genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.159.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50195484--50195510	13	2.1	13	100	0	54	29	37	25	7	1.83
50199228--50199288	31	2.0	31	87	6	88	49	8	3	39	1.49
50203845--50203881	20	1.9	19	89	10	58	40	37	13	8	1.74
50204985--50205022	12	3.2	12	88	3	51	31	5	0	63	1.17
50205095--50205131	16	2.3	16	90	0	56	40	0	0	59	0.97
50205456--50205750	108	2.7	108	91	4	479	30	16	20	33	1.94
50208832--50209223	109	3.6	109	90	2	628	30	17	18	33	1.94
50209209--50209239	16	1.9	16	100	0	62	16	12	38	32	1.86
50220615--50220954	87	3.9	87	86	4	427	27	22	25	25	2.00
50220615--50220938	173	1.9	175	84	3	440	26	23	24	25	2.00
50221001--50221329	175	1.9	175	91	1	543	30	18	20	30	1.97
50221176--50221467	130	2.3	130	92	0	469	30	18	22	28	1.97
50220957--50221642	305	2.3	304	92	0	1122	30	18	21	29	1.97
50221599--50221731	48	2.9	48	86	4	175	28	23	22	25	1.99
50221295--50221823	175	3.0	177	91	2	850	29	20	22	27	1.98
50221001--50221814	44	18.7	43	68	11	345	30	19	21	28	1.97
50222421--50222457	20	1.9	19	89	10	58	40	37	13	8	1.74
50223552--50223614	3	20.7	3	79	12	58	34	4	0	60	1.18
50223676--50223712	16	2.3	16	90	0	56	40	0	0	59	0.97
50224042--50224469	109	3.9	109	90	3	666	30	17	18	33	1.94
50236933--50237029	27	3.6	27	78	10	108	21	24	15	38	1.92
50239335--50239374	21	1.9	21	89	0	62	50	10	15	25	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50242001--50242059	25	2.3	26	83	13	79	27	32	11	28	1.92
50242024--50242086	25	2.5	24	79	5	63	31	26	12	28	1.93
50243653--50243693	18	2.3	18	95	0	73	21	26	19	31	1.97
50246734--50246777	11	3.8	12	80	19	58	25	31	0	43	1.55
50249299--50249848	22	25.7	22	80	6	587	46	31	0	22	1.54
50249299--50249848	65	8.6	66	84	4	632	46	31	0	22	1.54
50249299--50249848	87	6.4	87	82	6	624	46	31	0	22	1.54
50249771--50249812	15	2.8	15	82	10	50	50	33	0	16	1.46
50253237--50253520	59	4.7	58	67	18	150	43	2	4	49	1.36
50253230--50253520	120	2.4	122	89	4	462	43	2	4	49	1.35
50253464--50253500	19	2.0	19	85	15	51	45	0	0	54	1.00
50253736--50253788	16	3.2	16	97	2	97	37	37	0	24	1.56
50253804--50254443	22	29.9	21	74	13	357	45	29	0	24	1.58
50253802--50254443	43	15.0	44	76	9	549	45	29	0	24	1.58
50253829--50253956	58	2.2	57	85	1	175	45	30	0	23	1.59
50253912--50254443	65	8.2	63	83	7	475	46	29	0	24	1.57
50253834--50254421	152	3.9	149	80	9	542	46	29	0	23	1.58
50254313--50254345	14	2.3	15	89	5	50	45	33	0	21	1.52
50257644--50258142	125	4.0	124	78	6	481	32	21	15	30	1.94
50257642--50258141	249	2.0	250	85	2	666	32	21	15	30	1.94
50281312--50281386	26	2.9	25	76	21	75	62	6	0	30	1.21
50281312--50281386	29	2.9	26	80	20	79	62	6	0	30	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50281467--50281858	151	2.6	150	89	3	565	30	8	6	54	1.57
50281744--50281973	116	2.0	120	89	5	362	30	11	4	53	1.58
50282000--50282820	154	5.3	153	91	2	1242	51	7	9	30	1.63
50282000--50282813	305	2.7	306	91	2	1307	51	7	9	30	1.63
50287445--50287490	17	2.8	18	84	15	64	28	41	30	0	1.56
50287636--50287928	146	2.0	147	95	0	534	28	21	18	31	1.97
50292049--50292095	4	11.8	4	100	0	94	25	0	23	51	1.49
50292926--50293051	24	4.7	29	66	21	94	29	3	14	52	1.59
50292960--50293097	54	2.5	54	94	1	231	29	4	13	52	1.59
50293005--50293094	29	3.2	29	68	17	73	30	4	12	53	1.58
50294000--50294035	19	1.9	18	88	5	54	66	8	5	19	1.38
50294524--50294573	20	2.4	22	77	9	61	10	12	4	74	1.21
50295793--50295907	42	2.7	43	78	4	126	42	19	21	16	1.89
50309726--50309768	17	2.5	17	88	3	59	25	2	0	72	0.97
50310000--50310052	22	2.5	21	87	9	72	26	35	0	37	1.57
50314142--50314280	42	3.3	42	80	4	147	43	17	23	16	1.88
50316257--50317711	725	2.0	725	98	0	2811	32	21	14	32	1.93
50319197--50319242	15	2.9	16	77	6	58	56	15	0	28	1.39
50319231--50319264	15	2.3	15	89	0	50	35	17	0	47	1.48
50323367--50323396	14	2.1	14	93	0	51	40	0	13	46	1.43
50323806--50323864	23	2.6	23	94	0	100	42	3	0	54	1.17
50323798--50323884	23	3.8	24	82	7	83	43	2	0	54	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50330520--50330564	23	2.0	23	95	0	81	46	20	17	15	1.84
50333501--50333563	20	3.2	20	83	0	81	46	9	3	41	1.52
50335645--50335675	14	2.2	14	94	0	53	38	12	19	29	1.89
50344019--50344076	30	1.9	31	82	6	75	29	22	5	43	1.75
50349185--50349255	35	2.0	35	100	0	142	38	16	8	36	1.80
50352150--50352200	24	2.1	24	100	0	102	35	23	7	33	1.84
50361689--50361736	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
50361764--50361839	28	2.8	27	70	18	68	42	2	0	55	1.14
50361777--50362069	120	2.4	120	93	2	491	43	2	5	49	1.37
50361902--50361953	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
50361837--50362023	61	3.1	59	65	20	143	42	2	7	47	1.46
50362031--50362072	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
50362022--50362063	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
50362006--50362278	147	1.9	147	96	1	512	46	2	3	46	1.34
50362165--50362199	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
50362359--50362453	45	2.1	44	86	1	127	33	26	6	33	1.82
50362432--50362469	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
50368505--50368697	47	4.0	48	81	8	196	23	17	28	30	1.97
50371913--50371981	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
50371904--50371991	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
50374384--50374559	46	3.8	46	81	4	228	21	21	29	27	1.98
50374380--50374551	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50381031--50381056	12	2.2	12	100	0	52	84	15	0	0	0.62
50382512--50382540	8	3.6	8	100	0	58	24	0	0	75	0.80
50383568--50384684	428	2.6	428	98	0	2164	36	16	17	29	1.92
50385618--50385675	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
50385631--50385747	19	5.8	19	86	8	126	37	16	9	36	1.81
50385654--50385747	19	4.8	19	90	5	152	36	15	10	37	1.83
50386066--50386149	44	1.9	44	82	0	105	29	23	15	30	1.95
50386187--50386243	28	2.0	28	96	0	105	38	19	21	21	1.93
50386057--50386375	160	2.0	160	93	0	548	31	23	18	26	1.97
50391704--50391898	98	2.0	98	98	0	381	40	19	9	31	1.83
50393194--50393239	23	2.0	22	91	4	74	39	17	4	39	1.69
50393195--50393311	19	5.8	19	86	8	126	37	16	9	36	1.81
50393218--50393311	19	4.8	19	90	5	152	36	15	10	37	1.83
50398639--50398678	11	3.6	11	93	0	62	57	30	10	2	1.45
50407587--50407627	21	2.0	21	85	0	55	34	9	14	41	1.79
50407980--50408157	96	1.9	96	95	2	322	32	24	15	27	1.95
50418163--50418216	15	3.6	15	100	0	108	38	11	22	27	1.88
50418028--50418338	172	1.8	172	97	0	586	35	5	21	36	1.78
50425291--50425356	27	2.4	27	94	0	114	19	22	37	19	1.94
50425373--50425413	19	2.2	19	95	0	73	31	0	17	51	1.46
50425557--50425611	19	2.9	20	81	7	71	41	21	1	34	1.64
50425616--50425667	19	2.8	19	94	5	90	38	0	11	50	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50425373--50425860	252	1.9	254	96	1	901	44	9	5	40	1.59
50425831--50425887	27	2.1	27	90	0	87	49	14	1	35	1.53
50425920--50426042	27	5.1	24	70	26	100	32	0	14	52	1.48
50426173--50426239	27	2.5	27	97	0	125	14	32	20	31	1.93
50429610--50429691	30	2.8	28	76	10	74	52	13	2	31	1.53
50440255--50440313	30	2.0	30	86	0	82	22	30	33	13	1.92
50442007--50442064	29	2.0	29	100	0	116	44	34	3	17	1.65
50448749--50448802	20	2.7	21	82	5	67	62	5	0	31	1.18
50449858--50449900	22	2.0	22	100	0	86	18	6	23	51	1.70
50451600--50451685	35	2.5	35	90	5	131	36	31	4	27	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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