	222	2.0	222	95	0	780	17	32	31	17	1.94
95683917--95683967	24	2.1	24	92	0	84	15	39	37	7	1.77
95684366--95684486	58	2.1	59	88	1	181	23	20	23	32	1.98
95685147--95685182	5	7.2	5	96	0	54	22	25	38	13	1.91
95686044--95686148	52	2.0	52	98	0	201	31	22	14	31	1.94
95691850--95691983	43	3.1	42	76	6	126	17	39	28	14	1.89
95692193--95692640	43	10.4	43	93	2	699	17	29	37	16	1.92
95692133--95692308	85	2.1	86	83	5	223	19	38	26	15	1.91
95692193--95693065	129	6.6	129	77	12	623	17	30	35	16	1.93
95692640--95693065	42	10.0	43	81	6	436	18	31	33	16	1.93
95692640--95693036	173	2.3	171	81	5	471	17	30	34	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95692640--95693065	85	5.0	86	80	8	440	18	31	33	16	1.93
95693677--95693797	58	2.1	59	90	4	192	24	19	23	32	1.98
95694027--95694078	26	2.0	27	92	3	88	28	17	25	28	1.97
95694459--95694492	10	3.4	10	91	0	50	20	29	41	8	1.82
95697001--95697592	296	2.0	296	97	0	1130	27	26	24	20	1.99
95697668--95698289	310	2.0	311	97	0	1183	25	29	20	24	1.99
95699331--95700548	42	28.7	43	82	4	1293	17	32	32	16	1.93
95699331--95700548	85	14.4	86	80	4	1293	17	32	32	16	1.93
95699331--95700525	127	9.4	128	80	5	1268	17	32	33	16	1.93
95700737--95700788	24	2.2	24	96	0	95	13	32	42	11	1.80
95701181--95701301	58	2.1	59	85	4	165	23	19	23	33	1.97
95709409--95709478	23	3.2	23	62	15	58	20	27	30	22	1.98
95709194--95710220	42	24.5	42	79	8	883	18	33	32	15	1.92
95709194--95710236	169	6.2	167	79	7	938	18	33	32	15	1.93
95709194--95710213	127	8.1	125	79	7	880	18	33	32	15	1.92
95709194--95710220	85	12.2	85	78	7	892	18	33	32	15	1.92
95709827--95709896	32	2.2	33	84	2	88	20	34	31	14	1.92
95709780--95709938	75	2.1	75	83	3	194	17	32	34	15	1.91
95709493--95710247	371	2.0	370	85	2	998	17	33	32	15	1.92
95710409--95710484	24	3.2	24	84	3	100	18	32	39	9	1.82
95710879--95710999	58	2.1	59	88	1	181	25	20	23	29	1.99
95714357--95714427	34	2.1	35	89	2	108	36	12	22	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95714748--95714824	25	3.1	25	66	23	63	25	12	28	32	1.93
95723168--95723775	303	2.0	304	98	0	1184	29	22	20	27	1.98
95724917--95725237	42	7.5	42	81	6	333	20	37	26	15	1.93
95724953--95725807	85	10.1	84	82	4	780	18	33	31	16	1.94
95724953--95725829	42	20.7	42	82	5	717	18	32	31	16	1.94
95725240--95725308	23	3.2	23	62	16	56	15	27	33	23	1.95
95725038--95725829	169	4.7	169	84	3	900	18	32	32	16	1.93
95726018--95726512	247	2.0	247	98	0	963	23	29	22	25	1.99
95728285--95728363	25	3.2	25	62	13	63	26	7	27	37	1.83
95728278--95728377	50	2.0	50	100	0	200	24	8	30	38	1.84
95729211--95729475	43	6.3	42	78	7	250	21	36	26	15	1.93
95729254--95730586	43	31.4	43	86	3	1548	17	33	33	15	1.92
95729254--95730586	85	15.7	86	85	4	1548	17	33	33	15	1.92
95731191--95731300	58	1.9	58	90	0	175	24	20	20	34	1.96
95731968--95731998	5	6.2	5	96	0	53	22	22	38	16	1.92
95731751--95732108	182	2.0	178	84	6	470	27	25	26	20	1.99
95739153--95741795	42	62.5	44	81	5	2501	18	32	32	16	1.93
95739153--95741795	85	31.2	86	80	6	2430	18	32	32	16	1.93
95741057--95741124	23	3.1	23	63	16	63	19	27	30	22	1.97
95739153--95741788	127	20.8	128	80	5	2418	18	33	32	16	1.93
95744868--95745068	42	4.7	42	79	6	183	22	32	27	16	1.96
95744789--95745083	43	6.9	42	75	8	220	21	33	27	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95744851--95745083	85	2.7	85	76	6	240	21	30	29	18	1.97
95745107--95745860	42	17.9	42	77	7	658	18	31	34	16	1.92
95745107--95745862	169	4.5	167	79	8	773	18	31	34	16	1.92
95745406--95745858	127	3.5	127	74	11	386	18	30	34	16	1.93
95745976--95746025	24	2.1	24	96	0	91	18	34	38	10	1.84
95746420--95746541	58	2.1	59	87	4	176	24	18	22	34	1.96
95750018--95750093	24	3.2	24	84	0	98	17	31	39	11	1.85
95756083--95756195	58	1.9	58	90	0	181	25	20	23	30	1.98
95763477--95763981	253	2.0	253	98	0	965	26	27	30	15	1.96
95764129--95764198	35	2.0	35	88	0	104	11	42	30	15	1.82
95765720--95765895	46	3.8	46	74	12	171	21	19	27	30	1.98
95765717--95765888	93	1.8	93	89	0	272	22	20	27	29	1.98
95767871--95767915	24	1.9	23	86	4	63	40	11	22	26	1.87
95768308--95768397	43	2.1	43	95	0	162	24	14	34	26	1.94
95780188--95780450	85	3.1	84	81	4	251	20	36	27	15	1.93
95780231--95780486	43	6.0	43	78	8	249	19	33	29	16	1.94
95780250--95780486	128	1.9	127	86	4	343	19	32	30	16	1.95
95780256--95780486	85	2.7	85	84	4	288	19	33	30	16	1.94
95780247--95780505	42	6.1	42	77	8	215	20	32	29	16	1.95
95780734--95781059	42	7.7	43	80	5	342	18	33	32	14	1.92
95780728--95781009	85	3.3	84	87	4	365	17	33	34	15	1.91
95780735--95781075	127	2.7	126	83	3	364	18	33	32	14	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95781247--95781323	24	3.2	24	79	0	91	19	31	37	11	1.88
95789002--95789161	42	3.8	42	83	6	189	21	36	23	18	1.95
95789176--95790061	42	21.0	42	81	4	892	17	31	33	17	1.93
95789240--95789309	23	3.2	23	65	29	62	18	24	31	25	1.98
95789176--95790036	169	5.1	170	84	3	1003	17	31	33	17	1.93
95789176--95790061	85	10.5	85	80	6	926	17	31	33	17	1.93
95790248--95790301	24	2.2	24	86	0	72	14	33	42	9	1.78
95790698--95790817	58	2.1	59	90	1	188	24	20	23	31	1.98
95796466--95796499	5	6.8	5	96	0	50	20	32	41	5	1.76
95799466--95799555	45	2.0	45	100	0	180	22	33	33	11	1.89
95803768--95806438	42	63.2	42	84	4	2932	17	33	33	15	1.92
95803768--95806438	85	31.6	84	87	3	2932	17	33	33	15	1.92
95806625--95806678	24	2.2	24	83	0	72	18	31	38	11	1.86
95807073--95807193	58	2.1	59	84	4	156	25	20	22	31	1.98
95816856--95817441	294	2.0	294	96	0	1093	25	25	23	25	2.00
95825710--95825966	40	6.5	40	87	3	333	24	28	23	23	2.00
95825710--95825966	79	3.2	79	87	2	329	24	28	23	23	2.00
95825710--95825955	119	2.1	119	86	3	343	25	27	23	23	2.00
95833675--95834558	40	22.1	40	98	0	1673	29	27	20	22	1.99
95837100--95838497	85	16.4	85	92	2	2023	19	31	32	16	1.94
95846343--95846447	51	2.1	51	92	0	174	28	25	20	24	1.99
95853687--95853807	58	2.1	59	88	1	181	23	19	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95853842--95853894	24	2.2	24	86	0	70	18	30	37	13	1.89
95860984--95861277	150	2.0	150	99	0	579	36	31	20	12	1.89
95861842--95861983	43	3.3	43	69	12	121	21	38	23	16	1.92
95876824--95877018	42	4.6	42	78	3	144	18	33	34	13	1.90
95882098--95882169	35	2.1	35	89	0	108	37	11	25	26	1.89
95882481--95882576	48	2.0	49	89	4	149	25	16	28	30	1.97
95882898--95882949	24	2.2	24	96	0	95	15	32	44	7	1.75
95893045--95893114	35	2.0	35	94	0	122	14	34	20	31	1.92
95897392--95897489	48	2.0	48	94	0	169	34	23	28	13	1.92
95898131--95898283	76	2.0	77	85	3	211	30	26	29	13	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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