genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59845577--59845628	6	8.7	6	97	0	86	0	21	11	67	1.22
59846059--59846104	25	1.9	23	86	8	65	36	0	2	60	1.09
59846466--59846515	24	2.1	24	88	7	75	34	4	0	62	1.14
59849799--59849855	11	5.0	11	77	12	53	24	31	1	42	1.65
59849799--59849858	22	2.6	24	78	21	67	23	31	1	43	1.64
59850994--59851019	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
59852179--59852820	23	28.8	22	78	6	605	48	25	0	25	1.55
59852177--59852820	45	14.5	44	77	7	622	48	25	0	25	1.55
59852179--59852772	221	2.7	220	86	4	811	48	25	0	25	1.55
59852177--59852825	68	9.7	69	83	7	596	49	25	0	24	1.55
59853614--59853678	18	3.2	21	72	12	55	29	7	6	56	1.51
59853640--59853706	27	2.5	26	78	7	71	26	5	4	62	1.38
59853995--59854130	55	2.5	54	92	4	224	41	12	2	44	1.54
59857557--59857613	30	1.9	30	85	3	80	22	17	8	50	1.73
59859854--59859941	44	2.0	44	93	0	149	27	19	18	35	1.95
59870763--59870865	43	2.4	44	85	3	131	17	21	17	43	1.88
59872524--59872558	18	1.9	18	88	0	52	71	0	5	22	1.07
59884689--59884769	26	3.2	26	68	28	73	27	11	28	33	1.91
59884685--59885025	102	3.4	100	80	7	336	28	15	26	29	1.96
59884844--59885017	50	3.5	48	83	8	149	30	14	25	28	1.95
59884685--59885025	51	6.8	50	72	11	198	28	15	26	29	1.96
59888696--59888753	30	2.0	29	89	3	89	32	12	34	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59890590--59890713	50	2.5	50	81	7	144	30	23	25	20	1.98
59890985--59891023	12	3.2	12	85	0	51	56	5	20	17	1.60
59890986--59891034	20	2.5	20	86	3	73	59	6	22	12	1.55
59895772--59895832	31	2.0	31	90	0	95	32	13	13	40	1.82
59900935--59900977	21	2.0	22	81	4	52	39	2	9	48	1.48
59901968--59901999	12	2.7	12	90	0	55	65	0	6	28	1.16
59908678--59908971	146	2.0	146	100	0	588	33	5	15	45	1.69
59909785--59909824	16	2.6	16	84	7	57	45	2	15	37	1.59
59909909--59910070	63	2.7	60	83	11	174	42	3	3	51	1.33
59910176--59910264	46	2.0	46	82	8	112	38	24	5	31	1.79
59910246--59910280	16	2.2	16	89	0	52	31	28	0	40	1.57
59911400--59911436	10	3.7	10	88	0	56	40	0	5	54	1.24
59911481--59911519	10	3.8	10	80	6	51	69	10	12	7	1.37
59911474--59911519	21	2.2	21	96	0	83	69	8	13	8	1.36
59911474--59911508	11	3.3	11	84	8	54	71	8	11	8	1.31
59914852--59914890	18	2.2	18	86	9	53	56	0	5	38	1.22
59916015--59916046	11	2.8	12	81	18	50	56	6	25	12	1.59
59921474--59921529	22	2.5	22	79	0	67	19	21	21	37	1.94
59921669--59921714	22	2.1	22	95	0	83	19	23	17	39	1.92
59940166--59940221	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
59943054--59943134	39	2.1	39	100	0	162	19	14	9	55	1.67
59943444--59943659	29	7.3	29	93	3	369	37	10	1	50	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59943444--59943659	59	3.7	59	94	1	389	37	10	1	50	1.46
59943444--59943659	88	2.4	87	93	3	369	37	10	1	50	1.46
59945895--59945980	22	4.0	22	71	6	77	53	12	29	4	1.59
59945907--59945980	21	3.5	21	77	5	69	51	13	29	5	1.63
59963301--59963878	194	3.0	194	78	4	612	31	18	16	33	1.93
59965076--59965218	68	2.1	68	86	3	198	48	5	3	42	1.43
59966551--59966575	13	1.9	13	100	0	50	72	4	16	8	1.24
59973086--59973175	27	3.3	27	77	11	103	34	7	31	26	1.85
59974848--59974889	21	2.0	21	90	0	66	40	9	33	16	1.81
59974983--59975069	28	3.1	28	84	0	111	26	24	25	24	2.00
59975172--59975225	26	2.1	26	82	0	63	35	24	22	18	1.96
59975417--59975611	27	7.2	27	82	5	225	21	15	20	42	1.89
59975417--59975612	54	3.6	54	83	4	252	21	15	19	42	1.89
59977520--59977560	21	2.0	21	100	0	82	14	24	24	36	1.93
59977932--59977986	25	2.2	26	83	9	69	29	1	16	52	1.54
59979402--59979447	15	3.1	15	78	9	51	21	4	8	65	1.38
59980514--59980579	29	2.3	29	97	0	123	40	6	15	37	1.72
59980715--59980739	13	1.9	13	100	0	50	60	0	8	32	1.26
59988472--59988549	33	2.5	31	82	4	93	67	5	10	16	1.37
59988976--59989110	25	5.4	25	80	3	155	19	36	17	26	1.94
59989224--59989286	25	2.6	24	80	12	83	66	22	7	3	1.32
59989228--59989286	23	2.4	24	86	8	84	66	22	8	3	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59992495--59992576	27	2.9	28	80	8	87	41	0	1	57	1.06
60009394--60009430	17	2.2	17	95	0	65	43	5	16	35	1.71
60015542--60015690	10	15.7	10	68	22	58	60	2	2	34	1.22
60015545--60015605	20	3.3	19	74	19	65	59	0	3	37	1.14
60015545--60015816	29	9.8	28	68	23	88	61	1	3	33	1.21
60015542--60015814	19	14.9	18	68	20	124	62	1	3	32	1.20
60015632--60015814	10	19.0	10	67	20	63	64	1	3	30	1.18
60017972--60018065	23	4.1	23	84	0	125	47	4	24	23	1.69
60022479--60022572	23	4.1	23	83	0	116	48	4	23	23	1.68
60023438--60023475	20	1.9	20	94	0	67	31	28	5	34	1.80
60024396--60024432	3	12.3	3	88	0	56	2	32	0	64	1.07
60032344--60032402	16	3.6	16	77	8	66	59	0	22	18	1.38
60035652--60035683	16	2.0	16	100	0	64	37	12	25	25	1.91
60050055--60050092	16	2.4	16	87	12	60	21	0	7	71	1.11
60051703--60051728	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
60052344--60052401	17	3.2	16	79	16	53	50	1	24	24	1.59
60052754--60052790	9	4.1	9	85	0	56	32	10	13	43	1.79
60059574--60059667	48	2.0	48	97	0	179	21	22	14	41	1.89
60064490--60064522	16	2.0	17	94	5	59	27	24	18	30	1.98
60066090--60066114	13	1.9	13	100	0	50	32	4	0	64	1.12
60081077--60081124	16	3.1	15	82	17	62	29	2	0	68	1.01
60083633--60083675	21	2.1	20	91	4	68	51	13	4	30	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60086059--60086274	74	2.9	73	82	5	261	30	18	16	34	1.94
60086052--60086294	76	3.2	76	81	5	280	33	17	16	32	1.92
60086206--60086637	91	4.8	91	98	0	814	34	18	15	31	1.92
60086206--60088025	146	11.4	171	83	11	1216	33	18	16	31	1.93
60086562--60086786	74	3.0	73	82	5	290	31	19	16	32	1.94
60087039--60087191	73	2.1	73	86	6	220	32	18	16	31	1.94
60087216--60088072	73	11.4	73	92	3	1088	32	20	16	30	1.95
60087657--60088075	77	5.5	77	93	1	638	31	18	16	32	1.94
60088029--60088124	49	2.0	49	97	0	183	32	20	16	30	1.95
60087888--60088276	201	2.0	195	90	5	611	32	20	16	30	1.95
60088078--60088348	72	3.6	73	82	7	359	33	19	16	30	1.94
60087811--60088501	273	2.5	270	90	3	1107	32	18	16	31	1.94
60088302--60088397	49	2.0	49	97	0	183	32	20	16	30	1.95
60088464--60088696	119	2.0	118	86	2	324	34	22	15	27	1.95
60088668--60088773	54	1.9	54	85	9	144	37	18	15	28	1.91
60088579--60088831	140	1.8	140	96	0	470	35	21	16	25	1.94
60088804--60089050	122	2.0	124	88	3	374	39	22	13	24	1.90
60088929--60089103	71	2.5	70	86	3	228	34	23	14	28	1.94
60097408--60097443	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
60098578--60098719	76	1.9	76	95	0	257	43	15	16	23	1.87
60104300--60104519	56	3.9	56	100	0	440	43	14	13	28	1.84
60104646--60104706	29	2.1	29	100	0	122	16	19	21	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60108463--60108595	68	2.0	68	81	3	160	23	19	16	40	1.91
60114205--60114245	16	2.6	16	92	0	73	51	29	4	14	1.63
60117209--60117239	7	4.4	7	100	0	62	12	29	0	58	1.35
60119383--60119409	14	1.9	14	100	0	54	88	0	0	11	0.50
60119380--60119453	32	2.3	31	81	6	78	79	6	5	8	1.04
60121291--60121386	44	2.2	44	81	3	104	27	18	28	26	1.98
60122862--60122912	25	2.0	25	84	0	66	35	3	1	58	1.28
60124236--60124265	15	2.1	15	93	6	53	56	0	6	36	1.26
60126000--60126053	22	2.5	22	90	0	90	12	29	18	38	1.88
60131252--60131303	22	2.4	22	79	17	63	30	0	7	61	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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