genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70218881--70219026	75	1.9	74	82	5	177	30	13	21	34	1.92
70218966--70219222	114	2.3	115	80	3	286	28	17	22	31	1.97
70219219--70219597	189	2.0	189	90	1	589	26	14	19	39	1.90
70219311--70219482	75	2.3	75	95	2	310	27	13	18	39	1.89
70219386--70219702	115	2.8	114	93	1	553	27	15	18	38	1.91
70222474--70222772	17	16.6	17	70	24	161	43	11	1	42	1.51
70222491--70222654	40	3.7	40	73	24	157	43	10	1	43	1.50
70222465--70222614	57	2.6	57	95	2	266	44	11	1	42	1.48
70222494--70222805	97	3.2	97	93	4	518	42	10	2	44	1.52
70222591--70222715	57	2.1	60	92	5	211	44	12	1	42	1.51
70222486--70222788	101	3.0	100	93	5	533	42	10	1	44	1.50
70222640--70222755	44	2.7	43	90	5	184	43	11	1	43	1.50
70222684--70222805	57	2.1	57	92	0	199	41	10	2	45	1.52
70222777--70222847	13	5.5	13	86	0	106	39	7	2	50	1.44
70222777--70222848	26	2.8	26	100	0	144	40	6	2	50	1.44
70222997--70223144	74	2.0	74	100	0	296	51	1	6	40	1.37
70223200--70223321	18	6.4	18	67	25	74	44	18	1	35	1.60
70223181--70223792	26	24.1	26	88	5	914	47	20	0	31	1.55
70223305--70223792	77	6.3	78	95	1	790	47	20	0	31	1.54
70223183--70223791	206	3.0	205	94	3	1031	47	20	0	31	1.55
70223487--70223617	19	7.5	19	66	23	81	48	20	0	31	1.50
70223784--70223837	9	5.7	10	79	20	55	42	20	0	37	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70223758--70223823	18	3.6	18	84	10	89	46	18	0	34	1.49
70223673--70223837	18	9.5	18	66	30	69	45	20	0	33	1.52
70229288--70229358	21	3.4	21	80	0	79	33	18	45	2	1.64
70229582--70229615	14	2.4	14	95	0	59	17	8	20	52	1.71
70229682--70230013	42	7.9	41	84	3	189	27	20	20	30	1.98
70229771--70230057	42	6.8	42	91	2	452	23	21	21	33	1.97
70230521--70231002	27	17.9	27	79	4	454	35	15	23	26	1.94
70230521--70230996	81	5.9	81	82	3	512	35	15	23	26	1.94
70230986--70231051	27	2.4	27	73	9	64	24	18	25	31	1.97
70238026--70238057	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
70238275--70238475	51	4.0	51	82	8	257	30	29	16	23	1.97
70238275--70238470	102	1.9	102	87	4	290	30	29	17	22	1.97
70245001--70245192	51	3.8	51	78	6	192	30	30	15	22	1.95
70247327--70247465	51	2.6	53	82	3	156	37	14	21	26	1.92
70250161--70250243	37	2.2	37	85	4	105	22	15	25	36	1.94
70251399--70251446	21	2.3	20	79	10	51	16	33	25	25	1.96
70259991--70260067	35	2.1	35	90	7	118	7	9	5	77	1.10
70269490--70269519	14	2.1	14	100	0	60	56	13	23	6	1.60
70269874--70269987	39	2.9	39	89	5	178	51	24	2	21	1.60
70270180--70270212	9	3.7	9	92	8	50	30	12	21	36	1.90
70270734--70270774	20	2.0	20	85	4	55	48	12	7	31	1.68
70274912--70274951	21	2.0	20	85	5	53	32	12	2	52	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70278961--70279093	66	2.0	66	85	2	178	43	13	15	27	1.84
70286137--70286174	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
70293829--70294417	294	2.0	294	100	0	1178	37	16	19	27	1.92
70296640--70296760	57	2.1	58	85	1	163	45	5	20	28	1.74
70297687--70297725	10	3.7	10	83	10	51	35	2	2	58	1.25
70299059--70299091	10	3.4	10	87	8	50	87	3	9	0	0.63
70302732--70302772	21	2.0	21	90	0	64	29	21	7	41	1.80
70308869--70308922	25	2.1	26	86	10	76	62	1	3	31	1.23
70309829--70309887	30	2.0	30	86	3	84	47	10	8	33	1.68
70314938--70314993	27	2.1	27	93	0	94	28	16	16	39	1.89
70315715--70315778	28	2.3	28	75	2	67	31	20	26	21	1.98
70315963--70316040	32	2.5	32	85	2	95	37	16	21	24	1.94
70316086--70316139	27	2.0	27	86	13	76	31	20	25	22	1.98
70316210--70316279	24	3.0	24	76	2	70	50	22	7	20	1.72
70316299--70316558	27	9.7	27	83	5	305	27	20	18	33	1.96
70317713--70317742	8	3.8	8	90	0	51	6	23	16	53	1.66
70317711--70317742	16	2.0	16	100	0	64	6	25	18	50	1.70
70320688--70320837	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
70320660--70320837	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
70320661--70320816	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
70328722--70328899	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
70328723--70328878	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70328719--70328899	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
70340301--70340384	42	2.0	42	100	0	168	38	26	9	26	1.87
70347452--70347634	56	3.3	56	99	0	357	45	9	22	22	1.81
70355196--70355405	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
70355143--70355405	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
70355144--70355440	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
70364496--70364539	20	2.2	20	88	8	63	56	4	18	20	1.58
70368572--70368612	20	2.0	20	85	0	55	31	0	21	46	1.52
70382259--70382314	17	3.4	17	70	9	62	17	41	23	17	1.90
70387739--70387904	76	2.2	76	95	2	296	34	15	7	42	1.75
70392966--70393190	40	5.7	40	83	4	249	24	21	27	27	1.99
70392966--70393190	80	2.8	79	84	4	274	24	21	27	27	1.99
70393019--70393223	79	2.6	80	83	3	200	25	20	27	26	1.99
70401860--70401999	40	3.5	39	74	13	124	25	21	27	26	1.99
70414664--70414715	24	2.2	24	89	0	77	51	5	3	38	1.44
70417695--70417728	6	5.7	6	85	0	50	76	0	20	2	0.92
70417741--70417780	17	2.4	16	87	8	53	72	0	20	7	1.08
70417697--70417790	48	2.0	48	83	8	120	63	3	26	6	1.33
70417755--70417825	30	2.3	31	78	9	74	61	1	25	11	1.37
70418122--70418146	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
70419583--70419729	41	3.6	41	89	3	217	27	18	29	24	1.98
70433708--70433848	50	2.8	50	84	0	192	27	21	29	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70434117--70434155	20	2.0	20	89	0	60	53	2	25	17	1.56
70436455--70436528	37	2.0	37	100	0	148	27	2	18	51	1.60
70436713--70436774	27	2.3	27	97	0	115	32	4	1	61	1.27
70441744--70441800	15	3.8	15	81	6	62	45	1	15	36	1.57
70441744--70441800	30	1.9	30	85	7	80	45	1	15	36	1.57
70449687--70449715	9	3.2	9	100	0	58	34	0	31	34	1.58
70452799--70452872	35	2.1	35	84	0	94	28	25	27	18	1.98
70453521--70453613	5	18.6	5	74	14	77	39	2	2	55	1.24
70454703--70454812	22	4.9	22	74	14	89	20	23	16	40	1.91
70454706--70454812	47	2.4	45	85	4	144	19	24	16	39	1.92
70454717--70454803	22	3.8	22	77	8	93	19	26	16	37	1.92
70464420--70464460	21	2.1	19	86	9	55	26	7	29	36	1.83
70466201--70466332	50	2.6	50	86	0	174	26	21	30	21	1.98
70469392--70469438	20	2.3	20	85	7	60	51	4	10	34	1.56
70470944--70471025	44	1.9	43	87	7	123	14	20	2	62	1.43
70474862--70474896	3	11.7	3	100	0	70	68	31	0	0	0.90
70487532--70487580	21	2.3	21	86	10	73	24	2	0	73	0.94
70487530--70487571	6	7.7	6	87	12	56	28	0	0	71	0.86
70491325--70491985	341	2.0	332	85	4	887	34	17	19	29	1.95
70498124--70498174	16	3.4	15	76	12	52	7	11	0	80	0.90
70498104--70498184	42	1.9	43	82	12	105	12	12	0	75	1.05
70500423--70500466	14	3.0	14	79	20	54	43	9	0	47	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70510692--70510725	12	2.8	12	81	0	50	14	23	0	61	1.33
70513320--70513395	33	2.3	32	77	6	80	35	17	21	26	1.95
70513287--70513483	105	1.9	101	83	6	252	31	15	25	26	1.95
70513319--70513513	105	1.9	105	82	4	250	30	15	26	26	1.96
70514036--70514078	20	2.2	20	100	0	86	39	4	20	34	1.74
70514962--70515196	50	4.6	50	85	3	272	25	21	29	22	1.99
70529607--70529665	30	1.9	30	86	3	82	25	20	6	47	1.74
70529607--70529675	30	2.3	31	82	7	79	26	18	8	46	1.78
70545596--70545684	44	2.0	44	97	0	169	32	8	16	41	1.80
70563465--70563744	44	6.4	44	71	8	176	32	20	19	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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