Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   

This is table  165  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
51809698--51809732
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26
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23
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1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
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T
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51892233--51892641
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15
19
43
1.87
51892233--51892641
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442
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15
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2.5
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51893523--51893589
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2.1
16
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38
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23
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Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Percent
Indels
Score
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19
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1.94
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23
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
51943988--51944162
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0
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32
0.91
51980219--51980252
14
2.4
14
90
5
50
29
0
0
70
0.87
51986509--51986553
20
2.4
19
85
7
56
53
2
0
44
1.13
51994884--51994936
21
2.5
21
90
0
79
30
35
9
24
1.87
51995357--51995422
34
1.9
35
93
3
116
50
10
16
22
1.76
52000479--52000509
11
2.7
11
95
5
53
70
0
19
9
1.14
52001130--52001180
24
2.0
26
81
7
61
56
0
3
39
1.18
52001284--52001334
20
2.6
19
85
14
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45
11
7
35
1.70
52002616--52002665
25
2.0
25
100
0
100
40
4
16
40
1.67
52012559--52012598
20
1.9
20
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5
2
32
1.32
52013117--52013160
22
2.0
22
82
8
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45
2
2
50
1.27
52014377--52014418
13
3.1
14
83
10
61
45
4
16
33
1.69
52018415--52018566
51
3.0
50
74
8
164
26
17
26
28
1.98
52020261--52020384
57
2.2
59
82
5
155
54
9
20
14
1.68
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
52024955--52025003
22
2.3
22
86
6
66
38
14
22
24
1.91
52025222--52025296
23
3.3
22
71
19
57
48
25
4
22
1.68
52030313--52030622
128
2.4
129
85
6
416
26
32
19
21
1.97
52030313--52030622
43
7.2
43
87
2
381
26
32
19
21
1.97
52030546--52030773
117
1.9
118
90
2
361
36
25
11
26
1.90
52031930--52031966
17
2.1
19
85
10
51
75
8
0
16
1.02
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29
2.0
29
85
0
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43
24
7
24
1.79
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41
4.8
41
90
0
293
30
27
22
20
1.98
52042801--52042856
26
2.2
26
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3
87
30
14
10
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3.1
14
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10
59
19
17
12
51
1.76
52050284--52050330
24
2.0
23
84
12
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29
14
4
51
1.62
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22
1.9
24
90
9
74
25
20
0
54
1.45
52051190--52051246
5
11.6
5
89
10
91
57
0
0
42
0.98
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2.5
25
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0
70
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1.90
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2.1
12
100
0
50
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24
16
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126
3.8
126
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1
699
29
14
21
33
1.93
52059886--52060362
249
1.9
252
88
2
728
29
14
21
33
1.93
52062680--52062820
23
6.0
23
67
23
71
29
1
22
46
1.60
52062712--52062772
20
3.0
21
83
9
81
26
1
27
44
1.64
52062749--52062815
29
2.3
29
94
0
116
26
0
26
46
1.53
52062899--52062954
21
2.6
22
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96
26
0
25
48
1.52
52062942--52063505
29
19.0
29
78
14
582
29
0
25
45
1.54
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
52062942--52063505
59
9.5
58
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11
682
29
0
25
45
1.54
52063159--52063233
37
2.0
37
94
0
132
34
0
21
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1.53
52063288--52063343
21
2.6
22
88
5
96
26
0
25
48
1.52
52064386--52064410
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3.6
7
100
0
50
60
12
0
28
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20
1.9
20
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10
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2
34
1.43
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22
2.3
22
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43
0
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27
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0
0
52
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0
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0
0
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0.99
52069370--52069406
16
2.3
16
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13
58
59
0
0
40
0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313