genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1239009--1239067	14	4.2	14	91	0	91	33	6	18	40	1.77
1240845--1240908	18	3.6	18	80	14	78	56	21	4	17	1.59
1241590--1241683	48	2.0	47	93	2	161	54	18	20	7	1.67
1246575--1246737	85	1.9	85	97	0	308	46	12	19	21	1.83
1246569--1246712	6	23.8	6	79	13	154	47	13	18	20	1.82
1246877--1246975	27	3.7	26	82	5	108	37	20	22	20	1.95
1247134--1247198	22	3.0	22	77	8	69	33	21	23	21	1.97
1247653--1247890	27	8.8	27	83	5	257	26	19	18	34	1.95
1247643--1247938	54	5.6	54	81	9	310	26	19	19	34	1.96
1247643--1247890	81	3.0	81	88	1	345	26	19	19	34	1.96
1247849--1247934	44	2.0	44	90	4	138	27	19	20	31	1.97
1247893--1247945	27	2.0	27	92	0	88	24	16	22	35	1.95
1247939--1248002	27	2.4	27	83	0	74	34	3	21	40	1.69
1247928--1248243	81	3.9	81	82	3	296	31	8	20	38	1.82
1247965--1248243	27	10.3	27	86	0	324	31	8	19	39	1.83
1256643--1256700	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
1256971--1257079	49	2.3	47	93	4	182	32	7	30	30	1.85
1257197--1257275	37	2.1	37	88	0	113	25	17	31	25	1.97
1261022--1261168	40	3.7	40	93	0	249	19	19	28	32	1.96
1267840--1267920	40	2.0	40	95	0	144	20	19	24	34	1.96
1268771--1268877	40	2.7	40	94	0	178	21	20	27	30	1.98
1270198--1270308	43	2.6	42	84	7	152	27	25	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1270187--1270308	42	2.9	42	84	4	156	27	24	18	30	1.98
1274965--1275185	80	2.8	79	81	6	230	24	21	28	25	1.99
1275018--1275185	40	4.2	40	85	3	205	24	21	29	25	1.99
1275043--1275222	79	2.3	80	80	7	199	25	20	28	25	1.99
1279074--1279264	28	6.6	28	80	8	222	29	28	15	26	1.96
1279074--1279251	90	2.0	90	88	2	268	29	29	15	26	1.96
1280839--1280904	28	2.4	28	89	5	98	22	15	33	28	1.94
1281219--1281559	27	12.7	27	82	3	348	38	18	9	33	1.83
1281219--1281612	27	14.6	27	80	4	341	38	18	10	32	1.85
1284248--1285484	47	26.3	47	96	0	2159	33	8	30	28	1.86
1284394--1284516	22	5.3	22	62	11	66	30	7	30	31	1.85
1298031--1298215	40	4.7	40	82	6	207	25	27	22	24	2.00
1298031--1298215	79	2.3	80	80	7	198	25	27	22	24	2.00
1303309--1303356	24	2.0	24	100	0	96	29	29	4	37	1.76
1307349--1307400	26	2.0	26	100	0	104	53	11	3	30	1.54
1308015--1308058	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
1310432--1310498	29	2.3	30	82	15	95	29	14	26	28	1.96
1314353--1314660	61	5.1	61	72	13	287	43	3	4	48	1.39
1314319--1314665	120	2.9	120	96	0	631	44	2	4	48	1.36
1314665--1315324	174	3.8	174	97	0	1248	29	13	24	31	1.94
1318032--1318185	28	5.5	28	91	0	236	29	28	13	28	1.94
1322273--1322426	42	3.5	41	74	13	137	24	18	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1337013--1337039	14	1.9	14	100	0	54	62	14	7	14	1.51
1341666--1341850	79	2.3	81	82	7	209	25	27	22	24	2.00
1341666--1341850	40	4.7	40	83	6	216	25	27	22	24	2.00
1343571--1343643	37	2.0	37	91	0	119	34	12	19	34	1.89
1348835--1348939	36	2.9	37	81	9	110	20	7	4	67	1.34
1348848--1348946	12	8.2	12	73	12	69	20	6	5	68	1.30
1348895--1348946	25	2.1	25	89	3	79	21	3	5	69	1.26
1357772--1357949	50	3.6	50	81	4	202	20	26	24	28	1.99
1378350--1378498	80	1.9	80	89	0	235	39	8	10	41	1.70
1385643--1385690	23	2.1	23	88	3	71	31	0	0	68	0.90
1385790--1385832	14	3.0	14	79	3	50	37	0	6	55	1.27
1386057--1386082	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
1386299--1386386	45	1.9	46	83	2	115	38	15	4	40	1.68
1386574--1386645	9	8.0	9	80	11	60	61	2	1	34	1.19
1386574--1386645	27	2.7	26	81	16	76	61	2	1	34	1.19
1386585--1386750	69	2.5	63	77	15	158	62	4	1	31	1.24
1391822--1392038	59	3.7	59	93	1	377	45	18	5	30	1.71
1393566--1393684	42	2.8	41	82	5	130	31	22	17	27	1.97
1393608--1393688	42	1.9	42	94	0	144	32	27	18	22	1.97
1399796--1399876	23	3.6	23	78	6	76	18	24	18	38	1.93
1400943--1400967	13	1.9	13	100	0	50	48	0	16	36	1.46
1415070--1415247	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1415091--1415246	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
1418993--1419026	17	1.9	18	88	5	52	73	0	20	5	1.04
1420390--1420473	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
1420294--1420517	99	2.3	100	85	4	285	26	17	25	30	1.97
1420294--1420517	49	4.5	50	83	3	258	26	17	25	30	1.97
1438982--1439159	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
1439003--1439158	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
1439705--1439729	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
1460000--1460066	34	2.0	33	93	0	107	22	19	25	31	1.97
1462497--1462603	40	2.7	40	88	0	160	29	28	22	19	1.98
1472693--1472729	6	6.3	6	93	6	67	16	0	0	83	0.64
1472681--1472724	18	2.4	18	88	0	61	15	2	4	77	1.04
1491940--1492024	40	2.2	39	81	8	100	25	27	21	25	1.99
1492320--1492446	41	3.2	41	67	25	117	42	16	1	39	1.58
1498660--1498779	37	3.2	37	90	0	177	26	30	18	25	1.98
1506858--1506897	21	2.0	20	90	5	62	20	7	27	45	1.78
1508833--1509148	48	6.6	48	76	7	284	23	28	20	26	1.99
1508833--1509165	144	2.3	144	78	5	359	24	28	20	27	1.99
1513551--1513736	41	4.6	40	89	4	250	23	26	23	26	2.00
1513515--1513736	81	2.8	81	83	6	258	24	26	23	26	2.00
1523503--1523685	62	2.9	63	82	4	228	27	25	26	20	1.99
1526032--1526058	12	2.2	12	100	0	54	85	0	0	14	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1529285--1529346	16	3.9	16	84	0	79	48	12	24	14	1.79
1529278--1529346	24	2.9	24	76	8	68	47	13	21	17	1.81
1529286--1529352	32	2.1	32	85	0	89	50	14	20	13	1.77
1529564--1529666	28	3.7	28	85	3	118	23	14	36	25	1.93
1531886--1531920	15	2.3	15	90	0	52	17	2	40	40	1.64
1534020--1534069	16	3.1	16	82	0	64	44	24	24	8	1.80
1534286--1534416	28	4.7	28	89	0	181	25	16	34	24	1.95
1535626--1535659	18	1.9	18	94	5	61	35	11	20	32	1.89
1537132--1537187	6	9.3	6	79	14	62	78	0	5	16	0.92
1537132--1537189	25	2.2	25	93	6	98	77	0	5	17	0.94
1537132--1537172	19	2.2	19	82	4	57	82	0	2	14	0.76
1537276--1537315	21	1.9	21	84	0	53	32	27	12	27	1.93
1545062--1545109	25	2.0	24	84	12	62	64	2	10	22	1.35
1550457--1550593	54	2.6	53	81	3	132	31	14	25	28	1.95
1550566--1550718	47	3.2	46	85	3	135	29	14	23	32	1.94
1558988--1559099	27	4.1	27	79	7	93	38	21	23	16	1.93
1566825--1566963	27	5.2	26	87	6	170	38	23	23	15	1.92
1568807--1568994	48	3.9	48	80	6	211	25	30	18	25	1.98
1568807--1568985	96	1.9	96	86	2	261	24	30	19	25	1.98
1579093--1579774	341	2.0	341	100	0	1364	26	24	15	32	1.95
1584347--1584405	31	1.9	31	96	0	109	42	5	13	38	1.66
1586670--1586703	17	2.1	16	88	5	50	76	14	0	8	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1593554--1593617	21	3.0	21	69	0	56	21	31	20	26	1.98
1595550--1595783	48	4.9	48	75	4	193	29	18	25	26	1.98
1595546--1595782	96	2.5	96	83	2	287	28	18	25	27	1.98
1605279--1605335	22	2.6	21	78	8	60	14	21	24	40	1.90
1608160--1608202	22	2.0	22	85	0	59	16	20	25	37	1.93
1612281--1612332	26	2.0	26	85	7	70	46	15	1	36	1.57
1620032--1620309	96	2.9	97	89	3	420	28	16	25	29	1.96
1620043--1620311	48	5.6	47	77	5	247	28	16	25	29	1.97
1628015--1628039	9	2.8	9	100	0	50	48	0	8	44	1.32
1630553--1630874	46	6.8	44	73	14	159	27	18	29	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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