genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72164217--72164565	122	2.8	123	92	2	576	32	21	15	29	1.95
72166738--72166762	11	2.3	11	100	0	50	48	0	28	24	1.52
72167362--72167424	5	12.6	5	82	0	81	25	34	0	39	1.56
72167362--72167424	15	4.2	15	89	0	99	25	34	0	39	1.56
72168333--72168874	51	10.7	50	76	5	412	28	25	15	30	1.96
72168329--72168875	102	5.4	102	90	1	751	29	25	15	30	1.96
72171188--72171223	18	1.9	19	88	5	56	33	22	0	44	1.53
72171611--72171701	47	1.9	48	84	6	123	35	21	15	27	1.94
72172750--72172797	5	9.6	5	81	0	60	25	33	0	41	1.55
72172753--72172796	15	2.9	15	86	0	70	25	36	0	38	1.56
72172750--72172801	20	2.6	20	87	0	68	25	32	0	42	1.55
72173695--72174246	51	10.9	51	75	5	402	30	25	13	30	1.94
72173758--72174247	102	4.8	102	93	0	777	30	25	13	30	1.94
72187201--72187248	23	2.1	23	96	0	87	35	4	22	37	1.74
72187517--72187557	6	6.8	6	100	0	82	85	0	14	0	0.60
72188760--72189267	44	11.5	43	77	6	437	27	16	25	29	1.97
72188760--72189267	132	3.8	130	86	3	572	27	16	25	29	1.97
72188760--72189213	220	2.1	220	90	0	712	27	16	26	28	1.97
72189234--72189379	44	3.3	45	67	7	118	31	26	22	19	1.98
72189257--72189395	44	3.2	44	65	8	120	25	31	23	18	1.97
72189255--72189464	88	2.4	88	93	1	350	27	28	24	20	1.99
72189518--72190068	256	2.1	256	91	3	897	28	18	23	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72189518--72190068	132	4.2	132	92	4	913	28	18	23	29	1.98
72190309--72190353	19	2.4	19	85	7	56	77	4	0	17	0.92
72193249--72193307	30	2.0	29	84	15	77	59	6	13	20	1.57
72212497--72212626	42	3.1	41	76	9	118	32	13	20	33	1.91
72212507--72212662	43	3.7	42	80	0	159	28	14	21	35	1.93
72212497--72212678	85	2.1	84	78	6	197	31	15	20	31	1.94
72212977--72213023	21	2.3	20	85	3	58	2	44	17	36	1.60
72214021--72214050	15	1.9	16	93	6	53	23	16	0	60	1.36
72214965--72215031	34	1.9	35	93	3	118	32	8	11	46	1.72
72216686--72216920	27	8.6	27	82	1	263	40	22	17	19	1.91
72216686--72216909	82	2.7	82	88	0	333	40	21	17	19	1.91
72216686--72216948	54	4.8	53	79	6	217	39	22	17	19	1.92
72216980--72217033	24	2.2	24	76	0	63	29	5	20	44	1.74
72217120--72217175	26	2.2	26	86	0	76	10	19	35	33	1.87
72217168--72217318	32	4.8	32	77	4	153	18	21	23	35	1.95
72217163--72217318	63	2.5	64	84	1	206	17	21	24	35	1.95
72217551--72217607	28	2.0	28	93	0	96	21	21	24	33	1.97
72226819--72226879	25	2.4	25	80	0	68	26	16	16	40	1.89
72232265--72232410	40	3.7	40	81	7	172	26	26	22	24	2.00
72240216--72240400	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
72240197--72240400	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
72241530--72241761	56	4.1	56	98	0	446	22	21	9	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72243636--72243701	23	2.9	23	82	10	82	40	28	3	27	1.71
72246702--72246769	22	3.0	23	72	20	79	36	5	11	45	1.65
72246688--72246766	22	3.5	23	72	19	76	35	6	12	45	1.68
72250274--72250374	40	2.5	40	88	1	148	24	21	17	35	1.95
72251843--72251880	19	2.0	19	85	10	51	36	2	2	57	1.26
72256364--72256407	16	2.8	15	83	10	52	47	0	11	40	1.39
72256335--72256406	32	2.3	31	85	9	92	43	0	12	44	1.42
72257150--72257292	40	3.6	39	79	11	155	18	27	19	34	1.95
72257150--72257301	80	1.9	80	83	2	198	19	27	19	34	1.95
72259349--72259638	50	5.7	50	83	2	312	26	22	28	23	1.99
72265036--72265125	24	3.8	24	77	5	92	18	15	16	48	1.81
72267301--72267343	19	2.2	20	88	12	63	18	4	2	74	1.10
72272358--72272391	13	2.6	13	86	13	52	73	5	8	11	1.24
72272359--72272393	12	2.8	12	95	4	61	68	5	8	17	1.35
72278313--72278346	12	2.8	12	90	4	50	70	2	5	20	1.21
72290726--72290784	31	2.0	29	83	6	73	54	5	3	37	1.39
72294432--72294474	21	2.0	22	86	4	61	9	25	2	62	1.37
72302737--72302779	17	2.5	17	96	0	77	23	32	20	23	1.98
72311273--72311387	48	2.4	48	89	2	171	50	0	7	41	1.31
72322953--72323052	50	2.0	50	98	0	191	22	17	26	35	1.95
72332065--72332242	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
72332086--72332241	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72340127--72340304	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
72340127--72340304	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
72343519--72343563	22	2.0	22	82	4	54	55	15	11	17	1.68
72346579--72346841	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
72346618--72346876	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
72350816--72350876	29	2.1	29	81	9	70	50	6	14	27	1.68
72351399--72351541	41	3.5	41	84	0	187	20	23	24	32	1.98
72361205--72361243	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
72367106--72367203	40	2.5	40	84	0	124	40	25	17	16	1.90
72367147--72367244	40	2.5	39	85	6	117	38	23	20	17	1.93
72367292--72367389	39	2.5	39	83	3	124	25	20	26	27	1.99
72367283--72367389	41	2.7	41	80	2	128	25	21	26	27	1.99
72367794--72367827	14	2.3	15	90	5	52	35	0	29	35	1.58
72367992--72368066	21	3.5	21	74	5	53	20	0	42	37	1.52
72367979--72368045	28	2.4	29	73	14	68	16	0	47	35	1.47
72368163--72368198	7	5.0	7	89	3	54	16	0	52	30	1.44
72368756--72369021	148	1.8	147	92	2	453	42	12	12	31	1.80
72369801--72369852	6	8.7	6	100	0	104	15	0	0	84	0.62
72370406--72370591	95	1.9	96	98	1	365	18	12	23	45	1.84
72371323--72371358	18	2.0	18	94	0	63	16	25	11	47	1.79
72372199--72372332	43	3.1	43	81	8	166	23	14	29	31	1.95
72372187--72372382	85	2.3	84	79	11	220	24	15	27	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72373420--72373600	90	2.0	90	94	0	317	32	17	9	39	1.83
72373828--72373895	16	4.2	16	88	3	84	41	2	22	33	1.69
72374072--72374195	58	2.1	58	88	2	178	53	3	0	43	1.17
72379652--72379679	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
72392357--72392601	85	2.8	86	81	6	264	29	22	20	26	1.99
72392362--72392607	44	5.7	44	71	8	164	29	22	21	26	1.99
72393920--72393993	3	24.3	3	91	2	121	35	1	0	63	1.03
72401652--72401705	24	2.2	25	80	9	67	44	0	0	55	0.99
72403881--72403923	18	2.4	18	96	0	77	27	11	18	41	1.85
72407582--72407633	18	2.9	18	85	2	61	82	0	11	5	0.82
72407577--72407635	18	3.2	18	75	15	59	81	0	10	8	0.88
72411964--72412388	27	15.6	27	96	1	724	26	14	28	30	1.95
72420727--72420933	27	7.6	27	91	3	315	26	14	28	30	1.95
72420727--72420933	55	3.8	55	96	0	360	26	14	28	30	1.95
72426321--72426390	6	11.5	6	76	14	63	14	2	5	77	1.07
72426590--72426957	187	2.0	187	91	0	592	27	11	15	45	1.80
72436539--72436600	21	3.0	22	79	11	60	59	0	4	35	1.19
72436560--72436607	14	3.1	17	69	25	52	62	0	2	35	1.07
72438451--72438543	25	3.7	25	86	0	96	24	26	20	27	1.99
72438486--72438546	25	2.4	25	94	0	104	24	24	21	29	1.99
72441138--72441207	9	7.2	9	73	19	52	7	8	4	80	1.03
72441174--72441212	20	1.9	21	85	15	55	10	5	0	84	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72444018--72444052	17	2.0	18	88	5	54	25	11	0	62	1.28
72445822--72445978	32	4.9	32	86	0	208	38	19	19	21	1.93
72446154--72446207	24	2.2	24	90	0	81	48	24	7	20	1.75
72446253--72446509	81	3.2	81	74	4	232	21	20	18	39	1.93
72446252--72446509	27	9.6	27	77	7	175	22	20	18	39	1.93
72446441--72446524	27	3.1	27	87	3	98	19	19	20	41	1.90
72446405--72446524	54	2.2	54	83	2	143	17	18	20	43	1.88
72450230--72450301	27	2.7	27	78	6	85	29	18	19	33	1.95
72456325--72456358	12	2.8	12	86	4	50	29	0	38	32	1.58
72456827--72456888	27	2.3	27	77	0	70	33	17	14	33	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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