genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77904419--77904488	36	1.9	36	85	8	97	41	1	1	55	1.17
77904588--77904641	22	2.5	21	78	6	63	74	1	1	22	1.02
77905388--77905430	23	1.9	22	81	13	52	30	4	6	58	1.45
77907656--77907693	9	4.1	10	90	10	55	36	0	0	63	0.95
77907660--77907694	3	11.3	3	93	6	61	34	0	0	65	0.93
77908196--77908590	110	3.6	110	91	2	591	30	15	18	35	1.92
77910607--77910631	10	2.5	10	100	0	50	20	16	8	56	1.65
77914724--77914772	2	24.5	2	91	0	71	0	51	0	48	1.00
77914728--77914781	16	3.2	16	76	5	54	0	48	0	51	1.00
77916381--77916479	23	4.3	23	83	7	105	9	12	29	49	1.70
77916373--77916479	46	2.3	46	78	10	121	9	11	29	49	1.70
77922370--77922633	72	3.7	71	84	3	334	25	6	14	53	1.64
77925788--77925845	18	3.4	18	66	22	52	44	22	1	31	1.63
77925787--77925850	33	1.9	33	96	0	119	43	23	1	31	1.63
77927483--77927511	14	2.1	14	100	0	58	6	34	20	37	1.80
77932473--77932521	3	16.7	3	76	19	50	32	0	2	65	1.04
77932852--77932901	18	2.7	19	70	14	50	32	12	6	50	1.64
77933149--77933340	106	1.8	106	81	0	240	27	16	21	34	1.95
77934740--77934786	19	2.5	19	86	6	60	25	19	10	44	1.82
77939579--77940430	87	9.8	87	90	0	1272	29	22	23	25	1.99
77940596--77940795	44	4.7	44	70	12	137	30	21	22	27	1.98
77940546--77940879	127	2.6	128	89	2	512	31	22	21	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77940553--77940731	43	4.2	43	68	16	111	31	22	20	25	1.98
77942321--77942369	3	16.7	3	76	19	50	32	0	2	65	1.04
77942648--77942697	18	2.7	19	70	14	50	32	12	6	50	1.64
77942941--77943132	106	1.8	106	83	0	258	27	17	21	33	1.96
77945301--77945428	60	2.2	60	97	1	240	27	8	10	53	1.65
77946072--77946102	7	4.4	7	100	0	62	45	12	41	0	1.42
77949685--77949744	29	2.1	29	90	0	93	38	13	28	20	1.90
77951767--77951801	18	2.0	17	94	5	61	51	0	2	45	1.16
77952564--77952606	5	8.4	5	97	2	77	20	0	0	79	0.74
77952820--77952886	28	2.4	27	78	11	73	52	1	22	23	1.56
77973232--77973261	12	2.5	12	94	0	51	0	10	3	86	0.67
77979966--77980012	25	1.9	24	86	4	67	55	4	4	36	1.39
77981746--77982301	44	12.8	44	71	8	334	28	20	20	30	1.98
77981663--77981956	129	2.3	129	90	0	453	28	21	20	30	1.98
77981792--77982125	175	1.9	175	93	1	580	28	20	20	30	1.97
77981962--77982255	129	2.3	129	92	0	489	28	20	20	29	1.98
77981617--77982258	304	2.1	304	90	0	1025	28	21	20	30	1.98
77983855--77984414	47	11.7	47	88	3	818	29	28	8	34	1.86
77983855--77984416	96	5.9	96	96	0	995	29	28	8	34	1.86
77987995--77988022	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
77989372--77989423	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
77989417--77989455	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77990980--77991280	150	2.0	150	99	0	593	41	19	17	21	1.91
77992725--77992787	23	2.7	23	90	0	99	26	31	4	36	1.78
77998701--77998933	45	5.2	45	95	0	403	25	20	15	38	1.91
78000929--78001007	37	2.1	37	86	4	106	26	29	18	25	1.98
78001126--78001663	47	11.4	47	93	0	887	29	29	8	32	1.88
78006755--78006838	43	2.0	43	87	0	123	27	29	16	26	1.97
78008855--78009215	48	7.5	48	76	3	323	27	19	26	26	1.99
78008855--78009215	96	3.7	96	87	2	474	27	19	26	26	1.99
78008855--78009235	144	2.6	142	79	5	370	28	20	25	25	1.99
78015430--78015515	42	2.0	42	100	0	172	20	13	34	30	1.92
78039784--78039832	24	2.0	24	88	7	73	42	26	8	22	1.81
78046309--78046478	46	3.7	45	69	16	123	21	18	29	30	1.97
78054703--78054741	19	2.1	19	100	0	78	33	20	20	25	1.97
78061677--78061854	27	6.6	26	83	6	178	26	15	28	29	1.96
78061678--78061833	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
78061674--78061854	82	2.2	81	83	2	229	26	15	28	29	1.96
78065655--78065769	58	2.0	58	91	0	185	20	13	25	40	1.89
78067268--78067373	22	5.0	21	74	18	71	35	2	0	61	1.11
78067311--78067405	9	11.2	9	70	17	60	34	3	1	61	1.19
78067293--78067377	31	2.7	32	77	15	88	35	2	0	62	1.08
78068591--78068629	10	3.5	11	82	10	53	20	0	10	69	1.17
78076871--78077005	45	3.0	45	84	0	180	36	28	14	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78078946--78078985	20	2.0	21	90	5	64	5	25	0	70	1.08
78082282--78082327	19	2.3	20	88	7	76	58	2	0	39	1.10
78091924--78091951	13	2.2	13	100	0	56	42	0	32	25	1.55
78093208--78093266	24	2.5	23	75	20	59	10	22	1	66	1.31
78094251--78094513	81	3.2	81	97	0	481	39	11	6	43	1.65
78095952--78095992	20	2.1	19	86	4	55	46	17	19	17	1.85
78100183--78100287	53	2.0	53	96	0	192	47	20	14	18	1.82
78103958--78103982	13	1.9	13	100	0	50	64	12	0	24	1.27
78104112--78104164	23	2.3	23	83	9	63	41	11	13	33	1.80
78107404--78107441	20	1.9	20	88	0	58	18	31	15	34	1.92
78107446--78107582	40	3.4	40	86	2	168	16	26	18	37	1.92
78113599--78113638	18	2.2	18	86	0	53	65	0	25	10	1.24
78122641--78122694	28	2.0	28	88	3	83	42	7	1	48	1.42
78125749--78125790	12	3.6	12	80	6	50	26	4	50	19	1.67
78127721--78127797	32	2.5	31	85	4	100	22	18	29	29	1.97
78136398--78136704	81	3.8	81	85	0	371	20	15	20	42	1.89
78136398--78136715	27	11.8	27	83	3	329	20	15	20	42	1.89
78145849--78146043	27	7.2	27	88	0	264	38	23	18	18	1.93
78146409--78146488	28	2.9	28	92	0	142	25	22	22	30	1.99
78147485--78147552	21	3.3	21	68	4	66	33	19	29	17	1.95
78147470--78147585	41	2.8	41	92	0	187	38	19	25	16	1.92
78147478--78147544	20	3.3	20	68	4	62	38	19	25	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78154553--78154597	5	8.4	5	83	11	54	0	17	2	80	0.82
78154553--78154599	11	4.2	12	84	13	57	0	19	2	78	0.85
78160943--78161027	15	5.7	15	74	22	65	5	16	1	76	1.04
78160945--78161032	20	4.5	19	77	16	90	5	15	1	77	1.02
78160985--78161022	9	4.2	9	87	12	60	7	13	0	78	0.94
78160944--78161032	34	2.8	32	81	11	103	5	15	1	77	1.01
78160945--78161032	19	4.5	19	77	21	83	5	15	1	77	1.02
78160984--78161040	24	2.2	26	79	14	66	8	14	1	75	1.11
78163546--78163607	23	2.7	23	87	0	88	29	6	27	37	1.82
78168999--78169094	33	3.2	33	67	27	102	44	14	9	31	1.77
78169439--78169500	28	2.2	29	79	2	72	27	6	12	53	1.63
78169479--78169561	28	3.0	28	80	3	96	34	14	8	42	1.76
78175015--78175068	20	2.7	19	86	11	72	25	24	16	33	1.96
78177429--78177470	18	2.3	18	87	0	66	71	4	16	7	1.26
78177500--78177534	18	1.9	18	88	11	54	57	0	17	25	1.40
78177522--78177560	18	2.3	17	86	8	53	71	0	17	10	1.12
78179311--78179374	20	3.2	20	86	4	67	23	26	17	32	1.96
78184143--78184169	14	1.9	14	100	0	54	29	14	22	33	1.94
78194799--78194838	18	2.3	18	91	4	64	70	5	17	7	1.30
78194824--78194866	23	1.9	21	86	13	59	60	0	23	16	1.35
78197121--78197147	14	1.9	14	100	0	54	29	14	22	33	1.94
78198349--78198402	27	2.0	28	85	3	74	27	7	12	51	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78199635--78199712	39	2.0	39	89	0	120	29	6	34	29	1.82
78206451--78206536	35	2.5	35	81	9	106	44	1	4	50	1.30
78207837--78207885	6	8.2	6	88	0	53	38	0	8	53	1.31
78207837--78207885	12	4.1	12	86	0	62	38	0	8	53	1.31
78213851--78213936	35	2.5	35	81	9	106	45	0	4	50	1.22
78213878--78213938	24	2.5	23	80	15	61	45	0	4	49	1.23
78214047--78214084	17	2.2	18	85	4	51	31	2	7	57	1.41
78215424--78215487	27	2.5	27	80	12	73	39	0	26	34	1.57
78226615--78226656	18	2.4	18	92	4	68	14	26	4	54	1.59
78227953--78228030	40	2.0	40	84	0	102	43	15	10	30	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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