genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32896773--32896953	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
32904839--32905016	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
32904840--32904995	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
32904836--32905016	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
32907102--32907465	46	7.7	49	77	9	260	26	20	30	23	1.98
32907102--32907466	48	7.7	48	75	16	216	26	20	30	23	1.98
32908429--32908482	28	1.9	28	85	7	74	16	24	44	14	1.85
32911909--32912073	43	3.9	42	72	10	122	28	26	18	26	1.98
32913155--32913179	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
32923192--32923220	14	2.1	14	93	6	51	6	27	0	65	1.18
32930054--32930137	43	2.0	43	83	4	107	53	14	13	19	1.72
32933069--32933099	15	2.1	15	100	0	62	45	0	22	32	1.53
32944130--32944161	16	2.0	16	100	0	64	12	37	0	50	1.41
32945974--32946013	7	5.7	7	96	0	71	10	30	17	42	1.82
32953477--32953580	54	1.9	55	84	5	140	43	8	18	29	1.80
32953585--32953611	6	4.5	6	100	0	54	62	0	18	18	1.32
32971851--32971890	21	2.0	20	85	14	55	42	10	27	20	1.83
32985790--32986184	197	2.0	197	100	0	790	34	15	22	27	1.94
32989869--32990025	43	3.7	43	82	5	185	29	23	19	26	1.98
32999991--33000118	42	3.0	43	80	11	145	32	26	17	23	1.96
33001359--33001411	26	2.0	26	100	0	106	33	22	0	43	1.54
33005813--33006034	50	4.6	49	76	10	176	27	29	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33005760--33006173	46	8.7	47	73	14	223	25	29	17	27	1.98
33005763--33006173	94	4.3	95	74	12	303	25	29	17	27	1.98
33012177--33012213	2	18.5	2	94	0	65	2	0	45	51	1.15
33021718--33021886	92	1.8	92	85	0	239	30	18	24	26	1.98
33026772--33026815	20	2.1	21	84	12	56	27	29	6	36	1.83
33031502--33031557	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
33037253--33037304	5	10.2	5	91	4	86	61	0	0	38	0.96
33037260--33037355	8	12.1	8	68	23	53	58	2	1	38	1.17
33042057--33042124	34	2.0	34	100	0	136	50	5	11	32	1.63
33044397--33044487	25	3.6	26	73	10	89	67	0	1	31	0.98
33044448--33044507	18	3.4	18	74	4	50	63	0	0	36	0.95
33044549--33044582	18	1.9	17	94	5	59	55	0	2	41	1.15
33047479--33047519	21	2.0	21	85	4	57	36	2	19	41	1.65
33050659--33050695	9	4.1	9	85	0	56	29	13	13	43	1.82
33050746--33050780	18	1.9	18	88	0	52	37	20	8	34	1.83
33054513--33054597	36	2.4	36	85	0	107	32	23	22	21	1.98
33055263--33055366	51	2.0	51	96	3	192	31	22	4	41	1.74
33058682--33058719	20	2.0	20	89	5	60	26	28	0	44	1.54
33058616--33058784	74	2.3	74	85	6	216	27	30	0	42	1.60
33058683--33058731	20	2.5	20	83	3	55	28	26	0	44	1.54
33060243--33060267	5	5.0	5	100	0	50	0	60	0	40	0.97
33061182--33061213	16	2.0	16	100	0	64	50	6	25	18	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33064588--33064631	22	2.0	22	90	4	70	75	0	0	25	0.81
33065039--33065077	15	2.6	15	87	0	60	61	0	35	2	1.10
33065039--33065082	21	2.1	21	86	0	61	59	0	36	4	1.18
33065087--33065112	5	5.2	5	100	0	52	38	0	61	0	0.96
33065501--33065627	63	2.0	63	100	0	254	27	3	15	53	1.57
33067196--33067224	14	2.1	14	100	0	58	41	6	6	44	1.58
33068040--33068131	33	2.8	33	83	3	96	22	40	13	23	1.89
33073077--33073108	15	2.0	17	88	11	50	3	15	12	68	1.32
33079687--33079738	27	1.9	27	84	7	70	38	13	3	44	1.62
33081045--33081082	19	1.9	19	89	5	58	47	7	7	36	1.62
33081139--33081178	21	1.9	21	85	10	55	37	12	0	50	1.41
33084123--33084151	15	1.9	15	100	0	58	41	0	10	48	1.37
33090239--33090279	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
33094742--33094772	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
33094739--33094778	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
33094888--33094920	5	6.6	5	100	0	66	18	39	0	42	1.50
33095026--33095233	55	3.8	53	78	7	197	22	25	17	34	1.96
33099802--33099834	15	2.4	14	90	10	50	15	6	12	66	1.42
33100540--33100834	129	2.3	132	78	7	309	24	20	22	32	1.98
33114448--33114517	30	2.3	30	87	4	106	27	32	17	22	1.96
33114873--33114931	23	2.7	21	82	7	64	27	20	20	32	1.97
33114895--33114938	20	2.2	20	88	8	63	29	18	20	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33115575--33115670	48	2.0	48	97	0	183	28	25	19	27	1.99
33121986--33122021	13	2.8	13	91	0	54	36	11	33	19	1.87
33132708--33132962	3	83.3	3	71	14	148	29	7	2	60	1.37
33133011--33133038	8	3.5	8	100	0	56	14	0	0	85	0.59
33133300--33133351	14	3.8	14	75	12	54	19	7	3	69	1.29
33135442--33135497	27	2.1	27	86	0	76	53	1	3	41	1.29
33136327--33136372	23	2.0	22	83	4	56	32	8	8	50	1.64
33136389--33136540	75	2.0	75	96	0	277	43	11	12	32	1.79
33138840--33138876	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
33138928--33138960	9	3.7	9	91	0	57	39	24	12	24	1.89
33138928--33138962	18	1.9	18	100	0	70	37	22	11	28	1.89
33148777--33148947	94	1.8	92	86	5	245	23	28	19	28	1.99
33152636--33152817	47	3.9	46	79	9	192	32	27	18	21	1.97
33160239--33160418	93	1.9	92	89	1	279	28	19	13	38	1.90
33160744--33161093	174	2.0	174	98	0	673	30	13	19	36	1.90
33165162--33165192	14	2.2	14	100	0	62	45	12	9	32	1.75
33165508--33165556	26	1.9	25	87	4	71	67	0	4	28	1.09
33165510--33165551	19	2.3	18	88	8	59	69	0	4	26	1.08
33165510--33165552	18	2.4	17	81	11	50	67	0	4	27	1.10
33165539--33165571	15	2.3	15	89	5	50	75	0	3	21	0.93
33165508--33165574	23	2.8	23	78	17	59	68	0	2	28	1.04
33167089--33167119	14	2.2	14	100	0	62	45	12	9	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33167435--33167483	26	1.9	25	87	4	71	67	0	4	28	1.09
33167437--33167478	19	2.3	18	88	8	59	69	0	4	26	1.08
33167437--33167479	18	2.4	17	81	11	50	67	0	4	27	1.10
33167466--33167498	15	2.3	15	89	5	50	75	0	3	21	0.93
33167435--33167501	23	2.8	23	78	17	59	68	0	2	28	1.04
33171023--33171057	16	2.2	16	89	0	52	37	25	14	22	1.92
33174902--33174938	19	1.9	19	88	0	56	32	29	27	10	1.90
33175260--33175296	18	2.1	18	100	0	74	43	18	10	27	1.83
33178229--33178398	43	4.0	43	72	14	170	32	24	17	25	1.96
33180397--33180430	17	1.9	18	88	5	52	79	0	5	14	0.91
33180278--33180514	115	2.0	118	81	7	281	48	7	5	37	1.56
33188025--33188095	29	2.4	31	77	20	80	36	2	0	60	1.11
33189095--33189218	62	2.0	62	90	0	194	38	4	23	33	1.76
33191736--33191814	41	1.9	42	87	7	117	36	24	12	26	1.91
33197776--33198518	371	2.0	371	100	0	1486	27	18	6	48	1.71
33200506--33200574	33	2.1	33	100	0	138	42	8	5	43	1.59
33207487--33207541	28	2.0	28	100	0	110	21	18	5	54	1.63
33210044--33210099	29	1.9	29	92	0	94	53	7	17	21	1.67
33226829--33226943	44	2.7	42	84	6	135	29	18	22	29	1.97
33227110--33227312	44	4.6	44	76	2	156	29	18	22	30	1.97
33227783--33227850	35	1.9	35	85	5	93	17	7	2	72	1.21
33227788--33227906	27	4.4	26	77	14	89	16	5	3	73	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33228709--33228755	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
33230582--33230621	15	2.6	15	81	18	55	62	0	0	37	0.95
33231633--33231671	20	2.0	20	85	10	53	61	5	2	30	1.31
33232153--33232190	17	2.2	17	95	0	67	31	5	21	42	1.75
33233991--33234035	11	3.9	11	83	11	63	37	0	2	60	1.09
33235819--33236185	46	8.0	46	90	0	482	41	13	23	21	1.88
33235866--33235937	21	3.2	21	66	27	58	40	11	23	25	1.87
33235819--33236195	138	2.7	138	88	1	549	42	13	23	20	1.88
33238765--33238803	20	2.0	20	85	10	53	61	5	2	30	1.31
33240680--33240813	48	2.8	46	82	10	153	32	9	5	51	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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