genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27047006--27047080	36	2.1	36	97	0	141	46	0	17	36	1.48
27048481--27048515	6	5.8	6	89	0	52	37	0	42	20	1.52
27051305--27051346	17	2.5	17	92	0	66	21	9	4	64	1.42
27051582--27051680	14	7.2	13	72	24	55	24	8	2	65	1.30
27051803--27051900	51	2.0	49	84	11	128	32	9	3	55	1.47
27058478--27058644	45	3.7	45	99	0	325	31	18	22	28	1.97
27058458--27058644	90	2.1	89	92	2	311	34	18	20	26	1.96
27058302--27058777	133	3.6	133	73	13	506	32	18	21	27	1.97
27058726--27059001	45	6.2	44	69	11	150	30	19	22	27	1.98
27058345--27058915	268	2.1	268	86	3	713	31	19	21	27	1.97
27058522--27059106	179	3.3	179	83	5	729	30	19	21	27	1.98
27058790--27059089	89	3.4	89	70	11	245	28	20	22	28	1.99
27058867--27059102	45	5.3	44	64	16	108	30	19	22	27	1.98
27059151--27059288	40	3.3	40	65	18	111	36	25	22	15	1.94
27059107--27059247	44	3.3	44	64	18	107	37	26	20	14	1.92
27059322--27059891	44	13.0	44	68	15	227	33	18	23	24	1.97
27059103--27059726	88	7.2	88	88	2	745	35	21	22	20	1.96
27059583--27059891	131	2.4	131	81	4	347	33	20	21	24	1.97
27060579--27060620	17	2.5	17	92	0	66	21	9	4	64	1.42
27060870--27060934	26	2.5	25	76	18	62	27	7	0	64	1.20
27060885--27060927	20	2.0	22	86	8	63	30	6	0	62	1.21
27060893--27060931	14	2.8	13	85	14	51	28	5	0	66	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27060916--27060971	23	2.4	23	82	11	69	28	10	0	60	1.30
27063129--27063201	34	2.1	34	97	0	137	41	9	13	35	1.77
27068925--27068958	6	5.5	6	96	3	59	0	67	0	32	0.91
27077612--27077659	25	1.9	25	91	0	78	39	20	22	16	1.92
27085117--27085150	15	2.3	15	90	10	52	47	23	0	29	1.52
27087490--27087716	46	5.0	46	81	6	248	40	14	24	20	1.89
27087500--27087701	91	2.2	92	84	3	273	41	13	24	19	1.88
27087502--27087732	91	2.5	90	80	6	207	41	14	23	19	1.88
27090868--27090896	11	2.5	12	94	5	51	72	0	0	27	0.85
27095743--27095850	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
27103098--27103361	26	10.2	26	89	0	411	35	7	21	35	1.82
27103098--27103361	52	5.1	52	98	0	501	35	7	21	35	1.82
27107649--27107683	16	2.2	16	90	5	54	51	5	0	42	1.25
27112472--27112507	18	2.1	18	89	5	56	11	27	44	16	1.82
27113684--27113721	17	2.3	16	83	16	51	34	2	5	57	1.35
27114954--27114995	17	2.5	17	88	0	66	47	0	21	30	1.51
27114947--27114995	23	2.1	24	88	3	73	44	0	20	34	1.52
27115075--27115100	13	2.0	13	100	0	52	23	0	38	38	1.55
27115153--27115224	28	2.5	29	84	4	101	18	2	31	47	1.63
27117446--27117544	30	3.3	30	89	0	162	27	48	6	18	1.71
27118011--27118142	23	5.6	25	74	10	91	35	6	3	54	1.42
27118078--27118227	25	6.0	25	71	13	85	31	8	4	56	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27118205--27118263	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
27118378--27118412	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
27120015--27120131	58	2.0	58	98	0	225	33	28	13	24	1.93
27120795--27120905	55	2.0	56	94	1	197	27	17	15	39	1.89
27125579--27125734	73	2.1	74	91	1	251	28	17	21	32	1.96
27125725--27125755	13	2.4	13	94	0	53	16	3	6	74	1.16
27125657--27126006	86	3.9	86	79	11	362	27	15	19	37	1.92
27125508--27125831	159	2.0	163	88	4	489	27	17	20	34	1.95
27125938--27126241	77	4.0	75	83	5	337	29	16	21	31	1.95
27126359--27126490	71	1.9	71	95	0	237	34	16	20	28	1.95
27126266--27126728	161	3.0	152	80	12	478	28	16	20	33	1.95
27126337--27126790	235	1.9	236	83	7	582	29	16	19	34	1.93
27126515--27126728	74	2.8	75	83	4	279	28	16	23	31	1.96
27126359--27126831	239	2.0	232	82	7	562	29	16	20	33	1.94
27126666--27126963	88	3.4	89	80	9	274	29	14	20	35	1.92
27127617--27127715	30	3.3	30	91	0	162	27	48	6	18	1.71
27127657--27127710	18	3.3	18	66	28	57	22	48	7	22	1.75
27128187--27128316	25	5.5	23	70	14	79	35	5	3	56	1.38
27128252--27128322	25	2.8	26	78	6	83	36	5	2	54	1.38
27128341--27128394	25	2.3	25	84	9	69	33	7	7	51	1.58
27128357--27128402	25	1.9	24	86	8	67	32	8	6	52	1.58
27128442--27128476	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27129566--27129649	28	3.0	28	89	1	123	21	2	29	46	1.64
27135903--27135936	17	2.0	17	88	11	52	32	0	5	61	1.20
27137374--27137453	28	2.8	28	75	11	81	21	3	27	47	1.67
27138596--27138646	24	2.1	24	96	0	93	49	13	13	23	1.78
27138731--27138763	17	2.0	17	88	5	50	63	3	6	27	1.32
27139652--27139688	13	2.8	13	95	0	65	40	2	13	43	1.58
27140787--27140891	48	2.2	48	81	5	113	34	16	22	26	1.95
27140937--27141186	42	5.9	42	73	12	170	28	16	25	30	1.97
27141009--27141169	43	3.8	43	76	11	168	29	16	24	30	1.96
27140974--27141186	85	2.5	86	83	2	286	28	15	25	30	1.96
27143643--27143680	19	2.0	19	89	0	58	7	28	0	63	1.23
27146649--27146931	141	2.0	141	100	0	566	25	11	24	38	1.89
27149135--27149242	26	4.2	26	92	0	180	32	7	23	37	1.82
27150842--27150912	27	2.6	28	89	8	103	16	26	23	32	1.96
27150895--27150947	18	2.9	18	91	0	88	15	32	24	28	1.95
27156472--27156508	18	2.1	18	100	0	74	13	32	27	27	1.94
27156643--27156695	18	2.9	18	91	0	88	15	32	24	28	1.95
27160484--27160811	164	2.0	164	98	0	629	38	13	23	25	1.90
27160851--27160958	26	4.2	26	91	0	171	32	8	23	36	1.84
27162557--27162654	27	3.6	27	78	10	119	20	25	22	31	1.98
27163031--27163127	48	2.0	48	97	0	185	20	17	27	34	1.95
27166122--27166179	26	2.2	26	93	0	98	34	22	6	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27166772--27166827	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
27168426--27168523	27	3.6	27	85	10	146	18	26	23	31	1.97
27168505--27168559	18	3.1	18	100	0	110	12	32	27	27	1.93
27168541--27168593	27	2.0	27	85	7	72	20	24	20	33	1.97
27171761--27171803	19	2.3	19	91	0	68	39	11	23	25	1.88
27172118--27172251	61	2.3	57	80	5	160	38	4	3	53	1.39
27172849--27172883	10	3.5	10	85	14	54	2	11	0	85	0.69
27184428--27184455	13	2.2	13	100	0	56	14	0	32	53	1.41
27187318--27187581	89	3.0	88	86	4	377	36	21	9	32	1.85
27187809--27187941	66	2.0	66	100	0	266	36	27	7	29	1.84
27188141--27188192	26	2.0	26	85	7	70	46	0	0	53	1.00
27189267--27189295	15	1.9	15	100	0	58	13	3	0	82	0.79
27189788--27189817	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
27198282--27198393	43	2.6	43	92	0	188	31	33	24	10	1.89
27198391--27198470	38	2.1	38	92	0	133	30	25	22	22	1.99
27198550--27198625	40	1.9	38	89	5	116	30	28	23	17	1.97
27203591--27203646	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
27210216--27210263	24	2.0	24	100	0	96	33	8	25	33	1.86
27215539--27215583	21	2.1	21	92	8	74	22	17	37	22	1.94
27217823--27217869	19	2.4	19	82	10	51	27	14	0	57	1.38
27218616--27218651	18	2.0	18	88	0	54	50	8	2	38	1.47
27221421--27221494	33	2.2	33	76	9	78	32	16	24	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27221284--27221480	105	1.9	101	81	6	234	33	16	22	27	1.95
27224572--27224730	43	3.7	43	80	5	153	32	26	16	24	1.96
27224572--27224730	42	3.7	41	78	9	140	32	26	16	24	1.96
27228624--27228741	53	2.2	51	77	11	121	23	25	16	34	1.95
27236075--27236192	53	2.2	51	76	8	119	24	27	15	32	1.95
27244259--27244302	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
27244333--27244361	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
27245065--27245142	39	2.0	39	100	0	156	28	17	30	23	1.97
27246199--27246242	20	2.2	20	80	15	56	27	15	27	29	1.96
27246237--27246373	60	2.3	60	81	11	156	29	20	23	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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