genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24096295--24096365	35	2.0	35	88	0	106	28	15	15	40	1.88
24103886--24104155	137	2.0	137	96	0	497	41	13	12	32	1.83
24110797--24110869	36	2.0	36	94	0	128	23	15	19	42	1.88
24111791--24111863	36	2.0	36	94	0	128	23	15	19	42	1.88
24110005--24111992	994	2.0	994	100	0	3976	33	11	21	33	1.89
24114640--24114686	19	2.4	20	86	10	62	2	25	0	72	0.96
24118105--24118176	36	2.0	36	94	0	126	43	18	15	23	1.88
24131671--24131711	7	5.9	7	88	11	66	14	0	0	85	0.60
24133250--24133473	34	6.7	34	71	9	149	39	14	16	29	1.88
24133247--24133473	67	3.4	67	82	3	287	39	14	16	30	1.88
24135323--24135357	3	11.3	3	93	6	61	34	0	0	65	0.93
24139574--24139619	21	2.2	21	100	0	92	23	6	23	45	1.76
24144184--24144220	17	2.2	17	100	0	74	54	5	16	24	1.63
24145795--24145857	30	2.1	30	96	0	117	46	14	3	36	1.61
24146489--24146527	21	1.9	19	90	10	60	51	2	0	46	1.14
24154003--24154171	50	3.4	50	89	4	250	35	15	23	25	1.94
24154155--24154233	31	2.5	31	100	0	158	27	18	30	22	1.98
24154217--24154252	18	2.0	18	100	0	72	33	5	33	27	1.80
24154186--24154282	49	2.0	49	91	0	158	30	15	27	25	1.96
24154155--24154313	80	2.0	80	93	0	273	29	18	27	24	1.98
24154235--24154352	31	3.8	31	87	0	164	28	20	25	25	1.99
24154370--24154493	47	2.7	46	87	2	167	28	16	26	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24154421--24154576	42	3.6	42	87	6	181	30	14	26	28	1.95
24156717--24156811	47	2.0	47	97	0	181	33	11	14	40	1.82
24162454--24162513	29	2.1	30	84	6	79	51	0	1	46	1.10
24162722--24162755	16	2.1	16	94	0	59	35	0	2	61	1.11
24167383--24167423	21	2.0	21	85	0	55	21	14	36	26	1.93
24167404--24167516	40	2.8	40	82	5	131	31	19	21	27	1.97
24167569--24167703	40	3.4	40	86	2	182	28	21	22	28	1.99
24168180--24168233	7	7.7	7	80	0	54	22	0	29	48	1.51
24168180--24168307	21	6.0	21	75	3	112	22	0	27	49	1.55
24168245--24168307	7	8.9	7	80	3	72	20	0	28	50	1.48
24168180--24168307	14	9.0	14	75	3	94	22	0	27	49	1.55
24169624--24169794	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
24169619--24169791	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
24170214--24170273	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
24171098--24171158	29	2.1	29	81	6	70	24	0	32	42	1.55
24171534--24171611	34	2.2	35	90	4	122	15	3	6	74	1.17
24171554--24171613	18	3.4	18	71	11	61	10	1	10	78	1.04
24172451--24172501	24	2.1	24	96	0	93	27	23	11	37	1.90
24177180--24177218	19	2.1	19	95	0	69	41	33	0	25	1.56
24182412--24182552	42	3.4	42	81	2	158	25	13	29	31	1.94
24182472--24182586	43	2.7	43	80	1	142	23	15	26	33	1.95
24185776--24185811	17	2.1	17	89	0	54	38	5	13	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24189878--24189995	43	2.8	42	78	1	128	33	23	16	25	1.96
24191769--24191838	34	2.1	34	97	0	131	32	14	25	27	1.94
24201141--24201185	19	2.3	20	78	14	51	73	0	22	4	1.01
24202859--24202920	26	2.4	26	86	0	88	54	4	11	29	1.56
24206185--24206327	72	2.0	72	88	0	214	17	27	18	37	1.93
24207748--24207795	14	3.4	14	75	11	53	68	2	20	8	1.26
24209395--24209419	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
24210507--24210532	7	3.7	7	100	0	52	15	42	0	42	1.47
24210653--24210690	20	2.0	19	90	10	60	73	7	0	18	1.06
24215447--24215518	37	1.9	37	82	0	90	20	25	22	31	1.98
24215579--24215608	6	5.0	6	100	0	60	66	33	0	0	0.92
24216700--24216788	3	29.7	3	79	4	90	31	6	1	60	1.30
24227495--24227526	3	10.7	3	93	0	55	71	0	28	0	0.86
24229101--24230129	143	7.2	143	88	1	1345	29	19	22	28	1.98
24229084--24230124	54	21.8	48	66	20	252	29	19	22	28	1.98
24229102--24230129	429	2.4	428	88	1	1497	29	19	22	28	1.98
24230529--24230566	20	1.9	20	89	10	60	57	34	0	7	1.28
24231597--24231719	3	42.3	3	75	9	103	33	5	1	59	1.31
24231599--24231719	19	5.9	20	78	14	115	33	5	1	59	1.31
24231780--24231820	17	2.4	17	95	4	73	19	0	14	65	1.26
24238218--24238249	12	2.7	12	100	0	64	31	28	34	6	1.82
24245416--24245468	24	2.3	23	84	12	74	16	11	30	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24245423--24245469	24	2.0	24	95	0	85	19	8	29	42	1.80
24246282--24246316	18	1.9	18	94	0	61	42	45	2	8	1.49
24246342--24246382	6	6.5	6	89	10	64	80	2	0	17	0.82
24246319--24246376	20	2.6	22	81	15	66	72	3	0	24	1.00
24246342--24246383	20	2.1	20	90	0	66	80	2	0	16	0.81
24246402--24246460	9	6.6	9	90	0	82	25	8	22	44	1.81
24247338--24247391	18	3.0	18	75	8	56	50	3	3	42	1.38
24247291--24247387	23	4.1	22	69	18	63	51	6	2	40	1.39
24251426--24251622	40	4.9	41	78	9	156	31	23	14	30	1.94
24251448--24251622	80	2.2	80	80	5	201	31	24	14	29	1.94
24257140--24257181	19	2.2	19	100	0	84	38	14	21	26	1.91
24260825--24260867	21	2.0	21	100	0	86	32	9	18	39	1.83
24264825--24264888	13	4.9	13	80	0	83	32	7	23	35	1.84
24266529--24266708	72	2.5	72	89	0	270	54	16	7	22	1.66
24267135--24267182	18	2.7	18	93	0	78	39	14	10	35	1.80
24269931--24270034	52	2.0	52	86	7	147	13	29	8	48	1.72
24273063--24273117	15	3.7	15	92	0	83	30	16	10	41	1.83
24274973--24275081	25	4.6	25	70	16	88	55	3	8	33	1.47
24274915--24275070	70	2.2	69	80	9	167	51	4	10	33	1.56
24274994--24275080	45	2.0	44	84	8	115	55	3	8	33	1.46
24276543--24276688	30	4.9	29	82	7	143	43	5	19	30	1.74
24276879--24277353	78	6.0	78	81	4	465	33	18	17	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24276879--24277351	155	3.0	155	78	4	452	33	18	17	29	1.94
24285771--24285815	22	2.0	22	91	0	72	44	4	22	28	1.72
24289718--24289903	25	8.1	25	68	20	88	54	4	6	33	1.49
24289660--24289815	70	2.2	69	79	11	167	51	4	9	33	1.55
24289967--24290011	23	1.9	24	81	4	56	66	6	4	22	1.33
24290232--24290286	24	2.3	24	75	6	58	50	5	7	36	1.53
24290587--24290666	37	2.2	37	83	0	106	47	31	1	20	1.58
24290771--24290890	37	3.2	37	76	13	100	43	34	1	20	1.62
24290811--24290889	40	1.9	41	89	5	124	44	31	0	24	1.54
24290588--24290952	183	2.0	183	94	0	640	43	32	4	19	1.71
24291456--24291596	30	4.7	30	74	12	96	40	4	22	31	1.75
24292233--24292305	32	2.5	27	76	19	83	26	4	19	50	1.65
24292246--24292306	32	1.9	32	93	0	104	27	4	18	49	1.68
24292982--24293050	34	2.0	34	100	0	138	34	5	24	34	1.80
24293291--24293379	22	4.0	22	75	15	92	28	5	21	44	1.74
24293294--24293442	68	2.2	68	89	2	210	28	6	20	44	1.75
24293831--24293861	14	2.2	14	94	0	53	38	19	9	32	1.84
24294354--24294409	12	4.6	12	72	12	51	60	0	1	37	1.07
24294360--24294412	26	2.1	25	89	3	79	58	0	1	39	1.09
24295478--24295540	30	2.1	30	96	0	117	57	12	3	26	1.51
24295951--24296101	9	16.8	9	67	17	57	61	2	2	33	1.24
24296002--24296101	30	3.5	29	75	10	82	62	3	3	32	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24296072--24296111	18	2.2	18	86	0	53	75	2	2	20	1.04
24296197--24296252	23	2.4	23	79	8	60	30	0	0	69	0.89
24299391--24299464	28	2.7	27	73	10	69	41	0	1	56	1.07
24299380--24299465	28	3.0	27	67	14	66	41	0	1	56	1.06
24305797--24305983	25	7.5	25	69	8	85	33	17	25	22	1.96
24305975--24306033	25	2.4	25	85	0	91	42	8	23	25	1.82
24305908--24306002	50	1.9	50	82	4	120	38	14	24	22	1.91
24310775--24310803	11	2.7	11	94	5	51	10	0	6	82	0.83
24311599--24311679	39	2.1	39	97	0	153	22	7	35	34	1.82
24315133--24315217	41	2.1	41	95	0	152	36	12	15	35	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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