genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18378107--18378146	21	2.0	21	95	5	73	20	30	40	10	1.85
18379340--18379602	49	5.6	47	74	7	221	27	26	19	26	1.99
18379335--18379602	96	2.8	96	88	3	382	27	26	19	26	1.99
18379340--18379651	96	3.3	95	84	5	314	27	26	19	26	1.99
18384141--18384209	31	2.2	31	97	0	129	21	43	26	8	1.81
18384141--18384219	31	2.6	30	90	7	124	21	39	27	11	1.88
18386411--18386547	40	3.5	40	79	6	136	27	26	22	24	2.00
18399113--18399294	79	2.3	81	82	7	212	25	21	28	24	1.99
18399117--18399294	40	4.5	40	81	8	195	26	21	26	25	1.99
18399163--18399327	79	2.1	79	82	6	192	27	20	27	24	1.99
18400328--18401125	316	2.5	316	98	0	1517	31	16	23	28	1.96
18402679--18402755	27	2.8	26	82	7	91	36	16	14	32	1.89
18410670--18410755	39	2.2	39	87	0	118	30	24	24	20	1.99
18413012--18413064	21	2.5	21	96	0	97	43	11	20	24	1.85
18413839--18413895	27	2.1	28	81	12	66	49	0	7	43	1.29
18414626--18414710	44	2.0	43	95	2	152	25	4	25	43	1.74
18421016--18421047	12	2.8	12	95	4	57	75	0	6	18	1.01
18423078--18423202	55	2.3	55	72	0	124	15	27	29	28	1.96
18425978--18426016	20	2.1	19	85	9	53	51	17	28	2	1.59
18434029--18434073	20	2.3	21	77	14	51	48	15	28	6	1.70
18439352--18439385	17	1.9	18	88	5	52	52	26	14	5	1.64
18443593--18443809	112	1.9	112	94	0	380	31	25	26	16	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18463856--18464185	40	8.3	40	94	1	493	24	20	28	26	1.99
18463803--18464185	80	4.8	80	89	2	495	24	20	27	26	1.99
18463803--18464185	120	3.2	120	87	2	495	24	20	27	26	1.99
18471097--18471399	40	7.6	40	90	2	387	24	20	28	27	1.99
18493635--18493847	56	3.8	56	84	2	284	36	23	12	27	1.91
18493635--18493846	112	1.9	112	89	1	327	36	23	12	27	1.91
18500368--18500485	43	2.8	43	79	5	132	28	26	15	29	1.96
18511594--18511640	20	2.3	20	100	0	94	21	31	36	10	1.88
18516647--18516679	15	2.1	17	88	11	52	72	6	15	6	1.24
18527581--18527696	43	2.7	43	88	5	146	32	24	16	26	1.96
18530290--18530553	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
18538991--18539252	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
18555512--18555579	33	2.0	34	82	2	84	27	27	19	25	1.98
18555962--18556082	27	4.5	26	82	5	107	25	15	19	38	1.92
18555965--18556067	54	1.9	54	82	4	127	26	14	20	38	1.91
18559078--18559103	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
18559412--18559490	31	2.6	31	86	6	108	37	13	20	27	1.91
18561146--18561233	6	14.0	6	76	21	74	4	18	1	76	1.02
18578481--18578509	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
18579631--18579790	45	3.8	42	75	11	139	25	19	26	28	1.99
18585098--18585128	16	1.9	16	100	0	62	38	12	22	25	1.90
18587091--18587398	154	2.0	154	100	0	616	31	17	13	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18590217--18590268	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
18590284--18590347	33	2.0	32	84	3	83	20	21	18	39	1.93
18602053--18602092	17	2.4	17	91	0	62	30	17	5	47	1.69
18608516--18608571	5	11.2	5	100	0	112	39	0	0	60	0.97
18608576--18608623	15	2.8	18	81	15	57	58	8	0	33	1.28
18608582--18608623	19	2.5	16	85	14	50	59	7	0	33	1.25
18610331--18610361	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
18610328--18610367	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
18622609--18622736	50	2.6	50	85	5	170	27	28	17	25	1.98
18622753--18622924	46	3.7	45	77	7	141	22	27	20	28	1.99
18630432--18630647	46	4.6	45	80	9	220	22	27	21	28	1.99
18630378--18630651	94	2.9	93	78	10	288	22	27	21	28	1.99
18630616--18630973	163	2.2	163	98	0	689	27	26	16	29	1.97
18630901--18631065	46	3.6	46	99	0	321	20	29	22	27	1.98
18630901--18631095	46	4.2	46	94	2	302	20	30	22	26	1.98
18632826--18632971	45	3.2	44	72	14	120	38	15	20	25	1.92
18632843--18633014	45	3.8	45	80	6	136	39	13	20	25	1.90
18632843--18633010	90	1.9	89	80	9	198	39	13	21	25	1.89
18633386--18633419	17	2.0	17	88	0	50	35	0	5	58	1.22
18638234--18638403	43	4.0	43	73	11	143	28	15	24	32	1.95
18647890--18647987	51	1.9	51	93	0	169	25	16	26	31	1.96
18669355--18669461	51	2.1	52	86	8	148	20	15	32	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18673468--18673519	20	2.6	20	96	0	95	21	34	32	11	1.89
18676471--18676694	47	4.8	47	82	8	235	26	19	30	23	1.98
18676476--18676691	93	2.3	93	82	9	262	26	19	30	23	1.98
18684001--18684172	46	3.7	46	82	7	172	28	19	27	23	1.99
18684000--18684267	47	5.7	48	80	8	234	27	19	27	24	1.99
18684051--18684267	93	2.3	94	82	10	248	28	19	27	24	1.99
18684005--18684267	140	1.9	141	80	10	315	28	19	27	24	1.99
18685233--18685287	28	2.0	28	88	0	83	20	18	36	25	1.94
18685235--18685294	28	2.1	28	84	0	75	18	21	38	21	1.94
18688664--18688709	19	2.4	19	96	0	83	47	19	8	23	1.77
18689293--18689322	14	2.1	14	100	0	60	16	16	33	33	1.92
18697957--18697994	13	2.9	14	84	11	53	50	18	13	18	1.78
18705708--18705781	37	2.0	37	100	0	148	27	29	13	29	1.94
18710902--18710996	47	2.0	47	97	0	181	46	15	4	33	1.66
18717385--18717459	38	2.0	38	97	0	141	30	16	28	25	1.96
18730513--18730547	18	1.9	18	88	0	52	62	0	0	37	0.95
18737484--18737692	41	5.1	40	81	7	208	38	22	21	17	1.93
18737515--18737692	82	2.2	81	86	6	252	38	23	21	16	1.93
18737717--18738034	72	4.4	72	99	0	620	29	1	27	41	1.64
18738022--18738078	14	4.1	14	72	4	53	22	0	40	36	1.55
18738021--18738073	27	1.9	28	84	3	72	24	0	37	37	1.56
18738306--18738606	75	4.0	75	95	0	523	51	9	11	27	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18738736--18738779	18	2.4	18	85	7	54	22	40	0	36	1.54
18742904--18743069	43	3.9	41	82	6	145	23	17	27	31	1.97
18743266--18743331	31	2.2	30	88	2	96	30	19	16	33	1.94
18744801--18744874	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
18754527--18754600	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
18756877--18757021	27	5.4	26	78	6	128	28	8	21	41	1.82
18757034--18757125	27	3.4	27	86	0	121	39	9	23	27	1.86
18761571--18761749	27	6.6	27	92	2	178	30	29	13	26	1.94
18761571--18761749	55	3.3	55	92	0	288	30	29	13	26	1.94
18761571--18761749	82	2.2	82	90	2	279	30	29	13	26	1.94
18763659--18763758	51	2.0	51	93	0	173	33	22	14	31	1.93
18764208--18764535	164	2.0	164	93	0	566	34	24	16	24	1.95
18764741--18764959	111	2.0	111	91	0	357	34	26	13	26	1.93
18764964--18765019	27	2.1	27	96	0	103	19	35	19	25	1.95
18774345--18774385	22	1.9	21	85	5	55	48	4	4	41	1.46
18780013--18780110	40	2.5	40	85	11	132	24	27	23	24	2.00
18781513--18781540	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
18784883--18785070	49	3.8	49	80	8	227	29	24	19	26	1.98
18784893--18785075	100	1.8	100	92	0	312	30	24	19	25	1.98
18796724--18796817	25	3.8	25	72	10	75	25	19	24	30	1.98
18800684--18800724	11	3.8	11	78	18	50	48	34	0	17	1.47
18800684--18800724	21	2.0	20	90	4	64	48	34	0	17	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18802703--18802796	25	3.8	25	75	8	84	24	21	24	29	1.99
18805452--18805492	11	3.8	11	78	18	50	48	34	0	17	1.47
18805452--18805492	21	2.0	20	90	4	64	48	34	0	17	1.47
18812651--18813386	365	2.0	365	95	0	1330	29	23	16	30	1.96
18826325--18826437	35	3.2	35	86	2	147	36	30	12	20	1.90
18826345--18826448	35	3.0	35	91	0	163	34	31	13	20	1.91
18827829--18827864	16	2.3	16	85	4	56	47	13	0	38	1.44
18828700--18828866	72	2.3	72	85	4	221	30	15	25	28	1.96
18833610--18833686	38	2.0	38	92	0	127	35	18	18	28	1.94
18833979--18834016	19	2.1	19	85	5	51	78	2	2	15	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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