genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73145569--73145810	50	4.7	50	78	6	184	27	22	26	23	1.99
73144243--73145838	798	2.0	798	100	0	3192	34	14	23	28	1.93
73146280--73146521	50	4.7	50	78	6	184	27	22	26	23	1.99
73145301--73146723	711	2.0	711	100	0	2846	33	14	22	29	1.93
73146724--73146772	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
73146881--73146908	14	2.0	14	100	0	56	14	21	0	64	1.29
73151422--73151774	47	7.4	47	95	1	589	29	29	7	32	1.86
73152639--73152870	56	4.1	56	98	0	446	22	21	9	45	1.81
73157643--73157683	21	2.0	21	85	4	57	48	4	2	43	1.37
73167644--73167734	36	2.5	36	87	3	130	15	8	32	42	1.78
73172860--73172917	22	2.7	21	78	10	64	43	10	0	46	1.38
73173123--73173177	6	9.0	6	89	2	83	18	20	0	61	1.34
73173788--73173826	6	6.3	6	96	3	69	15	15	2	66	1.36
73182723--73182834	56	2.0	56	92	0	188	29	28	8	33	1.86
73185757--73185805	20	2.5	20	89	0	71	24	12	4	59	1.50
73185851--73185897	24	2.0	24	91	0	76	38	17	17	27	1.91
73187531--73187564	14	2.5	13	86	9	50	41	20	11	26	1.87
73189067--73189244	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
73189088--73189243	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
73199635--73199672	18	2.1	18	95	0	67	57	2	5	34	1.35
73199630--73199676	18	2.4	20	79	17	62	61	2	6	29	1.32
73199914--73199983	26	2.7	27	75	16	67	22	44	18	14	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73204303--73204354	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
73208596--73208703	40	2.7	40	94	0	189	31	20	26	21	1.98
73210787--73210890	51	2.1	50	94	1	181	41	12	21	25	1.88
73218719--73218770	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
73226819--73226878	20	3.2	19	84	11	63	15	21	43	20	1.88
73226845--73226880	17	2.1	18	94	5	65	13	16	41	27	1.87
73227111--73227211	27	3.7	27	75	7	80	45	21	11	20	1.83
73227166--73227444	27	10.3	27	85	4	350	41	21	17	19	1.90
73227166--73227444	81	3.4	81	89	1	416	41	21	17	19	1.90
73227166--73227443	54	5.1	54	92	0	432	42	21	17	19	1.90
73227677--73227731	26	2.1	26	82	0	65	25	20	20	34	1.96
73227849--73227931	33	2.5	33	92	0	130	25	31	20	22	1.98
73228946--73229004	30	2.0	30	87	9	86	61	10	16	11	1.57
73232560--73232600	20	2.0	20	100	0	82	24	31	9	34	1.88
73233771--73233804	16	2.1	16	94	0	59	47	8	11	32	1.71
73237127--73237178	25	2.1	25	100	0	104	23	21	15	40	1.91
73238311--73238359	25	2.0	25	100	0	98	40	28	14	16	1.87
73244517--73244649	41	3.2	41	89	0	203	20	21	7	51	1.72
73248653--73248710	25	2.3	25	77	11	64	53	1	0	44	1.10
73257562--73257744	79	2.3	81	82	7	214	24	22	27	25	2.00
73257562--73257746	40	4.7	40	82	6	216	24	22	28	25	1.99
73257615--73257779	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73264825--73265009	40	4.7	40	83	5	223	24	21	28	25	1.99
73264878--73265042	79	2.1	79	82	4	199	26	19	27	26	1.99
73264878--73265042	40	4.2	40	85	3	165	26	19	27	26	1.99
73264957--73265164	104	2.0	104	94	1	364	28	17	26	26	1.98
73268908--73268943	16	2.2	16	100	0	72	19	38	19	22	1.93
73273028--73274263	50	24.5	50	93	2	1932	23	31	19	26	1.98
73274041--73274263	112	2.0	112	93	0	383	21	32	19	26	1.97
73278958--73279068	39	2.8	40	80	9	111	36	8	9	45	1.67
73285154--73285248	29	3.3	28	77	14	113	30	17	23	28	1.97
73285154--73285274	57	2.1	57	90	0	188	31	17	21	29	1.96
73294058--73294254	48	4.1	48	79	0	223	22	27	20	28	1.99
73305621--73305645	12	2.1	12	100	0	50	24	40	28	8	1.83
73306140--73306197	29	2.2	25	84	12	71	6	15	0	77	0.97
73312188--73312310	51	2.4	50	77	11	124	32	3	8	55	1.47
73312512--73312748	82	2.9	82	85	5	302	32	12	8	46	1.72
73312854--73312884	12	2.5	13	94	5	55	19	6	25	48	1.72
73312860--73312914	28	1.9	29	85	3	76	29	10	20	40	1.86
73317733--73317849	51	2.4	48	83	9	146	32	2	9	55	1.45
73322392--73322435	18	2.4	19	84	7	63	38	0	11	50	1.39
73325295--73325338	22	2.0	23	86	4	63	43	9	2	45	1.48
73326112--73326146	17	2.0	18	94	5	63	74	0	0	25	0.82
73326282--73326340	10	5.6	10	76	9	55	64	1	1	32	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73326323--73326415	25	3.7	25	68	18	66	62	1	4	32	1.22
73326392--73326427	10	3.7	10	88	3	56	63	0	0	36	0.94
73331204--73331340	66	2.1	66	88	0	202	28	20	17	33	1.95
73334217--73334268	20	2.8	18	76	21	54	50	3	3	42	1.39
73337759--73337936	89	2.0	89	94	0	311	23	32	18	25	1.97
73351599--73351648	5	10.0	5	87	8	75	42	18	0	40	1.50
73357230--73357278	20	2.7	18	79	20	57	51	2	4	42	1.32
73364798--73364901	39	2.7	39	84	3	129	38	7	7	46	1.61
73365892--73365953	29	2.1	29	85	5	81	27	20	9	41	1.84
73371752--73371812	26	2.3	26	77	0	68	27	18	13	40	1.87
73381577--73381624	24	2.0	24	100	0	96	33	29	16	20	1.95
73385726--73385859	45	3.1	43	84	9	166	23	17	26	32	1.97
73395147--73395235	46	1.9	46	86	8	128	32	20	20	26	1.97
73400093--73400169	36	2.1	36	83	9	95	59	5	3	31	1.37
73401121--73401164	22	2.0	22	100	0	88	45	13	13	27	1.81
73413671--73413773	51	2.0	51	94	3	181	44	18	8	28	1.79
73413719--73413829	33	3.4	34	81	10	106	42	17	9	31	1.80
73416875--73417082	91	2.3	91	91	0	326	46	3	4	46	1.39
73416997--73417057	28	2.2	28	85	5	81	47	0	3	49	1.18
73416896--73417057	44	3.6	43	68	14	121	45	1	4	48	1.33
73417099--73417139	15	2.5	17	85	14	52	43	2	0	53	1.13
73417232--73417273	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73417223--73417264	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
73417212--73417430	67	3.2	65	67	25	168	44	2	3	49	1.32
73417356--73417390	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
73417207--73417465	136	1.9	138	94	1	459	45	3	3	47	1.35
73417338--73417657	155	2.1	155	93	1	552	45	7	2	44	1.46
73417218--73417495	136	2.0	134	86	5	380	45	5	2	46	1.39
73417511--73417561	18	3.0	18	81	18	65	45	0	0	54	0.99
73417511--73417563	16	3.2	16	82	15	56	43	0	0	56	0.99
73417524--73417565	16	2.6	16	88	7	59	47	0	0	52	1.00
73417541--73417574	16	2.1	16	88	0	50	44	0	2	52	1.16
73417690--73417799	39	2.7	40	81	8	114	36	29	3	30	1.75
73417780--73417815	16	2.2	16	95	0	63	38	33	0	27	1.57
73418820--73418857	18	2.1	18	95	0	67	57	0	7	34	1.28
73422579--73422607	5	5.8	5	100	0	58	82	0	17	0	0.66
73431469--73431500	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
73432603--73432629	14	1.9	14	100	0	54	51	0	11	37	1.37
73433154--73433270	62	1.9	61	84	5	157	42	4	4	48	1.42
73435429--73435482	22	2.5	21	81	6	63	31	5	0	62	1.18
73438057--73438087	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
73440463--73440510	13	4.2	12	80	20	50	54	6	0	39	1.26
73442148--73442178	12	2.6	12	94	0	53	32	0	0	67	0.91
73442148--73442189	15	3.2	13	83	12	50	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73446750--73446838	45	2.0	44	86	0	115	30	10	23	34	1.88
73452844--73452998	45	3.4	44	86	3	211	40	19	19	20	1.91
73452859--73453025	45	4.0	40	75	19	144	39	20	19	20	1.93
73454516--73454552	18	2.1	18	90	10	58	72	2	18	5	1.15
73456322--73456393	33	2.1	35	87	10	114	37	6	13	41	1.72
73467511--73467626	41	2.8	42	86	5	155	30	25	18	25	1.98
73468536--73468579	15	3.1	14	80	12	54	43	6	0	50	1.29
73482758--73482875	40	3.0	40	75	9	116	34	18	33	13	1.90
73482759--73482877	20	5.9	19	71	5	67	36	17	32	13	1.89
73494395--73494436	21	1.9	21	85	9	57	35	0	9	54	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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