genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.136.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   

This is table  136  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44072860--44072898	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
44073147--44073339	50	3.7	49	80	6	188	24	26	21	27	1.99
44073680--44073738	30	2.0	30	83	6	75	33	23	6	35	1.82
44090023--44090496	94	5.1	93	80	6	442	32	18	19	29	1.96
44090023--44090496	187	2.5	187	80	7	532	32	18	19	29	1.96
44091538--44091575	19	2.0	19	100	0	76	57	10	21	10	1.61
44091930--44091990	11	5.2	11	72	14	50	18	8	0	73	1.07
44095222--44095303	41	2.0	41	95	0	146	46	12	21	19	1.82
44096768--44096794	14	1.9	14	100	0	54	44	0	3	51	1.19
44099172--44099254	3	27.7	3	95	0	148	65	2	0	32	1.06
44100885--44100910	12	2.2	12	100	0	52	34	7	0	57	1.27
44102376--44102429	23	2.3	22	81	9	63	64	3	0	31	1.11
44109799--44109834	14	2.6	14	83	16	56	19	0	8	72	1.10
44109806--44109831	7	3.7	7	100	0	52	15	0	11	73	1.11
44109858--44109890	15	2.1	16	88	5	50	30	3	3	63	1.24
44109920--44110082	3	53.7	3	71	7	71	29	7	3	58	1.44
44110108--44110159	23	2.2	23	96	3	95	28	15	9	46	1.77
44114030--44114068	5	7.8	5	100	0	78	61	0	0	38	0.96
44114231--44114288	27	2.3	26	83	13	77	65	0	6	27	1.18
44115106--44115135	4	7.8	4	92	7	53	23	0	0	76	0.78
44117995--44118038	22	2.0	22	90	0	70	9	20	25	45	1.80
44118258--44118445	87	2.2	87	81	2	218	28	30	18	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44118157--44118445	43	6.7	43	77	2	213	25	28	21	23	1.99
44118758--44118824	21	3.2	21	78	0	89	10	43	14	31	1.80
44118794--44118865	21	3.4	21	73	3	56	5	38	16	38	1.72
44118835--44119006	66	2.6	65	85	4	211	14	26	18	40	1.89
44124431--44125453	9	115.8	9	68	21	319	37	1	14	46	1.53
44124450--44124702	25	10.2	25	77	8	221	37	1	16	45	1.57
44124507--44124656	34	4.5	34	76	15	161	35	2	18	44	1.61
44124444--44124755	98	3.2	98	91	4	470	36	1	16	44	1.58
44124574--44124693	34	3.4	34	73	14	100	35	1	16	45	1.58
44124711--44124755	16	2.6	18	93	6	76	31	0	24	44	1.54
44124733--44125399	31	21.5	31	77	15	666	37	0	14	47	1.49
44124770--44125399	58	10.7	59	82	11	607	37	0	13	47	1.48
44125012--44125058	16	2.9	16	100	0	94	31	0	23	44	1.54
44125142--44125175	16	2.1	16	100	0	68	29	0	26	44	1.55
44124736--44124996	116	2.2	119	91	6	127	37	0	13	48	1.45
44125388--44125418	16	1.9	16	100	0	62	32	3	19	45	1.66
44125357--44125452	47	2.0	49	85	6	133	36	2	13	47	1.55
44125732--44125775	7	6.4	7	84	5	63	40	47	0	11	1.39
44125900--44125938	21	1.9	21	89	5	62	38	41	0	20	1.53
44125906--44125940	14	2.5	14	86	13	54	37	45	0	17	1.48
44125736--44125999	80	3.3	79	76	15	236	45	25	1	28	1.61
44126514--44126672	41	3.9	41	93	4	261	33	25	22	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44127445--44127523	39	2.0	40	90	2	124	39	16	20	24	1.92
44127370--44127523	40	3.8	39	75	7	139	36	18	22	22	1.95
44127559--44127674	41	2.8	40	88	5	162	19	20	31	28	1.97
44127891--44127965	21	3.5	23	75	12	79	29	0	29	41	1.56
44127907--44127947	14	2.9	15	76	23	52	31	0	29	39	1.57
44127960--44128022	22	2.9	22	80	4	65	17	0	44	38	1.49
44128053--44128094	11	3.8	11	80	20	52	30	0	0	69	0.89
44128060--44128104	23	1.9	24	90	4	74	35	0	0	64	0.94
44128302--44128342	21	2.0	21	95	0	73	26	0	43	29	1.55
44128299--44128352	21	2.5	20	82	11	72	24	0	42	33	1.55
44128312--44128469	78	2.0	78	98	0	307	30	2	32	34	1.71
44132980--44133182	43	4.8	42	85	6	203	28	17	28	26	1.97
44132980--44133182	85	2.4	86	82	3	239	28	17	28	26	1.97
44133254--44133296	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
44134779--44134805	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
44137051--44137092	3	14.3	3	82	5	50	33	2	2	61	1.21
44137231--44137333	53	1.9	53	94	0	179	14	8	16	60	1.58
44149335--44149465	45	2.9	45	90	0	190	42	16	21	19	1.89
44150749--44150849	51	2.0	51	84	3	132	30	16	22	29	1.96
44150747--44150976	123	1.9	123	87	1	336	30	15	26	27	1.96
44150861--44151003	51	2.8	51	78	0	169	28	18	25	27	1.98
44151155--44151256	45	2.2	46	82	3	125	25	21	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44151182--44151275	45	2.1	45	85	2	125	31	19	21	27	1.97
44151338--44151449	41	2.6	42	73	8	102	27	19	23	29	1.98
44158257--44158315	24	2.5	24	88	0	91	32	18	3	45	1.66
44162532--44162703	62	3.0	56	78	16	174	62	2	7	27	1.35
44162615--44162714	52	1.9	52	93	4	175	64	1	9	26	1.30
44163811--44163848	20	1.9	20	89	10	60	10	7	23	57	1.58
44165156--44165181	12	2.2	12	100	0	52	61	7	0	30	1.24
44166754--44167108	184	1.9	186	86	5	504	25	22	24	27	2.00
44166910--44167406	114	4.3	114	84	3	613	25	21	25	27	1.99
44166910--44167401	230	2.2	228	84	3	641	25	21	25	27	1.99
44167491--44167517	14	1.9	14	100	0	54	25	0	37	37	1.57
44168142--44168421	105	2.7	105	88	4	405	49	12	12	25	1.76
44168478--44168517	21	2.0	21	90	5	64	75	0	2	22	0.93
44172736--44172805	21	3.4	21	86	4	97	31	14	48	5	1.67
44173704--44173738	16	2.2	16	94	0	61	37	2	5	54	1.39
44177515--44177580	13	5.1	13	71	10	55	36	21	9	33	1.85
44180790--44180863	29	2.5	31	88	4	107	48	16	13	21	1.80
44181271--44181308	20	1.9	20	84	10	51	50	2	18	28	1.61
44181821--44181887	30	2.2	30	84	5	82	44	5	8	40	1.60
44182245--44182309	27	2.4	27	77	12	69	53	3	10	32	1.51
44184135--44184252	45	2.6	45	82	1	139	28	27	17	26	1.98
44184143--44184394	139	1.8	139	81	5	321	27	21	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44184570--44184709	44	3.2	44	69	2	120	26	25	22	25	2.00
44184538--44184842	87	3.5	87	77	5	283	25	22	21	30	1.99
44184915--44185173	89	2.9	89	81	2	279	23	20	22	32	1.98
44185526--44185583	24	2.4	24	91	0	89	32	24	12	31	1.91
44186051--44186372	105	3.0	106	83	6	411	48	8	17	26	1.75
44186635--44186697	9	6.1	10	78	14	58	0	17	0	82	0.67
44186634--44186697	19	3.3	20	83	12	89	0	18	0	81	0.70
44186636--44186696	5	12.8	5	80	16	76	0	18	0	81	0.68
44186636--44186697	21	2.8	23	80	11	85	0	17	0	82	0.67
44188979--44189012	12	2.8	12	81	0	50	11	23	20	44	1.84
44192785--44192818	17	1.9	18	88	5	52	17	2	20	58	1.51
44195350--44195401	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
44197025--44197081	25	2.4	22	80	13	60	19	42	1	36	1.62
44197057--44197095	16	2.6	15	84	11	53	23	35	5	35	1.77
44197317--44197384	33	2.1	33	94	0	118	32	2	29	35	1.73
44197625--44197658	17	2.0	17	94	0	59	11	38	11	38	1.79
44199128--44199184	24	2.4	24	96	0	105	42	3	3	50	1.36
44199291--44199336	22	2.1	22	88	8	67	45	10	4	39	1.59
44199271--44199459	31	6.1	31	75	12	158	48	10	3	38	1.55
44199313--44199459	34	4.5	34	78	10	171	48	9	4	38	1.55
44199357--44199567	9	24.7	9	65	19	51	45	13	2	38	1.57
44199465--44199543	34	2.3	34	80	0	86	43	13	1	41	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44199527--44199567	13	3.2	13	82	6	57	48	17	0	34	1.47
44199569--44199624	25	2.2	25	83	0	67	44	14	5	35	1.68
44199605--44199638	16	2.1	16	94	0	59	52	14	0	32	1.42
44199465--44199643	80	2.2	85	79	8	201	43	15	3	37	1.64
44205044--44205214	66	2.6	65	86	4	218	40	19	26	13	1.89
44205186--44205301	21	5.6	21	77	5	76	37	18	41	3	1.67
44205197--44205297	42	2.4	42	84	0	121	37	16	42	2	1.64
44205606--44205764	43	3.6	43	80	9	180	22	18	31	27	1.97
44205604--44205786	43	4.2	43	78	4	161	23	19	31	26	1.98
44205752--44205896	43	3.4	43	81	11	172	36	24	20	18	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313