genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96304692

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23767491--23767559	29	2.4	28	85	4	84	30	27	21	20	1.98
23768914--23768938	13	1.9	13	100	0	50	32	56	0	12	1.36
23770296--23770431	48	2.9	48	82	5	134	19	16	23	40	1.91
23773903--23773979	38	2.0	38	100	0	154	33	25	10	29	1.89
23779364--23779402	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
23783800--23783984	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
23783781--23783984	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
23784157--23784456	149	2.0	149	100	0	600	25	22	14	39	1.91
23784482--23784983	251	2.0	251	99	0	986	31	24	13	29	1.94
23790843--23791092	50	4.9	50	83	5	279	26	20	29	24	1.99
23793620--23793815	51	3.9	51	76	3	173	26	17	25	30	1.98
23793620--23793815	102	1.9	101	89	3	304	26	17	25	30	1.98
23793813--23793901	45	2.0	45	93	0	151	24	17	23	33	1.96
23799924--23799961	17	2.3	17	86	4	51	55	5	23	15	1.61
23806231--23806269	18	2.2	18	90	0	60	33	10	15	41	1.81
23806901--23806984	17	4.9	17	76	0	78	23	10	22	42	1.85
23806999--23807066	31	2.2	30	82	12	77	22	11	17	48	1.79
23807014--23807079	31	2.2	30	83	8	80	24	12	16	46	1.81
23829891--23830684	66	12.0	66	100	0	1588	41	6	18	34	1.75
23832734--23833029	39	7.4	39	80	8	306	35	13	18	33	1.89
23832811--23832982	87	2.0	86	88	1	254	35	13	18	32	1.90
23838349--23838393	18	2.5	18	81	0	54	11	24	2	62	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23838379--23838426	6	7.5	6	82	13	60	0	22	0	77	0.78
23838386--23838426	21	2.0	21	95	0	73	0	24	0	75	0.80
23839364--23839423	11	4.9	12	78	15	61	18	3	8	70	1.27
23840339--23840549	104	2.0	103	98	0	404	34	17	12	35	1.88
23841766--23841859	46	2.0	46	91	0	152	37	22	17	23	1.94
23842155--23842201	23	2.0	23	95	0	85	21	8	14	55	1.66
23842433--23842476	23	1.9	23	95	0	79	18	15	27	38	1.91
23844994--23845123	61	2.1	62	90	8	212	32	14	9	43	1.77
23844995--23845144	61	2.4	59	84	14	189	29	14	8	48	1.73
23845468--23845561	46	2.0	46	100	0	188	35	22	19	23	1.96
23845859--23845905	23	2.0	23	95	0	85	23	8	19	48	1.75
23847692--23847726	17	2.1	17	88	0	52	48	0	8	42	1.33
23847948--23848048	42	2.4	42	85	4	134	31	12	16	38	1.87
23848172--23848264	24	3.9	24	69	10	73	29	21	20	29	1.98
23849471--23849500	15	2.0	15	93	0	51	50	6	10	33	1.62
23862053--23862815	47	16.2	47	91	2	1210	29	29	9	31	1.88
23884552--23884629	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
23884582--23884908	174	1.9	174	96	0	600	29	14	25	30	1.95
23898074--23898130	25	2.3	25	87	0	78	45	8	17	28	1.78
23900143--23900222	36	2.3	33	77	14	81	41	3	1	53	1.27
23900212--23900613	200	2.0	200	99	0	795	44	9	9	36	1.70
23907682--23907804	64	1.9	64	100	0	246	23	5	10	60	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23907881--23907926	23	2.0	23	91	8	76	26	4	4	65	1.30
23913692--23914986	47	27.5	47	96	0	2212	32	8	29	29	1.87
23915105--23915183	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
23925731--23925996	44	6.0	44	87	0	361	31	18	25	25	1.97
23925734--23926023	132	2.2	132	88	2	422	30	18	25	25	1.98
23925731--23926036	88	3.5	88	83	1	274	31	18	25	24	1.98
23927701--23927746	23	2.0	23	91	8	76	26	4	4	65	1.30
23931460--23931574	43	2.7	43	93	0	194	23	32	14	29	1.94
23931710--23932026	32	9.9	32	82	0	375	41	16	9	31	1.81
23931710--23932026	96	3.3	96	86	1	422	41	16	9	31	1.81
23934580--23934617	10	3.8	10	83	10	51	23	23	21	31	1.98
23937805--23938023	101	2.2	100	81	8	255	25	15	28	30	1.96
23937839--23938025	51	3.7	51	80	6	184	23	17	28	31	1.97
23937945--23938023	26	3.1	26	64	29	69	22	13	29	34	1.93
23937839--23938025	101	1.8	101	88	3	286	23	17	28	31	1.97
23938027--23938121	45	2.1	45	90	0	154	26	17	24	31	1.97
23943003--23943041	11	3.5	11	82	0	51	20	10	7	61	1.52
23951707--23951952	51	4.9	50	74	7	203	32	25	15	27	1.95
23951707--23951944	101	2.4	101	86	4	311	32	25	15	27	1.95
23960103--23960184	40	2.0	40	100	0	164	32	17	19	30	1.95
23960698--23960753	18	3.1	18	80	10	69	10	7	44	37	1.67
23964178--23964221	21	2.0	22	86	8	63	25	4	4	65	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23966865--23967195	3	110.3	3	100	0	662	66	0	0	33	0.92
23967436--23967466	2	15.5	2	93	0	53	45	0	0	54	0.99
23972382--23972584	51	4.0	51	99	0	397	27	15	11	45	1.81
23973777--23973828	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
23973809--23973903	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
23974065--23974099	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23974023--23974095	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
23974212--23974246	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23973984--23974258	147	1.9	149	96	1	509	46	3	2	47	1.33
23974232--23974410	55	3.1	54	64	22	128	49	7	2	41	1.43
23974332--23974366	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
23974442--23974473	16	1.9	17	93	6	57	46	0	0	53	1.00
23974195--23974487	120	2.4	120	92	2	482	50	5	2	42	1.36
23974503--23974710	91	2.3	91	85	4	258	46	3	4	45	1.41
23984203--23984443	51	4.8	50	78	5	236	31	26	16	25	1.96
23984202--23984440	101	2.4	101	84	2	293	31	26	16	25	1.96
23985758--23985822	24	3.0	24	63	32	65	38	23	3	35	1.70
23985742--23985822	40	2.0	40	97	0	153	39	23	2	34	1.68
23989549--23989627	39	2.0	39	97	0	149	45	15	11	27	1.80
23991035--23991088	10	5.6	10	73	22	53	35	3	0	61	1.14
23991391--23991438	19	2.3	22	79	17	57	60	2	4	33	1.27
23991400--23991513	48	2.4	48	78	8	117	59	1	7	31	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23991686--23991747	19	3.4	19	71	13	58	35	6	1	56	1.35
23991698--23991728	16	1.9	16	93	0	53	22	6	3	67	1.28
23991677--23991748	35	2.1	35	89	0	108	31	5	2	59	1.35
23991846--23992013	84	2.0	84	86	0	237	32	9	21	36	1.86
23995027--23995068	9	4.6	9	82	5	57	69	0	0	30	0.89
24008847--24008981	48	2.8	48	87	1	144	23	30	20	25	1.99
24010423--24010678	105	2.5	104	86	1	343	31	28	20	19	1.97
24010578--24010909	77	4.3	77	96	0	585	35	28	17	18	1.94
24010446--24010678	104	2.2	105	88	0	333	31	28	21	18	1.97
24013962--24014011	21	2.4	21	86	6	66	6	46	14	34	1.69
24017269--24017295	12	2.2	12	100	0	54	40	0	0	59	0.98
24017825--24017887	13	4.5	13	75	13	54	41	50	3	4	1.39
24018181--24019966	114	15.7	114	82	3	2169	26	22	16	34	1.95
24018194--24019966	228	7.8	228	95	0	2870	26	22	16	34	1.95
24021160--24021204	23	2.0	23	86	8	65	40	15	2	42	1.59
24026109--24026147	19	2.1	19	100	0	78	10	5	15	69	1.34
24026220--24026298	38	2.1	38	90	0	122	17	1	27	53	1.52
24030927--24030992	25	2.6	25	77	15	73	25	21	28	24	1.99
24031815--24031844	15	2.1	14	93	6	51	0	10	0	90	0.47
24038164--24038348	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
24038145--24038348	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
24045581--24045845	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24045548--24045845	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
24045777--24045854	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
24053568--24053910	40	8.6	40	91	2	485	27	27	20	24	1.99
24057477--24057519	19	2.2	20	83	4	52	37	9	18	34	1.83
24057989--24058037	21	2.3	21	92	0	80	24	40	22	12	1.88
24072852--24072884	17	1.9	18	88	11	52	45	0	12	42	1.41
24075015--24075063	17	2.8	17	81	3	62	14	6	6	73	1.22
24075415--24075447	14	2.4	14	95	5	59	21	0	6	72	1.05
24078494--24078669	75	2.3	75	81	5	212	38	26	11	23	1.88
24078494--24078655	25	6.5	25	68	12	84	39	26	10	23	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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