genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10916881--10916905	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
10922107--10922295	38	4.9	38	84	6	193	21	22	25	30	1.99
10922114--10922295	76	2.4	77	81	6	215	21	21	25	30	1.99
10924836--10924883	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
10924830--10924873	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
10924830--10924889	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
10925840--10925947	54	2.0	54	98	0	207	45	14	10	29	1.78
10928446--10928495	18	2.8	18	87	0	73	14	28	0	58	1.37
10928421--10928498	24	3.2	24	79	0	93	12	28	0	58	1.34
10929587--10929612	11	2.4	11	100	0	52	0	7	7	84	0.77
10934147--10934266	38	3.1	38	83	9	145	22	21	25	30	1.99
10934147--10934298	38	3.9	38	83	5	135	21	21	25	31	1.98
10935465--10935646	55	3.4	54	85	4	215	40	22	9	28	1.85
10935465--10935699	82	2.9	82	77	7	221	40	22	8	28	1.83
10935465--10935699	27	8.6	28	81	4	180	40	22	8	28	1.83
10935691--10935752	27	2.3	27	86	5	81	33	17	20	27	1.96
10936371--10936505	27	5.0	27	87	4	166	17	22	22	37	1.94
10936623--10936743	6	19.8	6	71	16	61	18	15	14	52	1.75
10936626--10936687	25	2.5	25	86	0	79	19	16	14	50	1.79
10936673--10936704	11	2.8	11	95	4	55	18	0	15	65	1.27
10945035--10945076	15	2.9	15	82	6	52	64	2	14	19	1.39
10948859--10948890	16	2.0	16	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10948854--10948890	16	2.5	14	84	16	56	43	0	0	56	0.99
10951419--10951461	20	2.1	21	86	4	61	58	4	0	37	1.19
10952649--10952677	12	2.4	12	100	0	58	37	17	13	31	1.89
10953578--10953766	43	4.4	44	83	4	217	27	25	17	29	1.98
10953942--10953986	19	2.4	19	88	3	65	60	26	4	8	1.46
10959775--10959863	9	10.1	9	78	7	76	31	0	20	48	1.50
10959899--10960333	160	2.7	161	89	3	658	51	6	9	32	1.61
10960946--10961010	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
10965582--10965737	7	21.9	7	69	13	86	46	34	0	18	1.54
10965676--10965718	15	2.9	15	86	10	61	51	34	0	13	1.42
10968387--10968465	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
10968584--10968936	49	7.3	49	94	1	606	29	29	8	32	1.87
10974381--10974479	46	2.2	46	92	0	162	35	9	8	47	1.65
10985955--10986053	46	2.2	46	94	0	171	34	10	9	46	1.69
10994787--10994911	43	2.9	43	76	4	128	28	14	25	31	1.95
10998403--10998578	46	3.8	46	76	15	191	21	18	29	31	1.96
10998399--10998569	93	1.8	93	92	0	288	21	18	30	30	1.96
11001299--11001367	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
11001290--11001377	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
11003759--11003929	93	1.8	93	93	0	297	21	21	30	26	1.98
11003763--11003937	46	3.8	46	79	7	201	21	21	30	27	1.98
11006463--11006570	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11008170--11008310	27	5.2	27	82	11	173	19	23	22	34	1.96
11008167--11008310	54	2.7	54	91	2	227	18	23	22	34	1.96
11008170--11008328	27	5.9	26	83	7	131	20	23	21	34	1.96
11008180--11008328	81	1.9	80	83	9	196	20	24	20	34	1.96
11010020--11010598	290	2.0	288	95	1	1045	44	11	12	31	1.78
11011996--11012030	14	2.5	13	90	9	52	0	11	2	85	0.69
11021155--11021225	35	2.0	35	97	0	133	32	14	12	40	1.83
11033512--11033773	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
11038889--11038914	13	2.0	13	100	0	52	53	7	23	15	1.67
11043430--11043458	3	9.7	3	100	0	58	34	0	65	0	0.93
11044534--11044580	21	2.2	22	88	3	69	2	6	12	78	1.02
11044533--11044581	22	2.2	23	82	10	66	2	6	12	79	0.99
11044755--11044807	26	2.0	26	85	7	72	45	7	5	41	1.56
11047106--11047283	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
11047106--11047283	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
11055110--11055287	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
11055110--11055287	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
11059630--11059732	30	3.4	30	77	2	100	25	30	8	35	1.86
11059715--11059793	30	2.6	30	78	7	97	34	24	11	30	1.90
11059778--11059849	30	2.4	30	88	0	108	18	29	11	41	1.84
11077218--11077326	30	3.6	30	94	0	200	19	26	12	41	1.87
11077331--11077410	30	2.7	30	88	0	106	27	25	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11077397--11077466	30	2.3	30	87	0	77	18	30	12	38	1.88
11077218--11077466	60	4.2	60	76	11	231	21	27	14	36	1.93
11080160--11080227	29	2.3	29	80	5	75	27	30	13	27	1.94
11080049--11080376	174	1.9	174	96	0	611	31	24	14	29	1.94
11080329--11080407	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
11088153--11088362	39	5.3	39	90	2	280	25	27	21	25	1.99
11088153--11088414	78	3.3	78	84	8	286	25	27	21	25	1.99
11088153--11088411	118	2.2	119	80	10	282	25	27	20	26	1.99
11096224--11096406	40	4.6	40	76	13	173	25	26	22	25	2.00
11096224--11096355	40	3.3	40	88	5	189	25	27	21	25	2.00
11096224--11096407	79	2.3	81	81	11	213	25	26	22	25	2.00
11101535--11101707	43	4.1	42	69	10	118	34	24	13	27	1.93
11105672--11105786	20	5.8	20	70	8	90	10	31	21	36	1.87
11108436--11108585	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
11108460--11108643	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	23	1.97
11115853--11115889	5	7.6	5	93	6	67	81	0	0	18	0.70
11116039--11116090	24	2.2	24	85	0	68	51	9	3	34	1.53
11124081--11124238	79	2.0	79	92	0	262	40	17	18	23	1.91
11124494--11124623	55	2.4	55	78	0	143	26	30	26	15	1.96
11124511--11124636	55	2.3	55	81	0	135	29	28	26	15	1.96
11137435--11137467	5	6.6	5	92	0	57	78	0	0	21	0.75
11140773--11140819	23	2.0	23	100	0	94	44	8	4	42	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11143224--11143254	15	2.1	15	100	0	62	41	12	6	38	1.69
11147801--11147909	47	2.3	47	85	4	141	21	21	20	37	1.94
11147827--11147892	24	2.8	23	81	4	87	18	24	21	36	1.95
11151366--11152042	49	14.0	49	94	2	1149	31	6	32	29	1.84
11151725--11151755	16	1.9	16	100	0	62	38	3	32	25	1.72
11152163--11152241	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
11153060--11153448	195	2.0	193	94	1	679	21	21	23	33	1.97
11160667--11160796	55	2.4	55	78	7	138	16	27	29	26	1.97
11160989--11161130	71	2.0	71	100	0	284	23	14	25	36	1.92
11163816--11163842	13	2.1	13	100	0	54	22	44	25	7	1.79
11166952--11167004	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
11169338--11169394	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
11171668--11171822	28	5.6	28	72	9	120	25	27	14	31	1.95
11171660--11171816	54	2.9	54	80	6	199	25	26	15	32	1.95
11173724--11173886	44	3.8	42	74	11	141	28	19	23	28	1.98
11176610--11176727	61	1.9	61	100	0	236	23	16	22	36	1.94
11180977--11181091	44	2.6	43	80	9	108	30	17	24	27	1.97
11188930--11188972	19	2.4	19	84	7	54	39	13	9	37	1.78
11188938--11188974	19	1.9	19	94	0	65	40	10	13	35	1.80
11188938--11188997	19	2.8	22	82	9	63	38	8	15	38	1.77
11189264--11189298	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
11197369--11197742	92	4.4	78	89	4	361	31	18	24	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11197511--11197845	45	7.5	45	73	9	247	31	16	26	26	1.96
11197506--11197742	92	2.6	92	97	2	446	31	17	24	26	1.97
11197552--11197703	47	3.3	47	70	10	159	33	19	22	25	1.97
11197506--11197837	181	1.8	180	81	7	413	31	15	26	26	1.96
11197508--11197875	92	4.1	88	82	8	304	30	16	26	26	1.97
11198178--11198250	19	3.9	19	92	7	132	38	10	15	35	1.82
11198540--11198574	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
11202948--11202996	24	2.0	24	96	0	89	26	26	6	40	1.79
11202949--11203005	24	2.5	23	88	5	71	31	22	5	40	1.76
11213396--11213556	21	7.7	21	74	4	137	45	13	22	18	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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