genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78843374--78843430	10	5.2	11	74	21	57	43	0	35	21	1.52
78848359--78848414	27	2.1	27	89	0	85	30	21	8	39	1.84
78851328--78851505	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
78851349--78851504	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
78865747--78865788	21	2.0	21	90	0	66	33	16	21	28	1.95
78866555--78866599	22	2.1	22	83	4	56	44	4	8	42	1.56
78866807--78866906	46	2.2	46	81	3	121	44	16	12	28	1.83
78879613--78879662	25	1.9	27	92	8	86	16	26	4	54	1.59
78888526--78888569	12	3.5	12	77	22	54	34	20	25	20	1.97
78888738--78888840	27	3.8	27	84	6	102	21	15	21	41	1.89
78888750--78888863	27	4.2	27	80	8	124	18	16	21	43	1.88
78888749--78888863	54	2.1	54	84	6	144	19	16	20	43	1.88
78891715--78891772	29	2.0	29	100	0	116	41	17	17	24	1.90
78896319--78896359	21	2.0	21	90	0	64	29	9	17	43	1.80
78896404--78896460	20	2.8	20	91	0	87	45	0	29	24	1.53
78908848--78908908	30	2.0	30	96	0	113	52	14	3	29	1.58
78911302--78911368	33	2.0	33	97	0	125	44	14	16	23	1.85
78913903--78913961	31	1.9	31	85	0	82	25	35	16	22	1.95
78913922--78913981	31	1.9	31	83	6	77	30	35	15	20	1.93
78918566--78918599	16	2.1	16	100	0	68	55	5	0	38	1.24
78938371--78938430	25	2.4	25	88	0	84	18	25	20	36	1.94
78938373--78938450	25	3.2	25	83	1	77	20	23	19	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78939755--78939849	48	2.0	48	89	0	145	20	20	30	29	1.97
78940769--78940899	45	2.9	45	85	3	158	23	22	13	40	1.90
78948430--78948455	5	5.2	5	100	0	52	42	38	0	19	1.51
78954106--78954173	9	7.8	8	77	19	57	66	1	4	27	1.20
78954106--78954215	20	6.1	17	69	24	57	65	2	3	28	1.23
78954106--78954152	16	2.8	17	81	12	53	68	2	4	25	1.19
78954156--78954209	28	2.0	27	85	3	72	64	1	1	31	1.14
78954236--78954294	32	1.9	30	86	6	82	61	6	1	30	1.32
78954609--78954641	11	2.7	13	81	18	52	57	0	0	42	0.98
78954616--78954721	11	10.4	11	73	19	95	61	0	0	37	1.03
78954616--78954738	40	3.1	39	90	5	203	61	0	0	36	1.07
78954648--78954710	29	2.1	30	85	8	85	61	0	1	36	1.05
78955306--78955340	18	2.0	17	88	5	52	34	0	2	62	1.10
78955320--78955374	19	2.8	19	83	2	65	34	1	3	60	1.25
78959993--78960036	20	2.2	20	88	8	63	4	27	0	68	1.09
78963842--78963878	18	2.1	18	90	10	58	40	29	5	24	1.77
78967469--78967508	14	2.9	14	82	14	55	37	7	12	42	1.71
78967477--78967543	34	1.9	35	88	8	102	32	8	11	46	1.72
78968499--78968551	11	5.0	10	84	13	63	20	28	1	49	1.60
78968499--78968551	22	2.5	22	85	11	74	20	28	1	49	1.60
78970390--78970432	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
78970449--78971192	372	2.0	372	100	0	1488	24	28	25	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78971372--78971481	48	2.3	49	90	4	188	40	8	7	43	1.62
78971552--78971748	95	2.1	95	82	1	234	39	15	3	41	1.65
78971733--78971861	68	1.9	68	93	0	222	31	17	3	47	1.64
78974916--78975167	43	5.9	43	77	8	244	29	29	15	24	1.96
78975980--78976008	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
78979746--78979797	22	2.4	21	80	6	50	50	13	5	30	1.65
78980323--78980387	25	2.8	22	81	11	67	40	1	41	16	1.58
78980346--78980398	23	2.3	23	80	6	63	41	1	41	15	1.57
78980487--78980828	116	2.9	116	87	1	472	34	21	15	28	1.94
78984445--78984515	28	2.4	30	81	11	85	26	4	4	64	1.30
78984793--78984876	29	2.8	29	75	12	82	39	5	16	38	1.73
78988624--78988665	6	7.0	6	94	0	66	33	16	0	50	1.46
78995148--78995192	23	2.0	23	82	8	56	48	4	11	35	1.59
78997019--78997063	15	3.0	15	83	0	54	28	22	4	44	1.72
78998630--78998705	27	2.8	27	92	4	118	19	19	36	23	1.95
78998767--78998813	18	2.5	20	79	10	62	63	2	34	0	1.06
78998763--78998816	22	2.4	23	84	12	76	64	1	33	0	1.04
79001609--79001731	22	5.0	25	76	17	123	56	12	0	30	1.36
79001637--79001874	22	11.0	22	73	17	189	55	12	0	31	1.37
79001637--79001874	49	5.5	42	73	16	195	55	12	0	31	1.37
79001608--79001740	49	2.7	49	89	1	214	56	12	0	31	1.36
79002179--79002403	27	9.1	25	78	19	233	53	12	0	32	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79002126--79002403	49	5.7	49	85	5	361	53	14	0	31	1.46
79002184--79002403	97	2.3	98	95	0	406	54	12	0	32	1.45
79002300--79002537	22	11.1	21	69	20	100	55	12	0	31	1.41
79002976--79003010	16	2.1	17	89	5	54	42	0	0	57	0.99
79002976--79003025	17	2.9	17	85	5	57	38	2	0	60	1.09
79012633--79012727	36	2.6	35	77	9	93	30	25	22	22	1.99
79015263--79015300	17	2.2	18	85	4	51	65	2	2	28	1.19
79015529--79015579	3	16.7	3	76	11	50	60	1	3	33	1.26
79015529--79015579	21	2.4	21	86	3	66	60	1	3	33	1.26
79016957--79017136	44	4.1	45	79	6	165	23	22	21	33	1.97
79017005--79017120	44	2.6	44	88	0	178	22	20	23	33	1.97
79017117--79017311	45	4.4	45	90	0	293	31	21	15	31	1.94
79018637--79018737	19	5.2	19	69	4	67	35	18	31	13	1.90
79018617--79018877	39	6.7	39	86	0	308	32	18	30	17	1.95
79018726--79018786	19	3.2	19	64	13	52	27	21	32	18	1.96
79018636--79018877	117	2.1	116	89	0	376	32	19	31	16	1.94
79018917--79018948	13	2.5	13	100	0	64	46	6	6	40	1.54
79029946--79029978	15	2.2	15	94	0	57	45	18	24	12	1.83
79033255--79033344	30	3.0	30	83	6	112	27	23	25	23	2.00
79033676--79033949	27	10.2	26	74	8	147	19	17	18	44	1.87
79033673--79033949	54	5.1	54	83	2	308	19	17	18	44	1.87
79033691--79033949	81	3.2	81	87	2	349	18	17	18	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79036833--79037074	50	4.8	50	91	1	351	25	21	31	21	1.98
79049383--79049659	27	10.3	26	79	7	220	19	19	17	43	1.88
79049384--79049659	54	5.1	54	87	3	317	19	19	17	43	1.88
79049386--79049659	81	3.4	80	83	7	313	19	18	17	43	1.88
79057199--79057239	20	2.0	21	95	4	75	19	36	19	24	1.95
79059829--79059870	21	2.0	22	85	4	59	28	23	14	33	1.94
79062767--79062800	13	2.8	12	86	4	50	70	2	23	2	1.15
79078630--79078674	18	2.6	18	89	3	65	13	20	48	17	1.80
79079348--79079383	18	1.9	19	88	5	56	33	0	11	55	1.35
79084695--79084762	30	2.2	31	78	5	75	64	0	2	32	1.08
79109803--79109832	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
79110312--79110350	20	2.1	18	90	9	60	64	2	2	30	1.21
79110372--79110420	9	5.6	9	81	13	57	61	2	0	36	1.08
79117720--79117761	17	2.5	16	82	17	50	28	7	23	40	1.81
79117993--79118023	16	1.9	16	100	0	62	45	19	3	32	1.66
79118054--79118078	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
79118639--79118672	17	2.0	17	94	0	59	67	0	0	32	0.91
79127687--79127982	51	5.8	51	79	5	296	30	27	17	24	1.97
79127793--79127825	14	2.5	13	90	9	50	39	27	9	24	1.85
79127688--79127983	151	2.0	152	92	0	495	30	27	17	25	1.97
79127949--79128015	14	5.1	13	71	20	50	34	28	14	22	1.94
79131233--79131262	16	1.9	16	93	6	53	23	6	0	70	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79139160--79139204	17	2.9	16	87	9	58	53	0	0	46	1.00
79139167--79139211	17	2.6	18	82	13	58	48	0	0	51	1.00
79140023--79140081	18	3.2	19	81	15	70	61	0	1	37	1.07
79140021--79140081	20	3.1	20	81	13	74	62	0	1	36	1.05
79140043--79140103	28	2.2	28	88	5	88	63	1	0	34	1.04
79140261--79140409	59	2.5	60	77	11	173	30	5	1	63	1.25
79140282--79140379	28	3.4	27	81	13	99	34	4	1	60	1.23
79140336--79140400	11	6.2	11	75	13	57	29	3	0	67	1.05
79140282--79140407	30	4.3	29	78	11	123	32	3	0	62	1.19
79140355--79140400	22	2.1	22	87	0	65	28	4	0	67	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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