genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.286.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87273138--87273639	174	2.9	174	96	0	932	29	14	25	31	1.95
87278738--87278962	40	5.7	40	84	7	280	24	22	27	25	2.00
87300450--87300508	31	1.9	30	96	0	100	23	20	32	22	1.97
87313145--87313174	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
87314693--87314775	21	3.9	21	75	3	58	37	24	21	16	1.94
87315148--87315205	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
87319308--87319414	39	2.8	39	91	4	137	26	28	23	22	1.99
87319323--87319466	39	3.7	39	86	9	188	23	27	22	25	2.00
87325850--87325972	62	2.0	62	95	0	219	31	29	23	15	1.95
87345983--87346101	29	4.2	30	76	8	115	26	29	13	30	1.94
87345985--87346097	58	2.0	58	82	5	140	25	30	14	30	1.95
87351028--87351078	26	2.0	26	84	3	68	49	0	1	49	1.12
87351030--87351086	14	4.3	14	82	14	50	50	0	1	47	1.11
87351026--87351081	25	2.2	24	81	9	67	50	0	1	48	1.11
87351400--87351428	12	2.4	12	100	0	58	17	20	34	27	1.95
87352708--87352781	37	2.0	37	100	0	148	56	21	0	21	1.42
87354569--87354610	21	1.9	23	85	9	61	40	0	7	52	1.29
87362198--87362255	29	2.0	28	90	3	89	24	31	15	29	1.95
87364341--87364448	26	4.2	26	96	0	198	37	25	6	30	1.81
87366931--87367041	56	2.0	56	89	0	168	27	12	23	36	1.91
87367615--87367699	40	2.2	40	84	2	109	30	31	20	17	1.95
87367773--87367893	47	2.6	46	80	6	138	27	30	10	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87383522--87383559	13	2.9	13	96	0	67	26	23	26	23	2.00
87393049--87393269	40	5.6	40	82	4	261	26	28	22	23	1.99
87394405--87394439	16	2.3	15	90	5	52	20	45	2	31	1.65
87403210--87403239	16	1.9	16	93	6	53	33	23	0	43	1.54
87403449--87403731	50	5.6	50	78	5	259	32	25	15	26	1.95
87403500--87403681	101	1.8	101	90	0	292	30	25	17	27	1.97
87416667--87416714	24	2.0	24	100	0	96	37	20	8	33	1.83
87416671--87416725	24	2.3	24	87	3	67	36	21	7	34	1.81
87416902--87417053	56	2.7	56	91	2	243	30	25	16	27	1.96
87421035--87421126	40	2.3	40	90	1	141	28	26	21	23	1.99
87422844--87422869	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
87428199--87428383	79	2.3	81	83	9	229	25	27	22	24	2.00
87428199--87428383	40	4.7	40	80	12	211	25	27	22	24	2.00
87436151--87436335	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
87436132--87436335	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
87438450--87438582	28	4.7	28	72	10	101	27	15	33	23	1.95
87438461--87438583	29	4.3	29	76	7	83	28	15	33	22	1.95
87438488--87438588	29	3.5	29	79	4	116	26	16	32	23	1.96
87442441--87442478	20	1.9	20	89	10	60	42	7	10	39	1.69
87452013--87452184	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
87452006--87452181	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
87462806--87462849	20	2.3	20	88	7	65	13	18	43	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87465449--87465662	74	2.9	74	100	0	428	32	23	14	28	1.95
87465732--87465858	50	2.7	48	83	14	158	25	30	17	25	1.97
87478413--87478588	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
87478410--87478581	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
87483454--87483545	27	3.4	27	82	4	96	34	18	21	25	1.96
87487301--87487361	30	2.0	30	83	0	77	37	9	22	29	1.87
87512905--87513015	29	3.8	29	82	10	136	31	28	12	27	1.93
87513069--87513110	18	2.4	17	84	15	50	16	45	26	11	1.82
87513205--87513248	16	2.8	16	85	0	61	9	15	18	56	1.65
87513213--87513263	24	2.1	24	85	7	68	9	17	19	52	1.72
87514827--87514993	43	3.9	43	76	3	149	34	24	14	26	1.94
87518116--87518344	40	5.7	40	93	0	377	31	20	26	21	1.98
87524037--87524093	29	2.0	29	96	0	105	24	33	7	35	1.82
87529801--87529978	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
87529822--87529977	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
87537007--87537626	310	2.0	311	98	0	1197	31	16	23	28	1.96
87546044--87546158	29	4.0	28	75	14	110	28	30	16	24	1.96
87555828--87556011	40	4.7	40	80	11	186	25	21	27	25	2.00
87555881--87556044	79	2.1	79	82	8	192	26	20	27	25	1.99
87558816--87558860	20	2.2	21	88	4	65	37	0	20	42	1.52
87560857--87560915	29	2.0	29	90	0	91	22	13	16	47	1.82
87563277--87563454	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87563298--87563453	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
87571386--87571411	13	2.0	13	100	0	52	30	38	23	7	1.83
87573131--87573162	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
87573362--87573608	50	4.9	50	81	4	300	30	24	17	27	1.97
87573365--87573608	101	2.4	100	84	3	312	30	24	17	27	1.97
87573953--87573999	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
87576576--87576614	15	2.6	15	92	8	62	51	15	17	15	1.77
87579790--87580134	50	6.9	50	76	5	295	31	24	17	27	1.97
87579793--87580127	151	2.2	150	90	0	517	31	23	17	26	1.97
87579793--87580131	101	3.4	100	75	8	269	31	23	17	26	1.97
87580477--87580523	20	2.3	20	85	3	58	48	12	0	38	1.41
87582559--87582733	46	3.7	46	81	6	176	22	26	20	30	1.98
87585339--87585370	15	2.1	16	88	11	50	53	21	3	21	1.60
87588388--87588514	45	2.9	45	80	8	129	24	27	22	25	2.00
87588844--87588998	43	3.6	43	99	0	301	29	34	25	10	1.89
87588844--87589019	86	2.1	85	92	2	275	29	34	25	11	1.91
87588991--87589074	38	2.2	38	89	0	132	30	27	21	20	1.98
87592057--87592123	28	2.4	28	73	14	66	1	37	4	56	1.29
87593437--87593612	40	4.4	40	76	4	133	25	18	20	35	1.95
87594261--87594658	27	14.9	27	79	7	395	25	14	19	39	1.90
87594261--87594626	133	2.8	132	87	1	518	25	15	19	39	1.90
87596077--87596459	211	1.8	211	82	12	504	56	20	6	16	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87603125--87603366	27	8.9	27	92	1	369	40	21	18	19	1.91
87603370--87603513	27	5.4	27	84	1	139	26	15	17	40	1.89
87603333--87603487	79	1.9	81	81	2	188	30	15	16	38	1.89
87603360--87603513	54	2.9	53	88	3	204	27	14	17	40	1.88
87603385--87603513	27	4.8	27	83	3	143	29	14	17	38	1.89
87603359--87603513	81	1.9	79	83	5	195	27	14	17	40	1.88
87603359--87603522	27	6.1	27	81	4	136	29	13	16	40	1.87
87610444--87610628	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
87610425--87610628	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
87630685--87630762	37	2.1	37	87	0	111	39	30	12	16	1.86
87633854--87634077	40	5.6	40	91	1	308	24	20	28	26	1.99
87633815--87634077	80	3.3	80	85	3	318	23	20	28	26	1.99
87633815--87634077	120	2.2	120	82	4	318	23	20	28	26	1.99
87638820--87638967	73	2.0	73	92	0	242	32	15	29	22	1.95
87646574--87646751	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
87646575--87646730	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
87646571--87646751	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
87652536--87652670	70	1.9	70	98	0	261	31	27	11	29	1.92
87657457--87657506	18	2.8	18	90	0	73	36	16	18	30	1.92
87671033--87671096	30	2.2	29	91	2	101	25	18	23	32	1.97
87671049--87671106	30	1.9	30	86	6	82	24	22	20	32	1.98
87678275--87678338	30	2.2	29	91	2	101	26	18	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87681123--87681183	30	2.1	29	93	3	104	47	14	4	32	1.66
87684520--87684576	18	3.2	18	79	0	69	40	14	7	38	1.73
87684724--87684827	53	2.0	53	90	0	163	43	25	14	17	1.86
87685900--87685939	19	2.2	18	86	8	55	2	27	0	70	1.01
87687210--87688416	411	3.0	399	87	4	1745	29	12	30	26	1.93
87689062--87689107	22	2.1	22	91	0	74	32	17	30	19	1.95
87689741--87689861	27	4.5	27	89	5	183	20	22	23	33	1.97
87689741--87689891	27	5.6	27	85	5	173	19	23	21	34	1.97
87708230--87708291	27	2.3	27	82	0	70	37	16	17	29	1.92
87708243--87708294	27	1.9	27	88	0	77	32	17	19	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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