genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5999646--5999716	30	2.4	31	88	4	101	38	15	15	30	1.89
6007486--6007543	30	1.9	30	82	3	71	31	24	8	36	1.85
6024515--6024544	9	3.3	9	90	0	51	73	0	23	3	0.98
6032087--6032146	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
6041424--6041539	58	2.0	58	98	0	223	33	20	7	37	1.82
6041429--6041523	31	3.2	31	65	17	92	35	21	8	34	1.83
6042275--6042421	46	3.2	46	64	19	124	29	25	20	24	1.99
6042274--6042444	93	1.8	93	100	0	342	29	23	21	25	1.99
6042863--6042922	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
6048191--6048375	79	2.3	82	82	9	222	24	26	22	25	2.00
6048191--6048375	40	4.7	40	80	7	207	24	26	22	25	2.00
6050972--6051128	76	2.0	78	92	6	264	40	19	16	23	1.91
6053432--6053547	44	2.6	43	88	9	171	25	20	31	22	1.98
6054075--6054107	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
6054823--6054899	17	4.6	17	71	18	63	68	1	25	3	1.14
6054852--6054924	25	3.0	23	78	11	67	67	1	27	4	1.17
6055018--6055082	21	3.0	21	73	13	60	32	0	1	66	1.01
6055053--6055139	33	2.6	33	77	13	81	32	4	1	62	1.23
6077798--6077878	29	2.9	28	83	3	99	27	17	28	27	1.97
6081476--6081685	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
6081423--6081685	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
6081424--6081720	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6089342--6089551	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
6089289--6089551	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
6089290--6089586	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
6092624--6092725	29	3.6	29	78	4	100	25	15	29	29	1.96
6094376--6094525	67	2.2	66	81	8	169	32	17	29	21	1.96
6094400--6094583	67	2.8	64	77	8	194	29	16	30	23	1.96
6099156--6099234	6	12.8	6	72	15	63	48	15	17	18	1.82
6099158--6099230	37	2.0	37	88	0	110	47	16	16	19	1.82
6099353--6099412	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
6099380--6099521	67	2.1	67	85	5	185	30	21	28	19	1.98
6099451--6099502	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
6099749--6099962	27	7.9	27	86	4	288	27	18	18	35	1.94
6099748--6099962	81	2.7	81	91	0	349	26	18	18	35	1.94
6099952--6100034	27	3.1	27	89	0	130	28	6	24	40	1.78
6099748--6100016	81	3.3	81	86	2	290	27	16	19	36	1.93
6102878--6103104	40	5.7	40	95	0	391	22	27	20	29	1.98
6105915--6105978	23	2.8	23	90	0	101	28	20	15	35	1.93
6106245--6106337	18	4.9	18	73	13	80	33	8	20	37	1.83
6106202--6106338	19	7.2	19	69	14	77	35	8	18	36	1.82
6106207--6106338	57	2.3	57	90	1	201	34	8	19	37	1.82
6109175--6109254	41	2.0	39	92	2	124	30	11	30	27	1.91
6120376--6120418	19	2.3	18	88	4	59	23	34	27	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6128078--6128142	34	1.9	34	83	0	85	27	23	24	24	2.00
6136650--6136682	10	3.3	10	95	0	57	75	0	6	18	1.00
6136651--6136685	15	2.4	14	86	9	52	74	0	5	20	1.02
6147967--6148012	21	2.2	21	92	0	74	8	21	30	39	1.84
6151128--6151294	43	3.9	43	74	5	142	25	15	23	34	1.95
6158487--6159287	67	12.0	67	100	0	1602	34	19	14	31	1.92
6159433--6159492	28	2.1	28	96	0	111	36	3	23	36	1.71
6166548--6166607	28	2.1	28	96	0	111	36	3	23	36	1.71
6167704--6167763	28	2.1	28	96	0	111	36	3	23	36	1.71
6172914--6173002	6	14.3	6	70	23	60	50	15	15	17	1.78
6172923--6173002	31	2.5	31	91	2	124	51	15	16	17	1.77
6173139--6173240	27	3.8	26	84	5	114	37	21	21	19	1.95
6173399--6173463	22	3.0	22	77	8	69	33	21	24	20	1.97
6173916--6174615	27	26.0	27	85	4	833	25	18	19	36	1.95
6174607--6174677	27	2.6	27	88	0	106	29	8	21	40	1.82
6176292--6176437	51	2.9	49	82	4	184	28	26	19	26	1.99
6178547--6178616	15	4.8	14	77	19	63	62	15	11	10	1.53
6181608--6181740	50	2.7	50	85	3	189	28	30	16	24	1.96
6192158--6192186	12	2.4	12	100	0	58	41	17	0	41	1.49
6196833--6196918	45	1.9	45	90	0	136	34	25	15	24	1.94
6199497--6199543	18	2.6	18	89	0	76	36	29	8	25	1.86
6202664--6202743	41	2.0	41	94	0	142	45	10	26	18	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6204468--6204608	43	3.3	42	81	5	131	24	16	26	32	1.96
6210409--6210553	71	2.1	70	96	1	263	30	28	8	31	1.88
6211482--6211514	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
6214441--6214475	6	5.8	6	96	0	61	85	0	2	11	0.69
6219628--6219660	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
6221182--6221356	40	4.4	40	93	0	305	29	28	20	22	1.98
6234631--6234894	40	6.6	40	93	1	388	23	20	28	26	1.99
6234592--6234894	80	3.8	80	88	3	389	23	20	28	27	1.99
6234592--6234894	120	2.5	119	86	4	396	23	20	28	27	1.99
6236822--6236903	40	2.0	40	95	0	146	19	12	36	31	1.89
6237695--6237823	27	4.8	27	86	0	168	33	19	23	24	1.97
6238134--6238204	33	2.2	33	94	0	124	26	22	26	23	2.00
6239401--6239512	43	2.6	42	76	8	120	31	20	19	28	1.97
6239401--6239563	86	1.9	85	82	8	206	33	19	19	28	1.96
6241174--6241215	20	2.1	20	86	8	59	40	0	16	42	1.48
6241376--6241456	23	3.6	23	83	3	110	17	24	19	38	1.93
6244146--6244190	21	2.2	20	88	7	65	24	13	33	28	1.93
6245256--6245289	18	1.9	18	88	5	52	41	5	17	35	1.74
6248388--6248418	16	1.9	16	93	0	53	45	12	22	19	1.84
6252472--6252580	43	2.6	43	81	11	120	25	20	27	26	1.99
6254095--6254142	24	2.0	24	100	0	96	54	4	16	25	1.60
6260845--6260953	42	2.6	42	82	7	125	24	19	27	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6263421--6263494	9	8.2	9	89	0	94	41	22	9	25	1.84
6263584--6263638	28	1.9	29	88	3	85	23	1	25	49	1.60
6264113--6264177	27	2.4	27	89	0	103	33	18	23	24	1.96
6264314--6264365	27	2.0	27	84	3	70	21	23	21	34	1.97
6270959--6271230	40	6.8	40	96	0	458	21	24	29	25	1.99
6278691--6278784	40	2.4	39	89	5	136	25	22	27	24	2.00
6281195--6281406	27	7.9	27	83	1	282	28	22	8	40	1.83
6281195--6281407	81	2.6	81	96	1	392	28	22	8	40	1.83
6281407--6281506	27	3.7	27	84	0	128	38	23	11	28	1.88
6281497--6281630	27	5.0	27	82	2	153	35	17	20	26	1.95
6281834--6281903	25	2.8	25	88	0	104	25	24	21	28	1.99
6282981--6283120	69	2.0	69	94	0	244	37	13	17	30	1.89
6284343--6284394	27	1.9	27	84	0	68	40	21	7	30	1.81
6284383--6284540	27	5.9	27	89	3	221	29	23	8	38	1.85
6284517--6284629	27	4.2	27	80	7	86	36	23	11	28	1.90
6284370--6284548	54	3.3	54	81	2	200	32	23	8	35	1.85
6284517--6284629	54	2.1	54	83	0	136	36	23	11	28	1.90
6284531--6284632	27	3.8	27	86	0	141	37	22	11	28	1.89
6284533--6284713	54	3.4	54	83	3	195	35	21	15	27	1.93
6284583--6284755	27	6.4	27	80	2	179	34	20	19	25	1.96
6284531--6284726	81	2.4	80	81	5	198	36	19	16	27	1.93
6284583--6284754	54	3.2	54	83	1	202	34	19	19	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6284958--6285040	25	3.4	25	91	1	123	27	22	24	25	2.00
6284958--6285052	50	1.9	50	82	8	122	26	24	24	25	2.00
6295025--6295051	14	1.9	14	100	0	54	40	0	29	29	1.57
6296837--6296878	21	2.0	21	100	0	84	38	19	14	28	1.90
6299004--6299049	19	2.3	20	82	14	60	26	0	23	50	1.50
6301326--6301428	42	2.4	43	79	7	104	27	20	25	27	1.99
6309315--6310297	40	24.6	40	86	7	1295	28	27	18	24	1.98
6309315--6310293	80	12.2	80	96	1	1707	28	27	18	25	1.98
6312653--6312772	43	2.9	41	75	13	118	25	20	26	26	1.99
6323557--6323612	29	1.9	29	88	0	85	16	19	23	41	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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