genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75093586--75093618	17	2.1	17	88	11	52	15	3	0	81	0.80
75094064--75094088	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
75095251--75095283	16	2.0	17	88	5	50	48	0	12	39	1.40
75101329--75101672	172	2.0	172	100	0	688	29	16	23	30	1.96
75105449--75105501	4	13.2	4	100	0	106	26	0	24	49	1.51
75107469--75107527	29	2.0	30	86	3	84	45	16	11	25	1.82
75108203--75108262	31	2.0	31	83	9	79	50	20	8	21	1.74
75108305--75108346	21	2.0	21	95	0	75	23	16	28	30	1.96
75108406--75108466	29	2.1	30	85	14	83	34	14	4	45	1.67
75108902--75108932	3	10.7	3	93	6	55	67	0	32	0	0.91
75108902--75108928	14	1.9	14	100	0	54	66	0	33	0	0.92
75113923--75113951	12	2.3	13	94	5	51	68	0	17	13	1.20
75121858--75121909	21	2.5	20	72	9	52	48	0	1	50	1.12
75123102--75123130	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
75133870--75133902	15	2.2	15	94	0	57	3	9	0	87	0.63
75147608--75147649	22	1.9	22	90	9	68	42	2	0	54	1.13
75150012--75150062	20	2.4	22	80	6	61	54	3	0	41	1.19
75152032--75152304	46	5.9	46	86	1	361	31	26	15	26	1.96
75152314--75153691	87	15.9	87	69	12	411	28	21	19	29	1.98
75152298--75153173	218	4.0	218	94	0	1493	28	21	20	28	1.98
75152488--75153817	85	15.3	84	69	10	470	28	21	19	30	1.98
75153019--75153692	129	5.2	129	93	0	1073	29	21	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75152309--75153735	44	32.8	44	68	10	252	28	21	19	29	1.98
75153549--75153883	175	1.9	175	90	0	535	29	21	18	30	1.97
75154254--75154695	221	2.0	221	100	0	884	25	23	17	33	1.96
75155330--75155360	7	4.6	7	92	8	55	16	16	0	67	1.23
75155330--75155360	13	2.3	14	94	5	55	16	16	0	67	1.23
75155330--75155369	20	2.0	20	90	0	62	12	17	2	67	1.33
75156378--75156429	12	4.3	12	82	0	50	13	9	5	71	1.30
75156378--75156429	18	2.9	18	79	0	59	13	9	5	71	1.30
75160249--75160582	99	3.4	99	99	0	659	38	18	17	25	1.92
75161118--75161168	20	2.4	22	80	6	61	54	3	0	41	1.19
75164669--75164750	42	2.0	42	87	4	121	46	2	3	47	1.33
75168142--75168183	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
75168133--75168174	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
75168121--75168390	88	3.2	87	66	18	237	47	3	3	45	1.35
75168117--75168412	163	1.8	163	96	0	556	48	3	3	44	1.36
75168292--75168325	18	1.9	18	88	5	52	47	0	0	52	1.00
75168564--75168599	16	2.2	16	95	0	63	38	33	0	27	1.57
75174513--75174547	16	2.2	16	100	0	70	31	0	20	48	1.50
75178754--75178792	14	2.9	14	88	3	53	58	0	0	41	0.98
75178755--75178795	13	3.1	13	86	6	55	56	0	0	43	0.99
75182038--75182096	21	2.8	21	97	0	109	3	42	18	35	1.67
75187191--75187244	27	2.0	27	100	0	108	33	18	14	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75187513--75187566	27	2.0	27	100	0	108	33	18	14	33	1.92
75186973--75187616	322	2.0	322	99	0	1279	32	22	16	28	1.96
75187932--75188187	9	30.4	9	66	16	138	31	1	21	46	1.61
75188007--75188177	25	7.0	25	66	16	74	30	1	20	46	1.61
75188004--75188081	41	1.9	41	91	0	129	32	1	20	46	1.59
75187932--75188129	43	4.7	41	77	8	148	30	1	21	45	1.61
75187955--75188186	100	2.3	100	99	0	455	30	1	21	46	1.61
75187937--75188186	16	17.0	16	65	24	88	30	1	20	46	1.60
75188104--75188183	41	2.0	41	92	0	133	32	1	20	46	1.58
75189068--75189099	12	2.7	12	95	0	55	68	15	9	6	1.36
75189353--75189398	21	2.2	21	100	0	92	56	21	4	17	1.58
75190125--75190353	83	2.7	85	74	6	207	36	17	15	29	1.91
75190844--75191063	112	2.0	111	91	2	361	34	18	16	30	1.93
75190395--75191516	561	2.0	561	100	0	2244	33	18	16	31	1.94
75191863--75191900	7	5.4	7	87	0	58	31	47	2	18	1.62
75191892--75191932	21	2.0	21	85	4	57	36	41	2	19	1.65
75192068--75192092	9	2.8	9	100	0	50	60	0	0	40	0.97
75192844--75193083	41	5.8	42	84	4	258	32	26	20	21	1.98
75193404--75193454	18	3.1	16	76	13	50	62	0	1	35	1.06
75200019--75200051	17	1.9	17	93	0	57	9	6	21	63	1.45
75200173--75200300	4	31.8	4	88	4	123	10	46	0	42	1.37
75204729--75204758	12	2.5	12	94	0	51	16	20	0	63	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75206965--75207101	72	1.9	72	83	0	175	24	15	11	48	1.78
75207016--75207202	60	2.9	61	77	8	160	22	17	12	47	1.81
75215158--75215190	16	2.1	16	100	0	66	18	12	36	33	1.88
75217484--75217525	14	3.1	13	86	13	50	45	0	7	47	1.30
75217484--75217525	19	2.3	18	84	8	57	45	0	7	47	1.30
75220577--75220616	13	3.1	13	79	13	55	30	5	27	37	1.78
75224589--75224698	50	2.2	49	80	12	118	54	14	8	22	1.66
75227436--75227487	27	2.0	26	85	11	70	46	3	0	50	1.20
75227511--75227554	22	2.0	22	95	0	79	61	0	0	38	0.96
75227529--75227558	16	1.9	15	93	6	51	60	0	0	40	0.97
75227578--75227607	16	1.9	16	93	6	53	50	10	0	40	1.36
75227649--75227696	19	2.6	19	77	6	55	50	2	0	47	1.12
75231137--75231188	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
75233739--75233793	28	2.0	28	83	16	71	50	1	1	45	1.22
75234609--75234653	19	2.4	19	80	0	54	28	6	4	60	1.42
75235074--75235149	27	2.8	28	80	8	84	46	2	0	51	1.15
75250294--75250350	29	2.0	29	89	3	89	54	7	0	38	1.28
75250802--75250860	19	3.2	19	82	4	75	50	0	11	37	1.39
75250832--75250887	27	2.1	27	96	0	103	46	0	8	44	1.34
75250838--75250900	27	2.3	27	88	2	90	47	1	7	42	1.42
75251373--75251446	37	1.9	39	89	5	116	37	10	14	36	1.82
75251586--75251648	26	2.4	27	97	2	119	49	0	9	41	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75252122--75252168	11	4.4	11	74	15	53	59	2	4	34	1.29
75252303--75252340	19	2.0	20	89	5	60	28	0	5	65	1.14
75258714--75258815	11	9.8	11	74	19	85	58	0	1	39	1.09
75258692--75258765	31	2.4	31	86	11	107	56	1	2	39	1.22
75258799--75258844	17	2.7	17	79	0	56	60	0	0	39	0.97
75258698--75258833	41	3.3	41	88	4	211	62	0	2	34	1.13
75259448--75259524	33	2.6	28	74	18	73	23	1	24	50	1.57
75262047--75262123	25	3.2	24	77	12	77	25	19	25	28	1.99
75262065--75262152	26	3.5	24	84	12	99	31	15	25	27	1.96
75262065--75262149	23	3.4	24	84	12	84	30	16	25	27	1.97
75267486--75267568	13	6.3	13	70	6	69	34	18	1	45	1.57
75267492--75267571	39	2.1	39	82	0	97	36	16	1	46	1.55
75267743--75267913	45	3.8	45	87	6	215	22	20	16	40	1.91
75276547--75276775	115	2.0	115	99	0	449	33	24	18	22	1.97
75280049--75280105	18	3.3	17	76	16	55	10	19	1	68	1.28
75291067--75291105	20	2.0	20	94	0	69	10	23	33	33	1.88
75293884--75294018	51	2.6	51	85	2	182	22	17	28	32	1.96
75294027--75294115	45	2.0	45	93	0	151	24	19	24	31	1.98
75301702--75301727	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
75302503--75302573	35	2.0	35	100	0	142	33	23	16	25	1.96
75304555--75304661	20	5.4	21	68	21	79	43	1	1	52	1.22
75309413--75309467	18	3.0	18	84	10	67	58	3	0	38	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75310017--75310041	13	1.9	13	100	0	50	40	4	8	48	1.51
75314387--75314474	42	2.1	42	93	0	149	36	15	23	23	1.94
75316401--75316437	18	2.1	18	100	0	74	27	29	16	27	1.97
75320323--75320357	5	7.0	5	100	0	70	80	0	0	20	0.72
75325143--75325176	17	2.1	16	94	5	59	85	0	14	0	0.60
75333414--75333467	21	2.6	20	88	5	72	74	3	5	16	1.16
75333434--75333463	15	1.9	16	93	6	53	73	6	3	16	1.18
75333414--75333478	21	3.2	20	82	8	69	73	3	4	18	1.13
75343324--75343551	41	5.6	41	93	3	372	29	24	18	27	1.98
75350741--75350804	33	2.0	32	90	3	101	39	25	9	26	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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