Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   

This is table  184  of  313  ( 37448 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
56898861--56900082
396
3.1
396
87
3
1694
31
19
23
25
1.98
56902004--56902198
98
2.0
98
95
0
354
27
10
25
36
1.89
56903373--56903567
98
2.0
98
94
0
345
27
10
25
36
1.88
56907699--56907734
16
2.3
15
90
4
54
77
8
0
13
0.98
56909963--56910229
133
2.0
133
99
0
525
34
10
11
43
1.77
56918809--56918859
24
2.1
24
92
0
84
47
7
5
39
1.57
56922378--56922494
62
1.9
61
86
5
166
51
3
5
40
1.41
56924347--56924387
21
2.0
21
85
9
57
48
0
4
46
1.23
56927800--56927853
16
3.8
14
79
11
56
22
1
0
75
0.89
56927808--56927853
14
3.5
13
85
8
58
21
2
0
76
0.90
56927800--56927886
36
2.5
35
81
9
97
24
2
1
72
1.03
56927801--56927883
28
2.9
27
79
12
78
24
2
1
72
1.04
56946999--56947083
17
5.1
17
81
1
91
32
5
16
44
1.72
56948126--56948159
15
2.3
15
89
0
50
73
2
2
20
1.09
56966227--56966561
97
3.4
99
76
7
311
31
21
15
31
1.94
56971200--56971284
22
3.7
22
74
13
82
11
17
0
70
1.16
56971200--56971287
47
2.0
45
84
8
117
13
17
0
69
1.19
56971318--56971342
7
3.6
7
100
0
50
12
16
0
72
1.13
56973837--56973874
18
2.1
18
90
0
58
13
39
13
34
1.83
56980037--56980088
24
2.2
24
85
0
68
53
9
3
32
1.51
56981861--56981907
24
2.0
24
82
0
58
59
29
4
6
1.41
56984094--56984284
94
2.0
94
96
0
355
33
6
19
40
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57000305--57000333
14
2.0
15
93
6
51
51
20
0
27
1.47
57000424--57000482
3
19.7
3
100
0
118
0
33
0
66
0.92
57003230--57003255
7
3.7
7
100
0
52
46
0
0
53
1.00
57003757--57003791
18
1.9
18
88
0
52
22
2
5
68
1.24
57007864--57007904
21
2.0
21
95
0
73
34
7
9
48
1.64
57008919--57008966
21
2.4
21
80
16
57
0
22
2
75
0.91
57017553--57017728
91
1.9
91
81
5
214
28
21
18
31
1.96
57018761--57018897
37
3.7
36
82
13
163
24
22
15
37
1.93
57021265--57021354
39
2.2
41
88
3
130
38
2
6
52
1.40
57026008--57026046
19
2.0
21
85
10
55
69
5
10
15
1.34
57026219--57026276
21
2.5
22
81
13
73
43
15
6
34
1.74
57026236--57026279
21
2.1
21
95
0
79
40
13
6
38
1.71
57026753--57026808
20
2.8
20
86
5
69
46
1
5
46
1.36
57026978--57027052
20
3.8
19
77
19
82
49
14
2
33
1.58
57027043--57027090
25
1.9
25
86
0
69
50
10
10
29
1.70
57029377--57029410
15
2.3
15
90
5
52
67
0
0
32
0.91
57030324--57030361
3
12.7
3
83
10
51
65
0
34
0
0.93
57030377--57030433
20
2.8
20
75
17
55
70
0
28
1
0.98
57030378--57030443
24
2.7
24
71
2
60
71
0
25
3
1.01
57030549--57030613
18
3.0
22
72
21
66
29
1
10
58
1.41
57030571--57030861
154
1.9
150
82
9
358
32
3
12
51
1.55
57030636--57030853
38
5.6
38
72
14
124
34
4
10
50
1.56
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57033826--57035041
159
7.6
159
95
1
2021
28
9
9
52
1.65
57035397--57035459
27
2.3
27
86
0
81
6
34
33
25
1.81
57035848--57035910
29
2.2
29
83
11
76
39
4
6
49
1.49
57037369--57037408
3
13.3
3
100
0
80
0
32
0
67
0.91
57041252--57041276
13
1.9
13
100
0
50
48
0
0
52
1.00
57041368--57041443
10
7.8
10
70
21
54
48
0
1
50
1.09
57041368--57041458
26
3.3
26
72
19
76
49
1
1
48
1.15
57041361--57041437
37
2.1
37
82
4
93
50
0
1
48
1.09
57042759--57042827
16
4.3
16
92
0
120
37
7
33
21
1.81
57042809--57042901
44
2.1
46
91
4
154
30
4
30
35
1.77
57042809--57042914
39
2.5
44
83
11
132
31
3
31
33
1.76
57043061--57043113
18
3.0
17
91
5
79
56
1
1
39
1.21
57043152--57043352
26
7.1
26
73
19
163
53
1
1
42
1.21
57043159--57043221
18
4.3
15
69
25
53
58
0
1
39
1.07
57043095--57043461
146
2.5
146
96
1
675
52
2
2
42
1.29
57043251--57043295
22
2.1
21
83
4
54
55
6
0
37
1.26
57043279--57043318
16
2.5
17
76
15
50
52
0
0
47
1.00
57043305--57043367
18
4.3
15
69
25
53
58
0
1
39
1.07
57043333--57043371
18
2.2
18
90
0
60
56
0
2
41
1.13
57043397--57043440
21
2.1
21
83
8
54
56
6
0
36
1.26
57047319--57047371
27
2.1
27
82
10
67
43
0
0
56
0.99
57050035--57050061
13
2.1
13
100
0
54
37
18
14
29
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57055596--57055628
8
4.2
8
92
7
50
81
0
6
12
0.85
57055599--57055630
15
2.1
15
94
0
55
84
0
3
12
0.74
57060356--57060422
24
2.8
24
73
10
64
37
0
1
61
1.05
57060423--57060482
19
3.0
20
83
9
70
43
1
1
53
1.20
57070620--57070735
43
2.7
43
74
5
119
25
18
26
28
1.98
57083880--57083924
21
2.1
22
87
4
65
53
0
4
42
1.21
57083892--57083925
16
2.1
16
89
10
52
52
0
0
47
1.00
57086735--57086767
15
2.1
16
88
5
50
54
3
12
30
1.52
57086940--57087007
27
2.6
25
77
9
64
41
1
4
52
1.30
57091557--57092235
342
2.0
336
98
1
1304
28
14
26
29
1.95
57096269--57096327
31
1.9
31
86
6
84
32
13
11
42
1.81
57097855--57097937
21
4.0
21
83
0
85
13
22
19
44
1.85
57101926--57101997
34
2.1
34
84
0
90
51
2
9
36
1.49
57103812--57104322
87
5.9
87
82
5
541
23
23
22
29
1.99
57103806--57104235
131
3.3
131
96
1
781
23
23
22
30
1.99
57103812--57104347
218
2.5
219
87
3
726
23
24
22
30
1.99
57114622--57114693
34
2.1
34
84
0
90
51
2
9
36
1.49
57121490--57121535
22
2.1
22
88
8
67
19
0
0
80
0.71
57121495--57121530
16
2.2
17
90
5
56
19
0
0
80
0.71
57121500--57121556
22
2.6
22
81
10
64
21
3
0
75
0.95
57121577--57121610
17
1.9
18
88
5
52
20
5
0
73
1.04
57121708--57121759
25
2.0
25
85
7
68
30
3
0
65
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57124372--57124410
19
2.1
19
85
9
53
51
12
2
33
1.54
57124745--57124938
60
3.2
59
86
2
192
36
20
20
22
1.95
57124841--57124885
20
2.2
20
84
0
54
40
20
22
17
1.92
57124858--57124938
20
4.1
20
72
12
76
39
20
19
19
1.93
57124794--57124964
60
2.8
60
89
1
236
36
20
21
21
1.95
57130170--57130244
37
2.0
39
84
5
100
40
1
2
56
1.22
57136537--57136578
17
2.3
18
80
12
50
33
0
9
57
1.31
57143862--57143913
28
2.0
25
82
17
63
11
7
7
73
1.26
57157161--57157361
100
2.0
100
83
0
249
30
19
21
27
1.98
57159520--57159650
70
1.9
70
90
3
210
30
20
19
29
1.97
57160774--57160833
9
6.1
10
79
11
54
56
1
5
36
1.31
57162382--57162465
25
3.2
25
73
12
78
26
8
15
50
1.72
57163691--57163838
55
2.6
57
86
9
198
46
1
2
50
1.21
57163730--57163821
20
4.9
19
70
20
77
44
0
2
53
1.12
57169779--57169854
32
2.4
33
88
4
111
60
0
3
35
1.15
57169801--57169830
11
2.6
11
94
5
51
60
0
3
36
1.14
57173211--57173244
16
2.1
17
88
5
52
44
0
0
55
0.99
57174597--57174701
32
3.2
32
78
6
86
46
11
6
35
1.66
57177191--57177312
42
2.9
42
86
3
147
17
24
15
42
1.88
57179328--57179540
92
2.3
92
85
2
286
32
15
22
30
1.94
57179618--57179750
38
3.5
38
74
6
135
36
17
17
28
1.92
57182249--57182273
13
1.9
13
100
0
50
32
0
0
68
0.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57182545--57182575
14
2.3
13
94
5
53
3
12
0
83
0.75
57187637--57187661
7
3.6
7
100
0
50
16
0
28
56
1.41
57190247--57190298
18
3.1
16
76
13
59
73
0
25
1
0.94
57191071--57191119
20
2.5
20
86
0
62
32
8
12
46
1.71
57195921--57195951
14
2.2
14
94
0
53
48
12
0
38
1.42
57196891--57196958
22
3.1
22
82
0
91
39
17
26
16
1.90
57198085--57198157
5
14.6
5
71
16
53
56
2
1
39
1.22
57198084--57198122
13
3.0
13
88
0
60
64
0
0
35
0.94
57198082--57198121
21
1.9
21
94
0
71
62
0
0
37
0.95
57200057--57200081
8
3.1
8
100
0
50
0
0
12
88
0.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313