genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   

This is table  34  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11459221--11459328	27	3.9	27	77	13	103	40	18	9	31	1.82
11459369--11459442	27	2.7	27	78	12	80	37	21	20	20	1.94
11460254--11460377	26	4.8	26	86	3	171	25	24	22	27	2.00
11460254--11460377	52	2.4	51	91	2	205	25	24	22	27	2.00
11460860--11461043	91	2.0	91	98	0	359	21	20	19	38	1.93
11462933--11463113	90	2.0	90	100	0	362	35	11	20	32	1.89
11467008--11467046	20	2.0	20	100	0	78	33	15	30	20	1.94
11470052--11470093	22	1.9	22	100	0	84	30	9	30	28	1.89
11474604--11474688	42	2.0	42	97	0	161	31	25	1	41	1.63
11476734--11476874	72	2.0	72	94	0	246	26	27	11	34	1.91
11477419--11477627	104	2.0	104	100	0	418	29	25	14	30	1.95
11480875--11481241	184	2.0	184	97	0	689	28	20	16	34	1.95
11482414--11482678	40	6.7	40	85	6	272	25	27	21	25	1.99
11482610--11482687	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
11483665--11483902	115	2.1	115	99	0	467	24	17	18	39	1.92
11487018--11487050	17	1.9	17	100	0	66	33	30	12	24	1.91
11498449--11498488	20	2.0	20	100	0	80	40	10	15	35	1.80
11501647--11501715	36	1.9	36	85	5	95	24	24	11	39	1.89
11515000--11515053	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
11515081--11515125	23	2.0	23	86	0	63	31	15	20	33	1.93
11516813--11516892	40	2.0	40	100	0	160	40	20	2	37	1.66
11519411--11519458	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11519502--11519540	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
11519592--11519662	23	3.1	23	100	0	142	28	21	21	29	1.98
11519649--11519676	14	2.0	14	100	0	56	28	28	14	28	1.95
11519626--11519699	37	2.0	37	100	0	148	27	24	18	29	1.98
11519663--11519726	24	2.7	24	92	2	103	26	23	20	29	1.99
11519603--11519721	60	2.0	61	96	1	222	25	23	20	31	1.98
11522204--11522268	32	2.0	34	85	11	91	30	27	16	24	1.97
11526575--11526619	20	2.2	21	96	4	83	40	22	4	33	1.74
11528322--11528518	71	2.8	71	77	8	177	38	15	11	34	1.84
11528320--11528509	18	10.6	18	72	12	122	37	15	11	34	1.84
11530023--11530049	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
11530524--11530621	28	3.5	28	94	1	162	26	13	28	31	1.94
11530524--11530634	28	4.0	27	89	3	125	28	12	26	32	1.93
11532203--11532227	6	4.2	6	100	0	50	52	16	16	16	1.76
11532208--11532317	45	2.4	45	89	0	166	41	19	19	20	1.90
11532295--11532319	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
11538113--11538407	18	16.1	18	71	10	132	38	15	11	34	1.83
11538113--11538395	36	7.7	36	69	13	155	38	15	11	33	1.84
11538207--11538407	72	2.8	70	76	12	203	39	15	10	34	1.82
11538576--11538685	45	2.4	45	92	0	184	43	21	16	18	1.88
11544439--11544473	17	1.9	17	88	11	52	60	0	5	34	1.21
11551247--11551282	17	2.1	17	100	0	72	41	0	16	41	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11566928--11566966	14	2.8	14	100	0	78	25	7	7	58	1.52
11578314--11578575	113	2.3	114	84	3	323	32	20	16	30	1.95
11578820--11578862	22	2.0	22	95	0	77	44	9	2	44	1.49
11579998--11580264	46	5.6	48	78	10	230	26	19	29	23	1.98
11579998--11580317	46	6.7	50	75	13	173	26	19	29	24	1.98
11582516--11582821	21	14.1	21	65	17	110	22	1	28	47	1.59
11582515--11582575	7	8.6	7	80	3	59	21	0	31	47	1.51
11582638--11582806	14	11.7	14	69	14	76	21	1	30	46	1.61
11582668--11582821	7	21.4	7	73	15	82	21	1	30	46	1.59
11582703--11582839	73	1.9	74	89	4	215	24	0	28	46	1.58
11583128--11583296	40	4.2	40	84	3	205	28	22	18	30	1.98
11590932--11591052	43	2.9	42	82	7	163	28	24	15	31	1.96
11593538--11593586	23	2.1	23	100	0	98	34	8	8	48	1.62
11593533--11593590	23	2.3	27	74	22	79	34	6	6	51	1.55
11597085--11597351	137	1.9	137	84	3	349	32	26	19	20	1.97
11597676--11597819	70	2.1	70	95	0	261	32	12	3	51	1.56
11599754--11599870	43	2.8	42	78	7	119	35	12	23	29	1.92
11611465--11611695	27	8.5	26	69	16	130	25	22	16	35	1.94
11611503--11611695	54	3.6	53	85	5	228	24	21	16	38	1.93
11611715--11611844	29	4.6	29	79	5	115	24	23	17	34	1.96
11613387--11613427	20	2.0	20	100	0	82	39	24	9	26	1.86
11615346--11615389	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11617624--11617667	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
11619745--11620046	151	2.0	151	99	0	595	36	13	21	27	1.92
11626227--11626259	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
11629101--11629139	3	13.0	3	100	0	78	0	33	0	66	0.92
11651860--11652102	122	2.0	123	91	3	400	29	16	9	44	1.80
11652500--11652542	19	2.2	20	84	12	54	58	2	0	39	1.11
11655535--11655575	3	13.7	3	100	0	82	0	31	0	68	0.90
11657515--11657556	19	2.2	19	83	8	50	69	0	23	7	1.13
11658742--11658790	23	2.2	22	85	3	62	34	0	20	44	1.52
11659854--11659971	58	2.0	58	96	0	218	44	10	9	35	1.70
11668249--11668410	80	2.0	80	84	2	209	23	27	16	32	1.95
11668249--11668410	40	4.1	39	81	6	164	23	27	16	32	1.95
11671816--11671946	47	2.8	47	88	0	181	32	29	16	21	1.95
11683454--11683614	47	3.4	48	78	10	163	24	29	19	26	1.99
11688116--11688265	75	2.0	74	93	1	255	39	19	12	29	1.87
11692714--11692752	21	1.9	20	84	5	51	23	30	30	15	1.95
11693856--11694210	46	7.6	47	75	11	291	21	29	21	27	1.99
11693852--11694210	140	2.6	140	97	0	664	21	28	21	27	1.99
11693856--11694215	94	3.9	89	75	8	310	21	28	21	27	1.99
11699906--11700096	50	3.8	49	83	2	220	26	19	26	27	1.99
11699908--11700095	99	1.9	101	85	2	263	26	19	26	28	1.99
11703160--11703421	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11706012--11706115	42	2.5	42	93	0	172	29	16	25	28	1.97
11706012--11706137	42	3.0	42	88	5	159	30	15	24	29	1.96
11707024--11707080	24	2.5	21	76	17	60	24	3	26	45	1.69
11713334--11713411	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
11713364--11713691	174	1.9	174	96	0	602	30	14	24	31	1.94
11717517--11718475	479	2.0	479	100	0	1918	33	13	19	34	1.91
11718804--11718852	24	2.0	24	96	0	89	30	32	10	26	1.89
11722020--11722271	123	2.0	123	96	0	459	27	21	15	35	1.94
11722918--11722976	29	2.1	27	84	6	73	28	25	1	44	1.64
11735698--11735738	18	2.3	18	87	8	57	26	0	26	46	1.53
11743103--11743156	27	2.0	27	96	0	99	33	18	16	31	1.93
11744800--11744825	13	2.0	13	100	0	52	61	30	0	7	1.24
11745673--11745784	43	2.6	44	84	4	149	33	25	15	25	1.95
11753721--11753835	31	3.7	31	91	1	187	27	26	16	29	1.97
11760294--11760438	27	5.4	27	87	0	155	42	17	16	22	1.88
11760488--11760546	27	2.2	27	93	0	100	37	20	16	25	1.93
11760368--11760610	123	2.0	123	90	0	387	32	21	19	26	1.97
11762529--11762609	28	2.9	28	81	1	99	28	14	32	24	1.95
11762924--11763033	27	4.1	26	87	5	148	33	21	13	30	1.92
11762917--11763034	54	2.2	54	89	3	184	34	21	13	30	1.92
11763013--11763101	27	3.3	27	88	0	124	37	15	16	30	1.91
11762917--11763060	54	2.7	53	84	4	164	34	20	13	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11763643--11763679	18	2.1	18	94	0	65	18	10	35	35	1.86
11768155--11768181	14	1.9	14	100	0	54	14	37	29	18	1.91
11770387--11770486	40	2.4	41	81	8	112	30	17	25	28	1.97
11772937--11773003	33	2.1	32	94	2	116	35	7	31	23	1.83
11776986--11777012	11	2.5	11	100	0	54	44	18	11	25	1.83
11783610--11783837	105	2.2	102	84	5	280	32	15	26	26	1.95
11786513--11786696	40	4.6	39	80	9	194	24	22	27	26	2.00
11786565--11786729	79	2.1	79	83	6	201	26	20	26	26	1.99
11793215--11793266	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
11800643--11800694	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313