genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84329328--84329401	36	2.1	36	92	0	121	36	17	25	20	1.94
84336439--84336486	7	6.9	7	92	0	60	41	12	6	39	1.68
84340638--84340685	12	4.0	12	100	0	96	8	25	41	25	1.83
84341655--84341907	29	8.7	29	82	0	220	24	24	13	37	1.92
84341667--84341907	87	2.8	88	80	3	247	24	24	13	37	1.91
84343885--84343939	27	2.0	27	100	0	110	25	3	7	63	1.37
84344655--84344728	36	2.1	36	86	0	103	43	13	18	24	1.86
84346917--84347231	29	10.8	29	76	4	265	38	13	26	21	1.91
84346889--84347236	88	4.0	87	83	4	405	37	13	26	22	1.91
84347005--84347231	117	1.9	117	81	1	276	39	14	26	19	1.90
84348879--84349027	55	2.7	55	81	5	178	28	28	15	26	1.96
84348879--84349027	27	5.5	27	83	2	156	28	28	15	26	1.96
84348879--84349027	82	1.8	80	84	5	201	28	28	15	26	1.96
84350692--84350755	33	1.9	33	87	0	92	18	23	25	32	1.97
84356961--84357265	40	7.7	40	88	3	411	25	28	21	24	1.99
84362813--84362889	26	3.0	26	84	0	91	38	23	23	14	1.91
84363052--84363394	27	12.7	27	84	3	368	18	19	20	41	1.90
84367503--84367528	12	2.2	12	100	0	52	30	7	15	46	1.74
84367616--84367911	29	10.1	29	73	9	224	37	13	26	22	1.91
84367620--84367913	59	5.0	59	78	6	301	38	12	26	22	1.90
84367594--84367913	88	3.6	86	78	8	331	37	12	26	23	1.90
84370707--84370736	15	2.0	15	93	0	51	70	0	13	16	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84376469--84376517	25	2.0	25	88	8	73	46	6	2	44	1.39
84379645--84379820	27	6.5	27	81	6	176	30	27	14	27	1.95
84379664--84379818	82	1.9	81	88	4	231	29	27	15	27	1.96
84382066--84382096	13	2.4	13	94	0	53	48	12	19	19	1.81
84386482--84386540	19	3.1	19	92	2	91	49	5	3	42	1.41
84389388--84389413	12	2.2	12	100	0	52	84	0	0	15	0.62
84390094--84390430	143	2.4	143	84	1	442	27	21	20	31	1.98
84390498--84390540	6	7.5	6	82	10	54	0	20	0	79	0.74
84396745--84396781	17	2.2	18	90	9	60	78	0	10	10	0.97
84406438--84406586	39	3.8	40	83	11	175	25	22	28	24	1.99
84406438--84406586	79	1.9	79	83	10	198	25	22	28	24	1.99
84407834--84407918	44	1.9	45	95	2	154	47	5	21	25	1.73
84412938--84413116	85	2.1	85	100	0	358	37	8	27	26	1.85
84425516--84425546	16	1.9	16	93	0	53	80	0	12	6	0.89
84436809--84436928	39	3.1	39	86	2	168	27	28	20	24	1.99
84436807--84436991	40	4.7	40	80	5	178	26	27	21	24	1.99
84443651--84443846	40	4.9	40	88	5	281	23	28	22	24	1.99
84455178--84455231	25	2.1	27	83	10	69	59	7	9	24	1.54
84456357--84456530	34	5.1	34	85	0	231	34	31	6	28	1.82
84456771--84456803	13	2.5	13	86	13	50	60	6	0	33	1.21
84456771--84456803	14	2.5	14	90	9	52	60	6	0	33	1.21
84459263--84459340	41	1.9	41	84	5	104	23	16	33	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84467545--84467569	9	2.8	9	100	0	50	36	12	12	40	1.79
84467685--84467752	25	2.7	25	88	0	100	27	23	25	23	2.00
84471976--84472051	34	2.2	34	85	0	107	35	9	11	43	1.73
84473574--84473609	18	1.9	18	88	5	54	69	0	16	13	1.19
84474553--84474601	10	4.9	10	80	7	55	20	18	16	44	1.86
84474541--84474601	20	3.0	20	82	0	77	24	18	16	40	1.90
84474664--84474711	20	2.4	20	89	6	71	29	22	14	33	1.94
84475833--84475886	6	9.0	6	80	8	65	77	1	16	3	1.00
84475853--84475904	24	2.2	24	86	6	70	75	5	13	5	1.18
84475965--84476003	18	2.3	18	86	8	55	69	0	17	12	1.19
84477817--84477892	34	2.2	34	92	0	125	36	7	11	43	1.71
84482866--84482913	15	3.3	15	88	5	64	22	4	2	70	1.15
84482963--84482997	11	3.3	10	92	8	52	28	8	0	62	1.24
84505449--84505497	24	2.0	24	92	0	80	32	16	10	40	1.82
84508865--84509016	27	5.6	27	93	3	232	30	28	13	26	1.94
84508865--84509041	55	3.2	55	90	0	264	31	29	13	25	1.94
84511080--84511143	30	2.0	30	85	11	83	10	28	6	54	1.59
84512012--84512149	53	2.6	52	83	4	159	44	18	15	20	1.86
84512012--84512162	27	5.7	26	79	5	149	45	20	15	19	1.86
84512315--84512377	26	2.4	26	89	0	99	19	19	22	39	1.92
84512532--84512589	28	2.1	27	83	3	71	22	22	25	29	1.99
84518812--84518882	35	2.0	36	83	8	92	8	32	7	52	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84519812--84519926	27	4.3	27	88	2	151	46	20	13	20	1.82
84519812--84519939	54	2.4	54	85	2	159	45	21	11	21	1.83
84522380--84522482	26	4.0	26	83	5	84	21	18	22	37	1.94
84522794--84522855	31	2.0	31	93	0	106	27	24	33	14	1.94
84528217--84528253	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
84529880--84530012	28	4.8	28	82	3	169	28	21	13	36	1.92
84536473--84536677	35	5.6	35	67	14	119	25	20	21	31	1.98
84536470--84536717	74	3.4	73	84	2	300	24	20	22	32	1.98
84550339--84550382	22	2.0	22	90	0	70	47	6	9	36	1.62
84560062--84560106	19	2.3	19	80	3	54	75	2	17	4	1.07
84561922--84562155	44	5.1	44	71	16	152	32	19	20	26	1.97
84561842--84562214	142	2.6	142	95	0	656	33	18	20	27	1.96
84562073--84562189	44	2.7	44	78	4	112	35	19	17	27	1.95
84580092--84580134	20	2.1	21	83	12	54	60	0	0	39	0.97
84580194--84580254	20	3.0	20	76	9	52	45	3	4	45	1.41
84580511--84580563	20	2.7	20	80	8	63	22	16	9	50	1.74
84580937--84581156	78	2.9	73	71	15	201	21	18	6	53	1.67
84581090--84581182	41	2.3	41	87	5	134	22	16	5	55	1.61
84580963--84581185	98	2.3	96	75	14	206	22	18	5	53	1.66
84581117--84581179	21	3.0	21	76	23	78	23	15	3	57	1.53
84581277--84581355	39	2.1	39	83	6	101	25	18	6	49	1.71
84580931--84581414	20	25.0	20	67	18	163	21	17	8	52	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84581401--84581463	31	2.0	31	87	6	92	15	12	9	61	1.55
84581643--84581684	18	2.5	16	79	20	50	66	2	11	19	1.34
84583192--84583924	247	3.0	246	91	0	1126	31	11	21	35	1.90
84583685--84591019	712	10.5	710	80	7	7689	29	10	20	39	1.86
84589156--84591005	692	2.7	680	82	6	2124	28	10	20	40	1.84
84591338--84591387	19	2.7	19	81	3	57	20	14	6	60	1.55
84591356--84591408	20	2.8	17	76	20	52	15	16	9	58	1.62
84591418--84591484	19	3.5	18	76	11	62	17	16	1	64	1.37
84591406--84591454	21	2.4	21	89	3	73	22	18	2	57	1.51
84591417--84591491	39	1.9	39	84	10	100	16	20	1	62	1.39
84592163--84592202	19	2.0	19	85	9	53	45	5	5	45	1.47
84592168--84592223	20	2.8	19	79	12	60	41	8	3	46	1.52
84592253--84592300	10	4.8	10	82	10	53	60	2	4	33	1.27
84598741--84598788	24	2.0	24	95	0	87	33	4	22	39	1.74
84599138--84599205	31	2.2	30	85	10	93	67	0	1	30	0.99
84601667--84601816	21	7.1	21	67	3	77	41	17	24	16	1.89
84601667--84601821	42	3.7	42	82	3	177	41	16	25	16	1.88
84601667--84601821	84	1.8	84	81	2	195	41	16	25	16	1.88
84603799--84603828	15	2.0	15	100	0	60	60	13	6	20	1.55
84605546--84605612	34	1.9	35	87	3	100	34	7	11	46	1.69
84608011--84608064	25	2.2	24	83	3	63	25	29	12	31	1.93
84608056--84608114	25	2.3	26	77	13	70	32	18	16	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84613396--84613433	17	2.2	18	85	4	51	44	2	18	34	1.64
84619084--84619161	40	2.0	39	85	12	106	26	10	11	51	1.70
84621692--84621730	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
84623460--84623519	31	1.9	31	100	0	120	26	21	13	38	1.90
84626037--84626072	16	2.3	15	90	4	54	41	0	0	58	0.98
84628432--84628468	19	2.0	19	89	5	58	78	0	2	18	0.87
84629601--84629643	20	2.2	20	86	0	59	81	2	0	16	0.79
84629600--84629649	26	1.9	26	87	0	73	80	2	0	18	0.82
84629621--84629649	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
84635830--84635981	76	2.0	77	89	1	234	37	4	12	45	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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