genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.287.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87708435--87708516	27	3.0	27	82	3	94	19	23	21	35	1.96
87708665--87708802	33	4.3	33	81	12	155	27	21	23	27	1.99
87711033--87711126	43	2.2	43	83	7	111	30	25	15	27	1.96
87714400--87714509	27	4.1	28	82	5	115	36	21	21	20	1.95
87714400--87714509	55	2.1	51	83	10	132	36	21	21	20	1.95
87715710--87715764	25	2.3	22	76	14	56	63	0	34	1	1.05
87722229--87722334	27	3.8	28	80	5	126	34	19	23	21	1.96
87722229--87722335	55	1.9	56	84	5	146	35	19	23	21	1.96
87723532--87723586	25	2.3	22	76	14	56	63	0	34	1	1.05
87727098--87727124	13	2.1	13	100	0	54	44	7	33	14	1.73
87729098--87729137	17	2.3	18	86	4	55	47	17	17	17	1.83
87729439--87729597	27	5.9	27	75	2	140	40	19	13	25	1.89
87730564--87730775	47	4.7	47	83	10	280	30	15	24	30	1.95
87730655--87730728	38	2.0	37	94	2	130	29	16	27	27	1.97
87730607--87730782	85	2.1	85	94	0	307	29	14	24	31	1.95
87733155--87733232	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
87733185--87733686	174	2.9	174	96	0	905	28	13	25	32	1.94
87752935--87752978	18	2.8	15	86	13	54	79	0	13	6	0.92
87766765--87766942	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
87766786--87766941	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
87768755--87768842	40	2.2	40	93	0	149	29	19	22	28	1.98
87768765--87768907	40	3.6	41	82	11	147	25	17	25	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87771248--87771293	17	2.7	18	76	10	51	23	17	17	41	1.90
87779767--87779791	13	1.9	13	100	0	50	32	20	0	48	1.50
87783831--87784427	297	2.0	298	93	0	1009	31	12	23	32	1.92
87789662--87789864	47	4.3	47	94	1	352	30	30	7	32	1.86
87789746--87789824	25	3.3	25	63	10	65	32	29	5	32	1.79
87799867--87800036	41	4.2	40	73	15	141	28	26	21	22	1.99
87799875--87800016	41	3.5	40	79	7	142	28	26	21	23	1.99
87809284--87809335	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
87812118--87812237	43	2.8	42	82	2	159	32	14	24	29	1.94
87824990--87825094	53	2.0	53	98	0	201	26	23	28	20	1.99
87827300--87828268	39	24.7	39	96	1	1725	23	27	22	25	2.00
87828827--87829026	100	2.0	100	100	0	400	29	28	12	31	1.92
87843278--87843519	40	6.1	40	84	4	278	25	23	26	24	2.00
87845923--87846107	79	2.3	82	82	7	220	24	27	23	24	2.00
87845904--87846107	40	5.1	40	80	8	220	24	27	23	25	2.00
87853008--87853191	40	4.6	40	82	5	187	25	22	27	23	2.00
87853008--87853226	119	1.8	119	80	5	264	26	21	27	23	1.99
87853259--87853287	15	1.9	15	100	0	58	48	10	0	41	1.37
87856783--87856911	29	4.5	29	87	2	163	32	26	12	28	1.92
87860925--87861856	49	19.0	49	96	1	1656	31	8	29	30	1.87
87866262--87866504	122	2.0	122	98	0	468	33	12	27	26	1.93
87870963--87871091	42	3.0	42	75	6	125	29	25	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87871390--87871422	16	2.1	17	88	11	52	57	6	6	30	1.47
87900914--87901007	42	2.2	42	86	5	127	32	21	18	27	1.96
87900914--87901065	43	3.5	43	76	10	132	34	23	15	26	1.95
87900895--87901065	43	4.0	43	75	11	131	33	25	16	25	1.96
87906634--87907554	47	19.6	47	96	1	1585	33	8	28	29	1.86
87909150--87909277	46	2.8	45	78	10	143	25	21	28	24	1.99
87909110--87909409	47	6.4	47	75	12	174	26	18	30	25	1.98
87909247--87909419	47	3.6	47	84	5	197	24	17	31	26	1.97
87913921--87914064	47	3.0	47	91	3	227	27	13	13	45	1.81
87914860--87915801	45	20.9	45	98	0	1776	20	22	30	26	1.98
87915779--87915885	41	2.6	41	82	8	110	29	20	28	21	1.98
87922266--87922905	320	2.0	320	99	0	1271	30	16	22	31	1.96
87924354--87924477	63	2.0	62	93	1	212	27	22	25	25	2.00
87927661--87927693	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
87933642--87933784	47	3.0	47	91	0	241	27	13	13	44	1.83
87935155--87935188	16	2.0	18	88	11	54	29	14	11	44	1.81
87935437--87935547	23	4.7	23	82	7	100	34	16	21	27	1.95
87937444--87937569	27	4.8	26	86	5	164	33	15	15	35	1.89
87937466--87937569	54	1.9	54	96	0	190	31	15	15	37	1.89
87961501--87961536	18	2.0	18	100	0	72	27	5	11	55	1.57
87963106--87963232	47	2.8	44	81	13	141	28	19	29	22	1.98
87965398--87965435	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87967856--87967933	36	2.1	37	88	2	113	25	32	17	24	1.97
87975950--87976004	27	2.1	27	93	3	94	29	16	7	47	1.73
87989249--87989293	17	2.6	18	86	13	60	15	22	37	24	1.93
87990533--87990643	29	3.9	29	79	6	111	29	28	12	28	1.93
87995301--87995370	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
87995300--87995395	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
87995301--87995395	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
87996875--87996960	29	3.0	28	86	3	118	29	27	13	29	1.95
88000649--88000735	42	2.1	42	88	0	129	37	14	19	27	1.91
88003248--88003290	18	2.4	18	88	0	68	6	16	4	72	1.24
88004834--88004925	35	2.6	34	73	10	80	44	20	7	27	1.78
88004896--88005018	35	3.5	35	80	4	122	43	20	8	27	1.80
88012257--88012314	21	2.7	22	84	12	84	37	20	12	29	1.89
88015167--88015270	43	2.5	42	75	10	113	25	16	25	32	1.96
88022742--88022919	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
88022743--88022898	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
88022739--88022919	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
88030932--88031109	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
88030933--88031088	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
88030929--88031109	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
88038564--88038741	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
88038585--88038740	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88043455--88043832	189	2.0	189	99	0	747	40	8	24	26	1.84
88045463--88045685	53	4.2	53	76	5	216	37	18	23	20	1.94
88051227--88051326	31	3.1	32	69	21	100	51	19	0	30	1.47
88051210--88051344	64	2.1	64	92	1	225	50	18	0	31	1.47
88053185--88053223	21	1.9	20	85	15	53	38	12	17	30	1.88
88057699--88058429	358	2.0	358	98	0	1408	36	17	19	26	1.94
88073212--88073435	114	2.0	113	92	2	378	32	29	24	13	1.93
88081020--88081154	40	3.3	42	80	7	138	34	28	14	23	1.93
88084019--88084054	12	3.1	12	96	4	65	52	22	0	25	1.47
88088092--88088174	27	3.1	27	89	0	112	37	19	13	30	1.90
88088112--88088187	27	2.8	27	87	0	89	39	19	14	26	1.90
88088732--88088765	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
88089890--88090012	29	4.3	29	82	6	144	28	30	14	26	1.95
88089890--88090012	57	2.2	57	82	5	142	28	30	14	26	1.95
88096504--88096539	18	2.1	18	89	5	56	30	13	8	47	1.73
88103797--88103890	28	3.3	30	82	8	108	27	34	13	24	1.93
88106565--88106596	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
88117066--88117555	50	9.7	50	81	1	507	30	24	16	27	1.97
88117073--88117551	100	4.8	100	86	2	575	31	25	16	27	1.96
88119896--88119949	23	2.3	24	84	9	67	38	14	27	18	1.90
88122130--88122182	21	2.5	22	84	9	65	58	1	15	24	1.47
88125969--88126073	27	3.9	26	77	7	93	19	22	20	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88125970--88126076	54	2.0	54	83	3	135	18	21	20	39	1.93
88129585--88132018	810	3.0	811	92	0	4007	31	17	24	26	1.97
88137144--88137221	21	3.6	21	73	19	70	17	10	30	41	1.83
88137158--88137219	23	2.9	21	72	25	65	17	11	32	38	1.85
88148366--88148521	43	3.6	43	76	6	145	35	23	12	28	1.91
88150059--88150088	13	2.3	13	94	0	51	46	0	3	50	1.18
88153302--88153340	5	7.8	5	100	0	78	0	17	0	82	0.68
88154695--88155123	212	2.0	211	84	1	563	31	19	10	37	1.86
88155778--88155948	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
88155770--88155945	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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