genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21306777--21306877	50	2.0	50	98	0	193	38	7	10	42	1.69
21313720--21313750	16	1.9	16	93	0	53	74	9	6	9	1.23
21314057--21314223	60	2.8	60	87	2	210	29	25	12	31	1.93
21315178--21315219	22	2.0	21	86	9	59	23	26	11	38	1.90
21334764--21334790	10	2.7	10	100	0	54	44	7	40	7	1.60
21340494--21340762	47	5.7	47	74	11	189	23	28	19	28	1.98
21356239--21356420	40	4.6	40	86	1	249	18	22	28	30	1.97
21357581--21357682	6	16.8	6	76	17	95	49	12	17	20	1.79
21357581--21357682	30	3.4	30	89	6	152	49	12	17	20	1.79
21357800--21357865	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
21357800--21357873	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
21357824--21357881	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
21358038--21358096	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
21358438--21358929	27	18.3	27	85	4	534	26	20	18	34	1.96
21358913--21359161	27	9.2	27	82	4	135	33	7	22	36	1.82
21359032--21359257	27	8.4	27	87	0	317	39	7	21	31	1.81
21359025--21359297	81	3.4	81	77	7	268	38	7	20	33	1.81
21359268--21359442	27	6.5	27	81	6	187	29	10	19	40	1.84
21359268--21359434	53	3.1	52	81	8	185	28	10	20	40	1.86
21360919--21360984	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
21360919--21360992	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
21360943--21361000	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21361157--21361215	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
21361303--21361385	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
21361584--21362022	27	16.3	27	83	3	427	26	20	19	33	1.97
21361584--21362022	54	8.1	54	83	3	515	26	20	19	33	1.97
21361609--21362022	81	5.1	81	84	4	530	26	20	19	33	1.96
21362007--21362103	27	3.6	27	84	8	117	25	7	24	42	1.80
21362008--21362164	54	2.9	54	79	1	145	30	8	22	38	1.83
21362125--21362402	27	10.3	27	90	0	412	38	7	22	30	1.83
21362415--21362588	27	6.5	27	78	9	178	29	10	18	40	1.85
21362415--21362588	53	3.3	52	80	7	190	29	10	18	40	1.85
21374571--21374887	47	6.8	47	77	10	244	26	17	31	24	1.97
21374571--21374887	93	3.4	92	75	13	263	26	17	31	24	1.97
21379802--21379911	27	4.1	26	80	8	121	33	23	26	16	1.95
21387935--21388045	27	4.1	27	77	7	100	35	21	23	19	1.96
21387935--21388045	54	2.1	54	81	3	125	35	21	23	19	1.96
21388463--21388492	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
21392851--21393070	46	4.7	45	79	10	185	28	19	30	21	1.98
21392893--21393070	46	3.8	47	82	10	188	28	18	31	21	1.97
21396817--21396994	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21396818--21396973	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21396814--21396994	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
21398834--21398991	53	3.0	52	82	1	192	36	12	23	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21399143--21399303	57	2.8	58	85	1	191	34	16	24	24	1.95
21399171--21399258	29	3.1	28	69	11	88	30	19	23	26	1.98
21399140--21399296	29	5.5	28	62	12	68	34	17	24	23	1.96
21402225--21402315	46	2.0	45	95	2	164	38	27	6	27	1.81
21403825--21403985	39	4.2	39	81	1	189	26	28	19	24	1.99
21411852--21412013	39	4.2	39	89	1	236	25	28	21	24	1.99
21411852--21412013	77	2.1	78	88	1	236	25	28	21	24	1.99
21415995--21416300	122	2.5	122	91	3	476	24	28	21	25	1.99
21415995--21416300	40	7.6	40	92	2	461	24	28	21	25	1.99
21423999--21424077	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
21424196--21424560	49	7.6	49	94	2	616	29	29	7	32	1.86
21430002--21430041	21	2.0	20	90	5	62	22	30	37	10	1.87
21431411--21431536	46	2.8	45	89	4	182	21	30	19	29	1.97
21433600--21433638	19	2.1	19	85	0	51	43	15	2	38	1.60
21436407--21436458	21	2.5	20	84	6	59	9	5	25	59	1.51
21448430--21448544	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
21448430--21448563	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
21457674--21457724	25	2.0	25	100	0	102	27	19	11	41	1.86
21467244--21467312	27	2.5	27	95	2	120	31	28	13	26	1.93
21487714--21487889	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
21487711--21487882	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
21491504--21491542	17	2.3	17	81	0	51	38	5	20	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21491470--21491608	44	3.2	44	80	2	154	35	7	17	38	1.79
21491470--21491575	22	4.8	22	74	3	88	34	7	19	37	1.80
21493089--21493125	18	2.1	17	90	5	56	40	0	2	56	1.13
21495156--21495189	9	3.8	9	88	0	50	50	2	0	47	1.16
21496435--21496533	49	2.0	49	100	0	198	43	16	18	22	1.88
21509115--21509147	15	2.2	15	94	0	57	45	21	24	9	1.80
21509371--21509480	29	3.9	28	87	7	141	28	14	29	28	1.95
21509374--21509489	57	2.0	57	86	3	162	29	14	28	27	1.95
21514177--21514326	23	6.6	23	77	10	123	34	20	21	24	1.96
21514206--21514278	22	3.3	22	90	5	103	30	23	21	24	1.99
21514193--21514334	45	3.1	45	75	10	119	33	20	23	22	1.97
21523073--21523221	40	3.7	40	86	1	165	24	30	22	22	1.99
21523073--21523222	80	1.9	80	84	2	203	24	30	22	22	1.99
21536479--21536577	49	2.0	49	88	0	144	28	20	19	32	1.97
21536921--21537007	45	1.9	45	92	0	147	24	5	34	35	1.79
21537987--21538095	55	2.0	55	85	0	146	22	25	24	27	2.00
21538445--21538520	37	2.1	37	97	0	143	25	23	26	25	2.00
21539046--21539186	70	2.0	70	98	0	273	29	12	30	27	1.93
21540029--21540211	40	4.6	40	83	6	140	25	21	27	26	1.99
21540082--21540211	40	3.3	39	88	3	179	24	21	27	26	1.99
21548169--21548384	80	2.7	79	83	3	236	25	20	27	26	1.99
21548215--21548384	40	4.3	40	90	0	234	24	21	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21548237--21548419	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
21550564--21550618	26	2.1	26	100	0	110	30	7	18	43	1.77
21555468--21555550	40	2.1	40	97	0	157	25	18	20	36	1.95
21560406--21560436	15	2.1	15	93	0	53	38	3	6	51	1.44
21578386--21578456	28	2.6	28	80	12	85	21	43	7	28	1.78
21580086--21580152	5	13.8	5	81	9	77	17	2	0	79	0.86
21580072--21580152	33	2.5	31	79	16	92	17	3	1	77	0.97
21581141--21581190	19	2.7	19	76	14	50	4	50	0	46	1.20
21582730--21582762	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
21583520--21583569	19	2.7	19	76	14	50	4	50	0	46	1.20
21594269--21594315	16	3.0	15	77	20	51	44	2	0	53	1.12
21594267--21594316	10	4.7	11	74	16	52	46	2	0	52	1.12
21594267--21594316	22	2.3	23	83	16	72	46	2	0	52	1.12
21594502--21594535	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
21621102--21621180	22	3.6	22	78	0	86	20	24	12	43	1.86
21624839--21624872	17	2.1	15	89	10	50	14	5	0	79	0.91
21628191--21628220	13	2.3	13	94	0	51	60	0	0	40	0.97
21628384--21628424	21	2.0	21	90	4	66	63	4	0	31	1.15
21628384--21628427	22	2.0	21	86	4	61	63	4	0	31	1.14
21628690--21628740	17	2.9	17	86	13	68	29	1	1	66	1.13
21628690--21628751	9	7.2	8	75	17	54	29	1	3	66	1.17
21628712--21628766	17	3.2	17	82	14	53	27	1	3	67	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21628732--21628782	25	2.1	23	85	7	66	33	0	3	62	1.13
21628728--21628774	16	2.9	17	84	6	62	29	0	4	65	1.11
21628730--21628776	17	2.9	17	76	17	55	29	0	4	65	1.11
21630703--21631057	46	7.5	47	74	12	193	28	17	30	24	1.97
21630884--21631016	50	2.7	49	81	8	153	25	21	29	24	1.99
21631785--21631811	10	2.7	10	100	0	54	0	14	51	33	1.43
21635121--21635324	111	1.8	111	84	2	275	23	15	22	38	1.93
21649930--21649989	28	2.1	28	81	6	68	21	30	23	25	1.99
21650650--21650754	52	2.0	53	92	1	176	36	16	19	28	1.93
21651274--21651349	38	2.0	38	97	0	143	48	3	18	28	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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